BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192B08
Chromosome18 (Build37)
Map Location 5,634,886 - 5,864,358
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZeb1, EG664925
Upstream geneLOC433157, 9430020K01Rik, LOC268988, Svil, Zfp438, LOC100039442
Downstream geneArhgap12, Kif5b, LOC100039469, EG621100, LOC665028, EG622152, Epc1, LOC665047, 4921524L21Rik, LOC100039583, EG665053, Rab18, LOC620787
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192B08.bB6Ng01-192B08.g
ACCGA015412GA015413
length1,1061,114
definitionB6Ng01-192B08.b B6Ng01-192B08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,634,886 - 5,636,003)(5,863,255 - 5,864,358)
sequence
gaattcctactggatcctttggtatttcagaaattatgtatggaggactc
caagttcttcagttgctagaaaatatatacagacattttaatgtatgatt
tcttcatcaactttattcctattaaaagtatataaaatttatattcttac
acatctattttaaggtttatatatcatgttttgaaaaataaaatgttagg
tcatatgagactaaaatagttctattaatttgaggctattttagtctcaa
ataaaatgtcagattggcacttcatgatatgatctcagttaaaatactag
taaacatttaaaaataatagctattttcatatgttggatcatgtgtattt
tgaaaactcctactgctttggtactgactttaccatgtgataatcgcact
tatgctggcgctgggtatgctacttcatgtgcatatggagcctagagttc
agggtagtatgtgtgcccgaactaatggtctgccctaatttaacactgaa
atgtttaaacgtgaaataaaaaccagtgtttttcaagtaataaaatccaa
gttaagtatgtgattatatctgtatggactgagacatcatcaagctgtct
cttacatattctgatttgaaggtgtcaatacagagacagtcctacttgtt
agtgtgggagaaggatgttttcacagggctctggaggggtgacctgggga
gatgaaaatcttcgctgtgtagtatgccttgaggtgttcatggcatggtt
tcattgatcactcctttgggttctgtgagttagctttgaatggtccagga
tgtcagacagctgtgctacatgaaggaatttgaaacacaaagtagaggaa
atggtgctgggaggtgagagtgaccaaaggtcagtaaatgcacaagtgct
gatgcatagcatctgttgtgctgaaatgcttatcagtggctccagaagca
aacaaaggctagtagaattttttagtatatctgtagtgcactaatgcatt
atatgtataatagcttctgtcagattttgagctactactgtcagaggata
caagtagcactaaaaatgggtgttgactgattttgaattcttgctttgac
tacaca
gaattcagtatgaagtcagtagcacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacctacccttatatgaggtcatgaatttgagagagactgga
gaacatgggagaagctggaagtggaagagagggtagaaataatgcaaata
caatgcactcttgtataaagttctcaaaaaaaaaaaacccccccacaaaa
aattaaaaagaaaagggactaagggtttgtctcctattcactgtctatag
cacagcgctctggcctcctaatactctgggagctgaagggcttctgctcg
ctcagggcccaatcatgcccgagcaggagtggtgctgtgcctccacctga
agggcctgtggtcgtgagcgtcagtcttttaatacagctccttctgcagg
atgcaagcaaacaaaaagaaactttacgggaaagactccagccagagtct
agtataatatgcttactgttgactgataactctcagggaccgtaactaaa
gtcctattacagagtcaaacagtgcctgcctaacgttaggctgagtgtgt
ttaacccagaggtcttcagcacaccagcaataaggtactaattaatggaa
tggcagcactgtctcgcatgcaacaaaaaacagcagtaggctatactgtg
tgcctttaacagatttttataaaggtttataaaggatataaaataaagac
ctaaaactaaaaatatatattatggtggaatggctcaatattaccaataa
ctcagctaacccataaaggcagcacaactctattcccaaaggacattctc
caaaataatcttgaaataatctttttttttcaagacagggtcttactgtg
tagccttggctctcctagaaatcactctatagaccagggtggtcttggat
tcacagaagacctacctgcctctgccgcctgagtggctcctggtgatctt
gaaataattatggagtagtggagcacctaagactacccaggcagttattt
gtgtgttgactataatgggtgtggcggaggtgtaccaggtaccagtgcct
atttctaaagctctgatggtgaaagctgtagaactttagtaagggggatg
gtccacaagccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_5634886_5636003
seq2: B6Ng01-192B08.b_48_1153

seq1  GAATTCCTACTGGATCCTTTGGTATTTCAGAAATTATGTATGGAGGACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTACTGGATCCTTTGGTATTTCAGAAATTATGTATGGAGGACTC  50

seq1  CAAGTTCTTCAGTTGCTAGAAAATATATACAGACATTTTAATGTATGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCTTCAGTTGCTAGAAAATATATACAGACATTTTAATGTATGATT  100

seq1  TCTTCATCAACTTTATTCCTATTAAAAGTATATAAAATTTATATTCTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATCAACTTTATTCCTATTAAAAGTATATAAAATTTATATTCTTAC  150

seq1  ACATCTATTTTAAGGTTTATATATCATGTTTTGAAAAATAAAATGTTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTATTTTAAGGTTTATATATCATGTTTTGAAAAATAAAATGTTAGG  200

seq1  TCATATGAGACTAAAATAGTTCTATTAATTTGAGGCTATTTTAGTCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGAGACTAAAATAGTTCTATTAATTTGAGGCTATTTTAGTCTCAA  250

seq1  ATAAAATGTCAGATTGGCACTTCATGATATGATCTCAGTTAAAATACTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATGTCAGATTGGCACTTCATGATATGATCTCAGTTAAAATACTAG  300

seq1  TAAACATTTAAAAATAATAGCTATTTTCATATGTTGGATCATGTGTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACATTTAAAAATAATAGCTATTTTCATATGTTGGATCATGTGTATTT  350

seq1  TGAAAACTCCTACTGCTTTGGTACTGACTTTACCATGTGATAATCGCACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACTCCTACTGCTTTGGTACTGACTTTACCATGTGATAATCGCACT  400

seq1  TATGCTGGCGCTGGGTATGCTACTTCATGTGCATATGGAGCCTAGAGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGGCGCTGGGTATGCTACTTCATGTGCATATGGAGCCTAGAGTTC  450

seq1  AGGGTAGTATGTGTGCCCGAACTAATGGTCTGCCCTAATTTAACACTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAGTATGTGTGCCCGAACTAATGGTCTGCCCTAATTTAACACTGAA  500

seq1  ATGTTTAAACGTGAAATAAAAACCAGTGTTTTTCAAGTAATAAAATCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAAACGTGAAATAAAAACCAGTGTTTTTCAAGTAATAAAATCCAA  550

seq1  GTTAAGTATGTGATTATATCTGTATGGACTGAGACATCATCAAGCTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTATGTGATTATATCTGTATGGACTGAGACATCATCAAGCTGTCT  600

seq1  CTTACATATTCTGATTTGAAGGTGTCAATACAGAGACAGTCCTACTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATATTCTGATTTGAAGGTGTCAATACAGAGACAGTCCTACTTGTT  650

seq1  AGTGTGGGAGAAGGATGTTTTCACAGGGCTCTGGAGGGGTGACCTGGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGGGAGAAGGATGTTTTCACAGGGCTCTGGAGGGGTGACCTGGGGA  700

seq1  GATGAAAATCTTCGCTGTGTAGTATGCCTTGAGGTGTTCATGGCATGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAATCTTCGCTGTGTAGTATGCCTTGAGGTGTTCATGGCATGGTT  750

seq1  TCATTGATCACTCCTTTGGGTTCTGTGAGTTAGCTTTGAATGGTCCAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATCACTCCTTTGGGTTCTGTGAGTTAGCTTTGAATGGTCCAGGA  800

seq1  TGTCAGACAGCTGTGCTACATGAAGGAATTTGAAACACAAAGTAGAGGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGACAGCTGTGCTACATGAAGGAATTTGAAACACAAAGTAGAGGAA  850

seq1  ATGGTGCTGGGAGGTGAGAGTGACCAAGGGTCAGGTAAATGCACAAGGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||
seq2  ATGGTGCTGGGAGGTGAGAGTGACCAAAGGTCA-GTAAATGCACAA-GTG  898

seq1  CTGATGCATAGCATCTGTTGTGCTGAAATGCTTATCAGTGGCTCCAGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCATAGCATCTGTTGTGCTGAAATGCTTATCAGTGGCTCCAGAAG  948

seq1  CAAACAAAGGCTAGTAGGAATTTTTTAGTATATCTGTAGTGCAACTAATG  1000
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAACAAAGGCTAGTA-GAATTTTTTAGTATATCTGTAGTGC-ACTAATG  996

seq1  CATTATATGTTATAATAGCTTCTGTCAGGATTTTTGAAGCTACTACTGTC  1050
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||
seq2  CATTATATG-TATAATAGCTTCTGTCA-GATTTT--GAGCTACTACTGTC  1042

seq1  AGAAGAAACAAGTAGCAACTAAAAAT-GGTGTGGAACTGGAATTTTGAAT  1099
      ||| || ||||||||| ||||||||| ||||| | ||||  |||||||||
seq2  AGAGGATACAAGTAGC-ACTAAAAATGGGTGTTG-ACTG--ATTTTGAAT  1088

seq1  TCTTGCTTTGAACTACACA  1118
      |||||||||| ||||||||
seq2  TCTTGCTTTG-ACTACACA  1106

seq1: chr18_5863255_5864358
seq2: B6Ng01-192B08.g_63_1176 (reverse)

seq1  GAAGGC-TGT-GACCA--CCCCTTACT--AGTTCTACAGCTTTCACCATC  44
      |||||| ||| |||||  |||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTTGTGGACCATCCCCCTTACTAAAGTTCTACAGCTTTCACCATC  50

seq1  AGAGCTTTAG-AATA-GCACTGGTACCTGGTACACCTCGGCCACACCCTT  92
      |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |
seq2  AGAGCTTTAGAAATAGGCACTGGTACCTGGTACACCTCCGCCACACCCAT  100

seq1  TATTAGTC-ACACACAAAT-ACTGCCTGGGTTAGTCTTAGGTGCTCCACT  140
      || ||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TA-TAGTCAACACACAAATAACTGCCTGGG-TAGTCTTAGGTGCTCCACT  148

seq1  ACTCCATAATTATTTCAAGATCACCAGGAGCCACTCAGGCGGCAGAGGCA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATAATTATTTCAAGATCACCAGGAGCCACTCAGGCGGCAGAGGCA  198

seq1  GGTAGGTC-TCTGTGAATCCAAGACCACCCTGGTCTATAGAGTGATTTCT  239
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGTCTTCTGTGAATCCAAGACCACCCTGGTCTATAGAGTGATTTCT  248

seq1  AGGAGAGCCAAGGCTACACAGTAAGACCCTGTCTTG-AAAAAAAAGATTA  288
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGAGAGCCAAGGCTACACAGTAAGACCCTGTCTTGAAAAAAAAAGATTA  298

seq1  TTTCAAGATTATTTTGGAGAATGTCCTTTGGGAATAGAGTTGTGCTGCCT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGATTATTTTGGAGAATGTCCTTTGGGAATAGAGTTGTGCTGCCT  348

seq1  TTATGGGTTAGCTGAGTTATTGGTAATATTGAGCCATTCCACCATAATAT  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGGTTAGCTGAGTTATTGGTAATATTGAGCCATTCCACCATAATAT  398

seq1  ATATTTTTAGTTTTAGGTCTTTATTTTATATCCTTTATAAACCTTTATAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTAGTTTTAGGTCTTTATTTTATATCCTTTATAAACCTTTATAA  448

seq1  AAATCTGTTAAAGGCACACAGTATAGCCTACTGCTGTTTTTTGTTGCATG  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTGTTAAAGGCACACAGTATAGCCTACTGCTGTTTTTTGTTGCATG  498

seq1  CGAGACAGTGCTGCCATTCCATTAATTAGTACCTTATTGCTGGTGTGCTG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACAGTGCTGCCATTCCATTAATTAGTACCTTATTGCTGGTGTGCTG  548

seq1  AAGACCTCTGGGTTAAACACACTCAGCCTAACGTTAGGCAGGCACTGTTT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCTCTGGGTTAAACACACTCAGCCTAACGTTAGGCAGGCACTGTTT  598

seq1  GACTCTGTAATAGGACTTTAGTTACGGTCCCTGAGAGTTATCAGTCAACA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGTAATAGGACTTTAGTTACGGTCCCTGAGAGTTATCAGTCAACA  648

seq1  GTAAGCATATTATACTAGACTCTGGCTGGAGTCTTTCCCGTAAAGTTTCT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCATATTATACTAGACTCTGGCTGGAGTCTTTCCCGTAAAGTTTCT  698

seq1  TTTTGTTTGCTTGCATCCTGCAGAAGGAGCTGTATTAAAAGACTGACGCT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGCTTGCATCCTGCAGAAGGAGCTGTATTAAAAGACTGACGCT  748

seq1  CACGACCACAGGCCCTTCAGGTGGAGGCACAGCACCACTCCTGCTCGGGC  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGACCACAGGCCCTTCAGGTGGAGGCACAGCACCACTCCTGCTCGGGC  798

seq1  ATGATTGGGCCCTGAGCGAGCAGAAGCCCTTCAGCTCCCAGAGTATTAGG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGGGCCCTGAGCGAGCAGAAGCCCTTCAGCTCCCAGAGTATTAGG  848

seq1  AGGCCAGAGCGCTGTGCTATAGACAGTGAATAGGAGACAAACCCTTAGTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGAGCGCTGTGCTATAGACAGTGAATAGGAGACAAACCCTTAGTC  898

seq1  CCTTTTCTTTTTAATTTTTTGTGGGGGGTTTTTTTTTTTTTGAGAACTTT  938
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTTTTTAATTTTTTGTGGGGGGGTTTTTTTTTTTTGAGAACTTT  948

seq1  ATACAAGAGTGCATTGTATTTGCATTATTTCTACCCTCTCTTCCACTTCC  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAGAGTGCATTGTATTTGCATTATTTCTACCCTCTCTTCCACTTCC  998

seq1  AGCTTCTCCCATGTTCTCCAGTCTCTCTCAAATTCATGACCTCATATAAG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTCCCATGTTCTCCAGTCTCTCTCAAATTCATGACCTCATATAAG  1048

seq1  GGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTACTG  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTACTG  1098

seq1  ACTTCATACTGAATTC  1104
      ||||||||||||||||
seq2  ACTTCATACTGAATTC  1114