BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183D16
Chromosome18 (Build37)
Map Location 45,193,770 - 45,300,323
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626309
Upstream geneLOC666969, EG433180, Spink12, LOC100042855, 9530002K18Rik, Spink11, Npy6r, Myot, Dcp2, Mcc, LOC100042883, Ythdc2
Downstream geneLOC225457, LOC100042900, Kcnn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183D16.bB6Ng01-183D16.g
ACCGA008914GA008915
length1,1511,197
definitionB6Ng01-183D16.b B6Ng01-183D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,193,770 - 45,194,915)(45,299,146 - 45,300,323)
sequence
gaattcctttgagggagatcacaaagcctggggaaggggaggggagctag
agcaagaatcagaggcaatacaataagaggcagagagagactgtagatgc
tgatttagaagagttacagagccataacccaaggaatgccagatgacatc
ataggtaagaggtaactaatggcctctcttccagattatcctgcagaagt
acagacatgctgacagtgtaactttggtccaattgtgctgattttggact
tctagtttctaaaactctgggagaatacatttctgatatttcatgttatt
aaaattttgtaatttattactgtactaacagattggtagtttttagaata
agaaatgttcacttccagccaacatagataccttagttctttgggtttct
attactatatattactatagatgaggtgattgataaaccagctatatttg
atcctcatagttacaggagatggaggtacaacattaaagtactagcaaat
tggggtgctgtcaggtgtggagtttgcttagggctacttactggttcatg
cccatgtctcattggtggaagggctgggtgagagttcaatgttgtttctt
ttatacctacactttctttgcccaatggttctacctgatacaatcacatt
gtggatcaactgtttaacatgtaaattatgagatgtggtatacacatatt
caaatttttagtactaaaaacacgatatacattcccaatctagataccaa
aaaaaaaaaatggggaagtatacaaactaatggttctcaagacatcagac
accaggaaatgaaggcagtgatatgagagagagagagagagagagagaga
tagaaatgcagttggaaaaaccatgcttttgccagagcatgagtcaaatc
atggttcgctgctgccatggacagtctaaagcagctctacatccatacac
cctgggattaaaatgtaagcattattctttcattgtgccctctgctcctt
taagaacccaaaattcctgagttctccaaaaatgtcactacagcattttc
ccgcaccccgaaacagcttaaccaaaaagaagaagaccccggaatcctta
aaataagaataaagaagggtaattattaaaatttccaaagaaatggttgt
t

gaattcagacagccaacagcaatagatcaagtagtcaatagtcaattaga
acaagtgacaatacacttagaaagtgtggctgctggacacagcaacagcc
ataaccctggctatgtcctcacccccatccccttcccctgtgccttcttc
tgagtgagcatttctcagaaaagggatgctgctttctcagaagcccattt
cgcccaaggtttaataagttataaatagatgtataagattgaagaatatg
cataagggtctaattacccagcaaattaaaatgtttacaaggggaaaaga
aatggtgctctgtaggagcttccctggagaggatgttttgatccaaccta
gctaccacccattatattttgcattttgttttggaggtccctggatagtc
tatgtggagttgaccactgccactgtgtttatatgacgaccactagatga
ccgcccatcattatcaacatcagtatgaacccaagtgtctttaattcttg
cattgaatgtcaggaaagtttccagagagattccccaacttacagagagg
aggcaaattaaatgtgatctaaaaccttgatcagcctattcctcagttaa
cgtgatttgggatttagctccctaatctaaaatactcccttaaccttctc
catccttatcagagcacacaaaggcaatttgaagcatggcacctgaatat
acaaggcaatcttagccctcagggatcacttccactgaaagtcttaatat
cccccagctggcttctcctcagtgctaatcgcaaaaatgataactgcact
tgatagccctcatgtcaatgaaagacagatgactaaaaactttattacat
ttatttattttctgtgtgtgcacatgtgtatgtctggagagtccgtgcat
cagttctctttctttcagctacaatgggagctgggaatcacagtcagatc
acagggccttagtcactagcacctcttagcccacggagccattcttgtca
acccagatgtacaacttttaattccccaagaatttctgttttccgtatca
tgaaagacacagaaaggtcagaatgcattttcttcatgtcaaaatgtttc
cttgaatgaaaactttacagagtaaggattgattaggacatccattatgg
tttaactcaggaatccgtaaggtaaaaattcacggccaaggggattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_45193770_45194915
seq2: B6Ng01-183D16.b_46_1196

seq1  GAATTCCTTTGAGGGAGATCACAAAGCCTGGGGAAGGGGAGGGGAGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGAGGGAGATCACAAAGCCTGGGGAAGGGGAGGGGAGCTAG  50

seq1  AGCAAGAATCAGAGGCAATACAATAAGAGGCAGAGAGAGACTGTAGATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGAATCAGAGGCAATACAATAAGAGGCAGAGAGAGACTGTAGATGC  100

seq1  TGATTTAGAAGAGTTACAGAGCCATAACCCAAGGAATGCCAGATGACATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTAGAAGAGTTACAGAGCCATAACCCAAGGAATGCCAGATGACATC  150

seq1  ATAGGTAAGAGGTAACTAATGGCCTCTCTTCCAGATTATCCTGCAGAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTAAGAGGTAACTAATGGCCTCTCTTCCAGATTATCCTGCAGAAGT  200

seq1  ACAGACATGCTGACAGTGTAACTTTGGTCCAATTGTGCTGATTTTGGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACATGCTGACAGTGTAACTTTGGTCCAATTGTGCTGATTTTGGACT  250

seq1  TCTAGTTTCTAAAACTCTGGGAGAATACATTTCTGATATTTCATGTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTTCTAAAACTCTGGGAGAATACATTTCTGATATTTCATGTTATT  300

seq1  AAAATTTTGTAATTTATTACTGTACTAACAGATTGGTAGTTTTTAGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTGTAATTTATTACTGTACTAACAGATTGGTAGTTTTTAGAATA  350

seq1  AGAAATGTTCACTTCCAGCCAACATAGATACCTTAGTTCTTTGGGTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTTCACTTCCAGCCAACATAGATACCTTAGTTCTTTGGGTTTCT  400

seq1  ATTACTATATATTACTATAGATGAGGTGATTGATAAACCAGCTATATTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTATATATTACTATAGATGAGGTGATTGATAAACCAGCTATATTTG  450

seq1  ATCCTCATAGTTACAGGAGATGGAGGTACAACATTAAAGTACTAGCAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCATAGTTACAGGAGATGGAGGTACAACATTAAAGTACTAGCAAAT  500

seq1  TGGGGTGCTGTCAGGTGTGGAGTTTGCTTAGGGCTACTTACTGGTTCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGCTGTCAGGTGTGGAGTTTGCTTAGGGCTACTTACTGGTTCATG  550

seq1  CCCATGTCTCATTGGTGGAAGGGCTGGGTGAGAGTTCAATGTTGTTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTCTCATTGGTGGAAGGGCTGGGTGAGAGTTCAATGTTGTTTCTT  600

seq1  TTATACCTACACTTTCTTTGCCCAATGGTTCTACCTGATACAATCACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACCTACACTTTCTTTGCCCAATGGTTCTACCTGATACAATCACATT  650

seq1  GTGGATCAACTGTTTAACATGTAAATTATGAGATGTGGTATACACATATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCAACTGTTTAACATGTAAATTATGAGATGTGGTATACACATATT  700

seq1  CAAATTTTTAGTACTAAAAACACGATATACATTCCCAATCTAGATACCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTTAGTACTAAAAACACGATATACATTCCCAATCTAGATACCAA  750

seq1  AAAAAAAAAATGGGGAAGTATACAAACTAATGGTTCTCAAGACATCAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATGGGGAAGTATACAAACTAATGGTTCTCAAGACATCAGAC  800

seq1  ACCAGGAAATGAAGGCAAGTGATATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  850
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAAATGAAGGC-AGTGATATGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  849

seq1  AATAGAAATGCAGTTGGCAAAAACCATGCTTTTGCCAGAGCATGAGTCAA  900
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ATAGAAATGCAGTTGG-AAAAACCATGCTTTTGCCAGAGCATGAGTCAA  897

seq1  ATCATGGTTCGCTGCTGCCATGGACAGTCTAAAGCAGCTCTACATCCATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGGTTCGCTGCTGCCATGGACAGTCTAAAGCAGCTCTACATCCATA  947

seq1  CA-CCTGGGATTAAAATGAAAGCA-TATTCTTTCATTGTG-CCTCTGCTC  997
      || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CACCCTGGGATTAAAATGTAAGCATTATTCTTTCATTGTGCCCTCTGCTC  997

seq1  TTTAAAGAACCCAAAATTCCTGAGTTCT-CAAAAATGTCACTACAGCA-T  1045
       || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CTTTAAGAACCCAAAATTCCTGAGTTCTCCAAAAATGTCACTACAGCATT  1047

seq1  TTCCCGCACCCC-AAACAAGCTAACC-AAAAGAAGAAGACCC--GGATCC  1091
      |||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||||||  | ||||
seq2  TTCCCGCACCCCGAAACAGCTTAACCAAAAAGAAGAAGACCCCGGAATCC  1097

seq1  ATAAAATTAGAGATAAAGATGGTTAATTATATAAAATTCCAAGGAAATGG  1141
       |||||| ||| ||||||| || |||||||  ||| |||||| |||||||
seq2  TTAAAATAAGA-ATAAAGAAGGGTAATTATTAAAATTTCCAAAGAAATGG  1146

seq1  TTGTT  1146
      |||||
seq2  TTGTT  1151


seq1: chr18_45299146_45300323
seq2: B6Ng01-183D16.g_66_1262 (reverse)

seq1  GAATCACCTTG--CGTGAATTTTTTACTTA-GGGCTCCTGAGTTAAACAC  47
      ||||| |||||  |||||||||||  |||| ||  ||||||||||||| |
seq2  GAATCCCCTTGGCCGTGAATTTTTACCTTACGGATTCCTGAGTTAAAC-C  49

seq1  ATAATGATTGT-CTTATC-ATCTTAACTCTGT-AAGTTTTCA-TCAAG--  91
      ||||||  ||| || ||| ||| | ||||||| ||||||||| |||||  
seq2  ATAATGGATGTCCTAATCAATCCTTACTCTGTAAAGTTTTCATTCAAGGA  99

seq1  AACATTTTGACATG-AGGAAATGCATTCTGACC-TTCTGTGTCTTTCATG  139
      |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACATTTTGACATGAAGAAAATGCATTCTGACCTTTCTGTGTCTTTCATG  149

seq1  ATACG--AAACAGAAAT--CTGGGGAATTAAAAGTTGTACATCTGGGTTG  185
      |||||  ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGGAAAACAGAAATTCTTGGGGAATTAAAAGTTGTACATCTGGGTTG  199

seq1  ACAAG-ATGGCTCCGT-GGCT-AGAGGTGCTTGTGACTAA-GCCCTGTGA  231
      ||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  ACAAGAATGGCTCCGTGGGCTAAGAGGTGCTAGTGACTAAGGCCCTGTGA  249

seq1  TCTGACTGTGATTCCCAGCTCCCA-TGTAGCTG-AAGGAAGAGAACTGAT  279
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||
seq2  TCTGACTGTGATTCCCAGCTCCCATTGTAGCTGAAAGAAAGAGAACTGAT  299

seq1  GCACGGACTCTCCAGACATACACATGTGCACACACAGAAAATAAATAAAT  329
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGGACTCTCCAGACATACACATGTGCACACACAGAAAATAAATAAAT  349

seq1  GTAATAAAGTTTTTAGTCATCTGTCTTTCATTTGACATGAGGGCTATCAA  379
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTAATAAAGTTTTTAGTCATCTGTCTTTCA-TTGACATGAGGGCTATCAA  398

seq1  GTGCAGTTATCATTTTTGCGATTAGCACTGAGGAGAAGCCAGCTGGGGGA  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGTTATCATTTTTGCGATTAGCACTGAGGAGAAGCCAGCTGGGGGA  448

seq1  TATTAAGACTTTCAGTGGAAGTGATCCCTGAGGGCTAAGATTGCCTTGTA  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGACTTTCAGTGGAAGTGATCCCTGAGGGCTAAGATTGCCTTGTA  498

seq1  TATTCAGGTGCCATGCTTCAAATTGCCTTTGTGTGCTCTGATAAGGATGG  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGTGCCATGCTTCAAATTGCCTTTGTGTGCTCTGATAAGGATGG  548

seq1  AGAAGGTTAAGGGAGTATTTTAGATTAGGGAGCTAAATCCCAAATCACGT  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTAAGGGAGTATTTTAGATTAGGGAGCTAAATCCCAAATCACGT  598

seq1  TAACTGAGGAATAGGCTGATCAAGGTTTTAGATCACATTTAATTTGCCTC  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGGAATAGGCTGATCAAGGTTTTAGATCACATTTAATTTGCCTC  648

seq1  CTCTCTGTAAGTTGGGGAATCTCTCTGGAAACTTTCCTGACATTCAATGC  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGTAAGTTGGGGAATCTCTCTGGAAACTTTCCTGACATTCAATGC  698

seq1  AAGAATTAAAGACACTTGGGTTCATACTGATGTTGATAATGATGGGCGGT  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTAAAGACACTTGGGTTCATACTGATGTTGATAATGATGGGCGGT  748

seq1  CATCTAGTGGTCGTCATATAAACACAGTGGCAGTGGTCAACTCCACATAG  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGTGGTCGTCATATAAACACAGTGGCAGTGGTCAACTCCACATAG  798

seq1  ACTATCCAGGGACCTCCAAAACAAAATGCAAAATATAATGGGTGGTAGCT  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCCAGGGACCTCCAAAACAAAATGCAAAATATAATGGGTGGTAGCT  848

seq1  AGGTTGGATCAAAACATCCTCTCCAGGGAAGCTCCTACAGAGCACCATTT  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGATCAAAACATCCTCTCCAGGGAAGCTCCTACAGAGCACCATTT  898

seq1  CTTTTCCCCTTGTAAACATTTTAATTTGCTGGGTAATTAGACCCTTATGC  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCCTTGTAAACATTTTAATTTGCTGGGTAATTAGACCCTTATGC  948

seq1  ATATTCTTCAATCTTATACATCTATTTATAACTTATTAAACCTTGGGCGA  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTCAATCTTATACATCTATTTATAACTTATTAAACCTTGGGCGA  998

seq1  AATGGGCTTCTGAGAAAGCAGCATCCCTTTTCTGAGAAATGCTCACTCAG  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGCTTCTGAGAAAGCAGCATCCCTTTTCTGAGAAATGCTCACTCAG  1048

seq1  AAGAAGGCACAGGGGAAGGGGATGGGGGTGAGGACATAGCCAGGGTTATG  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGCACAGGGGAAGGGGATGGGGGTGAGGACATAGCCAGGGTTATG  1098

seq1  GCTGTTGCTGTGTCCAGCAGCCACACTTTCTAAGTGTATTGTCACTTGTT  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGCTGTGTCCAGCAGCCACACTTTCTAAGTGTATTGTCACTTGTT  1148

seq1  CTAATTGACTATTGACTACTTGATCTATTGCTGTTGGCTGTCTGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGACTATTGACTACTTGATCTATTGCTGTTGGCTGTCTGAATTC  1197


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |