BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127D16
Chromosome18 (Build37)
Map Location 43,985,329 - 44,165,875
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpink5
Upstream genePpp2r2b, LOC100042046, LOC100042051, EG666594, Stk32a, Dpysl3, LOC100042074, LOC100042807, Jakmip2, Spink3, Scgb3a2, Gm94
Downstream geneEG433178, LOC666969, EG433180, Spink12, LOC100042855, 9530002K18Rik, Spink11, Npy6r, Myot, Dcp2, Mcc, LOC100042883, Ythdc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127D16.bB6Ng01-127D16.g
ACCDH929398DH929399
length1,1841,070
definitionDH929398|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127D16, 5' end.DH929399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127D16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,985,329 - 43,986,537)(44,164,785 - 44,165,875)
sequence
gaattctggcttgtagtagcttagagtggaattaatatatggcaaaagca
gaaccaattttaataccaggcttcacaattctaacttaactgcctaacta
tgactttaagacttttccattctccaatgcaatactctatagaacagtgt
ggggaaaagaggaaacaccttccaataattgcaataaaggctggttcttg
catcaccaaacctgttgagttgaaatatactctaaaaatgatactcggga
ttgaaaatagtaagttagcctgcagtcatagactcggcatgactattggg
gtcaggttgaattgggtttattgagtgtgtaaacttatcaggtgtataaa
tatataaagaagcttacagcttcttctagatgtcaaaatcctatctgaaa
acgacaatatcttactaaggtcaccatgaaaagtcaggaagataatgtgc
atctgtattgtcatgcagcaattattcactaatcaaacatctttaaaaca
aacaagcgtaccttagcctgcagttgtctgggaccagagctcccacacaa
gcaaagcaaaacccaactcaatgtgaaccacaaagcaaaacagaagccta
aacaatcagaaactaccaagtcatttctaagtggagactctcccctggat
tatgcatgaataaggcaaatgcccacctgtatccaacctcatgtctctct
gctctgcctttgtgctatgtgtgtggaagtctgctgcccaggctgaagaa
cacagattttggcagctctgctggttccaagccctgactgattcatgagt
cattctttactaagtcaactgtgttaaatttcaaccaaagtttttctttt
aaattacagacgcatctactgtgccagacacgttgcagtgcatgccggag
taagaagctggcccagctcctgaccttgaaatgaccaggttgattttcag
tctcaactagactttaattgctttggtattgtagacttgatataacctca
aaaggacaatgtgtgatggcagcatcatttaaaaccatgacaggtacctc
aaccaagtacttcagttctgtgaacatgcagtattctaaggctagtggaa
tacatagcatttcgaaacctgatctatgaagtttctttatggagaacgaa
caaaaaggctatggtcaagcctggccgtgtgctt
gaattctgtggagtcctgtgcttggcaaagttttcatcacgcttaaaaaa
acatatccttaactaccatctaattggcatttcctaaatgtttgcttagg
gccttgagtttttttgttaaaatttctcccatgtataagaggactcaagt
gctgtcattttttaacaagtatgatcttcctcctatattgtttgcttttc
agaaacaaaacactgacatcacctgtgactgtaattctttcttccaggtt
gcatcgctgttgcccattaatatctccctatcatcagctgccttcacctt
gaccacttgtgtctttttccttattctagctgcccatcctgccccccact
ggataatggctgactatcaatctcctcacaccagtagcattcattatgtt
agacttttcagtctcctttttcttctattgattactgctgcttttacttt
cctaaatgaatcatatttctactgtttcctctcctaactgaaacatttct
gtagtcctcactacacatagaactgtcatcaaaatccttggtttgaccct
gaaaattggtaaagttcctaatttctaagtgtttgtttcataccacaact
ctcttaatatagaccttatgtatttctgttctctcaaacgcccctgactt
ttacataatctcaccccaattataagatccatatctatttccacttaaaa
ctttctattatctgccccttcatggatgtaccaaagccagttacctgctt
tgtatttcactaccttatatccagacaacatctggtagactgcttgtagg
ccatagatatcaagtatgtgaacgtgagtgtttaaaacatttggcaacat
taaagatttctgaatgtctgatggtcaaaatgaattctcagtgaaacatg
caatgatactcaacgttgtccatattgcagcatcatcacgcggcattatt
tgacactttccactgtgtgagctgtcagcccctcacacatagaaatacta
atatctcactgaggctcaaagtatgcatgtttagttttctgtatgtaaag
gtttatgtgtttaaggacta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_43985329_43986537
seq2: B6Ng01-127D16.b_48_1231

seq1  GAATTCTGGCTTGTAGTAGCTTAGAGTGGAATTAATATATGGCAAAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGCTTGTAGTAGCTTAGAGTGGAATTAATATATGGCAAAAGCA  50

seq1  GAACCAATTTTAATACCAGGCTTCACAATTCTAACTTAACTGCCTAACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAATTTTAATACCAGGCTTCACAATTCTAACTTAACTGCCTAACTA  100

seq1  TGACTTTAAGACTTTTCCATTCTCCAATGCAATACTCTATAGAACAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTAAGACTTTTCCATTCTCCAATGCAATACTCTATAGAACAGTGT  150

seq1  GGGGAAAAGAGGAAACACCTTCCAATAATTGCAATAAAGGCTGGTTCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAAAGAGGAAACACCTTCCAATAATTGCAATAAAGGCTGGTTCTTG  200

seq1  CATCACCAAACCTGTTGAGTTGAAATATACTCTAAAAATGATACTCGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACCAAACCTGTTGAGTTGAAATATACTCTAAAAATGATACTCGGGA  250

seq1  TTGAAAATAGTAAGTTAGCCTGCAGTCATAGACTCGGCATGACTATTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAATAGTAAGTTAGCCTGCAGTCATAGACTCGGCATGACTATTGGG  300

seq1  GTCAGGTTGAATTGGGTTTATTGAGTGTGTAAACTTATCAGGTGTATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTTGAATTGGGTTTATTGAGTGTGTAAACTTATCAGGTGTATAAA  350

seq1  TATATAAAGAAGCTTACAGCTTCTTCTAGATGTCAAAATCCTATCTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAAAGAAGCTTACAGCTTCTTCTAGATGTCAAAATCCTATCTGAAA  400

seq1  ACGACAATATCTTACTAAGGTCACCATGAAAAGTCAGGAAGATAATGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACAATATCTTACTAAGGTCACCATGAAAAGTCAGGAAGATAATGTGC  450

seq1  ATCTGTATTGTCATGCAGCAATTATTCACTAATCAAACATCTTTAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTATTGTCATGCAGCAATTATTCACTAATCAAACATCTTTAAAACA  500

seq1  AACAAGCGTACCTTAGCCTGCAGTTGTCTGGGACCAGAGCTCCCACACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCGTACCTTAGCCTGCAGTTGTCTGGGACCAGAGCTCCCACACAA  550

seq1  GCAAAGCAAAACCCAACTCAATGTGAACCACAAAGCAAAACAGAAGCCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCAAAACCCAACTCAATGTGAACCACAAAGCAAAACAGAAGCCTA  600

seq1  AACAATCAGAAACTACCAAGTCATTTCTAAGTGGAGACTCTCCCCTGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATCAGAAACTACCAAGTCATTTCTAAGTGGAGACTCTCCCCTGGAT  650

seq1  TATGCATGAATAAGGCAAATGCCCACCTGTATCCAACCTCATGTCTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCATGAATAAGGCAAATGCCCACCTGTATCCAACCTCATGTCTCTCT  700

seq1  GCTCTGCCTTTGTGCTATGTGTGTGGAAGTCTGCTGCCCAGGCTGAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCCTTTGTGCTATGTGTGTGGAAGTCTGCTGCCCAGGCTGAAGAA  750

seq1  CACAGATTTTGGCAGCTCTGCTGGTTCCAAGCCCTGACTGATTCATGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATTTTGGCAGCTCTGCTGGTTCCAAGCCCTGACTGATTCATGAGT  800

seq1  CATTCTTTACTAAGTCAACTGTGTTAAATTTCAACCAAAGTTTTTCTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTACTAAGTCAACTGTGTTAAATTTCAACCAAAGTTTTTCTTTT  850

seq1  AAATTACAGACGCATCTACTGTGCCAGACACGTTGCAGTGCATGCCGGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACAGACGCATCTACTGTGCCAGACACGTTGCAGTGCATGCCGGAG  900

seq1  TAAAGAAGGCTGGCCCAGCTCCTGACCTTGAAATGACCAGGTTGATTTTC  950
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAGAA-GCTGGCCCAGCTCCTGACCTTGAAATGACCAGGTTGATTTTC  948

seq1  AGTCTCAAACTAGACTTTTAATTGCTTTGGTATTGTAGACTTGATATTAA  1000
      |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGTCTC-AACTAGAC-TTTAATTGCTTTGGTATTGTAGACTTGATA-TAA  995

seq1  CCTCAAAAAGGACAATGTGTGGATGGCAGGCATCATTTTAAAACACATGA  1050
      |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||
seq2  CCTC-AAAAGGACAATGTGT-GATGGCA-GCATCA-TTTAAAAC-CATGA  1040

seq1  CAAGGTACCTCAACCAAGTTACTTCAGTTCTGTGAACATGCAGGTATTCC  1100
      | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  C-AGGTACCTCAACCAAG-TACTTCAGTTCTGTGAACATGCA-GTATTC-  1086

seq1  TCAAGGCTAGTGGACTACATTAGCATTTACAGAACACTGATCTTATG-AG  1149
        |||||||||||| |||| ||||||||   |||  |||||| |||| ||
seq2  -TAAGGCTAGTGGAATACA-TAGCATTT--CGAAACCTGATC-TATGAAG  1131

seq1  TTTCTTTATGGAAGGAACCAGACAAAAAAGGCTATGGTCAAAAAGCTTGG  1199
      ||||||||||||  ||||  ||  |||||||||||||||   |||| |||
seq2  TTTCTTTATGGA--GAAC--GAACAAAAAGGCTATGGTC---AAGCCTGG  1174

seq1  CTGTGTGCTT  1209
      | ||||||||
seq2  CCGTGTGCTT  1184

seq1: chr18_44164785_44165875
seq2: B6Ng01-127D16.g_69_1138 (reverse)

seq1  TAGTCCTGTAAACACATAAAACTTTTAACATACAGAAAAACTAAAACACT  50
      ||||||| |||||||||||| ||||  |||||||| |||||| ||||| |
seq2  TAGTCCT-TAAACACATAAACCTTT--ACATACAG-AAAACT-AAACA-T  44

seq1  GCAATACTTTTGAGCCTCAGTTGAGATATTAGGTAATTTCCTATGGTGTT  100
      || |||| |||||||||||| |||||||||| |||  || |||| ||| |
seq2  GC-ATAC-TTTGAGCCTCAG-TGAGATATTA-GTA--TTTCTAT-GTG-T  86

seq1  GAGTGGCTGACAGCTCACACAGTGGAAAGTGTTCAAAATTAATGCCGCGG  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |
seq2  GAGGGGCTGACAGCTCACACAGTGGAAAGTG-TCAAA--TAATGCCGC-G  132

seq1  TGATGGATGCTGCAATATGGACAACGTTGAGTATTCATTGCATGTTTCAC  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAT-GATGCTGCAATATGGACAACGTTGAGTA-TCATTGCATGTTTCAC  180

seq1  TGAGAATTCATTTTGACCATCAGACATTCAGAAATCTTTAATGTTGCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATTCATTTTGACCATCAGACATTCAGAAATCTTTAATGTTGCCAA  230

seq1  ATGTTTTTAAACACTCACGTTCACATACTTGATATCTATGGCCTACAAGC  300
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATG-TTTTAAACACTCACGTTCACATACTTGATATCTATGGCCTACAAGC  279

seq1  AGTCTACCAGATGTTGTCTGGATATAAGGTAGTGAAATACAAAGCAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTACCAGATGTTGTCTGGATATAAGGTAGTGAAATACAAAGCAGGTA  329

seq1  ACTGGCTTTGGTACATCCATGAAGGGGCAGATAATAGAAAGTTTTAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTTTGGTACATCCATGAAGGGGCAGATAATAGAAAGTTTTAAGTG  379

seq1  GAAATAGATATGGATCTTATAATTGGGGTGAGATTATGTAAAAGTCAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGATATGGATCTTATAATTGGGGTGAGATTATGTAAAAGTCAGGG  429

seq1  GCGTTTGAGAGAACAGAAATACATAAGGTCTATATTAAGAGAGTTGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTTGAGAGAACAGAAATACATAAGGTCTATATTAAGAGAGTTGTGGT  479

seq1  ATGAAACAAACACTTAGAAATTAGGAACTTTACCAATTTTCAGGGTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACAAACACTTAGAAATTAGGAACTTTACCAATTTTCAGGGTCAAA  529

seq1  CCAAGGATTTTGATGACAGTTCTATGTGTAGTGAGGACTACAGAAATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGATTTTGATGACAGTTCTATGTGTAGTGAGGACTACAGAAATGTT  579

seq1  TCAGTTAGGAGAGGAAACAGTAGAAATATGATTCATTTAGGAAAGTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAGGAGAGGAAACAGTAGAAATATGATTCATTTAGGAAAGTAAAA  629

seq1  GCAGCAGTAATCAATAGAAGAAAAAGGAGACTGAAAAGTCTAACATAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCAGTAATCAATAGAAGAAAAAGGAGACTGAAAAGTCTAACATAATG  679

seq1  AATGCTACTGGTGTGAGGAGATTGATAGTCAGCCATTATCCAGTGGGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTACTGGTGTGAGGAGATTGATAGTCAGCCATTATCCAGTGGGGGG  729

seq1  CAGGATGGGCAGCTAGAATAAGGAAAAAGACACAAGTGGTCAAGGTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGGCAGCTAGAATAAGGAAAAAGACACAAGTGGTCAAGGTGAAG  779

seq1  GCAGCTGATGATAGGGAGATATTAATGGGCAACAGCGATGCAACCTGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTGATGATAGGGAGATATTAATGGGCAACAGCGATGCAACCTGGAA  829

seq1  GAAAGAATTACAGTCACAGGTGATGTCAGTGTTTTGTTTCTGAAAAGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATTACAGTCACAGGTGATGTCAGTGTTTTGTTTCTGAAAAGCAA  879

seq1  ACAATATAGGAGGAAGATCATACTTGTTAAAAAATGACAGCACTTGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATAGGAGGAAGATCATACTTGTTAAAAAATGACAGCACTTGAGTC  929

seq1  CTCTTATACATGGGAGAAATTTTAACAAAAAAACTCAAGGCCCTAAGCAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATACATGGGAGAAATTTTAACAAAAAAACTCAAGGCCCTAAGCAA  979

seq1  ACATTTAGGAAATGCCAATTAGATGGTAGTTAAGGATATGTTTTTTTAAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGGAAATGCCAATTAGATGGTAGTTAAGGATATGTTTTTTTAAG  1029

seq1  CGTGATGAAAACTTTGCCAAGCACAGGACTCCACAGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGATGAAAACTTTGCCAAGCACAGGACTCCACAGAATTC  1070