BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197P11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 46,812,441 - 46,974,168
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdo1, Atg12, Ap3s1, LOC100042950
Upstream geneKcnn2, Trim36, LOC100042905, Pggt1b, Ccdc112, EG225468, LOC100042916, Mospd4, LOC100042204, Fem1c, Ticam2, Eif1a, LOC100042226
Downstream gene4833403I15Rik, LOC666798, Gm949, LOC100042241, Commd10, EG628438, LOC667120, Sema6a, LOC628477, 9130209A04Rik, A730092B10, LOC383325, LOC100042982, LOC100042284
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197P11.bB6Ng01-197P11.g
ACCGA019688GA019689
length8601,123
definitionB6Ng01-197P11.b B6Ng01-197P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,812,441 - 46,813,298)(46,973,052 - 46,974,168)
sequence
gaattcagatcatcagatttgcatggcaagcacttttacccactgaattg
tactgctggtcacattctttaacatgacagatctgacttcttccatccca
gtcctcattgccttccctatgtagttctcattatcctcattatggtactt
agtacaatttaattgtgctgcacatctcatcttacaaccactgggttgaa
aggaatggattctagttttcaaaatatgactgtgatcatctttcccttct
aatctcactaaacacagagctattcctcatcagagcacgtttctgaaaaa
tataataataatcacagggacaggctatttgacaactgcagagccgcttt
agtgctgaacaatgaacacacaagacaagcacacttgtgagaaatagttg
aaaagaaacttgaatcgggcaaggtagcacagatttcatgcactactcaa
gaggcagaggtaaggcattgctgtgggttcaaggccggcctaatctacat
agtgagttccaggacacctacatttaaaaacaatacaaaacaaaaatact
atcgcaaaaacaaaacaagcaagaaagaaagacagggaggaaagaaagac
cgaaagaagagaggaagaaggaaggaaaggaacttgaagatggcatgctg
tcactttaaaacttgcctccccatgctgaaagggagactattagagtgtg
ggagggaaaagggggcggatagggacgggtaagagcggaggtgaacacaa
cccaagtacattatgttcatgaaaggaaatgctataatgaaatcctttac
ttcctataatttactatgtgccgataaaaacatttgtgtgggttggggga
tgtagtttgg
gaattcacttactgggaacaagatggtagacaacttaataacagccacat
catacataatggcatatcagaatgtttatgagcctcctgttgtatgaatt
gttcatttctaattgtgaggtggtagcgtgggctgtcttttgtctctcta
aaaccttgaagtcccaacccccaagtacttcacaacttaattatatttgg
aaataaggttgttacagatgtaatcagttaaaaggaggtcatcttggggt
aaagtaggccatcaagccaacataactggtgcttattaaaagggggaatg
aatggagctggacagatggctcagcagttgaaagcacatcctgagttcaa
ttcccagcaccaactttaagtggctcacaactgcctgtaactccggctca
agaggcttgaatgctttcttctcctggcctctgtaagttctacattcctg
tgcacaaatccatccacccacccccgtacccgcccccacctatatacata
attttaaaataataaaatacagcatttttaaaaggtagcatagactagac
gaccacaagaataggaaaacagattgagcattgagtgcatgagttaagga
aaactacaaactgtcaacaagcctgtagacacagtggagagttctagaac
aggaccagagggcgtggcccagcaacaccttgatgttgggctcctaggta
ttctccagaactgtaggacagggtctgttgctagaaaaggctcgtgtacg
gctctgttacagcatctctaaaactcaaacagaagaggaagaggtctggg
gccacaggagcagacccagtacacgcaggaggaacactttggaggtttgg
ggcagtgctttacttaccagtgcgtatataaatctattcagacttttatc
catctatttcaccacaatacaacttcttacaaacggtaataatactaagc
atgtgtggcaagccctggggaagtcatagcctcataacttaaaacgagag
aacaaaaaaatccttcttcccattgagttaaaagactccaatgtaccttg
aacttgagtttgggcgaacggatttttatatggggtctttgtttgttgtt
agtaacttgagacattctttatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_46812441_46813298
seq2: B6Ng01-197P11.b_46_905

seq1  GAATTCAGATCATCAGATTTGCATGGCAAGCACTTTTACCCACTGAATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCATCAGATTTGCATGGCAAGCACTTTTACCCACTGAATTG  50

seq1  TACTGCTGGTCACATTCTTTAACATGACAGATCTGACTTCTTCCATCCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCTGGTCACATTCTTTAACATGACAGATCTGACTTCTTCCATCCCA  100

seq1  GTCCTCATTGCCTTCCCTATGTAGTTCTCATTATCCTCATTATGGTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCATTGCCTTCCCTATGTAGTTCTCATTATCCTCATTATGGTACTT  150

seq1  AGTACAATTTAATTGTGCTGCACATCTCATCTTACAACCACTGGGTTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAATTTAATTGTGCTGCACATCTCATCTTACAACCACTGGGTTGAA  200

seq1  AGGAATGGATTCTAGTTTTCAAAATATGACTGTGATCATCTTTCCCTTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGATTCTAGTTTTCAAAATATGACTGTGATCATCTTTCCCTTCT  250

seq1  AATCTCACTAAACACAGAGCTATTCCTCATCAGAGCACGTTTCTGAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCACTAAACACAGAGCTATTCCTCATCAGAGCACGTTTCTGAAAAA  300

seq1  TATAATAATAATCACAGGGACAGGCTATTTGACAACTGCAGAGCCGCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAATAATCACAGGGACAGGCTATTTGACAACTGCAGAGCCGCTTT  350

seq1  AGTGCTGAACAATGAACACACAAGACAAGCACACTTGTGAGAAATAGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGAACAATGAACACACAAGACAAGCACACTTGTGAGAAATAGTTG  400

seq1  AAAAGAAACTTGAATCGGGCAAGGTAGCACAGATTTCATGCACTACTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAACTTGAATCGGGCAAGGTAGCACAGATTTCATGCACTACTCAA  450

seq1  GAGGCAGAGGTAAGGCATTGCTGTGGGTTCAAGGCCGGCCTAATCTACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGTAAGGCATTGCTGTGGGTTCAAGGCCGGCCTAATCTACAT  500

seq1  AGTGAGTTCCAGGACACCTACATTTAAAAACAATACAAAACAAAAATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTCCAGGACACCTACATTTAAAAACAATACAAAACAAAAATACT  550

seq1  ATCGCAAAAACAAAACAAGCAAGAAAGAAAGACAGGGAGGAAAGAAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAAAAACAAAACAAGCAAGAAAGAAAGACAGGGAGGAAAGAAAGAC  600

seq1  CGAAAGAAGAGAGGAAGAAGGAAGGAAAGGAACTTGAAGATGGCATGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAAGAAGAGAGGAAGAAGGAAGGAAAGGAACTTGAAGATGGCATGCTG  650

seq1  TCACTTTAAAACTTGCCTCCCCATGCTGAAAGGGAGACTATTAGAGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTAAAACTTGCCTCCCCATGCTGAAAGGGAGACTATTAGAGTGTG  700

seq1  GGAGGGAAAAGGGGGCGGATAGGGACGGGTAAGAGCGGAGGTGAACACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGAAAAGGGGGCGGATAGGGACGGGTAAGAGCGGAGGTGAACACAA  750

seq1  CCCAAGTACATTATGTTCATGAAAGGAAATGCTATAATGAAATCCTTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTACATTATGTTCATGAAAGGAAATGCTATAATGAAATCCTTTAC  800

seq1  TTCCTATAA-TTACTATGTGCCGATAAAAACATTTGTGTGGGTT-GGGGA  848
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCCTATAATTTACTATGTGCCGATAAAAACATTTGTGTGGGTTGGGGGA  850

seq1  TGTAGTTTGG  858
      ||||||||||
seq2  TGTAGTTTGG  860

seq1: chr18_46973052_46974168
seq2: B6Ng01-197P11.g_68_1190 (reverse)

seq1  AATAAAGAATGGTCCTCAAGTTACTTACAACAACAAAGGACCCCATATAA  50
      |||||||||||   ||||||||||| |||||||  || ||||||||||||
seq2  AATAAAGAATG--TCTCAAGTTACTAACAACAAACAAAGACCCCATATAA  48

seq1  AATTCCTGTCCCCCAACCTC-AGTTCAAGGTACA-TGGAGTCTTTT-ACT  97
      || |||  || ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AAATCCGTTCGCCCAAACTCAAGTTCAAGGTACATTGGAGTCTTTTAACT  98

seq1  CAATGGGA--GAGGATTTTTTGTTCCTCTCGTTTTAAG-TATGAGGCTAT  144
      ||||||||   ||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAATGGGAAGAAGGATTTTTTTGTTCTCTCGTTTTAAGTTATGAGGCTAT  148

seq1  GACTTCCCCAGGGCTTGCCACACATGCTTAGTATTATTACCGTTTGTAAG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCCCAGGGCTTGCCACACATGCTTAGTATTATTACCGTTTGTAAG  198

seq1  AAGTTGTATTGTGGTGAAATAGATGGATAAAAGTCTGAATAGATTTATAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTATTGTGGTGAAATAGATGGATAAAAGTCTGAATAGATTTATAT  248

seq1  ACGCACTGGTAAGT-AAGCACTGCCCCAAACCTCC-AAGTGTTCCTCCTG  292
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACGCACTGGTAAGTAAAGCACTGCCCCAAACCTCCAAAGTGTTCCTCCTG  298

seq1  CGTGTACTGGGTCTGCTCCTGTGGCCCCAGACCTCTTCCTCTTCTGTTTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTACTGGGTCTGCTCCTGTGGCCCCAGACCTCTTCCTCTTCTGTTTG  348

seq1  AGTTTTAGAGATGCTGTAACAGAGCCGTACACGAGCCTTTTCTAGCAACA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAGAGATGCTGTAACAGAGCCGTACACGAGCCTTTTCTAGCAACA  398

seq1  GACCCTGTCCTACAGTTCTGGAGAATACCTAGGAGCCCAACATCAAGGTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTCCTACAGTTCTGGAGAATACCTAGGAGCCCAACATCAAGGTG  448

seq1  TTGCTGGGCCACGCCCTCTGGTCCTGTTCTAGAACTCTCCACTGTGTCTA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGCCACGCCCTCTGGTCCTGTTCTAGAACTCTCCACTGTGTCTA  498

seq1  CAGGCTTGTTGACAGTTTGTAGTTTTCCTTAACTCATGCACTCAATGCTC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTTGTTGACAGTTTGTAGTTTTCCTTAACTCATGCACTCAATGCTC  548

seq1  AATCTGTTTTCCTATTCTTGTGGTCGTCTAGTCTATGCTACCTTTTAAAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTTTTCCTATTCTTGTGGTCGTCTAGTCTATGCTACCTTTTAAAA  598

seq1  ATGCTGTATTTTATTATTTTAAAATTATGTATATAGGTGGGGGCGGGTAC  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTATTTTATTATTTTAAAATTATGTATATAGGTGGGGGCGGGTAC  648

seq1  GGGGGTGGGTGGATGGATTTGTGCACAGGAATGTAGAACTTACAGAGGCC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGGTGGATGGATTTGTGCACAGGAATGTAGAACTTACAGAGGCC  698

seq1  AGGAGAAGAAAGCATTCAAGCCTCTTGAGCCGGAGTTACAGGCAGTTGTG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAGAAAGCATTCAAGCCTCTTGAGCCGGAGTTACAGGCAGTTGTG  748

seq1  AGCCACTTAAAGTTGGTGCTGGGAATTGAACTCAGGATGTGCTTTCAACT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTAAAGTTGGTGCTGGGAATTGAACTCAGGATGTGCTTTCAACT  798

seq1  GCTGAGCCATCTGTCCAGCTCCATTCATTCCCCCTTTTAATAAGCACCAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGCCATCTGTCCAGCTCCATTCATTCCCCCTTTTAATAAGCACCAG  848

seq1  TTATGTTGGCTTGATGGCCTACTTTACCCCAAGATGACCTCCTTTTAACT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTTGGCTTGATGGCCTACTTTACCCCAAGATGACCTCCTTTTAACT  898

seq1  GATTACATCTGTAACAACCTTATTTCCAAATATAATTAAGTTGTGAAGTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACATCTGTAACAACCTTATTTCCAAATATAATTAAGTTGTGAAGTA  948

seq1  CTTGGGGGTTGGGACTTCAAGGTTTTAGAGAGACAAAAGACAGCCCACGC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGGTTGGGACTTCAAGGTTTTAGAGAGACAAAAGACAGCCCACGC  998

seq1  TACCACCTCACAATTAGAAATGAACAATTCATACAACAGGAGGCTCATAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCTCACAATTAGAAATGAACAATTCATACAACAGGAGGCTCATAA  1048

seq1  ACATTCTGATATGCCATTATGTATGATGTGGCTGTTATTAAGTTGTCTAC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCTGATATGCCATTATGTATGATGTGGCTGTTATTAAGTTGTCTAC  1098

seq1  CATCTTGTTCCCAGTAAGTGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTGTTCCCAGTAAGTGAATTC  1123