BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-174F20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 55,459,488 - 55,627,000
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
Downstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104, LOC676543, LOC667432, Gramd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-174F20.bB6Ng01-174F20.g
ACCGA002464GA002465
length1,1301,116
definitionB6Ng01-174F20.b B6Ng01-174F20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,625,889 - 55,627,000)(55,459,488 - 55,460,282)
sequence
gaattctctctttatagcattctattctggtccctctttaagtgcatgaa
ttacttgccttgctgaaactgtgatgctctacttaatcatttacttcaac
agcgtaagaccataaagtccttactcacaccccccagaacacaatcaaaa
atacagatgtctttgaggtggattctttccatgtggaggcaaatataact
catgaagttcttcatacttctggggagatggggttgtggagtctactctg
agcctcgttacttcctctctgggagatttcaaagataaaggaaagtagaa
caccctgagaatcagcagctcttgagagcaggaaacacacagacacacag
acacagacacacacacagacacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacctgtgctcagcgttgcctgatgacactt
ttccctgccagctgacaagaatgagtacacgaagaagcaagtacccagga
cacagatgccattggatatgacctgacatgctctgctccttgggaacatt
ctgtcctcattctctggttcaggtctgagatattcatggttaggctatct
tcgtgcagcctaaatatgcacttggccactctggtccactcacacaatgc
tcatacaaattagctaaagaattagaaccaatgcaaaaattgtacaaagt
gagggcctgctgctctttctcccagcgacttatcttttcccattttccac
acagattcactctgatggaatcggttccaatgattaatcaaaatgaaatt
caaagattgatataaacagggaaagtgccacattgctgttggtgctggca
cagttgaaatcccattgttctcctgtgtgagacttgtatccttcctggga
gtgacccagcccaggcccaaaatggctcaaaaagccttctggaagcctcc
ccacagtgttaaagttcctagttgctctgcctcaatgctgccatttattg
ttgggttatggacccacctttgtgactactcagagtcctccacaggccag
tgccatttcctttttttggcaccgcttattggtcagaccagtgcctttcc
tgggtatgctgttatccacttaagccaagt
gaattctttctccttgaatcactcattttttccccctaaacttgctcctt
ttcatcaaaatggtcttcaaaagactgagcatgtgtaaccagatgagagg
gattattctaggctgttttggaatttccttagccaactcacttaatcaaa
aaagcttttcactttagcctctggcactcttttaagacaagggcaaaaat
tagccacgttctttgccgaaatatcacaagaatagtcttgaggccacata
ttaaaattcttctcctctgaaacatgagccctacaattcaaatcaccctc
aagcaccaatgtcttccatgatcctagtagtatggctcattaagctatgc
ttaaagcactccactgctttcctaacccagtctccaagtctacattcctt
caaacaatagtgtggtcagatctatcacagcagtacactagtccctggta
ccaacttctgccttagtttgtgttttattgctgtgagcatttaattgtga
taggcttatagtttcagaggtttagtccactaacaccatggtgggaacat
ggcagcatgcaggcagacatggtgctggaaaaggagctgagagttctaca
tcttcatctgaagacacaagaagttggagactgtgtggcacaccaggtgt
agcttgagcacaggaggcctcaaagcctgcctccacagtaacacactttc
ttcaacaaggccactcatactccaacaaggttcacctcctaatagtgtca
ttccctatagaccaagaattcaaacacgtgcttctatttgcgggggggag
ttattcctattcaaagtgccatacctctatgggtgaaagaagagagttcc
tataggtcctattaagtcattctggggaggaaagctgggagtatgatggc
tgggaaagagaatcacttcatgaggtgcccagatgccagctatattagca
tagatacgaaccaatcagagcagctgatttggtacagagatttgagcata
ttaggagctgacatgtcacatgccttcagagtcagtacaaaactagaaaa
ttgcaaagactggtagacttaagctggtggggcaagtaaacaagtcaatg
ctaatgtcttttgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_55625889_55627000
seq2: B6Ng01-174F20.b_42_1171 (reverse)

seq1  ACTTGGCTGTAGT-GATAACAGCATACCCAG--AAGGCACTTGGTCTGA-  46
      ||||||||  ||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||| 
seq2  ACTTGGCTTAAGTGGATAACAGCATACCCAGGAAAGGCAC-TGGTCTGAC  49

seq1  CAAT-AGCGGTGCC--AAAAAGGAAATTGCACT-GCCTGTGGA-GACTCT  91
      |||| |||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||
seq2  CAATAAGCGGTGCCAAAAAAAGGAAATGGCACTGGCCTGTGGAGGACTCT  99

seq1  GAGTAGTTCACAAAGGT-GGTCCATAA-CCAACAAT-AATGGCAGCATTG  138
      |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GAGTAG-TCACAAAGGTGGGTCCATAACCCAACAATAAATGGCAGCATTG  148

seq1  A-GCAGAGCAACTAGAACTTTTAACACTGTGGG--AGCTTCCAG-AGGC-  183
      | ||||||||||||| |  ||||||||||||||   |||||||| |||| 
seq2  AGGCAGAGCAACTAGGAACTTTAACACTGTGGGGAGGCTTCCAGAAGGCT  198

seq1  TTCTGAGCCA-TTTGGGCCT-GGCTGGGTCACT-CCAGGAAGGATACAAG  230
      || ||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGCCATTTTGGGCCTGGGCTGGGTCACTCCCAGGAAGGATACAAG  248

seq1  TCTCACACAGGAGAACAATGGGATTTCAACTGTGCCAGCACCAACAGCAA  280
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACAGGAGAACAATGGGATTTCAACTGTGCCAGCACCAACAGCAA  298

seq1  TGTGGCACTTTCCCTGTTTATATCAATCTTTGAATTTCATTTTGATTAAT  330
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCACTTTCCCTGTTTATATCAATCTTTGAATTTCATTTTGATTAAT  348

seq1  CATTGGAACCGATTCCATCAGAGTGAATCTGTGTGGAAAATGGGAAAAGA  380
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAACCGATTCCATCAGAGTGAATCTGTGTGGAAAATGGGAAAAGA  398

seq1  TAAGTCGCTGGGAGAAAGAGCAGCAGGCCCTCACTTTGTACAATTTTTGC  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCGCTGGGAGAAAGAGCAGCAGGCCCTCACTTTGTACAATTTTTGC  448

seq1  ATTGGTTCTAATTCTTTAGCTAATTTGTATGAGCATTGTGTGAGTGGACC  480
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTCTAATTCTTTAGCTAATTTGTATGAGCATTGTGTGAGTGGACC  498

seq1  AGAGTGGCCAAGTGCATATTTAGGCTGCACGAAGATAGCCTAACCATGAA  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGCCAAGTGCATATTTAGGCTGCACGAAGATAGCCTAACCATGAA  548

seq1  TATCTCAGACCTGAACCAGAGAATGAGGACAGAATGTTCCCAAGGAGCAG  580
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCAGACCTGAACCAGAGAATGAGGACAGAATGTTCCCAAGGAGCAG  598

seq1  AGCATGTCAGGTCATATCCAATGGCATCTGTGTCCTGGGTACTTGCTTCT  630
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGTCAGGTCATATCCAATGGCATCTGTGTCCTGGGTACTTGCTTCT  648

seq1  TCGTGTACTCATTCTTGTCAGCTGGCAGGGAAAAGTGTCATCAGGCAACG  680
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTACTCATTCTTGTCAGCTGGCAGGGAAAAGTGTCATCAGGCAACG  698

seq1  CTGAGCACAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  730
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCACAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  748

seq1  GTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTTT  780
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGTTT  798

seq1  CCTGCTCTCAAGAGCTGCTGATTCTCAGGGTGTTCTACTTTCCTTTATCT  830
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCTCAAGAGCTGCTGATTCTCAGGGTGTTCTACTTTCCTTTATCT  848

seq1  TTGAAATCTCCCAGAGAGGAAGTAACGAGGCTCAGAGTAGACTCCACAAC  880
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAATCTCCCAGAGAGGAAGTAACGAGGCTCAGAGTAGACTCCACAAC  898

seq1  CCCATCTCCCCAGAAGTATGAAGAACTTCATGAGTTATATTTGCCTCCAC  930
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTCCCCAGAAGTATGAAGAACTTCATGAGTTATATTTGCCTCCAC  948

seq1  ATGGAAAGAATCCACCTCAAAGACATCTGTATTTTTGATTGTGTTCTGGG  980
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGAATCCACCTCAAAGACATCTGTATTTTTGATTGTGTTCTGGG  998

seq1  GGGTGTGAGTAAGGACTTTATGGTCTTACGCTGTTGAAGTAAATGATTAA  1030
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGAGTAAGGACTTTATGGTCTTACGCTGTTGAAGTAAATGATTAA  1048

seq1  GTAGAGCATCACAGTTTCAGCAAGGCAAGTAATTCATGCACTTAAAGAGG  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGCATCACAGTTTCAGCAAGGCAAGTAATTCATGCACTTAAAGAGG  1098

seq1  GACCAGAATAGAATGCTATAAAGAGAGAATTC  1112
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAATAGAATGCTATAAAGAGAGAATTC  1130

seq1: chr18_55459488_55460282
seq2: B6Ng01-174F20.g_393_1184

seq1  TAGTAGTATGGCTCATTAAGCTATGCTTAAAGCACTCCACTGCTTTCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTATGGCTCATTAAGCTATGCTTAAAGCACTCCACTGCTTTCCTA  50

seq1  ACCCAGTCTCCAAGTCTACATTCCTTCAAACAATAGTGTGGTCAGATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCTCCAAGTCTACATTCCTTCAAACAATAGTGTGGTCAGATCTA  100

seq1  TCACAGCAGTACACTAGTCCCTGGTACCAACTTCTGCCTTAGTTTGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCAGTACACTAGTCCCTGGTACCAACTTCTGCCTTAGTTTGTGTT  150

seq1  TTATTGCTGTGAGCATTTAATTGTGATAGGCTTATAGTTTCAGAGGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGCTGTGAGCATTTAATTGTGATAGGCTTATAGTTTCAGAGGTTTA  200

seq1  GTCCACTAACACCATGGTGGGAACATGGCAGCATGCAGGCAGACATGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCACTAACACCATGGTGGGAACATGGCAGCATGCAGGCAGACATGGTG  250

seq1  CTGGAAAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGACACAAGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGACACAAGAAGT  300

seq1  TGGAGACTGTGTGGCACACCAGGTGTAGCTTGAGCACAGGAGGCCTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACTGTGTGGCACACCAGGTGTAGCTTGAGCACAGGAGGCCTCAAA  350

seq1  GCCTGCCTCCACAGTAACACACTTTCTTCAACAAGGCCACTCATACTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCCTCCACAGTAACACACTTTCTTCAACAAGGCCACTCATACTCCA  400

seq1  ACAAGGTTCACCTCCTAATAGTGTCATTCCCTATAGACCAAGAATTCAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTTCACCTCCTAATAGTGTCATTCCCTATAGACCAAGAATTCAAA  450

seq1  CACGTGCTTCTA-TTGC-GGGGGGAGTTATTCCTATTCAAAGTGCCATAC  498
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGCTTCTATTTGCGGGGGGGAGTTATTCCTATTCAAAGTGCCATAC  500

seq1  CTCTATGGGTGAAAGAAGAGAGTTCCTATA-GTTCTATTAAGTCATTCTG  547
      |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
seq2  CTCTATGGGTGAAAGAAGAGAGTTCCTATAGGTCCTATTAAGTCATTCTG  550

seq1  GGGAGGAAAGCT-GGAGTATGATGGCTGGGAAAGAGAATCACTTCATGAG  596
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGAAAGCTGGGAGTATGATGGCTGGGAAAGAGAATCACTTCATGAG  600

seq1  GTGCCCAGATGCCAGCTATATTAGCATAGATACGAACCAATCAGAGCAGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAGATGCCAGCTATATTAGCATAGATACGAACCAATCAGAGCAGC  650

seq1  TGATTTGGTACAGAGAATTTGAAGCATATTAGGGAGCTGACAGTGTCAAC  696
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||| ||
seq2  TGATTTGGTACAGAG-ATTTG-AGCATATTA-GGAGCTGACA-TGTC-AC  695

seq1  ATGCC-TCAGAGGTCAGTACAAAAACTAGAAAATTGCAAAGACTGGGAAG  745
      ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  
seq2  ATGCCTTCAGA-GTCAGTAC-AAAACTAGAAAATTGCAAAGACTGGTA--  741

seq1  GACATAAGCT-GTGGGGCAGGGAAAACAAGTCAATGTTAATGT-TTTTGA  793
      ||| |||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  GACTTAAGCTGGTGGGGCA-AGTAAACAAGTCAATGCTAATGTCTTTTGA  790

seq1  GA  795
      ||
seq2  GA  792