BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158C14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 47,600,576 - 47,760,418
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9130209A04Rik, A730092B10
Upstream geneMospd4, LOC100042204, Fem1c, Ticam2, Eif1a, LOC100042226, Cdo1, Atg12, Ap3s1, LOC100042950, 4833403I15Rik, LOC666798, Gm949, LOC100042241, Commd10, EG628438, LOC667120, Sema6a, LOC628477
Downstream geneLOC383325, LOC100042982, LOC100042284, LOC100042301, EG433182, LOC383326, LOC100042323
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158C14.bB6Ng01-158C14.g
ACCDH952191DH952192
length1,124917
definitionDH952191|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158C14, 5' end.DH952192|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158C14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,759,275 - 47,760,418)(47,600,576 - 47,601,495)
sequence
gaattcaattggctaatgcttccaaagcccctggcaagtcaaaaataatc
agtaaatattagctattgttattattaatcaacatatccatttgaccata
gcgaaatagacaaaggaaaaacatgcataaaaacaaaagcaggtaaaacg
ttgcacccatttggaggaaccctgggagagttagctatgtagggcacatg
acttctaaaatatagttcctttaaatacatatactaatacactgttggga
atgagtgcctttgaagcaagaacagtgtctcttttatcttgtcccttgtg
tgaagccttgaagaggagttatacagagtcaggtataaacaaccataact
tgaattaattccacatacaattacttcaaaggaaacagaccctttatgca
gaagttataaattatctaatttgttacatttattgactctctgcttcttc
caatttgaccaagacctcctttttcattatattattgacaaaacaccatt
gactgatgagttagttaaactgactagcctgccatctagtgtagggtaat
tctggaacattctggagcacttgagttgcagtggagatgagatttctccg
gtccattgggtctaaatgtttcaactctcaagcatctgttagggtgtgat
ataaatacctctgcagagaaatttatttcgagaaagaatagatggctaca
gataggtcagtggttactcctgggtaaacaaaccaccgttggttttagtt
ctgtacttgcaatgcatggatgccttcccaagtttatcagtaccctttat
ttgtttcctaggtggttcattttatccatttaagatagctgtggcaagtt
ttctagcagctttgctaggaaagagagagaagcagcagtggacatatcag
gcaccaaactcagaaaagcagcgccgcatggcatgtcacagagagcctgg
cagctctgtgagcaaagctggcatctctggcttacccttactccattttc
ctagctagctgtgaatttttttcttaaaactccttttaaagccatattta
accagagtaagtcaatcagactcttccactgctatcagaagattctcgtt
cagtgttctcatgatgaaaggaaa
gaattcaactcctaaattcaaatattttgacctccattcatcttctctac
caggaaggggagtgtgtgaaattacctatgtgatgagctttccctttgtc
ttagggcttgcccctgcagtggtctcttctgttcccccagaggcaattcc
tataactcattgctcagaacctatgcagaaagacaggttccctattgcaa
tttgttgacagatgggcttttgttctgagcaacatctcagaagcttggtt
agagtgcaatttcccctctgctctcaggccctgctctgcactgccaagtt
ttcacatgctaattacactcaaaggttgcctatgttgaatcttttagtag
atgatggctaccatagtgatacaaagctgttccgatgttacacttagggt
atttagataatttgatagctaactttctaccaagggaggatgtgatagcg
tctgtttgttcctgtgatttttttccctttaggctatatacttgctgtgg
ggatggaaggaacataatacttttgtgtgcttgaactttttcatgttcgc
taacaaaatggaatctgctttctcaaaaaacacttcagagtctgtttgtt
tttaaacggtgtaggacaaaggcacagaaaagccattaaaaggtatcatc
agtgcacttcagagcctccttgtacctgctcccaacccctgttccttttc
tgcttccctgacctttgatcagacatgagttctgcaacttcatgtgagtg
caatcactttcgtgtctgcttttggtgtctactgcttctcacagtgagca
cgactgttgtttcttatcctgtaaatagtgcttgctgtgcactctaaaac
aattattgggaaggaaacgaggcagcagagcaggaggaaggaaggtgggt
aagggagtaaaggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_47759275_47760418
seq2: B6Ng01-158C14.b_47_1170 (reverse)

seq1  TTTCCTTTTCATCATGAGAACACTGAACGAGAATCTTCTGGAATACGCAG  50
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||
seq2  TTTCC-TTTCATCATGAGAACACTGAACGAGAATCTTCTG--ATA-GCAG  46

seq1  TGGAAGAGTCCTTGATTTGACTTTACTCCTGGGTAAATTATGGCTTTAAA  100
      ||||||||||  ||| ||||| ||||| |||| |||| ||||||||| ||
seq2  TGGAAGAGTC--TGA-TTGAC-TTACT-CTGGTTAAA-TATGGCTTT-AA  89

seq1  AAGGAGTTTTAAGAAAAAAATTCCACAGCTTAGCTAGGAAAATGGGAGTA  150
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  AAGGAGTTTTAAGAAAAAAATT-CACAGC-TAGCTAGGAAAAT-GGAGTA  136

seq1  AGGGGTAAGCCAGAGATGCCAGCTTTGCTCACAGAGCTGCCAGGCTCTTC  200
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  A-GGGTAAGCCAGAGATGCCAGCTTTGCTCACAGAGCTGCCAGGCTC-TC  184

seq1  TGTGACATGCCATGCGGCGCCTGCTTTTCTGAGTTTGGTGCCCTGATATG  250
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGACATGCCATGCGGCG-CTGCTTTTCTGAGTTTGGTG-CCTGATATG  232

seq1  TCCACTGCCTGCTTCTCTCTCTTTCCTAGCAAAGCCTGCTAGAAAACTTG  300
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCACTG-CTGCTTCTCTCTCTTTCCTAGCAAAG-CTGCTAGAAAACTTG  280

seq1  CCACAGCTATCTTAAATGGATAAAATGAACCACCTAGGAAACAAATAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCTATCTTAAATGGATAAAATGAACCACCTAGGAAACAAATAAAG  330

seq1  GGTACTGATAAACTTGGGAAGGCATCCATGCATTGCAAGTACAGAACTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTGATAAACTTGGGAAGGCATCCATGCATTGCAAGTACAGAACTAA  380

seq1  AACCAACGGTGGTTTGTTTACCCAGGAGTAACCACTGACCTATCTGTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACGGTGGTTTGTTTACCCAGGAGTAACCACTGACCTATCTGTAGC  430

seq1  CATCTATTCTTTCTCGAAATAAATTTCTCTGCAGAGGTATTTATATCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATTCTTTCTCGAAATAAATTTCTCTGCAGAGGTATTTATATCACA  480

seq1  CCCTAACAGATGCTTGAGAGTTGAAACATTTAGACCCAATGGACCGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAACAGATGCTTGAGAGTTGAAACATTTAGACCCAATGGACCGGAGA  530

seq1  AATCTCATCTCCACTGCAACTCAAGTGCTCCAGAATGTTCCAGAATTACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCATCTCCACTGCAACTCAAGTGCTCCAGAATGTTCCAGAATTACC  580

seq1  CTACACTAGATGGCAGGCTAGTCAGTTTAACTAACTCATCAGTCAATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACTAGATGGCAGGCTAGTCAGTTTAACTAACTCATCAGTCAATGGT  630

seq1  GTTTTGTCAATAATATAATGAAAAAGGAGGTCTTGGTCAAATTGGAAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTCAATAATATAATGAAAAAGGAGGTCTTGGTCAAATTGGAAGAA  680

seq1  GCAGAGAGTCAATAAATGTAACAAATTAGATAATTTATAACTTCTGCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGAGTCAATAAATGTAACAAATTAGATAATTTATAACTTCTGCATA  730

seq1  AAGGGTCTGTTTCCTTTGAAGTAATTGTATGTGGAATTAATTCAAGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCTGTTTCCTTTGAAGTAATTGTATGTGGAATTAATTCAAGTTAT  780

seq1  GGTTGTTTATACCTGACTCTGTATAACTCCTCTTCAAGGCTTCACACAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTTTATACCTGACTCTGTATAACTCCTCTTCAAGGCTTCACACAAG  830

seq1  GGACAAGATAAAAGAGACACTGTTCTTGCTTCAAAGGCACTCATTCCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAGATAAAAGAGACACTGTTCTTGCTTCAAAGGCACTCATTCCCAA  880

seq1  CAGTGTATTAGTATATGTATTTAAAGGAACTATATTTTAGAAGTCATGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTATTAGTATATGTATTTAAAGGAACTATATTTTAGAAGTCATGTG  930

seq1  CCCTACATAGCTAACTCTCCCAGGGTTCCTCCAAATGGGTGCAACGTTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACATAGCTAACTCTCCCAGGGTTCCTCCAAATGGGTGCAACGTTTT  980

seq1  ACCTGCTTTTGTTTTTATGCATGTTTTTCCTTTGTCTATTTCGCTATGGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTTTTGTTTTTATGCATGTTTTTCCTTTGTCTATTTCGCTATGGT  1030

seq1  CAAATGGATATGTTGATTAATAATAACAATAGCTAATATTTACTGATTAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGGATATGTTGATTAATAATAACAATAGCTAATATTTACTGATTAT  1080

seq1  TTTTGACTTGCCAGGGGCTTTGGAAGCATTAGCCAATTGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGACTTGCCAGGGGCTTTGGAAGCATTAGCCAATTGAATTC  1124

seq1: chr18_47600576_47601495
seq2: B6Ng01-158C14.g_69_985

seq1  GAATTCAACTCCTAAATTCAAATATTTTGACCTCCATTCATCTTCTCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCCTAAATTCAAATATTTTGACCTCCATTCATCTTCTCTAC  50

seq1  CAGGAAGGGGAGTGTGTGAAATTACCTATGTGATGAGCTTTCCCTTTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGGGAGTGTGTGAAATTACCTATGTGATGAGCTTTCCCTTTGTC  100

seq1  TTAGGGCTTGCCCCTGCAGTGGTCTCTTCTGTTCCCCCAGAGGCAATTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGCTTGCCCCTGCAGTGGTCTCTTCTGTTCCCCCAGAGGCAATTCC  150

seq1  TATAACTCATTGCTCAGAACCTATGCAGAAAGACAGGTTCCCTATTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACTCATTGCTCAGAACCTATGCAGAAAGACAGGTTCCCTATTGCAA  200

seq1  TTTGTTGACAGATGGGCTTTTGTTCTGAGCAACATCTCAGAAGCTTGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGACAGATGGGCTTTTGTTCTGAGCAACATCTCAGAAGCTTGGTT  250

seq1  AGAGTGCAATTTCCCCTCTGCTCTCAGGCCCTGCTCTGCACTGCCAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGCAATTTCCCCTCTGCTCTCAGGCCCTGCTCTGCACTGCCAAGTT  300

seq1  TTCACATGCTAATTACACTCAAAGGTTGCCTATGTTGAATCTTTTAGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGCTAATTACACTCAAAGGTTGCCTATGTTGAATCTTTTAGTAG  350

seq1  ATGATGGCTACCATAGTGATACAAAGCTGTTCCGATGTTACACTTAGGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCTACCATAGTGATACAAAGCTGTTCCGATGTTACACTTAGGGT  400

seq1  ATTTAGATAATTTGATAGCTAACTTTCTACCAAGGGAGGATGTGATAGCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGATAATTTGATAGCTAACTTTCTACCAAGGGAGGATGTGATAGCG  450

seq1  TCTGTTTGTTCCTGTGATTTTTTTCCCTTTAGGCTATATACTTGCTGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGTTCCTGTGATTTTTTTCCCTTTAGGCTATATACTTGCTGTGG  500

seq1  GGATGGAAGGAACATAATACTTTTGTGTGCTTGAACTTTTTCATGTTCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAAGGAACATAATACTTTTGTGTGCTTGAACTTTTTCATGTTCGC  550

seq1  TAACAAAATGGAATCTGCTTTCTCAAAAAACACTTCAGAGTCTGTTTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAATGGAATCTGCTTTCTCAAAAAACACTTCAGAGTCTGTTTGTT  600

seq1  TTTAAACGGTGTAGGACAAAGGCACAGAAAAGCCATTAAAAGGTATCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACGGTGTAGGACAAAGGCACAGAAAAGCCATTAAAAGGTATCATC  650

seq1  AGTGCACTTCAGAGCCTCCTTGTACCTGCTCCCAACCCCTGTTCCTTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACTTCAGAGCCTCCTTGTACCTGCTCCCAACCCCTGTTCCTTTTC  700

seq1  TGCTTCCCTGACCTTTGATCAGACATGAGTTCTGCAACTTCATGTGAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTGACCTTTGATCAGACATGAGTTCTGCAACTTCATGTGAGTG  750

seq1  CAATCACTTTCGTGTCTGCTTTTGGTGTCTACTGCTTCTCACAGTGAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCACTTTCGTGTCTGCTTTTGGTGTCTACTGCTTCTCACAGTGAGCA  800

seq1  CGACTGTTGTTTCTTAATCCTGTAAATAGTGCTTGCTGTGCACTCTAAAA  850
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGTTGTTTCTT-ATCCTGTAAATAGTGCTTGCTGTGCACTCTAAAA  849

seq1  CAATTATTGGGAAGGAAACGAGGCAGGCAGAGCAGGAGGAAGGAAGGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAATTATTGGGAAGGAAACGAGGCA-GCAGAGCAGGAGGAAGGAA-GGTG  897

seq1  GGTAAGGGAGTAAGGGTGGG  920
      ||||||||||||| ||||||
seq2  GGTAAGGGAGTAAAGGTGGG  917