BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127L23
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,127,243 - 70,275,122
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc68, Rab27b
Upstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4
Downstream gene2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127L23.bB6Ng01-127L23.g
ACCDH929781DH929782
length1,089958
definitionDH929781|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127L23, 5' end.DH929782|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127L23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,127,243 - 70,128,337)(70,274,156 - 70,275,122)
sequence
gaattccaccctctggtccctacaggaaaaggatctcattttctgagact
ctcgggcacagggctgaggtggaaaatcagactcgctatgattaacatta
gtctaggaattcagacagattcatctctctctctttaaaactcttagcaa
caatgattcagtttgctaaggctgtacataattagagagtagagatgaag
ccattttgaatcaagtcctctcagatttccaggtgcggaattttcaactt
gttggtcactggcattgcaactcctaaaaagaagaaagaattaagcccta
gaggcactgaaagagaaagccagctttcccagagaagggaggctggtcag
ttttgttcctgccttgcataactgttttctagaccttgatgagcatcgtg
tcaaagtcaagcggctttgactccgggggaaatccagccagagtggggtg
gaggaggaagtgctgggtgtacctattaacagtgatgtatcgatttacca
tgattttgcatggaatgttgcaaaatctgactggtaaagagagataccct
ggaaagacagtttcattggtgctgtcttttagctacatgtaattaacagc
tcaagatgacactgttaatgacgtcttcttttttctttctatgacttgga
aaaagtcaattaagaggaacttcctaatggaaatattgaaactagacatt
tttgttttgttttcaaaacagagtttctctgtgtagtcctggctatcctt
gaactcactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaattcacctgcc
tctgcctcccaagtgctgagataaaggcatgcaccaccacgcccagcaaa
actagacatttttttttgtttcttttgtaaacataaaagttcaaatgtta
aggatataaagtctgtcctttcattttcaaaatagagttggggagctgct
ttacgaacagatgcagctactcacagccaatcactggactgagctgggga
tccctatggaagagttagtggaagattgaaggagctgaggcaacctccag
ggagaccaacagtgtcattatgggaacgcttgcttattt
gaattcaagagtctggctggaagattgacacagccttaacacacaccttt
aatacctttggctggaatacagacacgcccttagtacctacaacaaggaa
aataaggtttgtagaaggaagtagatgttcgagtatagtcatagacccaa
gacataaggttcaatgagatgtgtgttgtgagacatggatagcattctct
caggttatatgagttatgattgatgacatgcttaaatctacccaagtgct
acagaaacgtgtgaaagaaagaaggaggcataagagatagattagtagtg
agctgagcatacatttattaggctgtgagaaagcagctaaggaaatggca
gagaatcctagggaatatgagctcaggatatgggttccaaaatggctatg
tatgtaatcaccacttttcaggggctgtagagcaacagcttacactggtt
gagtggtccgtggtgactcatgttcttggatccaatttgtgaagttagga
ggacagagttgtttcagccaaagacgttatattggttgcagtgcttcaat
ttgccacttcatgatgtaccagcagggaccattttgtactagcttcatgt
gtaaattgaaacagtgggaaaccgagggagtgcctggacaagagcctagt
ggattctgaggactcagacttgaactacgggctactcactggaatcatgc
cgtctggggagtacaagagagaggccaccctcaggcattacaacagaact
gcttgtattggggcccaggctcgcctaatgttttatagtccctcgggtgc
atttttattgtggcaagacaaattgagatcctggctgtaaagtaagaaat
gtccattttgccaaagccagtcacgtccagaaattaaacgaagaagaatg
tgttaccatgtagtcatggtgctaaagggccatggggatggggagcatgt
cttagaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70127243_70128337
seq2: B6Ng01-127L23.b_49_1137

seq1  GAATTCCACCCTCTGGTCCCTACAGGAAAAGGATCTCATTTTCTGAGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCTCTGGTCCCTACAGGAAAAGGATCTCATTTTCTGAGACT  50

seq1  CTCGGGCACAGGGCTGAGGTGGAAAATCAGACTCGCTATGATTAACATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGCACAGGGCTGAGGTGGAAAATCAGACTCGCTATGATTAACATTA  100

seq1  GTCTAGGAATTCAGACAGATTCATCTCTCTCTCTTTAAAACTCTTAGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGGAATTCAGACAGATTCATCTCTCTCTCTTTAAAACTCTTAGCAA  150

seq1  CAATGATTCAGTTTGCTAAGGCTGTACATAATTAGAGAGTAGAGATGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGATTCAGTTTGCTAAGGCTGTACATAATTAGAGAGTAGAGATGAAG  200

seq1  CCATTTTGAATCAAGTCCTCTCAGATTTCCAGGTGCGGAATTTTCAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGAATCAAGTCCTCTCAGATTTCCAGGTGCGGAATTTTCAACTT  250

seq1  GTTGGTCACTGGCATTGCAACTCCTAAAAAGAAGAAAGAATTAAGCCCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTCACTGGCATTGCAACTCCTAAAAAGAAGAAAGAATTAAGCCCTA  300

seq1  GAGGCACTGAAAGAGAAAGCCAGCTTTCCCAGAGAAGGGAGGCTGGTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACTGAAAGAGAAAGCCAGCTTTCCCAGAGAAGGGAGGCTGGTCAG  350

seq1  TTTTGTTCCTGCCTTGCATAACTGTTTTCTAGACCTTGATGAGCATCGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTCCTGCCTTGCATAACTGTTTTCTAGACCTTGATGAGCATCGTG  400

seq1  TCAAAGTCAAGCGGCTTTGACTCCGGGGGAAATCCAGCCAGAGTGGGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGTCAAGCGGCTTTGACTCCGGGGGAAATCCAGCCAGAGTGGGGTG  450

seq1  GAGGAGGAAGTGCTGGGTGTACCTATTAACAGTGATGTATCGATTTACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGAAGTGCTGGGTGTACCTATTAACAGTGATGTATCGATTTACCA  500

seq1  TGATTTTGCATGGAATGTTGCAAAATCTGACTGGTAAAGAGAGATACCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTGCATGGAATGTTGCAAAATCTGACTGGTAAAGAGAGATACCCT  550

seq1  GGAAAGACAGTTTCATTGGTGCTGTCTTTTAGCTACATGTAATTAACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGACAGTTTCATTGGTGCTGTCTTTTAGCTACATGTAATTAACAGC  600

seq1  TCAAGATGACACTGTTAATGACGTCTTCTTTTTTCTTTCTATGACTTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGACACTGTTAATGACGTCTTCTTTTTTCTTTCTATGACTTGGA  650

seq1  AAAAGTCAATTAAGAGGAACTTCCTAATGGAAATATTGAAACTAGACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCAATTAAGAGGAACTTCCTAATGGAAATATTGAAACTAGACATT  700

seq1  TTTGTTTTGTTTTCAAAACAGAGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTATCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTTCAAAACAGAGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTATCCTT  750

seq1  GAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCACCTGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCACCTGCC  800

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGCACCACCACGCCCAGCAA  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGAGA-TAAAGGCATGCACCACCACGCCCAGCAA  849

seq1  AACTAGACATTTTTTTTTGTTTCTTTTGTAAACATAAAAGTTCAAATGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGACATTTTTTTTTGTTTCTTTTGTAAACATAAAAGTTCAAATGTT  899

seq1  AAGGATATAAAGTCTGTCC-TTCATTTTCAAAATAGAGTTGGGGAGCTGC  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATATAAAGTCTGTCCTTTCATTTTCAAAATAGAGTTGGGGAGCTGC  949

seq1  TTTACGAACAGATGCAGCTACTCACAGCCAACCACTGGACTGAGGCTGGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TTTACGAACAGATGCAGCTACTCACAGCCAATCACTGGACTGA-GCTGGG  998

seq1  GATCCCTATGGAAGAGTTAGTGGAAGGATTGAAGGAGCTGAAGGGCAACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||
seq2  GATCCCTATGGAAGAGTTAGTGGAA-GATTGAAGGAGCTGA--GGCAACC  1045

seq1  CCACAGGAAGACCAACAGTGTCATTAATGTGGACGCTTGCATATTT  1095
       | |||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||
seq2  TC-CAGGGAGACCAACAGTGTCATT-ATGGGAACGCTTGCTTATTT  1089

seq1: chr18_70274156_70275122
seq2: B6Ng01-127L23.g_68_1025 (reverse)

seq1  TTTCTAGGACATTGCTCTCCCATCCCCATTGCCCCTTTAGCA-CATGACT  49
      |||||| |||| ||||| |||||||||| || |||||||||| |||||||
seq2  TTTCTAAGACA-TGCTC-CCCATCCCCA-TGGCCCTTTAGCACCATGACT  47

seq1  ACATGGTTAAACACATTCTTCTTTCGTTTAATTTCCTTGACGTGACTTGG  99
      |||||||  |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| |||
seq2  ACATGGT--AACACATTCTTC-TTCGTTTAATTT-CTGGACGTGAC-TGG  92

seq1  CTTTGGCAAAATGGACATTTCCTTACTTTACAGCCAGGATCTCAATTTTG  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTTGGCAAAATGGACATTT-CTTACTTTACAGCCAGGATCTCAA-TTTG  140

seq1  TCT--GCACAAT-AAAATGCACCCGAGGGACTATTAAAACA-TAGGCGAG  195
      |||   |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TCTTGCCACAATAAAAATGCACCCGAGGGACTA-TAAAACATTAGGCGAG  189

seq1  CCTGGGCCCCAAATAC-AGCAGTTCTGTTGTAATGCCTTGAGGGTGGGCC  244
      |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CCTGGGCCCC-AATACAAGCAGTTCTGTTGTAATGCC-TGAGGGT-GGCC  236

seq1  TCTCTCTTGTACTCCCCAGACGGCATGATTCCAGTGAGTAGCCCGTAGTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTTGTACTCCCCAGACGGCATGATTCCAGTGAGTAGCCCGTAGTT  286

seq1  CAAGTCTGAGTCCTCAGAATCCACCTAGGCTCTTGTCCAGGCACTCCCTC  344
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTGAGTCCTCAGAATCCA-CTAGGCTCTTGTCCAGGCACTCCCTC  335

seq1  GGTTTCCCACTGTTTCAATTTACACATGAAGCTAGTACAAAATGGTCCCT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCCACTGTTTCAATTTACACATGAAGCTAGTACAAAATGGTCCCT  385

seq1  GCTGGTACATCATGAAGTGGCAAATTGAAGCACTGCAACCAATATAACGT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTACATCATGAAGTGGCAAATTGAAGCACTGCAACCAATATAACGT  435

seq1  CTTTGGCTGAAACAACTCTGTCCTCCTAACTTCACAAATTGGATCCAAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGCTGAAACAACTCTGTCCTCCTAACTTCACAAATTGGATCCAAGA  485

seq1  ACATGAGTCACCACGGACCACTCAACCAGTGTAAGCTGTTGCTCTACAGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGTCACCACGGACCACTCAACCAGTGTAAGCTGTTGCTCTACAGC  535

seq1  CCCTGAAAAGTGGTGATTACATACATAGCCATTTTGGAACCCATATCCTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAAAGTGGTGATTACATACATAGCCATTTTGGAACCCATATCCTG  585

seq1  AGCTCATATTCCCTAGGATTCTCTGCCATTTCCTTAGCTGCTTTCTCACA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATATTCCCTAGGATTCTCTGCCATTTCCTTAGCTGCTTTCTCACA  635

seq1  GCCTAATAAATGTATGCTCAGCTCACTACTAATCTATCTCTTATGCCTCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATAAATGTATGCTCAGCTCACTACTAATCTATCTCTTATGCCTCC  685

seq1  TTCTTTCTTTCACACGTTTCTGTAGCACTTGGGTAGATTTAAGCATGTCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTTCACACGTTTCTGTAGCACTTGGGTAGATTTAAGCATGTCA  735

seq1  TCAATCATAACTCATATAACCTGAGAGAATGCTATCCATGTCTCACAACA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCATAACTCATATAACCTGAGAGAATGCTATCCATGTCTCACAACA  785

seq1  CACATCTCATTGAACCTTATGTCTTGGGTCTATGACTATACTCGAACATC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTCATTGAACCTTATGTCTTGGGTCTATGACTATACTCGAACATC  835

seq1  TACTTCCTTCTACAAACCTTATTTTCCTTGTTGTAGGTACTAAGGGCGTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCCTTCTACAAACCTTATTTTCCTTGTTGTAGGTACTAAGGGCGTG  885

seq1  TCTGTATTCCAGCCAAAGGTATTAAAGGTGTGTGTTAAGGCTGTGTCAAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTCCAGCCAAAGGTATTAAAGGTGTGTGTTAAGGCTGTGTCAAT  935

seq1  CTTCCAGCCAGACTCTTGAATTC  967
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGCCAGACTCTTGAATTC  958