BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140M24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 48,744,734 - 48,881,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545470
Upstream geneA730092B10, LOC383325, LOC100042982, LOC100042284, LOC100042301, EG433182, LOC383326, LOC100042323
Downstream geneDtwd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140M24.bB6Ng01-140M24.g
ACCDH939439DH939440
length1,089776
definitionDH939439|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M24, 5' end.DH939440|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140M24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,744,734 - 48,745,826)(48,880,977 - 48,881,751)
sequence
gaattccccagcctaaaaggtgatgaggtctgcctttaaatttttcatag
agaacagtattgccatttgatattctgagctcttacatgagatgctgttc
atacaatatgctataactatttgcctaacagtttcctttacttcgttggg
gatttccattcatttcccccttcattttgaagaacttgtttgctttggga
gtttcatcttccttcttgctccaaatacatggcacacattttattcattt
ccatgagtgttaccccacttttgataccaatttatatcttagcttgtgac
ttttcctgtataaccagttgccctaacatctagaaattgaatttgtttac
atttattcttttaaacatgaaagatatggggtagttcttttttatgcttt
ctcttttgaagtagcttataaaccatagatttttgggaatttttccacat
aatttaccacttggagatggatattttggtttatatgtgtgatgctttca
gagttccttgtagcacaaggtcaagtgatagcatcttttatatgttatta
agagtactgtgcacacaacttatctaataagtataagattctgttttcaa
tcctcagcactactaaatgaaataaataaacttttaaaaatgcctgcaac
atatttgttatagtcacataacaaattaagttcacatggctgaagagaga
tgcaaaagagaagcagactccttttccaataattgtccttacttaggttt
aacacccaagatatgtatattcttcctttattagaatctacatgcataaa
atcgttttaatatgtaataaaatttgtattttattaaagatgcagttata
taagcaaagaataataatataagtgcatacatatatgtaaagaatatggt
ccagtgaccagtcaactctggagagcatgcaggccttagaagcacagggt
ctcttctgggccttatcctcagccaggagaatgaagatggagctccagac
tctgtgcactttccctgcaagaggagagcttgcatgcaagagtgctctga
ccactgggactcaaaggaatttggactcagaagtgctga
gaattctttcattaatactaattaatgaatttaagataaaattcaattta
aaattgatgaaattaatatattcaatagaaggcacagcactagtgtcttc
gagaaacacagcaccctttagcaagatgaaggactcagcaggaaactcat
ctcattttcccttttcttgtgagtgagaactacatttttacaacatccaa
gataacttgaagcaaaggaatttctttataacggcaatacaattgttctg
tttcttatggagtatgaaaccataagagtagtgattttattaattttttg
aaaagctagactatgcatccccaaagtttaccttgctactttacatactg
gttttctttggcttcctttgctctgctttttctcaatacattctttagtc
cattgttgagttaagcaactttgggccatgattattgtgaattgatatca
tacacttttaacattttgttcttgattggtaagaattttttaaagcggaa
ggaatttagctaatggagtgcttggtaatatgtattatttagaaaaacat
acggttaagtgatatttgagatggaggtaagctaaaataaagagcacaat
gtcagagtgaaatagcttatgattctcctctcaccatctgttcattacaa
tcagcgcattggccatcaggaccagaggaggcaaatctgtaagcttctca
tatagagtgtttttaaactatcatcatcattaaggaaaaaaaatcattta
attatctatttgggctgagtagttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_48744734_48745826
seq2: B6Ng01-140M24.b_50_1138

seq1  GAATTCCCCAGCCTAAAAGGTGATGAGGTCTGCCTTTAAATTTTTCATAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAGCCTAAAAGGTGATGAGGTCTGCCTTTAAATTTTTCATAG  50

seq1  AGAACAGTATTGCCATTTGATATTCTGAGCTCTTACATGAGATGCTGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTATTGCCATTTGATATTCTGAGCTCTTACATGAGATGCTGTTC  100

seq1  ATACAATATGCTATAACTATTTGCCTAACAGTTTCCTTTACTTCGTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATATGCTATAACTATTTGCCTAACAGTTTCCTTTACTTCGTTGGG  150

seq1  GATTTCCATTCATTTCCCCCTTCATTTTGAAGAACTTGTTTGCTTTGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCATTCATTTCCCCCTTCATTTTGAAGAACTTGTTTGCTTTGGGA  200

seq1  GTTTCATCTTCCTTCTTGCTCCAAATACATGGCACACATTTTATTCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCATCTTCCTTCTTGCTCCAAATACATGGCACACATTTTATTCATTT  250

seq1  CCATGAGTGTTACCCCACTTTTGATACCAATTTATATCTTAGCTTGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGTGTTACCCCACTTTTGATACCAATTTATATCTTAGCTTGTGAC  300

seq1  TTTTCCTGTATAACCAGTTGCCCTAACATCTAGAAATTGAATTTGTTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTGTATAACCAGTTGCCCTAACATCTAGAAATTGAATTTGTTTAC  350

seq1  ATTTATTCTTTTAAACATGAAAGATATGGGGTAGTTCTTTTTTATGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCTTTTAAACATGAAAGATATGGGGTAGTTCTTTTTTATGCTTT  400

seq1  CTCTTTTGAAGTAGCTTATAAACCATAGATTTTTGGGAATTTTTCCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTGAAGTAGCTTATAAACCATAGATTTTTGGGAATTTTTCCACAT  450

seq1  AATTTACCACTTGGAGATGGATATTTTGGTTTATATGTGTGATGCTTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTACCACTTGGAGATGGATATTTTGGTTTATATGTGTGATGCTTTCA  500

seq1  GAGTTCCTTGTAGCACAAGGTCAAGTGATAGCATCTTTTATATGTTATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCTTGTAGCACAAGGTCAAGTGATAGCATCTTTTATATGTTATTA  550

seq1  AGAGTACTGTGCACACAACTTATCTAATAAGTATAAGATTCTGTTTTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTACTGTGCACACAACTTATCTAATAAGTATAAGATTCTGTTTTCAA  600

seq1  TCCTCAGCACTACTAAATGAAATAAATAAACTTTTAAAAATGCCTGCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGCACTACTAAATGAAATAAATAAACTTTTAAAAATGCCTGCAAC  650

seq1  ATATTTGTTATAGTCACATAACAAATTAAGTTCACATGGCTGAAGAGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGTTATAGTCACATAACAAATTAAGTTCACATGGCTGAAGAGAGA  700

seq1  TGCAAAAGAGAAGCAGACTCCTTTTCCAATAATTGTCCTTACTTAGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAAGAGAAGCAGACTCCTTTTCCAATAATTGTCCTTACTTAGGTTT  750

seq1  AACACCCAAGATATGTATATTCTTCCTTTATTAGAATCTACATGCATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCCAAGATATGTATATTCTTCCTTTATTAGAATCTACATGCATAAA  800

seq1  ATCGTTTTAATATGTAATAAAATTTGTATTTTATTAAAGATGCAGTTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTTTTAATATGTAATAAAATTTGTATTTTATTAAAGATGCAGTTATA  850

seq1  TAAGCAAAGAATAATAATATAAGTGCATACATATATGTAAAGAATATGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAAAGAATAATAATATAAGTGCATACATATATGTAAAGAATATGGT  900

seq1  CCAGTGACCAGTCAACTCTGGAGAGCATGCAGGCCTTAGAAGCAACAGGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCAGTGACCAGTCAACTCTGGAGAGCATGCAGGCCTTAGAAGC-ACAGGG  949

seq1  TCTCTTCTGGCCTTTATCCTCAGCCAGGAGACAG-AGAT-GAGCTCCAGA  998
      |||||||||| | ||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||
seq2  TCTCTTCTGGGCCTTATCCTCAGCCAGGAGAATGAAGATGGAGCTCCAGA  999

seq1  CCTCTGTGCACCTTCCCTGCAAGAGGAGAGCTTGCATGCAAAGAGTGCTC  1048
       |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -CTCTGTGCACTTTCCCTGCAAGAGGAGAGCTTGCATGC-AAGAGTGCTC  1047

seq1  TGACCACTGGGACTCAGAAGAGATTTGGACACCCAAGAGTGCTGA  1093
      |||||||||||||||| |||  ||||||  || ||  ||||||||
seq2  TGACCACTGGGACTCA-AAGGAATTTGG--ACTCAGAAGTGCTGA  1089

seq1: chr18_48880977_48881751
seq2: B6Ng01-140M24.g_70_845 (reverse)

seq1  TGAACTACTCAG-CCAAATAGATAATTAAATGA-TTTTTTTCCTTAATGA  48
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAACTACTCAGCCCAAATAGATAATTAAATGATTTTTTTTCCTTAATGA  50

seq1  TGATGATAGTTTAAAAACACTTCTATATGAGAAGCTTACAGATTTGCCTC  98
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATAGTTTAAAAACAC-TCTATATGAGAAGCTTACAGATTTGCCTC  99

seq1  CTCTGGTCCTGATGGCCAATGCGCTGATTGTAATGAACAGATGGTGAGAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCCTGATGGCCAATGCGCTGATTGTAATGAACAGATGGTGAGAG  149

seq1  GAGAATCATAAGCTATTTCACTCTGACATTGTGCTCTTTATTTTAGCTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATCATAAGCTATTTCACTCTGACATTGTGCTCTTTATTTTAGCTTA  199

seq1  CCTCCATCTCAAATATCACTTAACCGTATGTTTTTCTAAATAATACATAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCTCAAATATCACTTAACCGTATGTTTTTCTAAATAATACATAT  249

seq1  TACCAAGCACTCCATTAGCTAAATTCCTTCCGCTTTAAAAAATTCTTACC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAGCACTCCATTAGCTAAATTCCTTCCGCTTTAAAAAATTCTTACC  299

seq1  AATCAAGAACAAAATGTTAAAAGTGTATGATATCAATTCACAATAATCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGAACAAAATGTTAAAAGTGTATGATATCAATTCACAATAATCAT  349

seq1  GGCCCAAAGTTGCTTAACTCAACAATGGACTAAAGAATGTATTGAGAAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAAGTTGCTTAACTCAACAATGGACTAAAGAATGTATTGAGAAAA  399

seq1  AGCAGAGCAAAGGAAGCCAAAGAAAACCAGTATGTAAAGTAGCAAGGTAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGCAAAGGAAGCCAAAGAAAACCAGTATGTAAAGTAGCAAGGTAA  449

seq1  ACTTTGGGGATGCATAGTCTAGCTTTTCAAAAAATTAATAAAATCACTAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGGGGATGCATAGTCTAGCTTTTCAAAAAATTAATAAAATCACTAC  499

seq1  TCTTATGGTTTCATACTCCATAAGAAACAGAACAATTGTATTGCCGTTAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGGTTTCATACTCCATAAGAAACAGAACAATTGTATTGCCGTTAT  549

seq1  AAAGAAATTCCTTTGCTTCAAGTTATCTTGGATGTTGTAAAAATGTAGTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAATTCCTTTGCTTCAAGTTATCTTGGATGTTGTAAAAATGTAGTT  599

seq1  CTCACTCACAAGAAAAGGGAAAATGAGATGAGTTTCCTGCTGAGTCCTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCACAAGAAAAGGGAAAATGAGATGAGTTTCCTGCTGAGTCCTTC  649

seq1  ATCTTGCTAAAGGGTGCTGTGTTTCTCGAAGACACTAGTGCTGTGCCTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTAAAGGGTGCTGTGTTTCTCGAAGACACTAGTGCTGTGCCTTC  699

seq1  TATTGAATATATTAATTTCATCAATTTTAAATTGAATTTTATCTTAAATT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAATATATTAATTTCATCAATTTTAAATTGAATTTTATCTTAAATT  749

seq1  CATTAATTAGTATTAATGAAAGAATTC  775
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATTAGTATTAATGAAAGAATTC  776