BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-187I03
Chromosome18 (Build37)
Map Location 75,105,493 - 75,258,361
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLipg, Rpl17, BC031181, Dym
Upstream geneMapk4, 2810433K01Rik, Cxxc1, EG435570, Mbd1, Ccdc11, LOC628298, LOC668124, LOC668126, Myo5b, Acaa2, LOC672799
Downstream geneLOC628356, EG667777, Smad7, Gm672, Zbtb7c, 4833419G08Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-187I03.bB6Ng01-187I03.g
ACCGA012069GA012070
length1,1301,112
definitionB6Ng01-187I03.b B6Ng01-187I03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,257,243 - 75,258,361)(75,105,493 - 75,106,592)
sequence
gaattcacatgactgcctgcaaagcatcattcctcaaacatcacaaatcc
cttgaagcatctcaccggactactgtccccctcacaccttcctgctctgt
ccctggcagtcagcagcactcctgcacatttataacgtcagcaactactt
cactgtctgatcctccacacaaccatccttgtttaaaacatttcaacgtc
cccccaaaaaattcatgcaaaaatgtggtcctagtcccgccctggccaca
ggctgcctgtacacgcaccttactaattcacaccatggccaccggctgcc
tgaactaactgctgcacttcaatgcagttttgaatccacgtcaggccgca
gtcagggcggtcctccggtccctgactcagatagcttttccccttcctct
gtcagcagccttgctgtgcactcgtcctcagccatcctggaggctcgggc
tctgcaccaggcaggtgtccctctcgagtattcctttccaagcctacact
tgatcttgaccgcatgcactactccactgacaccatgtcctacagcaagt
acacacaaccgaagaacaagctgtggtcgctctgcttgctctgacttaac
tgtgtgatggatctctagtggatccccactccgggccactgtctctcctg
tgtctgtctttcaacttccaaagtaatcctcaacctccaggcgcagagcg
cttacctgtgctaactgaaaacttgattcaagagaaggtccttctttaaa
acccacgagctctcggcccttgctcctatcatacaggagacagaccatct
cttcttttcctcgggagcatcacttctctatcagtaaatgataaggccta
caaaagggcaactgcttcataaatactttctagctaatcctgactctgcc
tataccctgtgagattggtcagttttcggtgacaaatacctaagagaaaa
cagtgtaaattaagaaaaggactcctcagggttcaggaggcatggtccat
caaactgcagagggccacaactaggaggagggtgcttgcttcctccagtg
cacgttctcagtggcacttccttcaagctcgcttccccaacgtgcgccct
tccaatgcattactcaagctctgcttcccc
ccggatgtacagctccctcgaggggttgctgggttgagacaggtagttgc
gaaactcattccacaggttgtaccaggaatgggctaccccctcccaggta
agtcgcatcttcaagagatcgcccaagtcctcctcagtgtagacaaggaa
ggtgtttgtggcattcagctcaatcttctccactctgcaaggtgagaccg
aggctgatctcattcccctgccccttggggaactgcccacctcccgccct
ccacgcccccacctcaaaggaccatgcactatgacacggccgtgaagctg
agttgcactccacatgacagataactctgtccaaagagcccgacttctta
tcaaaaccattcctgagaagttctccctttgtgccactaactcctaagag
acagtaccaaggaaagacagagtcacctccctaaggcaagcatgctgtcc
ctcagctcagaggctatggtctcaccttctctctcccttacccttcctcc
tcttccaatttgcatgggctgtcttgccacatcaagctagcaattgtaga
tggtctagccttgtcttccagcaaggctggacccttacaagtatgactct
agtggccttccttccttccttattccttgctgacaagaccccactgtatt
tttcaggctggcctggaactcacaagtttcccgccaccaccttccaactg
ctgggattacaggttgcatcgccacacccagccaacatcacttggcagga
ggatgctctgtgcatggtgggaattcaaccaatcactacagacttctacg
aacccctcccacagatgatcactacagaagacccagggatgacatatagt
cccttaaaagcctctggtgtcaggcgttgcctgagataacacagccgttc
tctgggcagctgatccagcagtttctcacaacagcttgactcattctcgg
gagctttttcctccctgaagccctctgagtcaagggactttggagaacac
acagtagaggagagaaagagtagaacacggatgccagctagaaccacccc
taatttcctccccaggcaagctggcttgtttcctcctgtgcctcttcaat
gcccttcctttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_75257243_75258361
seq2: B6Ng01-187I03.b_45_1174 (reverse)

seq1  GGGGAAGC-GAGCTGGAGGAAATGCATTGG-AGGGCGCACGTTGGGGGAA  48
      |||||||| ||||| || | |||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  GGGGAAGCAGAGCTTGA-GTAATGCATTGGAAGGGCGCACGTT-GGGGAA  48

seq1  GCGAGC-TGGAGGAAGTG-CACTGGAGAACGTGCACTGGAGGAAGCAAGC  96
      |||||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGAGCTTGAAGGAAGTGCCACT-GAGAACGTGCACTGGAGGAAGCAAGC  97

seq1  ACCCTCCTCCTAG-TGT-GCCCTCTGCAGTTTGATGGACCATGCCT-CTG  143
      ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCCTCCTCCTAGTTGTGGCCCTCTGCAGTTTGATGGACCATGCCTCCTG  147

seq1  AACCCTGAGGAGT-CTTTTCTT-ATTTACACTG-TTTCTCTTAGGTATTT  190
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACCCTGAGGAGTCCTTTTCTTAATTTACACTGTTTTCTCTTAGGTATTT  197

seq1  GTCACCGAAAACTGACC-ATCTCACAGGGTATAGGCAGAGTCAGGA-TAG  238
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTCACCGAAAACTGACCAATCTCACAGGGTATAGGCAGAGTCAGGATTAG  247

seq1  CTAG-AAGTATTTATGAAGCAGTTG-CCTTTTGTAGGCCTTATCA-TTAC  285
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTAGAAAGTATTTATGAAGCAGTTGCCCTTTTGTAGGCCTTATCATTTAC  297

seq1  TGATAGAGAAGTGATGCTCCCGAGGAAAAGAAGAGATGGTCTGTCTCCTG  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGAGAAGTGATGCTCCCGAGGAAAAGAAGAGATGGTCTGTCTCCTG  347

seq1  TATGATAGGAGCAAGGGCCGAGAGCTCGTGGGTTTTAAAGAAGGACCTTC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAGGAGCAAGGGCCGAGAGCTCGTGGGTTTTAAAGAAGGACCTTC  397

seq1  TCTTTGAATCAAGTTTTCAGTTAGCACAGGTAAGCGCTCTGCGCCTGGAG  435
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TC-TTGAATCAAGTTTTCAGTTAGCACAGGTAAGCGCTCTGCGCCTGGAG  446

seq1  GTTGAGGATTACTTTGGAAGTTGAAAGACAGACACAGGAGAGACAGTGGC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGATTACTTTGGAAGTTGAAAGACAGACACAGGAGAGACAGTGGC  496

seq1  CCGGAGTGGGGATCCACTAGAGATCCATCACACAGTTAAGTCAGAGCAAG  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGTGGGGATCCACTAGAGATCCATCACACAGTTAAGTCAGAGCAAG  546

seq1  CAGAGCGACCACAGCTTGTTCTTCGGTTGTGTGTACTTGCTGTAGGACAT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCGACCACAGCTTGTTCTTCGGTTGTGTGTACTTGCTGTAGGACAT  596

seq1  GGTGTCAGTGGAGTAGTGCATGCGGTCAAGATCAAGTGTAGGCTTGGAAA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAGTGGAGTAGTGCATGCGGTCAAGATCAAGTGTAGGCTTGGAAA  646

seq1  GGAATACTCGAGAGGGACACCTGCCTGGTGCAGAGCCCGAGCCTCCAGGA  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATACTCGAGAGGGACACCTGCCTGGTGCAGAGCCCGAGCCTCCAGGA  696

seq1  TGGCTGAGGACGAGTGCACAGCAAGGCTGCTGACAGAGGAAGGGGAAAAG  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGAGGACGAGTGCACAGCAAGGCTGCTGACAGAGGAAGGGGAAAAG  746

seq1  CTATCTGAGTCAGGGACCGGAGGACCGCCCTGACTGCGGCCTGACGTGGA  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGAGTCAGGGACCGGAGGACCGCCCTGACTGCGGCCTGACGTGGA  796

seq1  TTCAAAACTGCATTGAAGTGCAGCAGTTAGTTCAGGCAGCCGGTGGCCAT  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACTGCATTGAAGTGCAGCAGTTAGTTCAGGCAGCCGGTGGCCAT  846

seq1  GGTGTGAATTAGTAAGGTGCGTGTACAGGCAGCCTGTGGCCAGGGCGGGA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGAATTAGTAAGGTGCGTGTACAGGCAGCCTGTGGCCAGGGCGGGA  896

seq1  CTAGGACCACATTTTTGCATGAATTTTTTGGGGGGACGTTGAAATGTTTT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACCACATTTTTGCATGAATTTTTTGGGGGGACGTTGAAATGTTTT  946

seq1  AAACAAGGATGGTTGTGTGGAGGATCAGACAGTGAAGTAGTTGCTGACGT  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGGATGGTTGTGTGGAGGATCAGACAGTGAAGTAGTTGCTGACGT  996

seq1  TATAAATGTGCAGGAGTGCTGCTGACTGCCAGGGACAGAGCAGGAAGGTG  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATGTGCAGGAGTGCTGCTGACTGCCAGGGACAGAGCAGGAAGGTG  1046

seq1  TGAGGGGGACAGTAGTCCGGTGAGATGCTTCAAGGGATTTGTGATGTTTG  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGGACAGTAGTCCGGTGAGATGCTTCAAGGGATTTGTGATGTTTG  1096

seq1  AGGAATGATGCTTTGCAGGCAGTCATGTGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGATGCTTTGCAGGCAGTCATGTGAATTC  1130

seq1: chr18_75105493_75106592
seq2: B6Ng01-187I03.g_74_1185

seq1  CCGGATGTACAGCTCCCTCGAGGGGTTGCTGGGTTGAGACAGGTAGTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGATGTACAGCTCCCTCGAGGGGTTGCTGGGTTGAGACAGGTAGTTGC  50

seq1  GAAACTCATTCCACAGGTTGTACCAGGAATGGGCTACCCCCTCCCAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCATTCCACAGGTTGTACCAGGAATGGGCTACCCCCTCCCAGGTA  100

seq1  AGTCGCATCTTCAAGAGATCGCCCAAGTCCTCCTCAGTGTAGACAAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGCATCTTCAAGAGATCGCCCAAGTCCTCCTCAGTGTAGACAAGGAA  150

seq1  GGTGTTTGTGGCATTCAGCTCAATCTTCTCCACTCTGCAAGGTGAGACCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTGTGGCATTCAGCTCAATCTTCTCCACTCTGCAAGGTGAGACCG  200

seq1  AGGCTGATCTCATTCCCCTGCCCCTTGGGGAACTGCCCACCTCCCGCCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGATCTCATTCCCCTGCCCCTTGGGGAACTGCCCACCTCCCGCCCT  250

seq1  CCACGCCCCCACCTCAAAGGACCATGCACTATGACACGGCCGTGAAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGCCCCCACCTCAAAGGACCATGCACTATGACACGGCCGTGAAGCTG  300

seq1  AGTTGCACTCCACATGACAGATAACTCTGTCCAAAGAGCCCGACTTCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCACTCCACATGACAGATAACTCTGTCCAAAGAGCCCGACTTCTTA  350

seq1  TCAAAACCATTCCTGAGAAGTTCTCCCTTTGTGCCACTAACTCCTAAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCATTCCTGAGAAGTTCTCCCTTTGTGCCACTAACTCCTAAGAG  400

seq1  ACAGTACCAAGGAAAGACAGAGTCACCTCCCTAAGGCAAGCATGCTGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACCAAGGAAAGACAGAGTCACCTCCCTAAGGCAAGCATGCTGTCC  450

seq1  CTCAGCTCAGAGGCTATGGTCTCACCTTCTCTCTCCCTTACCCTTCCTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTCAGAGGCTATGGTCTCACCTTCTCTCTCCCTTACCCTTCCTCC  500

seq1  TCTTCCAATTTGCATGGGCTGTCTTGCCACATCAAGCTAGCAATTGTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCAATTTGCATGGGCTGTCTTGCCACATCAAGCTAGCAATTGTAGA  550

seq1  TGGTCTAGCCTTGTCTTCCAGCAAGGCTGGACCCTTACAAGTATGACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAGCCTTGTCTTCCAGCAAGGCTGGACCCTTACAAGTATGACTCT  600

seq1  AGTGGCCTTCCTTCCTTCCTTATTCCTTGCTGACAAGACCCCACTGTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCTTCCTTCCTTCCTTATTCCTTGCTGACAAGACCCCACTGTATT  650

seq1  TTTCAGGCTGGCCTGGAACTCACAAGTTTCCCGCCACCACCTTCCAACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGCTGGCCTGGAACTCACAAGTTTCCCGCCACCACCTTCCAACTG  700

seq1  CTGGGATTACAGGTTGCATCGCCACACCCAGCCAACATCACTTGGCAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTACAGGTTGCATCGCCACACCCAGCCAACATCACTTGGCAGGA  750

seq1  GGATGCTCTGTGCATGGTGGGAATTCAACCAATCACTACAGACTTCTACG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTCTGTGCATGGTGGGAATTCAACCAATCACTACAGACTTCTACG  800

seq1  AACCCCTCCCACAGATGATCACTACAGAAGACCCAGGGATGACATATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCCCACAGATGATCACTACAGAAGACCCAGGGATGACATATAGT  850

seq1  CCCTT-AAAGCCTCTGGTGTCAGGCGTTGCCTGAGATAACACAGCCG-TC  898
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCTTAAAAGCCTCTGGTGTCAGGCGTTGCCTGAGATAACACAGCCGTTC  900

seq1  TCTGGGCAGCTGATCCAGCAGTTTCTCAC-ACAGC-TGACTCA-TCTCGG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||
seq2  TCTGGGCAGCTGATCCAGCAGTTTCTCACAACAGCTTGACTCATTCTCGG  950

seq1  GAGCTTTT--CTCCCTGAAGCCCTCTGAGTCAA-GGAC-TTGGAGAACAC  991
      ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  GAGCTTTTTCCTCCCTGAAGCCCTCTGAGTCAAGGGACTTTGGAGAACAC  1000

seq1  ACAGTAGAGGAGAGGAAAGAGAAG-ACACGGATGCCAGCTAGAACCA-CC  1039
      ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGTAGAGGAGA-GAAAGAGTAGAACACGGATGCCAGCTAGAACCACCC  1049

seq1  CTATTCTTC-CCCCGGGCAAGCTGGCTTGTCT-CTCCTGTGCTTCTTCCA  1087
      ||| | | | |||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||
seq2  CTAATTTCCTCCCCAGGCAAGCTGGCTTGTTTCCTCCTGTGCCTCTT-CA  1098

seq1  ATG-CCTTCCTTTG  1100
      ||| ||||||||||
seq2  ATGCCCTTCCTTTG  1112