BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131O15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 35,237,431 - 35,398,719
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041951, Ctnna1, Lrrtm2
Upstream genePpia-ps18_319.1, LOC666313, Apc, Srp19, Reep5, Pkd2l2, 2610024E20Rik, Wnt8a, Nme5, 4933408B17Rik, Brd8, Kif20a, Cdc23, Gfra3, Cdc25c, LOC100041859, 2810012G03Rik, LOC100041879, LOC100041887, Jmjd1b, Reep2, Egr1, Etf1, Hspa9, LOC100041377, EG626954
Downstream geneSil1, LOC100041423, LOC666460, LOC666462, EG383341, EG436583, Matr3, Paip2, Slc23a1, 2010001M09Rik, Gm1614, 5133400G04Rik, Dnajc18, 1110006O17Rik, 1700066B19Rik, 2610307O08Rik, LOC666505, Ube2d2, Cxxc5, LOC100042131, Psd2, LOC100042150, LOC100041531
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131O15.bB6Ng01-131O15.g
ACCDH932852DH932853
length1,111488
definitionDH932852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131O15, 5' end.DH932853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131O15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,397,603 - 35,398,719)(35,237,431 - 35,237,924)
sequence
gaattccattacagatggttgtgagccaccatgtagttgctgggtattga
acttaggacctctggaagagcagccagtgctcttaattaaccactgaacc
atctctccagcccccaattctatagttttgacattaaattccaggttttt
taaacattcatagaaatgtaccatcaaaaattacataattaaaattatat
gccacatataatcatcctgcttccttcttttaaatattcaacatcattaa
gtatatattaaaacattattatttccattttacaggtatcttacattact
ctcctactgtggggatattttgactcatctcagttatacatcattacaga
agtagcaataatgcataatgcctggtaccaaatgccaaacttatcggaat
tcattcatgataaaggtactgtatttcaattccaaggactcgtttccctt
tgtcattttaacagaggtatctctgacatataaaattccacagaaaagta
tctagtctgctacatataagtaagaacctaggactggggacacagcccct
ggtagaaagcttgaccagtatgtgcagggctcaaaattccagctgcagca
cagcatacacacaccccaacgttttcttgagatacaatttataaatcatg
tgtaaattcaataagaattactatagtgacaatgagaatgcattcaattc
aatcattttttaagaagctccaaatgtattagtaatgaggagtcagcact
ccccatcttcctcttctctccttatcccatctcctagtaaccactaagct
gttccccctactccaaaaataacacgcggcaagggtgcagagcactgccc
tcctcctgtctccagggaaagcactagtctagccgtgagccatggcgtac
acactacccactttcactctacacagacagcccacacgcactgagtgagt
ttttctaaacatgggcctaggagacaagaggtgcttctcttctacaattg
ccaatagttgtaacatgggtgctggtgaaacaaacccagtcccttttgag
tatagtcatgctcttactgctgagccacctttctaagccccatccatccc
ttataaggcat
aaggccagcctggtacagagcaaattccaagtacacaaaagcttaggtcc
agacatgggggtacacaccttaatcccagcactaaggagacagaagcagg
cggatctctatgtttgaggtcagcctggtctagagggtgaagagttccag
gacagccagggctacatagaaaaactctgtcttgaaaaatgaataaacca
agaaaatattattattgagacagagagatggcttcttagctgttaagagt
attgtggctctctcagaggaccagaattcagttcccagagcccatgctag
acagctcaaagttgtctgtaactcgagctcccgggaaatcaaagctcttt
ctgacctccttagataccttctggactgtgagcatgtacatactcagaca
caaataaaaatgaatcttattttggtggagggtgttcgagacaggatttc
tctgtatagtcctggctgtcctggaactcactttgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_35397603_35398719
seq2: B6Ng01-131O15.b_48_1158 (reverse)

seq1  ATGCTTTATAAAGGGGATGGGATGGGGC-TAGGAAGATGGCTCAGCAGTT  49
      |||| ||||||  ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||| |
seq2  ATGCCTTATAA--GGGAT-GGATGGGGCTTAGAAAGGTGGCTCAGCAG-T  46

seq1  AAGAGCATGGACTATACTCAAAAGGGGACTGGGTTTGTTTCA-CAGCACC  98
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGAGCAT-GACTATACTCAAAA-GGGACTGGGTTTGTTTCACCAGCACC  94

seq1  CATGTTAACAAACTATTGGCAATTGTAGAAGAGAAGCACCTCTTGTCTCC  148
      |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CATGTTA--CAACTATTGGCAATTGTAGAAGAGAAGCACCTCTTGTCT-C  141

seq1  CTAGG-CCATGTTTAGAAAAACTCACTCAGTGCGTGTGGGCTGTCTGTGT  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCCATGTTTAGAAAAACTCACTCAGTGCGTGTGGGCTGTCTGTGT  191

seq1  AGAGTGAAAGTGGGTAGTGTGTACGCCATGGCTCACGGCTAGACTAGTGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAAAGTGGGTAGTGTGTACGCCATGGCTCACGGCTAGACTAGTGC  241

seq1  TTTCCCTGGAGACAGGAGGAGGGCAGTGCTCTGCACCCTTGCCGCGTGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTGGAGACAGGAGGAGGGCAGTGCTCTGCACCCTTGCCGCGTGTT  291

seq1  ATTTTTGGAGTAGGGGGAACAGCTTAGTGGTTACTAGGAGATGGGATAAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGGAGTAGGGGGAACAGCTTAGTGGTTACTAGGAGATGGGATAAG  341

seq1  GAGAGAAGAGGAAGATGGGGAGTGCTGACTCCTCATTACTAATACATTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAGAGGAAGATGGGGAGTGCTGACTCCTCATTACTAATACATTTG  391

seq1  GAGCTTCTTAAAAAATGATTGAATTGAATGCATTCTCATTGTCACTATAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTTAAAAAATGATTGAATTGAATGCATTCTCATTGTCACTATAG  441

seq1  TAATTCTTATTGAATTTACACATGATTTATAAATTGTATCTCAAGAAAAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTTATTGAATTTACACATGATTTATAAATTGTATCTCAAGAAAAC  491

seq1  GTTGGGGTGTGTGTATGCTGTGCTGCAGCTGGAATTTTGAGCCCTGCACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGTGTGTGTATGCTGTGCTGCAGCTGGAATTTTGAGCCCTGCACA  541

seq1  TACTGGTCAAGCTTTCTACCAGGGGCTGTGTCCCCAGTCCTAGGTTCTTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGTCAAGCTTTCTACCAGGGGCTGTGTCCCCAGTCCTAGGTTCTTA  591

seq1  CTTATATGTAGCAGACTAGATACTTTTCTGTGGAATTTTATATGTCAGAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATGTAGCAGACTAGATACTTTTCTGTGGAATTTTATATGTCAGAG  641

seq1  ATACCTCTGTTAAAATGACAAAGGGAAACGAGTCCTTGGAATTGAAATAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCTGTTAAAATGACAAAGGGAAACGAGTCCTTGGAATTGAAATAC  691

seq1  AGTACCTTTATCATGAATGAATTCCGATAAGTTTGGCATTTGGTACCAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTTTATCATGAATGAATTCCGATAAGTTTGGCATTTGGTACCAGG  741

seq1  CATTATGCATTATTGCTACTTCTGTAATGATGTATAACTGAGATGAGTCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATGCATTATTGCTACTTCTGTAATGATGTATAACTGAGATGAGTCA  791

seq1  AAATATCCCCACAGTAGGAGAGTAATGTAAGATACCTGTAAAATGGAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCCCCACAGTAGGAGAGTAATGTAAGATACCTGTAAAATGGAAAT  841

seq1  AATAATGTTTTAATATATACTTAATGATGTTGAATATTTAAAAGAAGGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGTTTTAATATATACTTAATGATGTTGAATATTTAAAAGAAGGAA  891

seq1  GCAGGATGATTATATGTGGCATATAATTTTAATTATGTAATTTTTGATGG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATGATTATATGTGGCATATAATTTTAATTATGTAATTTTTGATGG  941

seq1  TACATTTCTATGAATGTTTAAAAAACCTGGAATTTAATGTCAAAACTATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTCTATGAATGTTTAAAAAACCTGGAATTTAATGTCAAAACTATA  991

seq1  GAATTGGGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAATTAAGAGCACTGGCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGGGGCTGGAGAGATGGTTCAGTGGTTAATTAAGAGCACTGGCTG  1041

seq1  CTCTTCCAGAGGTCCTAAGTTCAATACCCAGCAACTACATGGTGGCTCAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCAGAGGTCCTAAGTTCAATACCCAGCAACTACATGGTGGCTCAC  1091

seq1  AACCATCTGTAATGGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTGTAATGGAATTC  1111

seq1: chr18_35237431_35237924
seq2: B6Ng01-131O15.g_68_561

seq1  GAATTCAAGGCCAGCCTGGTACAGAGCAAATTCCAAGTACACAAAAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCCTGGTACAGAGCAAATTCCAAGTACACAAAAGCTT  50

seq1  AGGTCCAGACATGGGGGTACACACCTTAATCCCAGCACTAAGGAGACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCAGACATGGGGGTACACACCTTAATCCCAGCACTAAGGAGACAGA  100

seq1  AGCAGGCGGATCTCTATGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTAGAGGGTGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCGGATCTCTATGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTAGAGGGTGAAGAG  150

seq1  TTCCAGGACAGCCAGGGCTACATAGAAAAACTCTGTCTTGAAAAATGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGACAGCCAGGGCTACATAGAAAAACTCTGTCTTGAAAAATGAAT  200

seq1  AAACCAAGAAAATATTATTATTGAGACAGAGAGATGGCTTCTTAGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGAAAATATTATTATTGAGACAGAGAGATGGCTTCTTAGCTGTT  250

seq1  AAGAGTATTGTGGCTCTCTCAGAGGACCAGAATTCAGTTCCCAGAGCCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTATTGTGGCTCTCTCAGAGGACCAGAATTCAGTTCCCAGAGCCCA  300

seq1  TGCTAGACAGCTCAAAGTTGTCTGTAACTCGAGCTCCCGGGAAATCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGACAGCTCAAAGTTGTCTGTAACTCGAGCTCCCGGGAAATCAAAG  350

seq1  CTCTTTCTGACCTCCTTAGATACCTTCTGGACTGTGAGCATGTACATACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCTGACCTCCTTAGATACCTTCTGGACTGTGAGCATGTACATACT  400

seq1  CAGACACAAATAAAAATGAATCTTATTTTGGTGGAGGGTGTTCGAGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACACAAATAAAAATGAATCTTATTTTGGTGGAGGGTGTTCGAGACAG  450

seq1  GATTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTCTGTATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAG  494