BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132F03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 76,797,176 - 76,942,436
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG639576
Upstream geneGm672, Zbtb7c, 4833419G08Rik, LOC668184, Smad2, LOC668188
Downstream geneEG664805, LOC620139, Ier3ip1, Hdhd2, Katnal2, Pias2, EG639653, St8sia5, Loxhd1, Rnf165, 8030462N17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132F03.bB6Ng01-132F03.g
ACCDH933152DH933153
length1,039942
definitionDH933152|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132F03, 5' end.DH933153|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132F03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,941,409 - 76,942,436)(76,797,176 - 76,798,121)
sequence
gaattctccctcactcaggacttctgaagatgaagagaggttgctcacag
tgggaaggccatctccttcacccagagtccactgattatgttaatttcat
gctggggcaatgagcattgctcactgctgcccacttagtgtgctgaccaa
aaagagcagacttccacttagggcagtgtggttgatggtcagctaacacc
tttcttcctaactgagaaacttcaggtctgctccgagtcacttacaccat
ttctctacatgaggtctcccctagggaagctgtgtttctagagtcctttg
ttaatatgaccctctgtagccatggatcacaggctgaatcctccagcctg
gtgaagcagctcccacactgagctcatctgtgtgggaggaaggatgttta
tggccctttaaatagctcatcaggaattataccctagataaagtgtcaag
acagcagctaacatttcaaggtgatgttgcctggagagacctgtcaacac
atcacatccttgctgtcactcccattttccagatgaggaaactgaaacca
aaatgggggaaagggcacaccaaccgctggctccagcactggggtggaca
gaagtggggcaaccatgggctatggcactgacatctgtgtcgctgctggg
gaggcagcacccagaggacatggtattgagatctggtataagacgaactc
cttcaggctgggaaaccttttccccacaagactttatcgtaggatgatgg
acaagtatggctgaaaatgcatttttaagatagaagactcctagacatga
atcatgggactataagataatgaagagacttaacatttggtcggtgacat
ccctgctgtaagcatgtttagggggcatctcactttgttctagtcactgt
gtggtaagtgctgtatttcactttgcaaacttggaagacaggcagagaga
atcaaagcctgcccaccaactcaaagcatcatagcagctttgatgtctgg
gcagcgcacttcggggttgatgtgttgggtgcatgtgtg
gaattcagctggcaactgaagtcaccttttgaattgggcagtgcagatcg
tttaagtaatcaaaataatttattagaaattacagttgtcattaaggaag
gtaagtaggaagtgctgaaaaaaaaataaagagaatgaacttatgttgca
gtggcatctcaccagccacacaggagtcactgaatacctgtgagagtccc
acacatccccaccatgagcacagccctatggcctcatcaataccttcttt
tgggcagaatagtattggcggtcacttactcctttgctctaggctaatgt
acccctcccctgtacaaagaaaggccttccttaataaagacctccatgaa
tgaatgccctgtgttctctgtggctaaggagtaaggaactggcttatcat
taccagccactcaccaggagcctgagttgtgtggggttgcatgggtaaga
ataaaccttcacggatactgagtgcagggcttcagtcaccactgtggctc
tccatttcctggctgggtctggagagtctgtcaccagggtctttgtatac
cagcggatgctcatgttcccctgccacagaaggcatgcccctgtctcctg
agagggaaagacttctgccgcacacacagctattaaatcctgggggactc
accccgattgcccagatttggttcagaagattctccaccccctgatctcg
aaactttagggtctgtagtaaggtagatcagcttactcgccatccatgct
gtggggttagcaggaagcgtctctcattagggagaatagaacaggcagaa
ctagggtcgcggtattcaggagtcattccaatttgagagtttggcaaggg
tctgtttgatattgtggctgtgctgagcccgtcagtttatctcaaggagt
gaatgccccccgtagcctgcgaggattgcccactccaattca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_76941409_76942436
seq2: B6Ng01-132F03.b_44_1082 (reverse)

seq1  CACACATGCACACA------------CGAAGTGCGACTGCACAGACATCA  38
      ||||||||||| ||            ||||||||| |||| |||||||||
seq2  CACACATGCACCCAACACATCAACCCCGAAGTGCG-CTGCCCAGACATCA  49

seq1  AAGCTGCTTTGATGCCTTGAGTTGGTGGGCAGGCTTTGATTCTCTCTGCC  88
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCTATGATGCTTTGAGTTGGTGGGCAGGCTTTGATTCTCTCTGCC  99

seq1  TGTC-TCCAGGTCTGCAAAGTGAAATAACAGCACTTACCACACAGTGACT  137
      |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCCAAGTTTGCAAAGTGAAAT-ACAGCACTTACCACACAGTGACT  148

seq1  AGAACAAAGTGAGATGCCCCCTAAACATGCTTACAGCAGGGATGTCACCG  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAGTGAGATGCCCCCTAAACATGCTTACAGCAGGGATGTCACCG  198

seq1  ACCAAATGTTAAGTCTCTTCATTATCTTATAGTCCCCTGATTCATGTCTA  237
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCAAATGTTAAGTCTCTTCATTATCTTATAGTCCCATGATTCATGTCTA  248

seq1  GGAGTCTTCTATCTTAAAAATGCATTTTCAGCCATACTTGTCCATCATCC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTTCTATCTTAAAAATGCATTTTCAGCCATACTTGTCCATCATCC  298

seq1  TACGATAAAGTCTTGTGGGGAAAAGGTTTCCCAGCCTGAAGGAGTTCGTC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGATAAAGTCTTGTGGGGAAAAGGTTTCCCAGCCTGAAGGAGTTCGTC  348

seq1  TTATACCAGATCTCAATACCATGTCCTCTGGGTGCTGCCTCCCCAGCAGC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCAGATCTCAATACCATGTCCTCTGGGTGCTGCCTCCCCAGCAGC  398

seq1  GACACAGATGTCAGTGCCATAGCCCATGGTTGCCCCACTTCTGTCCACCC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAGATGTCAGTGCCATAGCCCATGGTTGCCCCACTTCTGTCCACCC  448

seq1  CAGTGCTGGAGCCAGCGGTTGGTGTGCCCTTTCCCCCATTTTGGTTTCAG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTGGAGCCAGCGGTTGGTGTGCCCTTTCCCCCATTTTGGTTTCAG  498

seq1  TTTCCTCATCTGGAAAATGGGAGTGACAGCAAGGATGTGATGTGTTGACA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCATCTGGAAAATGGGAGTGACAGCAAGGATGTGATGTGTTGACA  548

seq1  GGTCTCTCCAGGCAACATCACCTTGAAATGTTAGCTGCTGTCTTGACACT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTCCAGGCAACATCACCTTGAAATGTTAGCTGCTGTCTTGACACT  598

seq1  TTATCTAGGGTATAATTCCTGATGAGCTATTTAAAGGGCCATAAACATCC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAGGGTATAATTCCTGATGAGCTATTTAAAGGGCCATAAACATCC  648

seq1  TTCCTCCCACACAGATGAGCTCAGTGTGGGAGCTGCTTCACCAGGCTGGA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCACACAGATGAGCTCAGTGTGGGAGCTGCTTCACCAGGCTGGA  698

seq1  GGATTCAGCCTGTGATCCATGGCTACAGAGGGTCATATTAACAAAGGACT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAGCCTGTGATCCATGGCTACAGAGGGTCATATTAACAAAGGACT  748

seq1  CTAGAAACACAGCTTCCCTAGGGGAGACCTCATGTAGAGAAATGGTGTAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAACACAGCTTCCCTAGGGGAGACCTCATGTAGAGAAATGGTGTAA  798

seq1  GTGACTCGGAGCAGACCTGAAGTTTCTCAGTTAGGAAGAAAGGTGTTAGC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTCGGAGCAGACCTGAAGTTTCTCAGTTAGGAAGAAAGGTGTTAGC  848

seq1  TGACCATCAACCACACTGCCCTAAGTGGAAGTCTGCTCTTTTTGGTCAGC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATCAACCACACTGCCCTAAGTGGAAGTCTGCTCTTTTTGGTCAGC  898

seq1  ACACTAAGTGGGCAGCAGTGAGCAATGCTCATTGCCCCAGCATGAAATTA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAGTGGGCAGCAGTGAGCAATGCTCATTGCCCCAGCATGAAATTA  948

seq1  ACATAATCAGTGGACTCTGGGTGAAGGAGATGGCCTTCCCACTGTGAGCA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATCAGTGGACTCTGGGTGAAGGAGATGGCCTTCCCACTGTGAGCA  998

seq1  ACCTCTCTTCATCTTCAGAAGTCCTGAGTGAGGGAGAATTC  1028
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTCTTCATCTTCAGAAGTCCTGAGTGAGGGAGAATTC  1039

seq1: chr18_76797176_76798121
seq2: B6Ng01-132F03.g_70_1011

seq1  GAATTCAGCTGGCAACTGAAGTCACCTTTTGAATTGGGCAGTGCAGATCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTGGCAACTGAAGTCACCTTTTGAATTGGGCAGTGCAGATCG  50

seq1  TTTAAGTAATCAAAATAATTTATTAGAAATTACAGTTGTCATTAAGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTAATCAAAATAATTTATTAGAAATTACAGTTGTCATTAAGGAAG  100

seq1  GTAAGTAGGAAGTGCTGAAAAAAAAATAAAGAGAATGAACTTATGTTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTAGGAAGTGCTGAAAAAAAAATAAAGAGAATGAACTTATGTTGCA  150

seq1  GTGGCATCTCACCAGCCACACAGGAGTCACTGAATACCTGTGAGAGTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATCTCACCAGCCACACAGGAGTCACTGAATACCTGTGAGAGTCCC  200

seq1  ACACATCCCCACCATGAGCACAGCCCTATGGCCTCATCAATACCTTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCCCCACCATGAGCACAGCCCTATGGCCTCATCAATACCTTCTTT  250

seq1  TGGGCAGAATAGTATTGGCGGTCACTTACTCCTTTGCTCTAGGCTAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGAATAGTATTGGCGGTCACTTACTCCTTTGCTCTAGGCTAATGT  300

seq1  ACCCCTCCCCTGTACAAAGAAAGGCCTTCCTTAATAAAGACCTCCATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCCCCTGTACAAAGAAAGGCCTTCCTTAATAAAGACCTCCATGAA  350

seq1  TGAATGCCCTGTGTTCTCTGTGGCTAAGGAGTAAGGAACTGGCTTATCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCCTGTGTTCTCTGTGGCTAAGGAGTAAGGAACTGGCTTATCAT  400

seq1  TACCAGCCACTCACCAGGAGCCTGAGTTGTGTGGGGTTGCATGGGTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCCACTCACCAGGAGCCTGAGTTGTGTGGGGTTGCATGGGTAAGA  450

seq1  ATAAACCTTCACGGATACTGAGTGCAGGGCTTCAGTCACCACTGTGGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCTTCACGGATACTGAGTGCAGGGCTTCAGTCACCACTGTGGCTC  500

seq1  TCCATTTCCTGGCTGGGTCTGGAGAGTCTGTCACCAGGGTCTTTGTATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCCTGGCTGGGTCTGGAGAGTCTGTCACCAGGGTCTTTGTATAC  550

seq1  CAGCGGATGCTCATGTTCCCCTGCCACAGAAGGCATGCCCCTGTCTCCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGGATGCTCATGTTCCCCTGCCACAGAAGGCATGCCCCTGTCTCCTG  600

seq1  AGAGGGAAAGACTTCTGCCGCACACACAGCTATTAAATCCTGGGGGACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAAAGACTTCTGCCGCACACACAGCTATTAAATCCTGGGGGACTC  650

seq1  ACCCCGATTGCCCAGATTTGGTTCAGAAGATTCTCCACCCCCTGATCTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCGATTGCCCAGATTTGGTTCAGAAGATTCTCCACCCCCTGATCTCG  700

seq1  AAACTTTAGGGTCTGTAGTAAGGTAGATCAGCTTACTCGCCATCCATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTAGGGTCTGTAGTAAGGTAGATCAGCTTACTCGCCATCCATGCT  750

seq1  GTGGGGTTAGCAGGAAGCGTCTCTCATTAGGGAGAATAAGAACAGGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGGGTTAGCAGGAAGCGTCTCTCATTAGGGAGAAT-AGAACAGGCAGA  799

seq1  ACTAGGGTCGCGGTATTCAGGAGTCAATTCCAATTTGAGAGTTTGGCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGTCGCGGTATTCAGGAGTC-ATTCCAATTTGAGAGTTTGGCAAG  848

seq1  GGTCTGTTGATTATTTGTGGCTGTGCTGAGCCCGTCAGTTTAATCTCAAA  900
      ||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GGTCTGTTTGATA-TTGTGGCTGTGCTGAGCCCGTCAGTTT-ATCTC-AA  895

seq1  GGAGTGAATGCCCACCGTAG-CTGCCAGGAATGCCCACTCCAATCCA  946
      ||||||||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||| ||
seq2  GGAGTGAATGCCCCCCGTAGCCTGCGAGGATTGCCCACTCCAATTCA  942