BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-191G11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 28,187,015 - 28,343,333
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665977, EG665646
Downstream geneEG271505, EG625997, BC051408
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-191G11.bB6Ng01-191G11.g
ACCGA014903GA014904
length1,1531,183
definitionB6Ng01-191G11.b B6Ng01-191G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,342,184 - 28,343,333)(28,187,015 - 28,188,187)
sequence
gaattcctaggcaatacacagtggtaaacaaagcaagcagaaattctttt
gtggaacaatcccctttctgattttaccttttattcttagcacttttatc
tgaaacttcaggcctgagcaaatatctcttagcagaaagtacaaagtcac
agagaacaaagcagtgcagctagcccatgcagatgcaaattttcatttga
aatatctgactatgttgtcttgtatagctgacatttatttttattgcttc
ttaatatttcatcacataaatatatcactcttgttcacccatttggtttt
acatagatatagcatctgtttccaatgaaaaaactccaagaattaaagat
gcttgaagaattgttctaaaaaaacagctggccctatgttgtgaggcagg
actcacctcctgggtcaaaagatggtcaggtcttcatccaccatggaaat
cactgtggagatttatcaaaaaactaaacattaaactgccatataactca
cttatacaactcataagtttatgttcaaaaagctgtaagacaacacacag
tttccatatttaaatattctgtatatttctacactatttgcaataaccag
aaaatgaaacacactgtgatatccatcagcagaagtatttataaaaaaag
gggcaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacat
acacacacaccacaccacaccacaaacatgcacacactgagagagttgtc
ttccactataaagttgaatagaattatgtcacctgaagaaatatggatgg
gcctagcatcataatgcaaggtgaaattagataaagtcaaagaaatatac
cacatcatcttgtaatgcaggtttttaaatatagattctaggatcactat
ttaaaacacttaatatttaataatgaagatcagatcctcaaaatccatgt
aaaaatgaggtagtttggggggtatacttgtatttcagtgttatcaggaa
tagaggaagtgatatcttgatcaaggtggctctaaagaacaagccatttc
ttcaaactctgagtgtgaagactttctcatgatacgaagaatttctgacc
aagaaagccattgaatatcaacctcatgtttcctccactacttagcatta
cac

gaattctcactagcagacacattgaatcagatagagagtgagatgagtag
gttcagctatatgtgctctctaatgtttaaaatatccttgaagtacctac
aattatctttggatataagatttacaagagtcattcttcatttgattttt
gatttttgaaataaatcatcaattagaagcaaggatatgtgtgttaaagt
ctagggaggtagagacaagtattatggatgaaacctaaccgatatgttca
cagggtctttgattttggacaaggtattttacatgctatgctttaatatg
ttcatatataaaaggggatagcacttacttaatgttaggagttgtgaaaa
ataaatatattgatttaagccaaccacttagggatgagatttgcagaaaa
taagtctctgctgcagggaattgtgaatgaaggacatctctgatcacacc
ttatttttgatgttgtatacccccccccccaccaccacagatgtcagaac
tagttggcaaaaagaggctcatgatttatgtcgacatagtagagattgtc
ctatatactgtaagtgttagcggggaagcaatagttctaatcttcttcat
ctctttttaagtttaggggaaagttgtgctttctcagtcaatatatgttt
taatatttgtagaatgacatagaatgaaacatttgttaaaattaagcaag
tatagaggactaagagaacacttgttatacacaaacctgtgaaaaagatc
taatgcaatttccatccatggttcctgtccacaaactcaaaatactgtgt
gagccaggaactagtgatatctgctgaagagcactgaggtttgcctagaa
catcaaaagcctccctgaaaccatgtccttctttgggcatgaagtccttg
tgagacctatatgtgtaggtagctcaggagaggccactgcaagatcgctg
accccaatgcatttaacacatgatagtatgtcacagttagtctgcagaac
ctgcttagaacattctcaaaccccccaaaatcagacaggcatgctctttc
tgtcaatccaccatgccatcttgttcaaaacagtgacggtgcttgagctt
caccaccacgatacagtgttagatcttgacctgtacacgtaatcaacctt
gttttttttttccatttttataaggtatttagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_28342184_28343333
seq2: B6Ng01-191G11.b_42_1194 (reverse)

seq1  GTGTAAATGCTAAGTAGTGGAG--AACATGAGGTTGATATTCAATGCCTT  48
      |||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGT-AATGCTAAGTAGTGGAGGAAACATGAGGTTGATATTCAATGGCTT  49

seq1  TCTTGGTCAG-AATTCTTCGTATTCATTGAG-AAGTC-TCACACTCAGAG  95
      |||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||
seq2  TCTTGGTCAGAAATTCTTCGTA-TCA-TGAGAAAGTCTTCACACTCAGAG  97

seq1  TTTGAAGAAATGGCTTG-TCTTTAGAGCCACCTTGATCAAGATATCACTT  144
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAAATGGCTTGTTCTTTAGAGCCACCTTGATCAAGATATCACTT  147

seq1  CCTCTA-TCCTGATAACACTGAAATTACAAGTATACCCCCCAAACTACCT  193
      |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATTCCTGATAACACTGAAA-TACAAGTATACCCCCCAAACTACCT  196

seq1  CATTTTTACATGGATTTTGAGGATCTGATCTTCATTATTAAATATTAAGT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTACATGGATTTTGAGGATCTGATCTTCATTATTAAATATTAAGT  246

seq1  GTTTTAAATAGTGATCCTAGAATCTATATTTAAAAACCTGCATTACAAGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAATAGTGATCCTAGAATCTATATTTAAAAACCTGCATTACAAGA  296

seq1  TGATGTGGTATATTTCTTTGACTTTATCTAATTTCACCTTGCATTATGAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGGTATATTTCTTTGACTTTATCTAATTTCACCTTGCATTATGAT  346

seq1  GCTAGGCCCATCCATATTTCTTCAGGTGACATAATTCTATTCAACTTTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGCCCATCCATATTTCTTCAGGTGACATAATTCTATTCAACTTTAT  396

seq1  AGTGGAAGACAACTCTCTCAGTGTGTGCATGTTTGTGGTGTGGTGTGGTG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGACAACTCTCTCAGTGTGTGCATGTTTGTGGTGTGGTGTGGTG  446

seq1  TGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  496

seq1  TTTGCCCCTTTTTTTATAAATACTTCTGCTGATGGATATCACAGTGTGTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCCTTTTTTTATAAATACTTCTGCTGATGGATATCACAGTGTGTT  546

seq1  TCATTTTCTGGTTATTGCAAATAGTGTAGAAATATACAGAATATTTAAAT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCTGGTTATTGCAAATAGTGTAGAAATATACAGAATATTTAAAT  596

seq1  ATGGAAACTGTGTGTTGTCTTACAGCTTTTTGAACATAAACTTATGAGTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAACTGTGTGTTGTCTTACAGCTTTTTGAACATAAACTTATGAGTT  646

seq1  GTATAAGTGAGTTATATGGCAGTTTAATGTTTAGTTTTTTGATAAATCTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAGTGAGTTATATGGCAGTTTAATGTTTAGTTTTTTGATAAATCTC  696

seq1  CACAGTGATTTCCATGGTGGATGAAGACCTGACCATCTTTTGACCCAGGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGATTTCCATGGTGGATGAAGACCTGACCATCTTTTGACCCAGGA  746

seq1  GGTGAGTCCTGCCTCACAACATAGGGCCAGCTGTTTTTTTAGAACAATTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTCCTGCCTCACAACATAGGGCCAGCTGTTTTTTTAGAACAATTC  796

seq1  TTCAAGCATCTTTAATTCTTGGAGTTTTTTCATTGGAAACAGATGCTATA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCATCTTTAATTCTTGGAGTTTTTTCATTGGAAACAGATGCTATA  846

seq1  TCTATGTAAAACCAAATGGGTGAACAAGAGTGATATATTTATGTGATGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTAAAACCAAATGGGTGAACAAGAGTGATATATTTATGTGATGAA  896

seq1  ATATTAAGAAGCAATAAAAATAAATGTCAGCTATACAAGACAACATAGTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAGAAGCAATAAAAATAAATGTCAGCTATACAAGACAACATAGTC  946

seq1  AGATATTTCAAATGAAAATTTGCATCTGCATGGGCTAGCTGCACTGCTTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTCAAATGAAAATTTGCATCTGCATGGGCTAGCTGCACTGCTTT  996

seq1  GTTCTCTGTGACTTTGTACTTTCTGCTAAGAGATATTTGCTCAGGCCTGA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCTGTGACTTTGTACTTTCTGCTAAGAGATATTTGCTCAGGCCTGA  1046

seq1  AGTTTCAGATAAAAGTGCTAAGAATAAAAGGTAAAATCAGAAAGGGGATT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAGATAAAAGTGCTAAGAATAAAAGGTAAAATCAGAAAGGGGATT  1096

seq1  GTTCCACAAAAGAATTTCTGCTTGCTTTGTTTACCACTGTGTATTGCCTA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACAAAAGAATTTCTGCTTGCTTTGTTTACCACTGTGTATTGCCTA  1146

seq1  GGAATTC  1150
      |||||||
seq2  GGAATTC  1153


seq1: chr18_28187015_28188187
seq2: B6Ng01-191G11.g_68_1250

seq1  GAATTCTCACTAGCAGACACATTGAATCAGATAGAGAGTGAGATGAGTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACTAGCAGACACATTGAATCAGATAGAGAGTGAGATGAGTAG  50

seq1  GTTCAGCTATATGTGCTCTCTAATGTTTAAAATATCCTTGAAGTACCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGCTATATGTGCTCTCTAATGTTTAAAATATCCTTGAAGTACCTAC  100

seq1  AATTATCTTTGGATATAAGATTTACAAGAGTCATTCTTCATTTGATTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCTTTGGATATAAGATTTACAAGAGTCATTCTTCATTTGATTTTT  150

seq1  GATTTTTGAAATAAATCATCAATTAGAAGCAAGGATATGTGTGTTAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTGAAATAAATCATCAATTAGAAGCAAGGATATGTGTGTTAAAGT  200

seq1  CTAGGGAGGTAGAGACAAGTATTATGGATGAAACCTAACCGATATGTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAGGTAGAGACAAGTATTATGGATGAAACCTAACCGATATGTTCA  250

seq1  CAGGGTCTTTGATTTTGGACAAGGTATTTTACATGCTATGCTTTAATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCTTTGATTTTGGACAAGGTATTTTACATGCTATGCTTTAATATG  300

seq1  TTCATATATAAAAGGGGATAGCACTTACTTAATGTTAGGAGTTGTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATATAAAAGGGGATAGCACTTACTTAATGTTAGGAGTTGTGAAAA  350

seq1  ATAAATATATTGATTTAAGCCAACCACTTAGGGATGAGATTTGCAGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATATATTGATTTAAGCCAACCACTTAGGGATGAGATTTGCAGAAAA  400

seq1  TAAGTCTCTGCTGCAGGGAATTGTGAATGAAGGACATCTCTGATCACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCTCTGCTGCAGGGAATTGTGAATGAAGGACATCTCTGATCACACC  450

seq1  TTATTTTTGATGTTGTATACCCCCCCCCCCACCACCACAGATGTCAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGATGTTGTATACCCCCCCCCCCACCACCACAGATGTCAGAAC  500

seq1  TAGTTGGCAAAAAGAGGCTCATGATTTATGTCGACATAGTAGAGATTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGCAAAAAGAGGCTCATGATTTATGTCGACATAGTAGAGATTGTC  550

seq1  CTATATACTGTAAGTGTTAGCGGGGAAGCAATAGTTCTAATCTTCTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATACTGTAAGTGTTAGCGGGGAAGCAATAGTTCTAATCTTCTTCAT  600

seq1  CTCTTTTTAAGTTTAGGGGAAAGTTGTGCTTTCTCAGTCAATATATGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTTAAGTTTAGGGGAAAGTTGTGCTTTCTCAGTCAATATATGTTT  650

seq1  TAATATTTGTAGAATGACATAGAATGAAACATTTGTTAAAATTAAGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTGTAGAATGACATAGAATGAAACATTTGTTAAAATTAAGCAAG  700

seq1  TATAGAGGACTAAGAGAACACTTGTTATACACAAACCTGTGAAAAAGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGGACTAAGAGAACACTTGTTATACACAAACCTGTGAAAAAGATC  750

seq1  TAATGCAATTTCCATCCATGGTTCCTGTCCACAAACTCAAAATACTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAATTTCCATCCATGGTTCCTGTCCACAAACTCAAAATACTGTGT  800

seq1  GAGCCAGGAACTAGTGATATCTGCTGAAGAGCACTGAGGTTTGCCTAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGGAACTAGTGATATCTGCTGAAGAGCACTGAGGTTTGCCTAGAA  850

seq1  CATCAAAAGCCTCCCTGAAAACCATGTCC-TCTTT-GGCATGAAGTCCTT  898
      ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  CATCAAAAGCCTCCCTG-AAACCATGTCCTTCTTTGGGCATGAAGTCCTT  899

seq1  GTGAGACCTATATGTGTAGGTAGCTCAGGAGAGGCCACTGCAAGATCGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACCTATATGTGTAGGTAGCTCAGGAGAGGCCACTGCAAGATCGCT  949

seq1  GACCCCAATGCA-TTAACACATGATAGTATGTCACAG-TAGTCTGCAGAA  996
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GACCCCAATGCATTTAACACATGATAGTATGTCACAGTTAGTCTGCAGAA  999

seq1  -CTGC-TAGAACATTCTCAAAACCCCCCAAATCAGACA-GCATGCTC-TT  1042
       |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||
seq2  CCTGCTTAGAACATTCTCAAACCCCCCAAAATCAGACAGGCATGCTCTTT  1049

seq1  CTGTCAATC--ACATG-CATCTTGTCAAAAACAGTGAACGTTGC-TGAGC  1088
      |||||||||   |||| ||||||||  ||||||||| ||| ||| |||||
seq2  CTGTCAATCCACCATGCCATCTTGTTCAAAACAGTG-ACGGTGCTTGAGC  1098

seq1  TTCAC--ACACCATACAAGTGTAAGATCTGACCCTGTACAC-TTATCAAA  1135
      |||||   ||| |||| ||||| ||||||   ||||||||| | ||||| 
seq2  TTCACCACCACGATAC-AGTGTTAGATCTTGACCTGTACACGTAATCAAC  1147

seq1  CTTCGTTTTTTTTTTTCATTTTTTATTAGGTATTTAGC  1173
      ||| ||||||||||| || ||||||| |||||||||||
seq2  CTT-GTTTTTTTTTTCCA-TTTTTATAAGGTATTTAGC  1183


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |