BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-125J02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 87,159,863 - 87,245,903
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC545270, LOC665402, Neto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437, LOC435580, LOC546719
Downstream geneLOC383318, Ppia-ps18_1039.1, LOC329008
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-125J02.bB6Ng01-125J02.g
ACCDH928166DH928167
length1,2091,083
definitionDH928166|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125J02, 5' end.DH928167|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-125J02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,159,863 - 87,161,081)(87,244,809 - 87,245,903)
sequence
gaattcctcttttaactaattttggtcctagattgtttttagagccatct
aaggaaattaaaaacttccctgggcctcaggagtctcatttgattacctg
gagaaatttaaccttgatgaactcagaagctgatcacctcctcttgctgt
ttaagcatattggtatctgttatcagagcagggaagtgttggagagccta
ttttgtcatctgcgttcagctcatgtttgtcagtcatgtcagtgagactt
tatggacgtaccttctgagagattcaatctctgatctctgatcctctggg
tcttacaatctttctaaatctcttatgcaatgaacattagtgtttattaa
tatattcagctagtatcattattgccatcatttatggcctattggctata
cacctcttagtcctataagcaatggggtaacactacctttcatgttaaag
tagtggttctcaaccttcctaatgctgagatgctttaatgcaatttttca
tgttgtggtgaccccactcataaagttattttcattactacatcacaact
ttaaatttgttaatgttatgagttgtgtcataaatatcttgtatgcagga
tatttgatatgtgaccttatgaaacagtcacttggctccaaaacaattgc
taccttcaagctgagaaccattgcattaaagtgaggcaagttttccaaac
ttcccttgcattatgctctaaccctgcataatgagagatatgcttttcct
ttcggttttgaacaagctcacattaatgtgcctttcctcctttgatggct
gccccaattcacgcctaggtttgttggaaaatattatcctcatcaattca
ccctctctagttgtacaatgagacttccttgcaaaatctgtccccgtgta
cctttccttatactcatgctggcttctttaggactttataccctacactt
ttcagtgtaaagtaagctattctacattgcatggacacagtaaaagccat
gtgtggcttgggtatcaggcctccttgtagccagaaacatgctgttgaga
tgcctgtccaccataatgcacagtgcttaactgatgtactgtggagaaat
taaatgacctagccatttatgcaagatgttgatgagttcctccttgtaag
ctctttgtgagaatgttatctatccacctgcctgttcgaacaactgtgcc
ttgtgtgaa
gaattcaaatttgggctctatcttggccaaaactactccaagaggaagtc
tcattatttttaaattcagtagccttcacatcaatacatgttccacatac
gtttgctgttcagcatttccctttggaatgacacttgctggctgatattt
taaattgctaaataacaatcctgatcactattgctatattcctacaacct
cagtgcaccagcaggatcaaagcattttattttgatgcttaattggtgca
gtaatgtcactgacttctaggagtaaaggaatcaatcaatatgttggttt
tattgcaaaggcaccctgggatttatctcacaagtgaggagatctcagtc
attttctttcctgtacctccgcaactctattcaaacatttcaatagaaaa
atctagccaactgtaccagaagagagaagagaaaaggcaaggaaaaaggt
agaagtcaaatgttaaaaataaaagtaacaataaatgtgaactccatgac
cttaagtaaaagggaaactaaagtacaaagtgcagtgttgaacaaagccc
cactggctcagagaaatatctgcagctcactgcctgtgcaggttgcttaa
cagatgaaatttaactacactgaatactctcatctcactccactatcatg
gaagatctatggtgcacagggtgtctagcagtgtgttcacaataactaga
tgccaataaagtatcctgtttaactaaattttgcagcatactcgaatgta
tttggagcgaaatatactttctaaataacccatcagaaatcatcttttaa
catgttccactaacacctgaaatagcaaaatgaatcttttcttccttcat
tcactttctcgttggtatctctactttatccccacagttttaaagtgtat
tgccctaatttagcgagtgttttagttgcctaagtgagctaatattacat
atataaattacatatctcacgaaattgtttgataagaatacaggtctagc
aacacagaagtgatgatcacagtcagctattggatgggtcacaatgcctc
atgaggagctagagaaattaactcaaagagcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_87159863_87161081
seq2: B6Ng01-125J02.b_49_1257

seq1  GAATTCCTCTTTTAACTAATTTTGGTCCTAGATTGTTTTTAGAGCCATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCTTTTAACTAATTTTGGTCCTAGATTGTTTTTAGAGCCATCT  50

seq1  AAGGAAATTAAAAACTTCCCTGGGCCTCAGGAGTCTCATTTGATTACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATTAAAAACTTCCCTGGGCCTCAGGAGTCTCATTTGATTACCTG  100

seq1  GAGAAATTTAACCTTGATGAACTCAGAAGCTGATCACCTCCTCTTGCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATTTAACCTTGATGAACTCAGAAGCTGATCACCTCCTCTTGCTGT  150

seq1  TTAAGCATATTGGTATCTGTTATCAGAGCAGGGAAGTGTTGGAGAGCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATATTGGTATCTGTTATCAGAGCAGGGAAGTGTTGGAGAGCCTA  200

seq1  TTTTGTCATCTGCGTTCAGCTCATGTTTGTCAGTCATGTCAGTGAGACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCATCTGCGTTCAGCTCATGTTTGTCAGTCATGTCAGTGAGACTT  250

seq1  TATGGACGTACCTTCTGAGAGATTCAATCTCTGATCTCTGATCCTCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGACGTACCTTCTGAGAGATTCAATCTCTGATCTCTGATCCTCTGGG  300

seq1  TCTTACAATCTTTCTAAATCTCTTATGCAATGAACATTAGTGTTTATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAATCTTTCTAAATCTCTTATGCAATGAACATTAGTGTTTATTAA  350

seq1  TATATTCAGCTAGTATCATTATTGCCATCATTTATGGCCTATTGGCTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCAGCTAGTATCATTATTGCCATCATTTATGGCCTATTGGCTATA  400

seq1  CACCTCTTAGTCCTATAAGCAATGGGGTAACACTACCTTTCATGTTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTTAGTCCTATAAGCAATGGGGTAACACTACCTTTCATGTTAAAG  450

seq1  TAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGAGATGCTTTAATGCAATTTTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTTCTCAACCTTCCTAATGCTGAGATGCTTTAATGCAATTTTTCA  500

seq1  TGTTGTGGTGACCCCACTCATAAAGTTATTTTCATTACTACATCACAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGGTGACCCCACTCATAAAGTTATTTTCATTACTACATCACAACT  550

seq1  TTAAATTTGTTAATGTTATGAGTTGTGTCATAAATATCTTGTATGCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTGTTAATGTTATGAGTTGTGTCATAAATATCTTGTATGCAGGA  600

seq1  TATTTGATATGTGACCTTATGAAACAGTCACTTGGCTCCAAAACAATTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGATATGTGACCTTATGAAACAGTCACTTGGCTCCAAAACAATTGC  650

seq1  TACCTTCAAGCTGAGAACCATTGCATTAAAGTGAGGCAAGTTTTCCAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCAAGCTGAGAACCATTGCATTAAAGTGAGGCAAGTTTTCCAAAC  700

seq1  TTCCCTTGCATTATGCTCTAACCCTGCATAATGAGAGATATGCTTTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTGCATTATGCTCTAACCCTGCATAATGAGAGATATGCTTTTCCT  750

seq1  TTCGGTTTTGAACAAGCTCACATTAATGTGCCTTTCCTCCTTTGATGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGGTTTTGAACAAGCTCACATTAATGTGCCTTTCCTCCTTTGATGGCT  800

seq1  GCCCCAATTCAGGCCTAGGTTTGTTGGAAAATATTATCCTCATCAATTCA  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAATTCACGCCTAGGTTTGTTGGAAAATATTATCCTCATCAATTCA  850

seq1  CCCTCTCTAGTTGTACAATGAGACTTCCTTGCAAAATCTGTCCCCGTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCTAGTTGTACAATGAGACTTCCTTGCAAAATCTGTCCCCGTGTA  900

seq1  CCTTTCCTTATACTCATGCTGGCTTCTTTAGGACTTTATACCCTACACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTTATACTCATGCTGGCTTCTTTAGGACTTTATACCCTACACTT  950

seq1  TTCAGTGTAAAGTAAGCTATTCTACATTGCATGGACACAAGTAAAAAGCC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
seq2  TTCAGTGTAAAGTAAGCTATTCTACATTGCATGGACAC-AGT-AAAAGCC  998

seq1  ATGTTGTGGCTTGGGGTATCAAGCCTCCTTGGTAGCCAGATACATGCTGT  1050
      ||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  ATG-TGTGGCTT-GGGTATCAGGCCTCCTT-GTAGCCAGAAACATGCTGT  1045

seq1  GGAGATGCCTGTCCACCATAATGCACAGTGCTTTAAACTGATGTACTGT-  1099
       ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| 
seq2  TGAGATGCCTGTCCACCATAATGCACAGTGCTT--AACTGATGTACTGTG  1093

seq1  GAGAATTAAAAATGAACCTAGACATATATGCAGGATTGTGAATGAGTTCC  1149
      ||||| |  ||||| |||||| ||| |||||| || |||  |||||||||
seq2  GAGAAAT-TAAATG-ACCTAGCCATTTATGCAAGA-TGTTGATGAGTTCC  1140

seq1  TCCCTGTAGGCTCGTTTGTAGAGATTGTACTC-ATCCACCCTGCCTGTCA  1198
      ||| |||| |||| ||||| |||| |||  || ||||| |||||||||  
seq2  TCCTTGTAAGCTC-TTTGT-GAGAATGTTATCTATCCA-CCTGCCTGTTC  1187

seq1  GAACAATTGTGCTTTGT-TGAA  1219
      |||||| ||||| |||| ||||
seq2  GAACAACTGTGCCTTGTGTGAA  1209

seq1: chr18_87244809_87245903
seq2: B6Ng01-125J02.g_66_1148 (reverse)

seq1  TAGCTCTTTG-GGTAATTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCGTGTGACC  49
      |||||||||| | ||||||||||||||||| |||  | |||  |||||||
seq2  TAGCTCTTTGAGTTAATTTCTCTAGCTCCT-CAT--GAGGCATTGTGACC  47

seq1  CATCCAATAGCTGACTGTGATCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGT  99
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||
seq2  CATCCAATAGCTGACTGTGATCAT-CACTTCTGTG-TTGCTA-GACCTGT  94

seq1  ATTCTTTATCAAACAATTTCGTGAGAATATGTAATTTTATATATTGTTAA  149
      |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||   |||
seq2  ATTC-TTATCAAACAATTTCGTGAG-ATATGTAA-TTTATATAT--GTAA  139

seq1  TATTAGCTCACTTAGGCAACTAAAACACCTCGCTAAATTAGGGCAATACA  199
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGCTCACTTAGGCAACTAAAACA-CTCGCTAAATTAGGGCAATACA  188

seq1  CTTTAAAAACTGTGGGGATAAAGTAGAGATACCAACGAGAAAGTGAATGA  249
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTT-AAAACTGTGGGGATAAAGTAGAGATACCAACGAGAAAGTGAATGA  237

seq1  AGGAAGAAAAGATTCATTTTGCTATTTCAGGTGTTAGTGGAACATGTTAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAAAGATTCATTTTGCTATTTCAGGTGTTAGTGGAACATGTTAA  287

seq1  AAGATGATTTCTGATGGGTTATTTAGAAAGTATATTTCGCTCCAAATACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGATTTCTGATGGGTTATTTAGAAAGTATATTTCGCTCCAAATACA  337

seq1  TTCGAGTATGCTGCAAAATTTAGTTAAACAGGATACTTTATTGGCATCTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGAGTATGCTGCAAAATTTAGTTAAACAGGATACTTTATTGGCATCTA  387

seq1  GTTATTGTGAACACACTGCTAGACACCCTGTGCACCATAGATCTTCCATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGTGAACACACTGCTAGACACCCTGTGCACCATAGATCTTCCATG  437

seq1  ATAGTGGAGTGAGATGAGAGTATTCAGTGTAGTTAAATTTCATCTGTTAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGGAGTGAGATGAGAGTATTCAGTGTAGTTAAATTTCATCTGTTAA  487

seq1  GCAACCTGCACAGGCAGTGAGCTGCAGATATTTCTCTGAGCCAGTGGGGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACCTGCACAGGCAGTGAGCTGCAGATATTTCTCTGAGCCAGTGGGGC  537

seq1  TTTGTTCAACACTGCACTTTGTACTTTAGTTTCCCTTTTACTTAAGGTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCAACACTGCACTTTGTACTTTAGTTTCCCTTTTACTTAAGGTCA  587

seq1  TGGAGTTCACATTTATTGTTACTTTTATTTTTAACATTTGACTTCTACCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTCACATTTATTGTTACTTTTATTTTTAACATTTGACTTCTACCT  637

seq1  TTTTCCTTGCCTTTTCTCTTCTCTCTTCTGGTACAGTTGGCTAGATTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGCCTTTTCTCTTCTCTCTTCTGGTACAGTTGGCTAGATTTTT  687

seq1  CTATTGAAATGTTTGAATAGAGTTGCGGAGGTACAGGAAAGAAAATGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGAAATGTTTGAATAGAGTTGCGGAGGTACAGGAAAGAAAATGACT  737

seq1  GAGATCTCCTCACTTGTGAGATAAATCCCAGGGTGCCTTTGCAATAAAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTCCTCACTTGTGAGATAAATCCCAGGGTGCCTTTGCAATAAAAC  787

seq1  CAACATATTGATTGATTCCTTTACTCCTAGAAGTCAGTGACATTACTGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACATATTGATTGATTCCTTTACTCCTAGAAGTCAGTGACATTACTGCA  837

seq1  CCAATTAAGCATCAAAATAAAATGCTTTGATCCTGCTGGTGCACTGAGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAGCATCAAAATAAAATGCTTTGATCCTGCTGGTGCACTGAGGT  887

seq1  TGTAGGAATATAGCAATAGTGATCAGGATTGTTATTTAGCAATTTAAAAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAATATAGCAATAGTGATCAGGATTGTTATTTAGCAATTTAAAAT  937

seq1  ATCAGCCAGCAAGTGTCATTCCAAAGGGAAATGCTGAACAGCAAACGTAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCAGCAAGTGTCATTCCAAAGGGAAATGCTGAACAGCAAACGTAT  987

seq1  GTGGAACATGTATTGATGTGAAGGCTACTGAATTTAAAAATAATGAGACT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACATGTATTGATGTGAAGGCTACTGAATTTAAAAATAATGAGACT  1037

seq1  TCCTCTTGGAGTAGTTTTGGCCAAGATAGAGCCCAAATTTGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGGAGTAGTTTTGGCCAAGATAGAGCCCAAATTTGAATTC  1083