BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-186L02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 89,368,893 - 89,496,575
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd226, Dok6
Upstream geneLOC100039972, LOC623177, LOC665497, LOC100040003, LOC623208, Socs6, Rttn
Downstream geneLOC383320, LOC620693, Eif3s6-ps2, LOC665526
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-186L02.bB6Ng01-186L02.g
ACCGA011467GA011468
length1,1061,078
definitionB6Ng01-186L02.b B6Ng01-186L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,495,465 - 89,496,575)(89,368,893 - 89,369,978)
sequence
gaattccaagagcctcaaaaccacctgaatcctgatactcataaagacag
gagtgtcctttgccctgggcagggttgtattgcatctgtggtggtcccag
aattctataatttgtttatcctttacaggtgaaattttactgtatccagg
gatatctctagaacatggtatgctctataatggattagaagatgcaggcc
aagtagaagataggtctgaagagacttattgcagtgagctcacataagtg
tgggagtgggtactatgtagacaattgtcaggttaacatatgagatacta
tagcaaagctgagttgctatccattggcagaatatcttcctcccaagact
attcagtgttgctcttgggtcatttcagctaatgaaatcacaggcactca
gactgtagcacacaatctctaaattatgacttccatcatctattaaaaaa
agtcttcagagcaatgtcccttttggtgtttgaccaataactggggtcta
taatttgtatttttcatataacaaagaaccatccctactacatgtaatgc
ttcattatgtggtcaagggctaccaggcaacaaggagagcactggtacca
tcttgaaaccagcatgttaaaggacccctggctactagctagggaagaaa
aaacaaacaaacaaacaaaaaacaaacaaacaaaaaaaaacggaagaacc
aaagatagccatgggcagctggtataacctctcagagttaaatacgtgcc
aatgggcaccagcataatctgcacaacaattgtcatctggctttatcttg
caaagttttcagttaaataataagtataaaaatataacaagagtcagatt
tttacatgcatataaatgacattttattttatgttattatcatcattgat
agcaaagacacttatttaaaacaaatgtgcttgagtattaggtagtatca
tttctagccactgagatttgtggaaagctctgtgtatggaggggttggca
tgttcaggatcagagatatgtggtctctctctgtgtgtaccagggttacc
ttatatgtgttgaaggttagagacccatagatctcgttctacattgtttg
agacaa

gaattctaagtcacagagtggagaaaaatcacatcacacctaattccatt
taggtttgtttgaatacactgtcacagtatctaatttgtttttctatatt
ataccactttactggatcctattccctgtcttttcctgaacacacacaca
cattcaattgtcaaacatttaattcttttttgttgttgttgttcgtttgt
ttgttttgtttttcgagacagggtttcctctgcatagccctggctgtcct
ggaactcactttgtagactaggctgaccttgaactcaggaatctgcctgc
ctctgcctcctgagtgctgggattaaaggcgtgcgccaccatgcccagct
aaacatttaatttttaatctctcaaattcttaatttacaatgtggactat
gattttttatactatttatttctagttgttgtcgcaagcatctgacacag
catgccattgggctctgtcctttcaatgttctaggaagcttaatgttagc
cacagttcagggtattggggactcaagtaataaacacacaatgaacttca
aactgtactggcttctgcagttgggattacaaaggtacagttgcagtctt
gattattactaataatatttgttttactataatggaatttataatcacat
aaaagttatcaaagcatgtttaagtgtctgcttaagttgtgtttaacaga
ttcataatgctctacaataaccacttcactttttttgtgtgtgtaataaa
gctacctattggggctggggcttaaacttgagtcctctggaagagtaacc
attgcaattagtcagtgagccatttctatagtcccaataaccacttctta
tccactcaaaatcattttttataatcccccaataaaactttataaattag
tctctccccattctgttattctaccagcttctgcaaacagcaatgtgctt
tgaatatcttacagatttaccattctggggccatttgtgcctacactgtt
taatttattttctatatcatcatatgatggcatgatcatgcctatttcta
tgtgacagaattatgtctctgctatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_89495465_89496575
seq2: B6Ng01-186L02.b_42_1147 (reverse)

seq1  TTGTCTCAAACAATGTAGAACGGAAGGATCTGTGGTTCTCTAACC-TCCA  49
      ||||||||||||||||||||||    ||||| ||| ||||||||| || |
seq2  TTGTCTCAAACAATGTAGAACG---AGATCTATGGGTCTCTAACCTTCAA  47

seq1  CACATATAGGGTAACCCTTGTACACACAGAGAGAGACCACATATCTCTGA  99
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATAAGGTAACCCTGGTACACACAGAGAGAGACCACATATCTCTGA  97

seq1  TTCTGAACATGCCACCCCCTCCCATACACAGAGCTTTCCACAAAATCTCA  149
      | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCCTGAACATGCCAACCCCT-CCATACACAGAGCTTTCCAC-AAATCTCA  145

seq1  GT-GCTAGAAAATGATACTACCTAATACTCAAGCACATTTTGTTTTAAAT  198
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGGCTAG-AAATGATACTACCTAATACTCAAGCACA-TTTGTTTTAAAT  193

seq1  AAGTGTCTTTGCTATCAATGATGATAATAACATAAAATAAAATGTCATTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCTTTGCTATCAATGATGATAATAACATAAAATAAAATGTCATTT  243

seq1  ATATGCATGTAAAAATCTGACTCTTGTTATATTTTTATACTTATTATTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCATGTAAAAATCTGACTCTTGTTATATTTTTATACTTATTATTTA  293

seq1  ACTGAAAACTTTGCAAGATAAAGCCAGATGACAATTGTTGTGCAGATTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAACTTTGCAAGATAAAGCCAGATGACAATTGTTGTGCAGATTAT  343

seq1  GCTGGTGCCCATTGGCACGTATTTAACTCTGAGAGGTTATACCAGCTGCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTGCCCATTGGCACGTATTTAACTCTGAGAGGTTATACCAGCTGCC  393

seq1  CATGGCTATCTTTGGTTCTTCCGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTATCTTTGGTTCTTCCGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGTT  443

seq1  TGTTTGTTTGTTTTTTCTTCCCTAGCTAGTAGCCAGGGGTCCTTTAACAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTGTTTTTTCTTCCCTAGCTAGTAGCCAGGGGTCCTTTAACAT  493

seq1  GCTGGTTTCAAGATGGTACCAGTGCTCTCCTTGTTGCCTGGTAGCCCTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTCAAGATGGTACCAGTGCTCTCCTTGTTGCCTGGTAGCCCTTG  543

seq1  ACCACATAATGAAGCATTACATGTAGTAGGGATGGTTCTTTGTTATATGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATAATGAAGCATTACATGTAGTAGGGATGGTTCTTTGTTATATGA  593

seq1  AAAATACAAATTATAGACCCCAGTTATTGGTCAAACACCAAAAGGGACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAAATTATAGACCCCAGTTATTGGTCAAACACCAAAAGGGACAT  643

seq1  TGCTCTGAAGACTTTTTTTAATAGATGATGGAAGTCATAATTTAGAGATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGAAGACTTTTTTTAATAGATGATGGAAGTCATAATTTAGAGATT  693

seq1  GTGTGCTACAGTCTGAGTGCCTGTGATTTCATTAGCTGAAATGACCCAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTACAGTCTGAGTGCCTGTGATTTCATTAGCTGAAATGACCCAAG  743

seq1  AGCAACACTGAATAGTCTTGGGAGGAAGATATTCTGCCAATGGATAGCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACACTGAATAGTCTTGGGAGGAAGATATTCTGCCAATGGATAGCAA  793

seq1  CTCAGCTTTGCTATAGTATCTCATATGTTAACCTGACAATTGTCTACATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTTGCTATAGTATCTCATATGTTAACCTGACAATTGTCTACATA  843

seq1  GTACCCACTCCCACACTTATGTGAGCTCACTGCAATAAGTCTCTTCAGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCACTCCCACACTTATGTGAGCTCACTGCAATAAGTCTCTTCAGAC  893

seq1  CTATCTTCTACTTGGCCTGCATCTTCTAATCCATTATAGAGCATACCATG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTCTACTTGGCCTGCATCTTCTAATCCATTATAGAGCATACCATG  943

seq1  TTCTAGAGATATCCCTGGATACAGTAAAATTTCACCTGTAAAGGATAAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAGATATCCCTGGATACAGTAAAATTTCACCTGTAAAGGATAAAC  993

seq1  AAATTATAGAATTCTGGGACCACCACAGATGCAATACAACCCTGCCCAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATAGAATTCTGGGACCACCACAGATGCAATACAACCCTGCCCAGG  1043

seq1  GCAAAGGACACTCCTGTCTTTATGAGTATCAGGATTCAGGTGGTTTTGAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGACACTCCTGTCTTTATGAGTATCAGGATTCAGGTGGTTTTGAG  1093

seq1  GCTCTTGGAATTC  1111
      |||||||||||||
seq2  GCTCTTGGAATTC  1106


seq1: chr18_89368893_89369978
seq2: B6Ng01-186L02.g_64_1141

seq1  GAATTCTAAGTCACAGAGTGGAGAAAAATCACATCACACCTAATTCCATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGTCACAGAGTGGAGAAAAATCACATCACACCTAATTCCATT  50

seq1  TAGGTTTGTTTGAATACACTGTCACAGTATCTAATTTGTTTTTCTATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTGTTTGAATACACTGTCACAGTATCTAATTTGTTTTTCTATATT  100

seq1  ATACCACTTTACTGGATCCTATTCCCTGTCTTTTCCTGAACACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCACTTTACTGGATCCTATTCCCTGTCTTTTCCTGAACACACACACA  150

seq1  CATTCAATTGTCAAACATTTAATTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTCGTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAATTGTCAAACATTTAATTCTTTTTTGTTGTTGTTGTTCGTTTGT  200

seq1  TTGTTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCCTCTGCATAGCCCTGGCTGTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTTTTTCGAGACAGGGTTTCCTCTGCATAGCCCTGGCTGTCCT  250

seq1  GGAACTCACTTTGTAGACTAGGCTGACCTTGAACTCAGGAATCTGCCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACTCACTTTGTAGACTAGGCTGACCTTGAACTCAGGAATCTGCCTGC  300

seq1  CTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCATGCCCAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCATGCCCAGCT  350

seq1  AAACATTTAATTTTTAATCTCTCAAATTCTTAATTTACAATGTGGACTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTAATTTTTAATCTCTCAAATTCTTAATTTACAATGTGGACTAT  400

seq1  GATTTTTTATACTATTTATTTCTAGTTGTTGTCGCAAGCATCTGACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTATACTATTTATTTCTAGTTGTTGTCGCAAGCATCTGACACAG  450

seq1  CATGCCATTGGGCTCTGTCCTTTCAATGTTCTAGGAAGCTTAATGTTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCATTGGGCTCTGTCCTTTCAATGTTCTAGGAAGCTTAATGTTAGC  500

seq1  CACAGTTCAGGGTATTGGGGACTCAAGTAATAAACACACAATGAACTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTCAGGGTATTGGGGACTCAAGTAATAAACACACAATGAACTTCA  550

seq1  AACTGTACTGGCTTCTGCAGTTGGGATTACAAAGGTACAGTTGCAGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTACTGGCTTCTGCAGTTGGGATTACAAAGGTACAGTTGCAGTCTT  600

seq1  GATTATTACTAATAATATTTGTTTTACTATAATGGAATTTATAATCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTACTAATAATATTTGTTTTACTATAATGGAATTTATAATCACAT  650

seq1  AAAAGTTATCAAAGCATGTTTAAGTGTCTGCTTAAGTTGTGTTTAACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTATCAAAGCATGTTTAAGTGTCTGCTTAAGTTGTGTTTAACAGA  700

seq1  TTCATAATGCTCTACAATAACCACTTCACTTTTTTTGTGTGTGTAATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATGCTCTACAATAACCACTTCACTTTTTTTGTGTGTGTAATAAA  750

seq1  GCTACCTATTGGGGCTGGGGCTTAAACTTGAGTCCTCTGGAAGAGTAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTATTGGGGCTGGGGCTTAAACTTGAGTCCTCTGGAAGAGTAACC  800

seq1  ATTGCAATTAGTCAGTGAGCCATTTCTATAGTCCCAATAACCACTTCTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAATTAGTCAGTGAGCCATTTCTATAGTCCCAATAACCACTTCTTA  850

seq1  TCCACTCAAAATCATTTTTTATAATCCCCCAATAAAACTTTATAAATTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAAAATCATTTTTTATAATCCCCCAATAAAACTTTATAAATTAG  900

seq1  TCTCTCCCCATTCTGTTATTCTACCAGCTTCTGCAAACAGCAATGTGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCCATTCTGTTATTCTACCAGCTTCTGCAAACAGCAATGTGCTT  950

seq1  TGAATATCTTACAGATTTACCCATTCTGGGGCCATTTGTGCCTACACTGT  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATCTTACAGATTTA-CCATTCTGGGGCCATTTGTGCCTACACTGT  999

seq1  TTTATTTATTTTCTATAATCATTCATATGATGGCATGAATCAATGCCTAT  1050
      || ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  TTAATTTATTTTCTAT-ATCA-TCATATGATGGCATG-ATC-ATGCCTAT  1045

seq1  TTCTTATTGTGACAGAATAATGTCTCCTGCTATGAT  1086
      ||||   ||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  TTCT--ATGTGACAGAATTATGTCT-CTGCTATGAT  1078


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |