BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-179O01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 84,958,538 - 85,111,350
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyb5, Fbxo15
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik
Downstream gene1700034H14Rik, LOC100039765, LOC665382, LOC545269
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-179O01.bB6Ng01-179O01.g
ACCGA006476GA006477
length1,128638
definitionB6Ng01-179O01.b B6Ng01-179O01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,110,216 - 85,111,350)(84,958,538 - 84,959,175)
sequence
gaattctccagtaaggcggatgatggggagctactgagcaaaagagtgct
ttcacggacagttcaatgttattgctcccacattctttcttgcagtttgt
ttctgccatgaaaatgggctgtgctctagggaccagagccagtagatact
ctgagagccatgtctgacctctgcagctgaacactgcaccaaaaagcttt
ctgcaaagctgtaagtgcattcagttccctgatcgggtctacagttctac
cgccacctgtgcacacacatctgtcgtcacttaataaaaactgacacatt
taacctgctgaagtgacaagttgtttgattgtccttggtgagagcaaaga
aagatgtccttaatacagctttaccaggctccttggatgcctaaagggag
agaaagatgaggccaaggactccaggctcaccttcctccaggtgagcagc
tctttgctccaggccaaaacactaacagtgttcttagtgttgacgtgtag
agagaatgaatattagctgcttttctggaagctgtgagggaatacctgtc
aaagcaacttaagggggaaagactttattctggttgatggtttaagggga
catatcgcatcataccagggaactcatggagttagatggctccaaggcag
caagagcctgcggctgggatgcctcatctcttcacagtatggaaggacaa
gaagggaagagaagaaaggggaaagagagtgagtgtgtacatgcctagaa
aagaggaagagcggaggaaacagaggagaaggagaagcagggaaagacaa
gggagaagacaggaaaactgagcctggctttggtccagctaaaagcagat
ctgcccaaagcagccctcttcctccagtaaggtccccacccctaaacatt
tcacaatccctccagcaacagctggaaatgtattcaagcaacacacaagc
ctctgggggcacatcccacatctaagagaatgtgttctgatggcttatga
cccctgttaaaaaaaacaagcaaggccgggcgtggtgcaccacgccttta
atcccagcactcgggagcagagcaggcagatttctgagcagcctgttcta
caagtgagtccaggacagcatggctata

gaattctacttatgtctgttattgatgctctgtgtcttggggaagcagat
gtctctgcagggaaaggttcacatactgtgctctgcttcggaggggtggg
aagaagggggctcagtcaaactggcatacacacttttctgtgttttatat
taatattttccagtgcttactgcatggcttttccccctacaccatgttag
ttttcttgggctgtgacagaatgcttagcataaacaacttaaaatgagga
aagttttgtctagctcagtttcagttcatcacagcatggtgggatggcag
aacagaacaattcacagaacaggatatcccgaccttccatagctcttcca
cctcctaagtgtctattcagattttgatcccattaatggattaaataatt
gtttaggtcagatccctcaagggactatggaatcacattaacagtcacac
tcctagacatgttccttaatctcctagatatttctcaagcctatcaagtc
aagcttaaccaccacatacaatgtgttgcagtatttcttatccttcaacc
tccaatactgtggctgaaaacacatgtgaaaaagatttatctcatatggt
ttctgtggggttgagatttggaagtggtttgggtgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_85110216_85111350
seq2: B6Ng01-179O01.b_43_1170 (reverse)

seq1  TATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAG  50
      ||||||| | |||||||||| |||||| ||||||| |||||||  |||||
seq2  TATAGCCAT-GCTGTCCTGG-ACTCAC-TTGTAGAACAGGCTG--CTCAG  45

seq1  AAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCA  100
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||
seq2  AAATCTGCCTG-CTCTG-CTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGGTGCA  93

seq1  CCACGCCCGGCTTTGCTTGTTTTTTTTTACAGGGGTCATAAGCCATCAGA  150
      ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGCCCGGCCTTGCTTGTTTTTTTTAACAGGGGTCATAAGCCATCAGA  143

seq1  ACACATTCTCTTAGATGTGGGATGTG-CCCCAGAGGCTTGTGTGTTTGCT  199
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  ACACATTCTCTTAGATGTGGGATGTGCCCCCAGAGGCTTGTGTG-TTGCT  192

seq1  TGAATACATTTCCAGCTGTTGCTGGAGGGATTGTGAAATGTTTAGGGGTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACATTTCCAGCTGTTGCTGGAGGGATTGTGAAATGTTTAGGGGTG  242

seq1  GGGACCTTACTGGAGGAAGAGGGCTGCTTTGGGCAGATCTGCTTTTAGCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTTACTGGAGGAAGAGGGCTGCTTTGGGCAGATCTGCTTTTAGCT  292

seq1  GGACCAAAGCCAGGCTCAGTTTTCCTGTCTTCTCCCTTGTCTTTCCCTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAAAGCCAGGCTCAGTTTTCCTGTCTTCTCCCTTGTCTTTCCCTGC  342

seq1  TTCTCCTTCTCCTCTGTTTCCTCCGCTCTTCCTCTTTTCTAGGCATGTAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTCTCCTCTGTTTCCTCCGCTCTTCCTCTTTTCTAGGCATGTAC  392

seq1  ACACTCACTCTCTTTCCCCTTTCTTCTCTTCCCTTCTTGTCCTTCCATAC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCACTCTCTTTCCCCTTTCTTCTCTTCCCTTCTTGTCCTTCCATAC  442

seq1  TGTGAAGAGATGAGGCATCCCAGCCGCAGGCTCTTGCTGCCTTGGAGCCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGAGATGAGGCATCCCAGCCGCAGGCTCTTGCTGCCTTGGAGCCA  492

seq1  TCTAACTCCATGAGTTCCCTGGTATGATGCGATATGTCCCCTTAAACCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTCCATGAGTTCCCTGGTATGATGCGATATGTCCCCTTAAACCAT  542

seq1  CAACCAGAATAAAGTCTTTCCCCCTTAAGTTGCTTTGACAGGTATTCCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGAATAAAGTCTTTCCCCCTTAAGTTGCTTTGACAGGTATTCCCT  592

seq1  CACAGCTTCCAGAAAAGCAGCTAATATTCATTCTCTCTACACGTCAACAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCTTCCAGAAAAGCAGCTAATATTCATTCTCTCTACACGTCAACAC  642

seq1  TAAGAACACTGTTAGTGTTTTGGCCTGGAGCAAAGAGCTGCTCACCTGGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACACTGTTAGTGTTTTGGCCTGGAGCAAAGAGCTGCTCACCTGGA  692

seq1  GGAAGGTGAGCCTGGAGTCCTTGGCCTCATCTTTCTCTCCCTTTAGGCAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTGAGCCTGGAGTCCTTGGCCTCATCTTTCTCTCCCTTTAGGCAT  742

seq1  CCAAGGAGCCTGGTAAAGCTGTATTAAGGACATCTTTCTTTGCTCTCACC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAGCCTGGTAAAGCTGTATTAAGGACATCTTTCTTTGCTCTCACC  792

seq1  AAGGACAATCAAACAACTTGTCACTTCAGCAGGTTAAATGTGTCAGTTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAATCAAACAACTTGTCACTTCAGCAGGTTAAATGTGTCAGTTTT  842

seq1  TATTAAGTGACGACAGATGTGTGTGCACAGGTGGCGGTAGAACTGTAGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGTGACGACAGATGTGTGTGCACAGGTGGCGGTAGAACTGTAGAC  892

seq1  CCGATCAGGGAACTGAATGCACTTACAGCTTTGCAGAAAGCTTTTTGGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATCAGGGAACTGAATGCACTTACAGCTTTGCAGAAAGCTTTTTGGTG  942

seq1  CAGTGTTCAGCTGCAGAGGTCAGACATGGCTCTCAGAGTATCTACTGGCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTCAGCTGCAGAGGTCAGACATGGCTCTCAGAGTATCTACTGGCT  992

seq1  CTGGTCCCTAGAGCACAGCCCATTTTCATGGCAGAAACAAACTGCAAGAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCCTAGAGCACAGCCCATTTTCATGGCAGAAACAAACTGCAAGAA  1042

seq1  AGAATGTGGGAGCAATAACATTGAACTGTCCGTGAAAGCACTCTTTTGCT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTGGGAGCAATAACATTGAACTGTCCGTGAAAGCACTCTTTTGCT  1092

seq1  CAGTAGCTCCCCATCATCCGCCTTACTGGAGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGCTCCCCATCATCCGCCTTACTGGAGAATTC  1128


seq1: chr18_84958538_84959175
seq2: B6Ng01-179O01.g_63_700

seq1  GAATTCTACTTATGTCTGTTATTGATGCTCTGTGTCTTGGGGAAGCAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTTATGTCTGTTATTGATGCTCTGTGTCTTGGGGAAGCAGAT  50

seq1  GTCTCTGCAGGGAAAGGTTCACATACTGTGCTCTGCTTCGGAGGGGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGCAGGGAAAGGTTCACATACTGTGCTCTGCTTCGGAGGGGTGGG  100

seq1  AAGAAGGGGGCTCAGTCAAACTGGCATACACACTTTTCTGTGTTTTATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGGGGCTCAGTCAAACTGGCATACACACTTTTCTGTGTTTTATAT  150

seq1  TAATATTTTCCAGTGCTTACTGCATGGCTTTTCCCCCTACACCATGTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTTCCAGTGCTTACTGCATGGCTTTTCCCCCTACACCATGTTAG  200

seq1  TTTTCTTGGGCTGTGACAGAATGCTTAGCATAAACAACTTAAAATGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGGGCTGTGACAGAATGCTTAGCATAAACAACTTAAAATGAGGA  250

seq1  AAGTTTTGTCTAGCTCAGTTTCAGTTCATCACAGCATGGTGGGATGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGTCTAGCTCAGTTTCAGTTCATCACAGCATGGTGGGATGGCAG  300

seq1  AACAGAACAATTCACAGAACAGGATATCCCGACCTTCCATAGCTCTTCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAACAATTCACAGAACAGGATATCCCGACCTTCCATAGCTCTTCCA  350

seq1  CCTCCTAAGTGTCTATTCAGATTTTGATCCCATTAATGGATTAAATAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTAAGTGTCTATTCAGATTTTGATCCCATTAATGGATTAAATAATT  400

seq1  GTTTAGGTCAGATCCCTCAAGGGACTATGGAATCACATTAACAGTCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGTCAGATCCCTCAAGGGACTATGGAATCACATTAACAGTCACAC  450

seq1  TCCTAGACATGTTCCTTAATCTCCTAGATATTTCTCAAGCCTATCAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGACATGTTCCTTAATCTCCTAGATATTTCTCAAGCCTATCAAGTC  500

seq1  AAGCTTAACCACCACATACAATGTGTTGCAGTATTTCTTATCCTTCAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAACCACCACATACAATGTGTTGCAGTATTTCTTATCCTTCAACC  550

seq1  TCCAATACTGTGGCTGAAAACACATGTGAAAAAGATTTATCTCATATGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATACTGTGGCTGAAAACACATGTGAAAAAGATTTATCTCATATGGT  600

seq1  TTCTGTGGGGTTGAGATTTGGAAGTGGTTTGGGTGTGA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGGGGTTGAGATTTGGAAGTGGTTTGGGTGTGA  638


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |