BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159J03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 65,703,004 - 65,791,155
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042820, Zfp532
Upstream geneAtp8b1, LOC629480, Nedd4l, Alpk2, LOC667816, Malt1, LOC638570
Downstream gene5330437I02Rik, Sec11c, Grp, Rax, Cplx4, Lman1, Ccbe1, Pmaip1, LOC100042852
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159J03.bB6Ng01-159J03.g
ACCDH953195DH953196
length1,1621,131
definitionDH953195|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159J03, 5' end.DH953196|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,703,004 - 65,704,163)(65,789,999 - 65,791,155)
sequence
gaattcctaaagaattaggaattacatgggcccatccagatagcacacca
ggaaaaggttgttttttttttttttaattttatgtcctttggtgtttgcc
tgcctgtgtgtatgtgtaagtgtggggagcgggtgtggcggcagtcccaa
aggcgccagggactgcagctaagtcatatgacttgcacctgacttcctca
tataagacacaaacatcttgagtgctgcgcaggtgtaccaggattcaggt
gaatccaatttggtggagatttgcccctgctgccctgattagctgaagcc
tcgtgactggcgagggggcgtggcctgctgtgcatggatgggaactgaga
gtataaaagagtgagaggcccagggttcgggggagatataaacaagggag
atataaacaagaagaatcaggactgaataaactgctgttagaaggactgg
tggtcgcgtcgttcttgctggttgagagtgggcgcgacatgtaagggtgt
cagattccctggaactggagccacagagctgccatgtgggtgctgggcat
taaacctggatcctctggaagagcagccagtgctcttaaccactgagcca
tctctccagtccatggtaaagctgattcctgacaagacagacagacagac
aacctaagtctgatgcctggaacctatgtggtagaaagagaaaaccaatt
tccacaagttgtcttctgaccttaacctgtgttacttggcatttacacac
acacagagacacacacaacacagaagcacacagacagacagacagacaca
cacacactcacacacacataccccagacaccacacacaagatacacacac
aaacactcagacacacacactcacacacacatacacacagacacacacac
acaagatacacacacaaacactcagacacaccactcacacacacacacag
aaacacacagcacacacacagacacataccctcaattaggtgttacaaaa
taattagagccagggggttggtggcacatttctttaatctccagaaccag
agaacagaattcaatggatctttgatttaggggccagtctgggtcttcca
aatgaggttctcgaacagccaaggctacaccagagaaactcctccttgaa
aaaatataataa
gaattccagcacagggtcctaagttcaaagccagcctggaccccagagca
acatcttgtcttaagccaacaacaaagccaagcaaagtggagagcaactt
cctcttgcagaaaactggagcccaggtatccttccctgcccttccacagg
gtcagatggacaccaaggtgctaggactaaaaacatccaagctcagaaag
gacaaaaagaaggcagcatggccagagaccagaggcaaagtccaggacag
gctgccgcgttggcttttagattggagctgaggaagccagagatgcagac
atgaaggcagacaaccccacccctaccccaaagcctgctctttggtggac
aaagaacaggaaagctgcaacaggggcagggcagagacttagcccggtac
caggccctcagaaatacagtggccaccagcccatgccaaatcccacctcc
tgaaactgtatgagccccaaagaccctgtccagatatagccaagagagaa
gcagggggaccaaaaaatgagcccctcccttcaccagcccaattccaatg
agcatggaaagtgcccaagcccagacggcttctctggagcaccaaccata
gcagttaacgagacactaactccaatcctactcattctcatagggagcac
aggggaagaagaaacacttctcagctcactctacaaagctcttatcccag
atgaggacaaggggacaataagcctacatgaatgcagatgcaggagggcc
tcagcaaagcagcattcacagtacagccaaagagtcatgcagcctgacca
ggcacaactccctagagtgtggctattcccatacctgggaaatcagtagc
tgaacccccaaactctgaaaccagtaagctcagagaatcgcaggatacac
aataaataacaacgctgatttctctatatactatcaatggacttacgcac
agcaaatctaattgttttaaataataaatttcagtggggatcagctagca
tatgtgagctcgtgtttcatccccatacacatcagcacaaaatctatcaa
acataacagacatgcatgctgaaaacgaagcactagaatctgatatgtgg
gccaggcttggtctgggactagaactcagca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_65703004_65704163
seq2: B6Ng01-159J03.b_47_1208

seq1  GAATTCCTAAAGAATTAGGAATTACATGGGCCCATCCAGATAGCACACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAAGAATTAGGAATTACATGGGCCCATCCAGATAGCACACCA  50

seq1  GGAAAAGGTTGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTATGTCCTTTGGTGTTTGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGGTTGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTATGTCCTTTGGTGTTTGCC  100

seq1  TGCCTGTGTGTATGTGTAAGTGTGGGGAGCGGGTGTGGCGGCAGTCCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGTGTATGTGTAAGTGTGGGGAGCGGGTGTGGCGGCAGTCCCAA  150

seq1  AGGCGCCAGGGACTGCAGCTAAGTCATATGACTTGCACCTGACTTCCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCGCCAGGGACTGCAGCTAAGTCATATGACTTGCACCTGACTTCCTCA  200

seq1  TATAAGACACAAACATCTTGAGTGCTGCGCAGGTGTACCAGGATTCAGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACACAAACATCTTGAGTGCTGCGCAGGTGTACCAGGATTCAGGT  250

seq1  GAATCCAATTTGGTGGAGATTTGCCCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAATTTGGTGGAGATTTGCCCCTGCTGCCCTGATTAGCTGAAGCC  300

seq1  TCGTGACTGGCGAGGGGGCGTGGCCTGCTGTGCATGGATGGGAACTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGACTGGCGAGGGGGCGTGGCCTGCTGTGCATGGATGGGAACTGAGA  350

seq1  GTATAAAAGAGTGAGAGGCCCAGGGTTCGGGGGAGATATAAACAAGGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAGAGTGAGAGGCCCAGGGTTCGGGGGAGATATAAACAAGGGAG  400

seq1  ATATAAACAAGAAGAATCAGGACTGAATAAACTGCTGTTAGAAGGACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAACAAGAAGAATCAGGACTGAATAAACTGCTGTTAGAAGGACTGG  450

seq1  TGGTCGCGTCGTTCTTGCTGGTTGAGAGTGGGCGCGACATGTAAGGGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCGCGTCGTTCTTGCTGGTTGAGAGTGGGCGCGACATGTAAGGGTGT  500

seq1  CAGATTCCCTGGAACTGGAGCCACAGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTCCCTGGAACTGGAGCCACAGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGCAT  550

seq1  TAAACCTGGATCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGGATCCTCTGGAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCA  600

seq1  TCTCTCCAGTCCATGGTAAAGCTGATTCCTGACAAGACAGACAGACAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCAGTCCATGGTAAAGCTGATTCCTGACAAGACAGACAGACAGAC  650

seq1  AACCTAAGTCTGATGCCTGGAACCTATGTGGTAGAAAGAGAAAACCAA-T  699
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AACCTAAGTCTGATGCCTGGAACCTATGTGGTAGAAAGAGAAAACCAATT  700

seq1  TCCACAAGTTGTCTTCTGACCTTAACCTGTGTTACTTGGCATTTACACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAGTTGTCTTCTGACCTTAACCTGTGTTACTTGGCATTTACACAC  750

seq1  ACACAGAGACACACACAAACACAGAAGCACACAGACAGACAGACAGACAC  799
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAGACACACAC-AACACAGAAGCACACAGACAGACAGACAGACAC  799

seq1  ACACACACTCACACACACATACACACAGACACACACACACAAGATACACA  849
      |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACACACACTCACACACACATAC-CCCAGACAC-CACACACAAGATACACA  847

seq1  CACAAACACTCAGACACACACACTCACACACACATACACACAGACACACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACACTCAGACACACACACTCACACACACATACACACAGACACACA  897

seq1  CACACAAGATACACACACAAACACTCAGACACACACACTCACACACACAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACACAAGATACACACACAAACACTCAGACACAC-CACTCACACACACAC  946

seq1  ACAGACACACACAGCACACACACAGACACATACACTCAATTAGGTGTTAC  999
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACACACAGCACACACACAGACACATACCCTCAATTAGGTGTTAC  996

seq1  AAAAATAAATTAGAGCCAGGTGG-TGGTGGCACATTCCTTTAATC-CCAG  1047
      ||||   ||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||||
seq2  AAAA--TAATTAGAGCCAGGGGGTTGGTGGCACATTTCTTTAATCTCCAG  1044

seq1  CACCCAGGAGACAGAATCCAATGGATCTCTGAGTTAGGGGCCAGTCT-GG  1096
       | ||||   ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||
seq2  -AACCAGAGAACAGAATTCAATGGATCTTTGATTTAGGGGCCAGTCTGGG  1093

seq1  TCTACAGAGTGA-GTTCCAGAACAGCCAAGGCTACA-CAGAGAAACTCCA  1144
      ||| |  | ||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  TCTTCCAAATGAGGTTCTCGAACAGCCAAGGCTACACCAGAGAAACTCCT  1143

seq1  TCTTGAAAA---ATAATAA  1160
       ||||||||   |||||||
seq2  CCTTGAAAAAATATAATAA  1162

seq1: chr18_65789999_65791155
seq2: B6Ng01-159J03.g_66_1196 (reverse)

seq1  TGCTGAGTCCTAGTCCCCAGACACAGCCTGGCCCACATACTCAGATCTCT  50
      |||||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||| |||
seq2  TGCTGAGTTCTAGT-CCCAGACCAAGCCTGGCCCACATA-TCAGAT-TCT  47

seq1  AGTTGGCTTCTGTTTTCCAGCATGCATGGTCTGTTTATGTTTTGATAGAT  100
      |||  ||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
seq2  AGT--GCTTC-GTTTT-CAGCATGCAT-GTCTG-TTATG-TTTGATAGAT  90

seq1  TTTGGTTGCTTGATTGTGGTATGGGGGATGAAACACGGAGCTCACAATAT  150
      ||||  ||| ||| ||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TTTG--TGC-TGA-TGT-GTAT-GGGGATGAAACAC-GAGCTCAC-ATAT  132

seq1  GCTAGCCTGAATCCCCACCTGAAATTTATTATTTTAAAACAATTAGAATT  200
      ||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |
seq2  GCTAG-CTG-ATCCCCA-CTGAAATTTATTA-TTTAAAACAATTAGA--T  176

seq1  TTGCTGTGCGTTAAGTCCATTGATAGTATATAGAGAAATCAGCGTTGTTA  250
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTGCG-TAAGTCCATTGATAGTATATAGAGAAATCAGCGTTGTTA  225

seq1  TTTATTGTGTATCCTGCGATTCTCTTGAGCTTACTGGTTTCAGAGTTTGG  300
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTGTATCCTGCGATTCTC-TGAGCTTACTGGTTTCAGAGTTTGG  274

seq1  GGGTTCAGCTACTGATTTCCCAGGTATGGGAATAGCCACACTCTAGGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCAGCTACTGATTTCCCAGGTATGGGAATAGCCACACTCTAGGGAG  324

seq1  TTGTGCCTGGTCAGGCTGCATGACTCTTTGGCTGTACTGTGAATGCTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCCTGGTCAGGCTGCATGACTCTTTGGCTGTACTGTGAATGCTGCT  374

seq1  TTGCTGAGGCCCTCCTGCATCTGCATTCATGTAGGCTTATTGTCCCCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGAGGCCCTCCTGCATCTGCATTCATGTAGGCTTATTGTCCCCTTG  424

seq1  TCCTCATCTGGGATAAGAGCTTTGTAGAGTGAGCTGAGAAGTGTTTCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCATCTGGGATAAGAGCTTTGTAGAGTGAGCTGAGAAGTGTTTCTTC  474

seq1  TTCCCCTGTGCTCCCTATGAGAATGAGTAGGATTGGAGTTAGTGTCTCGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTGTGCTCCCTATGAGAATGAGTAGGATTGGAGTTAGTGTCTCGT  524

seq1  TAACTGCTATGGTTGGTGCTCCAGAGAAGCCGTCTGGGCTTGGGCACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTATGGTTGGTGCTCCAGAGAAGCCGTCTGGGCTTGGGCACTTT  574

seq1  CCATGCTCATTGGAATTGGGCTGGTGAAGGGAGGGGCTCATTTTTTGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTCATTGGAATTGGGCTGGTGAAGGGAGGGGCTCATTTTTTGGTC  624

seq1  CCCCTGCTTCTCTCTTGGCTATATCTGGACAGGGTCTTTGGGGCTCATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTTCTCTCTTGGCTATATCTGGACAGGGTCTTTGGGGCTCATAC  674

seq1  AGTTTCAGGAGGTGGGATTTGGCATGGGCTGGTGGCCACTGTATTTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGGAGGTGGGATTTGGCATGGGCTGGTGGCCACTGTATTTCTGA  724

seq1  GGGCCTGGTACCGGGCTAAGTCTCTGCCCTGCCCCTGTTGCAGCTTTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTGGTACCGGGCTAAGTCTCTGCCCTGCCCCTGTTGCAGCTTTCCT  774

seq1  GTTCTTTGTCCACCAAAGAGCAGGCTTTGGGGTAGGGGTGGGGTTGTCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTGTCCACCAAAGAGCAGGCTTTGGGGTAGGGGTGGGGTTGTCTG  824

seq1  CCTTCATGTCTGCATCTCTGGCTTCCTCAGCTCCAATCTAAAAGCCAACG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTCTGCATCTCTGGCTTCCTCAGCTCCAATCTAAAAGCCAACG  874

seq1  CGGCAGCCTGTCCTGGACTTTGCCTCTGGTCTCTGGCCATGCTGCCTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCAGCCTGTCCTGGACTTTGCCTCTGGTCTCTGGCCATGCTGCCTTCT  924

seq1  TTTTGTCCTTTCTGAGCTTGGATGTTTTTAGTCCTAGCACCTTGGTGTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCTTTCTGAGCTTGGATGTTTTTAGTCCTAGCACCTTGGTGTCC  974

seq1  ATCTGACCCTGTGGAAGGGCAGGGAAGGATACCTGGGCTCCAGTTTTCTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACCCTGTGGAAGGGCAGGGAAGGATACCTGGGCTCCAGTTTTCTG  1024

seq1  CAAGAGGAAGTTGCTCTCCACTTTGCTTGGCTTTGTTGTTGGCTTAAGAC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAAGTTGCTCTCCACTTTGCTTGGCTTTGTTGTTGGCTTAAGAC  1074

seq1  AAGATGTTGCTCTGGGGTCCAGGCTGGCTTTGAACTTAGGACCCTGTGCT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTGCTCTGGGGTCCAGGCTGGCTTTGAACTTAGGACCCTGTGCT  1124

seq1  GGAATTC  1157
      |||||||
seq2  GGAATTC  1131