BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149B09
Chromosome18 (Build37)
Map Location 61,586,825 - 61,647,243
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667675
Upstream geneEG629292, LOC667597, 2010002N04Rik, Dctn4, Rbm22, Myoz3, Synpo, LOC100042675, Ndst1, Rps14, LOC667619, Cd74, Tcof1, LOC100042699, Arsi, Camk2a, Slc6a7, Cdx1, Pdgfrb, Csf1r, A630042L21Rik, Slc26a2, Pde6a, EG667279, Ppargc1b
Downstream gene4933429F08Rik, Csnk1a1, Il17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2, Afap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149B09.bB6Ng01-149B09.g
ACCDH945519DH945520
length1,052985
definitionDH945519|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149B09, 5' end.DH945520|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149B09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,646,186 - 61,647,243)(61,586,825 - 61,587,815)
sequence
gaattcagtttccgtgatgaatccaggttttgtcacatagaaagctctga
agagcaacggtctttaacaaacactcaaacaaactccaacagcaaccatg
gcagccagccacagtggagttcactctctgcaggcaccccaagagacaag
cattgggatggagccctgggcctctcccctgaggcagggccaagcccaga
gatgcagatctacttgccagagctagaagtgttgggtcaggagacggcag
ggagagagggaggacgctgtgaccctcgggcaccctccccagggacgggg
aacagcaggtgtctaaccgacatagctgcaaggggacacttggggacaag
catcctgtggtatccaaacagaacagaggtcaaaaccaggttatagaatg
ggcagcaaggctccaggctttgggccacagttcaaatataagactatggg
ggaccgtggcaacttagggacactgctctaatgttgggagctagtgttga
gaataggatacaaggttgggtcctgcaattggtacaagagactttgtact
gggccccgccctggagaccggactggagctgccttcaaacccttgcattt
ggggttaggttggttttcagagccaagggagctgattaggggaaatagta
taggagccagatttttttttctctgcaagatgcttgtgttcaaatcctga
cccacagttgtgggctgggtaacctctttgaaacaagttacttaatctct
ttaaaaaacctcaccttcctctttgcgggctagtcatggggttgctgagg
tgttgagacagaacagaacacagcacccctagacagcgtgtcttctaggc
atagggctcaatgcagacttgattctgggcaccaagccctcttcagcttc
ccctggaagcgtcacaggcccaggaccctgcactgtgcttcaattaaccc
tagcaccttcagcctttcttctgatgcccctgttcctgacccttactcgg
cacactgaatgccccagggctgctgagcactttcaaacgcaaagcaagtg
ga
gaattccctcctcctgagggggtcttgagcccaattagacagttcttggt
tacccccaagatatagtgcatctctggtgatattttggcattctggtcat
tgctgtagctcataggtgtcccagctaagtaggaggacttctgattcctt
ccctccctcagatacaccttctgtcactatgaaaacagcttctgggtcat
ctccagtttgattcctgtgtctgaaacgtatggtgttttcagcgataggg
ttttacctttaaattctgggaggaaacagagggtaatggccatagcatag
acatgtgatatctatctgtctgcagctgggttaccacactcagtatgata
ttttctttttccatccgcttacctgaaaattccatgattcctatttttga
accgtgttcagcattaaggtttcttttctctctctctaggatcaacttaa
ataattaacagaatctataaacgagtattcattcagataacattttatct
gatgttcagtgaccatccactctgtatttataagcaggatttctcacctg
gagttcactgctttggtagagccacttgcctctggcaagctcccaggatg
ctccagttcctgcatcctcccagcaagctcccagagtgctctgtccctgc
atcctcagcaccgcaacagggattcctgctaggcattaatatgtgagtgc
tgggaacccagctagggtcttcctgttcacatggcaagatcttacccact
gagctgtctctccagcactcatccttggttttgtttgtaaatttatttta
cttattgttaataaatgagtggataggcttcttggggggtcacaagacaa
cttggggagtgagttctttccttctactgtgggttctggagatgaaactc
ggggcatcaggctcaagtagcaagcactgtccccctctgtgccataaata
attttatagttatttataagtgagagttcttgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_61646186_61647243
seq2: B6Ng01-149B09.b_48_1099 (reverse)

seq1  TCCACTTGCTTTGCGTTTTGAAAGTGCTCACGCAGCCCTGGGGCATTTCA  50
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TCCACTTGCTTTGCG-TTTGAAAGTGCTCA-GCAGCCCTGGGGCA-TTCA  47

seq1  GTGTGGCCGAGTAAGGGGTCAGGAACAGGGGCATCAGAAGAAAGGCTGAA  100
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGT-GCCGAGTAA-GGGTCAGGAACAGGGGCATCAGAAGAAAGGCTGAA  95

seq1  GGTGCTAGGGTTAATTTGAAGCACAGTGCAGGGTCCTGGGCCTGTGACGC  150
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTAGGGTTAA-TTGAAGCACAGTGCAGGGTCCTGGGCCTGTGACGC  144

seq1  TTCCAGGGGAAGCTGAAGAGGGCTTGGTGCCCAGAATCAAATCTGCATTG  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTCCAGGGGAAGCTGAAGAGGGCTTGGTGCCCAGAATCAAGTCTGCATTG  194

seq1  AGCCCTATGCCTAGAAGACACGCTGTCTAGGGGTGCTGTGTTCTGTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTATGCCTAGAAGACACGCTGTCTAGGGGTGCTGTGTTCTGTTCTG  244

seq1  TCTCAACACCTCAGCAACCCCATGACTAGCCCGCAAAGAGGAAGGTGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACACCTCAGCAACCCCATGACTAGCCCGCAAAGAGGAAGGTGAGG  294

seq1  TTTTTTAAAGAGATTAAGTAACTTGTTTCAAAGAGGTTACCCAGCCCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAAGAGATTAAGTAACTTGTTTCAAAGAGGTTACCCAGCCCACA  344

seq1  ACTGTGGGTCAGGATTTGAACACAAGCATCTTGCAGAGAAAAAAAAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGGGTCAGGATTTGAACACAAGCATCTTGCAGAGAAAAAAAAATCT  394

seq1  GGCTCCTATACTATTTCCCCTAATCAGCTCCCTTGGCTCTGAAAACCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTATACTATTTCCCCTAATCAGCTCCCTTGGCTCTGAAAACCAAC  444

seq1  CTAACCCCAAATGCAAGGGTTTGAAGGCAGCTCCAGTCCGGTCTCCAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCCAAATGCAAGGGTTTGAAGGCAGCTCCAGTCCGGTCTCCAGGG  494

seq1  CGGGGCCCAGTACAAAGTCTCTTGTACCAATTGCAGGACCCAACCTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGCCCAGTACAAAGTCTCTTGTACCAATTGCAGGACCCAACCTTGTA  544

seq1  TCCTATTCTCAACACTAGCTCCCAACATTAGAGCAGTGTCCCTAAGTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTCTCAACACTAGCTCCCAACATTAGAGCAGTGTCCCTAAGTTGC  594

seq1  CACGGTCCCCCATAGTCTTATATTTGAACTGTGGCCCAAAGCCTGGAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTCCCCCATAGTCTTATATTTGAACTGTGGCCCAAAGCCTGGAGCC  644

seq1  TTGCTGCCCATTCTATAACCTGGTTTTGACCTCTGTTCTGTTTGGATACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCCCATTCTATAACCTGGTTTTGACCTCTGTTCTGTTTGGATACC  694

seq1  ACAGGATGCTTGTCCCCAAGTGTCCCCTTGCAGCTATGTCGGTTAGACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGATGCTTGTCCCCAAGTGTCCCCTTGCAGCTATGTCGGTTAGACAC  744

seq1  CTGCTGTTCCCCGTCCCTGGGGAGGGTGCCCGAGGGTCACAGCGTCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTCCCCGTCCCTGGGGAGGGTGCCCGAGGGTCACAGCGTCCTCC  794

seq1  CTCTCTCCCTGCCGTCTCCTGACCCAACACTTCTAGCTCTGGCAAGTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCCTGCCGTCTCCTGACCCAACACTTCTAGCTCTGGCAAGTAGA  844

seq1  TCTGCATCTCTGGGCTTGGCCCTGCCTCAGGGGAGAGGCCCAGGGCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCTCTGGGCTTGGCCCTGCCTCAGGGGAGAGGCCCAGGGCTCCA  894

seq1  TCCCAATGCTTGTCTCTTGGGGTGCCTGCAGAGAGTGAACTCCACTGTGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAATGCTTGTCTCTTGGGGTGCCTGCAGAGAGTGAACTCCACTGTGG  944

seq1  CTGGCTGCCATGGTTGCTGTTGGAGTTTGTTTGAGTGTTTGTTAAAGACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCCATGGTTGCTGTTGGAGTTTGTTTGAGTGTTTGTTAAAGACC  994

seq1  GTTGCTCTTCAGAGCTTTCTATGTGACAAAACCTGGATTCATCACGGAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTCTTCAGAGCTTTCTATGTGACAAAACCTGGATTCATCACGGAAA  1044

seq1  CTGAATTC  1058
      ||||||||
seq2  CTGAATTC  1052

seq1: chr18_61586825_61587815
seq2: B6Ng01-149B09.g_68_1052

seq1  GAATTCCCTCCTCCTGAGGGGGTCTTGAGCCCAATTAGACAGTTCTTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCCTCCTGAGGGGGTCTTGAGCCCAATTAGACAGTTCTTGGT  50

seq1  TACCCCCAAGATATAGTGCATCTCTGGTGATATTTTGGCATTCTGGTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCCAAGATATAGTGCATCTCTGGTGATATTTTGGCATTCTGGTCAT  100

seq1  TGCTGTAGCTCATAGGTGTCCCAGCTAAGTAGGAGGACTTCTGATTCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTAGCTCATAGGTGTCCCAGCTAAGTAGGAGGACTTCTGATTCCTT  150

seq1  CCCTCCCTCAGATACACCTTCTGTCACTATGAAAACAGCTTCTGGGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCTCAGATACACCTTCTGTCACTATGAAAACAGCTTCTGGGTCAT  200

seq1  CTCCAGTTTGATTCCTGTGTCTGAAACGTATGGTGTTTTCAGCGATAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTTTGATTCCTGTGTCTGAAACGTATGGTGTTTTCAGCGATAGGG  250

seq1  TTTTACCTTTAAATTCTGGGAGGAAACAGAGGGTAATGGCCATAGCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTTTAAATTCTGGGAGGAAACAGAGGGTAATGGCCATAGCATAG  300

seq1  ACATGTGATATCTATCTGTCTGCAGCTGGGTTACCACACTCAGTATGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGATATCTATCTGTCTGCAGCTGGGTTACCACACTCAGTATGATA  350

seq1  TTTTCTTTTTCCATCCGCTTACCTGAAAATTCCATGATTCCTATTTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTTTCCATCCGCTTACCTGAAAATTCCATGATTCCTATTTTTGA  400

seq1  ACCGTGTTCAGCATTAAGGTTTCTTTTCTCTCTCTCTAGGATCAACTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTGTTCAGCATTAAGGTTTCTTTTCTCTCTCTCTAGGATCAACTTAA  450

seq1  ATAATTAACAGAATCTATAAACGAGTATTCATTCAGATAACATTTTATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAACAGAATCTATAAACGAGTATTCATTCAGATAACATTTTATCT  500

seq1  GATGTTCAGTGACCATCCACTCTGTATTTATAAGCAGGATTTCTCACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCAGTGACCATCCACTCTGTATTTATAAGCAGGATTTCTCACCTG  550

seq1  GAGTTCACTGCTTTGGTAGAGCCACTTGCCTCTGGCAAGCTCCCAGGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCACTGCTTTGGTAGAGCCACTTGCCTCTGGCAAGCTCCCAGGATG  600

seq1  CTCCAGTTCCTGCATCCTCCCAGCAAGCTCCCAGAGTGCTCTGTCCCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGTTCCTGCATCCTCCCAGCAAGCTCCCAGAGTGCTCTGTCCCTGC  650

seq1  ATCCTCAGCACCGCAACAGGGATTCCTGCTAGGCATTAATATGTGAGTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAGCACCGCAACAGGGATTCCTGCTAGGCATTAATATGTGAGTGC  700

seq1  TGGGAACCCAGCTAGGGTCTTCCTGTTCACATGGCAAGATCTTACCCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACCCAGCTAGGGTCTTCCTGTTCACATGGCAAGATCTTACCCACT  750

seq1  GAGCTGTCTCTCCAGCACTCATCCTTGGTTTTTGTTTGTAAATTTTATTT  800
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  GAGCTGTCTCTCCAGCACTCATCCTTGG-TTTTGTTTGTAAA-TTTATTT  798

seq1  TACTTATTGTTAATAAATGAGTGGATAGGCTTCTTGGGGGGTCACAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTATTGTTAATAAATGAGTGGATAGGCTTCTTGGGGGGTCACAAGAC  848

seq1  AACTTGGGGAGTGAGTTCTTTCCTTCTACTGTGGGTTCTGGAGATTGAAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  AACTTGGGGAGTGAGTTCTTTCCTTCTACTGTGGGTTCTGGAGATGAAAC  898

seq1  TCGGGGCATCAGGCTCAAGTAGCAAGCACTGTCCCCCTCTGTGCCATAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGCATCAGGCTCAAGTAGCAAGCACTGTCCCCCTCTGTGCCATAAA  948

seq1  TAATTTTATAAGTTTATTTTATAAGTGAGAGCTTCTTGCTC  991
      ||||||||| ||||   |||||||||||||| |||||||||
seq2  TAATTTTAT-AGTT--ATTTATAAGTGAGAG-TTCTTGCTC  985