BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132F24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 51,244,790 - 51,356,706
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrr16
Upstream geneTnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93, Hdhd1a, LOC100042373, LOC100042385
Downstream geneEG240289
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132F24.bB6Ng01-132F24.g
ACCDH933192DH933193
length1,0791,038
definitionDH933192|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132F24, 5' end.DH933193|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132F24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,244,790 - 51,245,874)(51,355,663 - 51,356,706)
sequence
gaattccaggtagggatgccccagaaccagcctaaacagtctcataccta
tcagccactccggtcactattctgctccaggacagcaatgtgtagtataa
cctggactccaggaaggaatttaaagacccagtttacccatgtatcacca
gccctactcacaagataagcctgtgacttcatatggttctttgaccatta
tcccagatagagaagccagcatgcatccaccacatatcctcaacatgagg
atagtgtggcatcctgtcccctacccacacagattactgttcgttgcctg
ttcttgtcacccaagagctatctgtagaatctatcaatccctttatagac
ttttgaaaatcaacagcatgtagatttttttttttggcatgagctttgaa
gttgcaccgaccccctaagttagctgataatgatttacaatgcatccact
tgcacatcaaaaatcagtggtcctaaggccgagcatctagcaacatttag
ctcaccatcaacctaaaaagttcaggtaacagtaaacaaagatccattgt
aaaatattttcaataaattaacttatgcagttgtatttaggaatgactat
ggcaaaataagaatctatttagatataaactctaaggaaaagaaaggatg
taagatccattcatcatcccaaagacttttcagaagatgtgctatgtcca
aataagttgaattaactgaaggaatgatttagaacgcaagtaaaagataa
ttcaatatcttaaaaaatccactatgtagttaagctatttaaagttataa
ttgcaaatataaaaggagttcagaggaatctgtatgggtggaaatgctgc
tgctaaatctacagattatgagacgaaatcaagtaccaagattgggatac
tatcttatgagtctttaatcagtagggtcccaagagtcccttaaataata
aagtctcctattgttcttgggtgctaaccggactaaatgaaaaaatcaac
cgttgaaatcaaccactattattcctagtataagttgaaactaattatat
tctctgctgaatacatctgtactggctag
gaattccttctcattggaacctaaaaatatgtagaaattatttcaaactt
tgggatgaggtgctgcccagtgcattataatttctgttgaaaattataaa
agcacctttataatcacaaccataagtaaatattcttaagttttcttaat
ttgcaattttctactctctctctctctctctctctctctctctctatgta
tatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
ccagaatttaggaaacattgatttaaaaaaaaaaaactaatcttttaaca
agggagtgatggactgcagtgttctctgtttaaaagctgtattagacaga
ccatgacctaaaacaagcatggtgataggctatcaaggtcttagtacaaa
gagaaaaacttatacatgtatagttacttctttgcagactggtacagagc
ttgttagaatacaccagtccacagtatttattacatgtcctgtggacagc
ctaaaaatcctctgtctcactgctgtacatacaccagatcctccctggca
aagcattaaacgtgattttggaaactggattccaagattaaatgtacttt
tagtctctcttgcttgagaatcatgtgttaatatagcttgtatttatctt
atggacttaaccaaactaataacaggaagccaaaagaacaggacaaaaca
gatcagctgtgcaggttcaactaaaatagggcatttgcataactcccggt
gtatgatttgctggacagttacttgtatgcctcctcattcaatcaaaagt
tgcccattcagtgtgcctgttttattgataatgagtacacaaatgattac
atcaatgagaatgttatttcaaacgtgatttttttaatatggagatttaa
aacatactaccagaatgtggaaggaaaaaaaaaaaaaccacaatgtttgt
gtttatgtctgagtaaatgacttggttcactttgaaagatagagatatcc
agtttctataggtggattcagctgtggtctgggtttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_51244790_51245874
seq2: B6Ng01-132F24.b_47_1125

seq1  GAATTCCAGGTAGGGATGCCCCAGAACCAGCCTAAACAGTCTCATACCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTAGGGATGCCCCAGAACCAGCCTAAACAGTCTCATACCTA  50

seq1  TCAGCCACTCCGGTCACTATTCTGCTCCAGGACAGCAATGTGTAGTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCACTCCGGTCACTATTCTGCTCCAGGACAGCAATGTGTAGTATAA  100

seq1  CCTGGACTCCAGGAAGGAATTTAAAGACCCAGTTTACCCATGTATCACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACTCCAGGAAGGAATTTAAAGACCCAGTTTACCCATGTATCACCA  150

seq1  GCCCTACTCACAAGATAAGCCTGTGACTTCATATGGTTCTTTGACCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTACTCACAAGATAAGCCTGTGACTTCATATGGTTCTTTGACCATTA  200

seq1  TCCCAGATAGAGAAGCCAGCATGCATCCACCACATATCCTCAACATGAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATAGAGAAGCCAGCATGCATCCACCACATATCCTCAACATGAGG  250

seq1  ATAGTGTGGCATCCTGTCCCCTACCCACACAGATTACTGTTCGTTGCCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGTGGCATCCTGTCCCCTACCCACACAGATTACTGTTCGTTGCCTG  300

seq1  TTCTTGTCACCCAAGAGCTATCTGTAGAATCTATCAATCCCTTTATAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCACCCAAGAGCTATCTGTAGAATCTATCAATCCCTTTATAGAC  350

seq1  TTTTGAAAATCAACAGCATGTAGATTTTTTTTTTTGGCATGAGCTTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAAATCAACAGCATGTAGATTTTTTTTTTTGGCATGAGCTTTGAA  400

seq1  GTTGCACCGACCCCCTAAGTTAGCTGATAATGATTTACAATGCATCCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCACCGACCCCCTAAGTTAGCTGATAATGATTTACAATGCATCCACT  450

seq1  TGCACATCAAAAATCAGTGGTCCTAAGGCCGAGCATCTAGCAACATTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATCAAAAATCAGTGGTCCTAAGGCCGAGCATCTAGCAACATTTAG  500

seq1  CTCACCATCAACCTAAAAAGTTCAGGTAACAGTAAACAAAGATCCATTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCATCAACCTAAAAAGTTCAGGTAACAGTAAACAAAGATCCATTGT  550

seq1  AAAATATTTTCAATAAATTAACTTATGCAGTTGTATTTAGGAATGACTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTTTCAATAAATTAACTTATGCAGTTGTATTTAGGAATGACTAT  600

seq1  GGCAAAATAAGAATCTATTTAGATATAAACTCTAAGGAAAAGAAAGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAATAAGAATCTATTTAGATATAAACTCTAAGGAAAAGAAAGGATG  650

seq1  TAAGATCCATTCATCATCCCAAAGACTTTTCAGAAGATGTGCTATGTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATCCATTCATCATCCCAAAGACTTTTCAGAAGATGTGCTATGTCCA  700

seq1  AATAAGTTGAATTAACTGAAGGAATGATTTAGAACGCAAGTAAAAGATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTTGAATTAACTGAAGGAATGATTTAGAACGCAAGTAAAAGATAA  750

seq1  TTCAATATCTTAAAAAATCCACTATGTAGTTAAGCTATTTAAAGTTATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATATCTTAAAAAATCCACTATGTAGTTAAGCTATTTAAAGTTATAA  800

seq1  TTGCAAATATAAAAGGAGTTCAGAGGAATCTGTATGGGTGGATAATGCTG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGCAAATATAAAAGGAGTTCAGAGGAATCTGTATGGGTGGA-AATGCTG  849

seq1  CTGCTAAAATCTACAGATTATGAGACGAAATTCAAGTACCAAGATTGGGA  900
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTGCT-AAATCTACAGATTATGAGACGAAA-TCAAGTACCAAGATTGGGA  897

seq1  TACTATCTTATGAGTCTTTAATCAGTAGGGTCCCAAGAGTCCCTTAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATCTTATGAGTCTTTAATCAGTAGGGTCCCAAGAGTCCCTTAAATA  947

seq1  ATAAAGGTCT-CTATTGTTCTTGGGTGCTAACCGGAACTAAATGAAAAAA  999
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  ATAAA-GTCTCCTATTGTTCTTGGGTGCTAACCGG-ACTAAATG-AAAAA  994

seq1  ATCAACCGTTGAAATCAA-CACATATATTCCTAGTATAAGTTGAAACTAA  1048
      |||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACCGTTGAAATCAACCACTATTATTCCTAGTATAAGTTGAAACTAA  1044

seq1  TTTATATTCTCTGCTGAATACCATCTGTACTGGCTAG  1085
       ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -TTATATTCTCTGCTGAATA-CATCTGTACTGGCTAG  1079

seq1: chr18_51355663_51356706
seq2: B6Ng01-132F24.g_68_1105 (reverse)

seq1  TCAAACCCAGACCAACAGCTGAATCCACTTATAGAACCTGGATATCTCTT  50
      ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |
seq2  TCAAACCCAGACC-ACAGCTGAATCCACCTATAGAAACTGGATATCTC-T  48

seq1  ATCTTTCAAAGTGAAACAAAGTCATTTACTCAGACATAAACACAACCATT  100
      ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCTTTCAAAGTG-AACCAAGTCATTTACTCAGACATAAACACAAACATT  97

seq1  GTGGTTTTTTTTTTTTTTCCTTCCACATTCTGGTTAGTATTGTTTTAATT  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |
seq2  GTGG-TTTTTTTTTTTTTCCTTCCACATTCTGG-TAGTA-TGTTTTAAAT  144

seq1  CTCCATATTAAAAAAATCACGTTTGAAATAACATTCTCATTGATGTAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATATTAAAAAAATCACGTTTGAAATAACATTCTCATTGATGTAATC  194

seq1  ATTTGTGTACTCATTATCAATAAAACAGGCACACTGAATGGGCAACTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGTACTCATTATCAATAAAACAGGCACACTGAATGGGCAACTTTT  244

seq1  GATTGAATGAGGAGGCATACAAGTAACTGTCCAGCAAATCATACACCGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAATGAGGAGGCATACAAGTAACTGTCCAGCAAATCATACACCGGG  294

seq1  AGTTATGCAAATGCCCTATTTTAGTTGAACCTGCACAGCTGATCTGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGCAAATGCCCTATTTTAGTTGAACCTGCACAGCTGATCTGTTTT  344

seq1  GTCCTGTTCTTTTGGCTTCCTGTTATTAGTTTGGTTAAGTCCATAAGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTTCTTTTGGCTTCCTGTTATTAGTTTGGTTAAGTCCATAAGATA  394

seq1  AATACAAGCTATATTAACACATGATTCTCAAGCAAGAGAGACTAAAAGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAGCTATATTAACACATGATTCTCAAGCAAGAGAGACTAAAAGTA  444

seq1  CATTTAATCTTGGAATCCAGTTTCCAAAATCACGTTTAATGCTTTGCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATCTTGGAATCCAGTTTCCAAAATCACGTTTAATGCTTTGCCAG  494

seq1  GGAGGATCTGGTGTATGTACAGCAGTGAGACAGAGGATTTTTAGGCTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATCTGGTGTATGTACAGCAGTGAGACAGAGGATTTTTAGGCTGTC  544

seq1  CACAGGACATGTAATAAATACTGTGGACTGGTGTATTCTAACAAGCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACATGTAATAAATACTGTGGACTGGTGTATTCTAACAAGCTCTG  594

seq1  TACCAGTCTGCAAAGAAGTAACTATACATGTATAAGTTTTTCTCTTTGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTCTGCAAAGAAGTAACTATACATGTATAAGTTTTTCTCTTTGTA  644

seq1  CTAAGACCTTGATAGCCTATCACCATGCTTGTTTTAGGTCATGGTCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACCTTGATAGCCTATCACCATGCTTGTTTTAGGTCATGGTCTGTC  694

seq1  TAATACAGCTTTTAAACAGAGAACACTGCAGTCCATCACTCCCTTGTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACAGCTTTTAAACAGAGAACACTGCAGTCCATCACTCCCTTGTTAA  744

seq1  AAGATTAGTTTTTTTTTTTTAAATCAATGTTTCCTAAATTCTGGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAGTTTTTTTTTTTTAAATCAATGTTTCCTAAATTCTGGTGTGTG  794

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATACATA  844

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAGAAAATTGCAAATTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTAGAAAATTGCAAATTAAG  894

seq1  AAAACTTAAGAATATTTACTTATGGTTGTGATTATAAAGGTGCTTTTATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTAAGAATATTTACTTATGGTTGTGATTATAAAGGTGCTTTTATA  944

seq1  ATTTTCAACAGAAATTATAATGCACTGGGCAGCACCTCATCCCAAAGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAACAGAAATTATAATGCACTGGGCAGCACCTCATCCCAAAGTTT  994

seq1  GAAATAATTTCTACATATTTTTAGGTTCCAATGAGAAGGAATTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATTTCTACATATTTTTAGGTTCCAATGAGAAGGAATTC  1038