BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185I14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 19,619,019 - 19,779,928
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665629
Upstream geneLOC100040658, LOC665624
Downstream geneDsc3, Dsc2, Dsc1, Dsg1c, Dsg1a, Dsg1b, Dsg4, LOC435558, Dsg3, Tpi-rs10, Dsg2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185I14.bB6Ng01-185I14.g
ACCGA010619GA010620
length1,1701,083
definitionB6Ng01-185I14.b B6Ng01-185I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,619,019 - 19,620,187)(19,778,844 - 19,779,928)
sequence
gaattcattgcaaaaatatcaaattttcctaccattgatccatttccatg
cttacctatacaacaacttttcatttaatgttatattatgttacagttat
ttcaagttgttttaaatgggaagtgtagcattttgtaataactacctcat
cctaataaagggaaaattgtacagctatgaacaaacaaacattgctgctc
ttctaccagcctcaaggtttatttaaagaacagatgggtacggggaaagt
aataacatgaacttgtaaaaaaaaaattatgctggagaaagttctattct
tttctttggactcctttcttgacctttttgattaattcctgtccttgttt
cttacattttttaagtgctcagggaatagccctctcgaatatcagatttg
tcataatatcattaagcacaaaaggagaaaacactgtaaatttccttggg
cagtggaagctattgcttgacttattattaggttttatttggttttagtt
gagtatataggggtatagcattattttatgtcttatgaatgaaaaagcac
aaaatttcaaatagtaaagtaagtcacaaaaaaaatcacagaattgaaaa
cattattaaaatagtctataaatttaattttcatagagtagatatacata
gaaatattgctatacaattagacgagcttttgcatatttctctgtgatat
acatgatttggggaaatggaatctaaatatcaaatctatggcttagagct
tgatttgtatgtctctgatgttaaactatactgccagacatctgagtgct
tataagatcattaaattctgtctaactcatactatgtacatatgtaataa
ttataatcattgcatccatataaacttgttaactgaaaaacaaaaagtca
taaagatcatagtagaaatatgttccttttatgataagattctgagtcat
aggttttcccttccagaatcagtggacacagtcagccttatttcagactt
aaaagtacttcttgtcctgaatcagtaatgtcagagttctaccctactgt
agcactgttctgaactccacacaggaacatatacctagcaacgggtaatg
agatgatctggcctgatgcaagtttgatttctttataacagttacggatt
ggcgtgtgatgagcaatcta

gaattcaccttggaaacattgtgttaatcagcagaatgataacttgtgag
tttgatgaacagagtgggttgggaatgatgtacttgttcttctgtaaaga
ggagtttttatcctgtagaggtaccatccattgacgattttaaagatggc
atcaccaattttgacagtttagatgctttaaatggcattggagttgtcct
tattgatgttcagcttgaataactgacttatcatctgtctaccttcttac
tgttgcactgagaatatgggatattggagaaatgttttgtaaaatatttc
ttcttaccattagcatctatactaaagtaagatctagacttttgatattt
gggtttattgtgttgcttggaatctttgactagaaaccaccataaggcaa
cttcttcaaaggctcattgaagtgacatttcttctgctgaaaggatagca
tctctttcatttttatttattttaaagaatcttcaaggagtggtgaaaac
agtcatattcttaaatatgaaattaagaatgtttgtatctttgcaagtac
cctgctgcaatgatgaagggaacaataccttagcttcttccttttggtca
gtaccaaaaataatagcactcaaattgagtacaaaatcaaaaatagtgat
ctcatctttaacaacttgagtggctgcttcctccaaagatgaggagttaa
catggctctgtaaaagaatgaatttgacatgcactctgatttaaatcata
gctccttagcttaatagctatttgaccttgagcaaattaattaaccttac
aaatcccaagtttctgaagtacagatcaaggctaataatacctctcttgg
aatcactgttagaattagacttaataagctgggagtttagctcagtagta
gaatgcttgcctgaatctagtgcatgtgcatcaaataaattacagcacag
cctttatccactgtactcaatcaatatatttgttttaattaaaaaacaaa
agcatcattgtgatggtatttattttatttttgagatagcacacatttaa
agcattctcccttcccttattttctcaaacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_19619019_19620187
seq2: B6Ng01-185I14.b_44_1213

seq1  GAATTCATTGCAAAAATATCAAATTTTCCTACCATTGATCCATTTCCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCAAAAATATCAAATTTTCCTACCATTGATCCATTTCCATG  50

seq1  CTTACCTATACAACAACTTTTCATTTAATGTTATATTATGTTACAGTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTATACAACAACTTTTCATTTAATGTTATATTATGTTACAGTTAT  100

seq1  TTCAAGTTGTTTTAAATGGGAAGTGTAGCATTTTGTAATAACTACCTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGTTGTTTTAAATGGGAAGTGTAGCATTTTGTAATAACTACCTCAT  150

seq1  CCTAATAAAGGGAAAATTGTACAGCTATGAACAAACAAACATTGCTGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATAAAGGGAAAATTGTACAGCTATGAACAAACAAACATTGCTGCTC  200

seq1  TTCTACCAGCCTCAAGGTTTATTTAAAGAACAGATGGGTACGGGGAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACCAGCCTCAAGGTTTATTTAAAGAACAGATGGGTACGGGGAAAGT  250

seq1  AATAACATGAACTTGTAAAAAAAAAATTATGCTGGAGAAAGTTCTATTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACATGAACTTGTAAAAAAAAAATTATGCTGGAGAAAGTTCTATTCT  300

seq1  TTTCTTTGGACTCCTTTCTTGACCTTTTTGATTAATTCCTGTCCTTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGGACTCCTTTCTTGACCTTTTTGATTAATTCCTGTCCTTGTTT  350

seq1  CTTACATTTTTTAAGTGCTCAGGGAATAGCCCTCTCGAATATCAGATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATTTTTTAAGTGCTCAGGGAATAGCCCTCTCGAATATCAGATTTG  400

seq1  TCATAATATCATTAAGCACAAAAGGAGAAAACACTGTAAATTTCCTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAATATCATTAAGCACAAAAGGAGAAAACACTGTAAATTTCCTTGGG  450

seq1  CAGTGGAAGCTATTGCTTGACTTATTATTAGGTTTTATTTGGTTTTAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAGCTATTGCTTGACTTATTATTAGGTTTTATTTGGTTTTAGTT  500

seq1  GAGTATATAGGGGTATAGCATTATTTTATGTCTTATGAATGAAAAAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATATAGGGGTATAGCATTATTTTATGTCTTATGAATGAAAAAGCAC  550

seq1  AAAATTTCAAATAGTAAAGTAAGTCACAAAAAAAATCACAGAATTGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTCAAATAGTAAAGTAAGTCACAAAAAAAATCACAGAATTGAAAA  600

seq1  CATTATTAAAATAGTCTATAAATTTAATTTTCATAGAGTAGATATACATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATTAAAATAGTCTATAAATTTAATTTTCATAGAGTAGATATACATA  650

seq1  GAAATATTGCTATACAATTAGACGAGCTTTTGCATATTTCTCTGTGATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATTGCTATACAATTAGACGAGCTTTTGCATATTTCTCTGTGATAT  700

seq1  ACATGATTTGGGGAAATGGAATCTAAATATCAAATCTATGGCTTAGAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATTTGGGGAAATGGAATCTAAATATCAAATCTATGGCTTAGAGCT  750

seq1  TGATTTGTATGTCTCTGATGTTAAACTATACTGCCAGACATCTGAGTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGTATGTCTCTGATGTTAAACTATACTGCCAGACATCTGAGTGCT  800

seq1  TATAAGATCATTAAATTCTGTCTAACTCATACTATGTACATATGTAATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGATCATTAAATTCTGTCTAACTCATACTATGTACATATGTAATAA  850

seq1  TTATAATCATTGCATCCATATAAACTTGTTAACTGAAAAACAAAAAGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATCATTGCATCCATATAAACTTGTTAACTGAAAAACAAAAAGTCA  900

seq1  TAAAGATCATAGTAGAAATATGTTCCTTTTATGATAAGAATCTGAGTCAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TAAAGATCATAGTAGAAATATGTTCCTTTTATGATAAGATTCTGAGTCAT  950

seq1  AGGTTTTCCCTTCCAGAATCAGGTGACACAGTCAGCCTTA-TTCAGACTT  999
      ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGTTTTCCCTTCCAGAATCAGTGGACACAGTCAGCCTTATTTCAGACTT  1000

seq1  AAAAGTACT--CTGTCCTG-ATCAGTAATGTCAGAG-TCTACCCTACTGT  1045
      |||||||||   ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAAGTACTTCTTGTCCTGAATCAGTAATGTCAGAGTTCTACCCTACTGT  1050

seq1  AGCACCTGTTCTGAACTCCACACAGGAACATATACCTAGCAACGGGAAAA  1095
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  AGCA-CTGTTCTGAACTCCACACAGGAACATATACCTAGCAACGGGTAAT  1099

seq1  GGAAGAATGATCTGG-CTGATGCAGGTTTGATTTCTTTATAACAGTTACG  1144
      |  || ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  G--AG-ATGATCTGGCCTGATGCAAGTTTGATTTCTTTATAACAGTTACG  1146

seq1  AATGGTGTGGGTGATGAGGAATCTA  1169
       || | | | |||||||| ||||||
seq2  GATTG-GCGTGTGATGAGCAATCTA  1170


seq1: chr18_19778844_19779928
seq2: B6Ng01-185I14.g_67_1149 (reverse)

seq1  AATGTTTGGAGAAAATAAAGGGAAGGGAGAATGCTTTAATTGTGTGCTAA  50
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  AATGTTT-GAGAAAAT-AAGGGAAGGGAGAATGCTTTAAATGTGTGCT-A  47

seq1  TCTCAAAAATAAAATAAATACCATCACAAATGATTGCTTTTG-TTTTTAA  99
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||
seq2  TCTCAAAAATAAAATAAATACCATCAC-AATGA-TGCTTTTGTTTTTTAA  95

seq1  TTAAAACAAATATATTGATTGAGTACAGTGGAT-AAGGCTGTGCTGT-AT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  TTAAAACAAATATATTGATTGAGTACAGTGGATAAAGGCTGTGCTGTAAT  145

seq1  TTATTTGATGCACATGCACTAGATTCAGGCAAGCATTCTACTACTGAGCT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGATGCACATGCACTAGATTCAGGCAAGCATTCTACTACTGAGCT  195

seq1  AAACTCCCAGCTTATTAAGTCTAATTCTAACAGTGATTCCAAGAGAGGTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCCAGCTTATTAAGTCTAATTCTAACAGTGATTCCAAGAGAGGTA  245

seq1  TTATTAGCCTTGATCTGTACTTCAGAAACTTGGGATTTGTAAGGTTAATT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGCCTTGATCTGTACTTCAGAAACTTGGGATTTGTAAGGTTAATT  295

seq1  AATTTGCTCAAGGTCAAATAGCTATTAAGCTAAGGAGCTATGATTTAAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGCTCAAGGTCAAATAGCTATTAAGCTAAGGAGCTATGATTTAAAT  345

seq1  CAGAGTGCATGTCAAATTCATTCTTTTACAGAGCCATGTTAACTCCTCAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGCATGTCAAATTCATTCTTTTACAGAGCCATGTTAACTCCTCAT  395

seq1  CTTTGGAGGAAGCAGCCACTCAAGTTGTTAAAGATGAGATCACTATTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGAGGAAGCAGCCACTCAAGTTGTTAAAGATGAGATCACTATTTTT  445

seq1  GATTTTGTACTCAATTTGAGTGCTATTATTTTTGGTACTGACCAAAAGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGTACTCAATTTGAGTGCTATTATTTTTGGTACTGACCAAAAGGA  495

seq1  AGAAGCTAAGGTATTGTTCCCTTCATCATTGCAGCAGGGTACTTGCAAAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTAAGGTATTGTTCCCTTCATCATTGCAGCAGGGTACTTGCAAAG  545

seq1  ATACAAACATTCTTAATTTCATATTTAAGAATATGACTGTTTTCACCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACATTCTTAATTTCATATTTAAGAATATGACTGTTTTCACCACT  595

seq1  CCTTGAAGATTCTTTAAAATAAATAAAAATGAAAGAGATGCTATCCTTTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAGATTCTTTAAAATAAATAAAAATGAAAGAGATGCTATCCTTTC  645

seq1  AGCAGAAGAAATGTCACTTCAATGAGCCTTTGAAGAAGTTGCCTTATGGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGAAATGTCACTTCAATGAGCCTTTGAAGAAGTTGCCTTATGGT  695

seq1  GGTTTCTAGTCAAAGATTCCAAGCAACACAATAAACCCAAATATCAAAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTAGTCAAAGATTCCAAGCAACACAATAAACCCAAATATCAAAAG  745

seq1  TCTAGATCTTACTTTAGTATAGATGCTAATGGTAAGAAGAAATATTTTAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATCTTACTTTAGTATAGATGCTAATGGTAAGAAGAAATATTTTAC  795

seq1  AAAACATTTCTCCAATATCCCATATTCTCAGTGCAACAGTAAGAAGGTAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTCTCCAATATCCCATATTCTCAGTGCAACAGTAAGAAGGTAG  845

seq1  ACAGATGATAAGTCAGTTATTCAAGCTGAACATCAATAAGGACAACTCCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGATAAGTCAGTTATTCAAGCTGAACATCAATAAGGACAACTCCA  895

seq1  ATGCCATTTAAAGCATCTAAACTGTCAAAATTGGTGATGCCATCTTTAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCATTTAAAGCATCTAAACTGTCAAAATTGGTGATGCCATCTTTAAA  945

seq1  ATCGTCAATGGATGGTACCTCTACAGGATAAAAACTCCTCTTTACAGAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTCAATGGATGGTACCTCTACAGGATAAAAACTCCTCTTTACAGAAG  995

seq1  AACAAGTACATCATTCCCAACCCACTCTGTTCATCAAACTCACAAGTTAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTACATCATTCCCAACCCACTCTGTTCATCAAACTCACAAGTTAT  1045

seq1  CATTCTGCTGATTAACACAATGTTTCCAAGGTGAATTC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGCTGATTAACACAATGTTTCCAAGGTGAATTC  1083


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |