BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157H03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 18,153,227 - 18,310,244
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700001G01Rik, 4921533I20Rik, LOC100040647
Downstream geneLOC100040658
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157H03.bB6Ng01-157H03.g
ACCDH951677DH951678
length1,0531,096
definitionDH951677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157H03, 5' end.DH951678|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157H03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,309,175 - 18,310,244)(18,153,227 - 18,154,337)
sequence
gaattcatgtgttcctatcaatactcatagcataagtaaaatatttgtga
agatgatttgcctgaaataacagtatctactcagagagacctgtgtcttt
cctccctcttgttcagcttgtctctttctgctggtataaacaagccattc
tcccagcatttcattgtcttttaactatgtttttaactttcatgtatttc
agtcagttatccacctagagcagatacaattaccaatcaagtacatgaga
caaatcaactctctacacatagggaataagtagaattgtgaattgtgaca
gggcttctgtaaaaaagtttccaaacttaatccattttgtccttctaata
actattaatttcttttcaaagttttcactacacattttcattccttcttc
aacagaatataatttctctcattgctaaatacacacgcacacacacacac
acacagacaccacacacacatctcacacaccacacagaaacacatgtata
cccccgcacacatacacagacaactcccacaccccaaatgcacacacact
acacaaacacatgtatgcacgttcaacacgtacaggcacatacaacacac
acacacaccaaaccacacaaacacacacatacacaggcgtacaacataga
catgcacatccacaccatatgcacatatacatcacatgcacacacctcac
acagcacacacaaacacacataccccacccacacatacacagatacacac
acacacagagtgacagacagacagacagacagacagagtgagacagagaa
gtagaaccccattatagtatgacccattttattggtgttccagaagtagt
aaaaggaggttcaagtgatgtggatggtgcacttatttctctctctgata
ccagaatcatggagtcttttctaatgcaaataatttgctatttcagatat
aaacagagcttcctttttaactttattagatatttctttattacatttca
atgtgtcccttctgtttccttcccaaaccccatgcctcagctccctgctc
acc
gaattccagatatattaacagtggcatttattctcaggaaaggacaaaac
attcagtaaagagttgtgatgctaagtgatatatacaacatttttacaat
atgacagaacaaagcaaagatcagctccccctgtaatgttttaaataaat
ttatgatttttttgtttggtcacatctgtatccatctatggtagagtact
tctcataggccatgggttggatatgcttgtatattttaaataaggaaaaa
ttactttctcacaaacacctgctttatttatacatcaggtaagtctaggc
attgtttataaagttggccttctattaaagtacaggaacatgagtaatta
tatttcttactgtaatttatatgataaggaacataagtagtcaaagaaca
aaaggctaacctggggccacagctcatattttccatcctatggaagtttc
caggcacaatagacaatctttcaggtaaatccttgttctacacttcctac
ttcatgcagtgaattcttacttatgaattctttctcttcaccatgcatat
gtaaatcctagacctagaggttttacctgctcctatgagtaattataaca
ttggaggatatagtatctcatttgaccatttttctgaaagctaggagcca
actttctatgtcaagtaggaaacactgaaggtgtatgaaggcatatatgt
actttgatcacagtctgcacttccatctttctgttttgaccctatcccac
agagctttcctactagatttttctaagactgaatttgaccctatcccaca
gagctttcctactagatctttctaagactgaattttcttcctttcatttc
accagccttgtgattatctgtttttgtgtgcatattagtgtgagtctgtt
acaatttttctttgatagtggctttagtatctatttgcaaaacaatttga
atttttttcctgatgtttgactatggtgtatcataccctcaaaacatatg
tatataattctcctgagtagcttaaactgagctagaaggaaaacatagtc
tttagttgatgtataactgtttttaatgatggtcttagaacaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_18309175_18310244
seq2: B6Ng01-157H03.b_45_1097 (reverse)

seq1  GGTGAGCAGGGGAAGCTGGAGGGCATGGGGGTTTTTGGGAAGGGAAACCA  50
      |||||||||||  |||||   |||||||||   |||||||| ||||||  
seq2  GGTGAGCAGGG--AGCTG--AGGCATGGGG---TTTGGGAA-GGAAAC--  40

seq1  GGAAAGGGGACACAATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAAAAG  100
        | | ||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||
seq2  --AGAAGGGACACA--TTGAAATGT-AATAAAG-AAATATCTAAT-AAAG  83

seq1  TTAAAAAAGGAAGCTCTGTTTATATCTGAAATAGCAAATTATTTGCATTA  150
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TT-AAAAAGGAAGCTCTGTTTATATCTGAAATAGCAAATTATTTGCATTA  132

seq1  G-AAAGACTCCATGATTCTGGTATCAGAGAGAGGAATAAGTGCACCATCC  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAAAAGACTCCATGATTCTGGTATCAGAGAGAGAAATAAGTGCACCATCC  182

seq1  ACATCACTTGAACCTCCTTTTACTACTTCTGGAACACCAATAAAATGGGT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCACTTGAACCTCCTTTTACTACTTCTGGAACACCAATAAAATGGGT  232

seq1  CATACTATAATGGGGTTCTACTTCTCTGTCTCACTCTGTCTGTCTGTCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTATAATGGGGTTCTACTTCTCTGTCTCACTCTGTCTGTCTGTCTG  282

seq1  TCTGTCTGTCACTCTGTGTGTGTGTGTATCTGTGTATGTGTGGGTGGGGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTGTCACTCTGTGTGTGTGTGTATCTGTGTATGTGTGGGTGGGGT  332

seq1  ATGTGTGTTTGTGTGTGCTGTGTGAGGTGTGTGCATGTGATGTATATGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTTTGTGTGTGCTGTGTGAGGTGTGTGCATGTGATGTATATGTG  382

seq1  CATATGGTGTGGATGTGCATGTCTATGTTGTACGCCTGTGTATGTGTGTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGTGTGGATGTGCATGTCTATGTTGTACGCCTGTGTATGTGTGTG  432

seq1  TTTGTGTGGTTTGGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGCCTGTACGTGTTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGGTTTGGTGTGTGTGTGTGTTGTATGTGCCTGTACGTGTTGAA  482

seq1  CGTGCATACATGTGTTTGTGTAGTGTGTGTGCATTTGGGGTGTGGGAGTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATACATGTGTTTGTGTAGTGTGTGTGCATTTGGGGTGTGGGAGTT  532

seq1  GTCTGTGTATGTGTGCGGGGGTATACATGTGTTTCTGTGTGGTGTGTGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGTATGTGTGCGGGGGTATACATGTGTTTCTGTGTGGTGTGTGAG  582

seq1  ATGTGTGTGTGGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTATTTAGCAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTATTTAGCAA  632

seq1  TGAGAGAAATTATATTCTGTTGAAGAAGGAATGAAAATGTGTAGTGAAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAAATTATATTCTGTTGAAGAAGGAATGAAAATGTGTAGTGAAAA  682

seq1  CTTTGAAAAGAAATTAATAGTTATTAGAAGGACAAAATGGATTAAGTTTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAAGAAATTAATAGTTATTAGAAGGACAAAATGGATTAAGTTTG  732

seq1  GAAACTTTTTTACAGAAGCCCTGTCACAATTCACAATTCTACTTATTCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTTTTTACAGAAGCCCTGTCACAATTCACAATTCTACTTATTCCC  782

seq1  TATGTGTAGAGAGTTGATTTGTCTCATGTACTTGATTGGTAATTGTATCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTAGAGAGTTGATTTGTCTCATGTACTTGATTGGTAATTGTATCT  832

seq1  GCTCTAGGTGGATAACTGACTGAAATACATGAAAGTTAAAAACATAGTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAGGTGGATAACTGACTGAAATACATGAAAGTTAAAAACATAGTTA  882

seq1  AAAGACAATGAAATGCTGGGAGAATGGCTTGTTTATACCAGCAGAAAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAATGAAATGCTGGGAGAATGGCTTGTTTATACCAGCAGAAAGAG  932

seq1  ACAAGCTGAACAAGAGGGAGGAAAGACACAGGTCTCTCTGAGTAGATACT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCTGAACAAGAGGGAGGAAAGACACAGGTCTCTCTGAGTAGATACT  982

seq1  GTTATTTCAGGCAAATCATCTTCACAAATATTTTACTTATGCTATGAGTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTCAGGCAAATCATCTTCACAAATATTTTACTTATGCTATGAGTA  1032

seq1  TTGATAGGAACACATGAATTC  1070
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGGAACACATGAATTC  1053

seq1: chr18_18153227_18154337
seq2: B6Ng01-157H03.g_65_1160

seq1  GAATTCCAGATATATTAACAGTGGCATTTATTCTCAGGAAAGGACAAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||                 |||||||||||
seq2  GAATTCCAGATATATTAACAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGGACAAAAC  50

seq1  ATTCAGTAAAGAGTTGTGATGCTAAGTGATATATACAACATTTTTACAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTAAAGAGTTGTGATGCTAAGTGATATATACAACATTTTTACAAT  100

seq1  ATGACAGAACAAAGCAAAGATCAGCTCCCCCTGTAATGTTTTAAATAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGAACAAAGCAAAGATCAGCTCCCCCTGTAATGTTTTAAATAAAT  150

seq1  TTATGATTTTTTTGTTTGGTCACATCTGTATCCATCTATGGTAGAGTACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTTTTTTGTTTGGTCACATCTGTATCCATCTATGGTAGAGTACT  200

seq1  TCTCATAGGCCATGGGTTGGATATGCTTGTATATTTTAAATAAGGAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAGGCCATGGGTTGGATATGCTTGTATATTTTAAATAAGGAAAAA  250

seq1  TTACTTTCTCACAAACACCTGCTTTATTTATACATCAGGTAAGTCTAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTCTCACAAACACCTGCTTTATTTATACATCAGGTAAGTCTAGGC  300

seq1  ATTGTTTATAAAGTTGGCCTTCTATTAAAGTACAGGAACATGAGTAATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTATAAAGTTGGCCTTCTATTAAAGTACAGGAACATGAGTAATTA  350

seq1  TATTTCTTACTGTAATTTATATGATAAGGAACATAAGTAGTCAAAGAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTTACTGTAATTTATATGATAAGGAACATAAGTAGTCAAAGAACA  400

seq1  AAAGGCTAACCTGGGGCCACAGCTCATATTTTCCATCCTATGGAAGTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTAACCTGGGGCCACAGCTCATATTTTCCATCCTATGGAAGTTTC  450

seq1  CAGGCACAATAGACAATCTTTCAGGTAAATCCTTGTTCTACACTTCCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACAATAGACAATCTTTCAGGTAAATCCTTGTTCTACACTTCCTAC  500

seq1  TTCATGCAGTGAATTCTTACTTATGAATTCTTTCTCTTCACCATGCATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCAGTGAATTCTTACTTATGAATTCTTTCTCTTCACCATGCATAT  550

seq1  GTAAATCCTAGACCTAGAGGTTTTACCTGCTCCTATGAGTAATTATAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCCTAGACCTAGAGGTTTTACCTGCTCCTATGAGTAATTATAACA  600

seq1  TTGGAGGATATAGTATCTCATTTGACCATTTTTCTGAAAGCTAGGAGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGATATAGTATCTCATTTGACCATTTTTCTGAAAGCTAGGAGCCA  650

seq1  ACTTTCTATGTCAAGTAGGAAACACTGAAGGTGTATGAAGGCATATATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTATGTCAAGTAGGAAACACTGAAGGTGTATGAAGGCATATATGT  700

seq1  ACTTTGATCACAGTCTGCACTTCCATCTTTCTGTTTTGACCCTATCCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATCACAGTCTGCACTTCCATCTTTCTGTTTTGACCCTATCCCAC  750

seq1  AGAGCTTTCCTACTAGATTTTTCTAAGACTGAATTTGACCCTATCCCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTTCCTACTAGATTTTTCTAAGACTGAATTTGACCCTATCCCACA  800

seq1  GAGCTTTCCTACTAGATCTTTCTAAGACTGAATTTTCTTCCTTTCATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTCCTACTAGATCTTTCTAAGACTGAATTTTCTTCCTTTCATTTC  850

seq1  ACCAGCCTTGTGATTATCTGTTTTTGTGTGCATATTAGTGTGAGTCTGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCTTGTGATTATCTGTTTTTGTGTGCATATTAGTGTGAGTCTGTT  900

seq1  ACAATTTTTCTTTGATAGTGGCTTTAAGTATCTATTTGCAAAACAAATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  ACAATTTTTCTTTGATAGTGGCTTT-AGTATCTATTTGCAAAAC-AATTT  948

seq1  GAATTTTTTTCCTGATGTTTGACTATGGTGTATCATACCCTCCAAAACAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GAATTTTTTTCCTGATGTTTGACTATGGTGTATCATACCCT-CAAAACA-  996

seq1  TTATGTTATTATAATTCCCCTTGAGGTAGCTTAAACCTGAGCTAGAA-GA  1049
       |||||   |||||||| || ||| |||||||||| ||||||||||| ||
seq2  -TATGT--ATATAATTCTCC-TGA-GTAGCTTAAA-CTGAGCTAGAAGGA  1040

seq1  AAACATTAGTCTTAAGTTTGATGTAATAAACTGTTTTTTAATGAATGGTC  1099
      ||||| ||||||| || ||||||||   ||||| ||||||||| ||||||
seq2  AAACA-TAGTCTTTAG-TTGATGTA--TAACTG-TTTTTAATG-ATGGTC  1084

seq1  ATAGAACAAAAA  1111
       |||||||||||
seq2  TTAGAACAAAAA  1096