BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-203I14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 54,669,808 - 54,836,522
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePrdm6, Ccdc100, Csnk1g3, EG433184, LOC667360
Downstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-203I14.bB6Ng01-203I14.g
ACCGA023723GA023724
length1,1391,164
definitionB6Ng01-203I14.b B6Ng01-203I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,669,808 - 54,670,948)(54,835,340 - 54,836,522)
sequence
gaattcttgttttgctagggcccatcatgcccaaaatcacactaaattaa
gattaggatgagactagcacttgtgatttggtttccatcagtcaatcaac
tggtaagaaatacaatttaagactttaaaagcccgttggtgtggagaaga
tggcggcgtctcctaatgtcctagaggggctatgctctttctttattggt
tgcatcaagtgctattcaggcttcgcacagatcacacataacacatgtgt
atttagtgtggcctcatttcacatccaaaaacattttaccaaccaaaata
cactcatctaatgatagcagggtcactggaccgcccatgttgttgtctct
gcttactatgaccctgggtcagcttctctatcaggcagacccaggaagaa
taaggttgcatggtagtgttgaggctcatgaacatgttcacacttctttt
aacataagaatacaaagaacttttcggtcagagaaaaatgttaatatatt
cacctctctttggtacagttgtaaaatgaagttctaatacatttttatag
agaaagatctttccaaaagctaaagggcttaggatacacaaaatttgcca
gtgagacttagttatcctaattagccatgctcagctgtatatatgacttt
cattgcagggttccttgtttgaactactatgcacttcaatgcagtggtgg
atatgagaccatacctggggtcccgtgaggacattgtcctgtgtgattag
ttctaatcactggctgatgatatcaagatgttttcagacactagcatttc
gttgccacttaggatggccaacgcctgttctcacagaactgaggaggctg
acatgggaggaccaggagagctgtgagtcaggaagctgcacaggaagata
aacccaaaatcaaaaccaaacaaaaagcaacccaatatttaatgacccag
gatcttcatcactacttaccatgtctctttgtattgccaatccccttccg
gaaccctaacccgaaatagatcagcatatcagagaggatgtgtctatctc
aggcactgagataaagactaactttcatgactatcaattacaagaatagc
tcaacatcctgcccctatcatgaaagaaaaatgtggttg

gaattcaaggccagcttggtctacatagtcacatagtgagttccaggata
gccagagctccatagaaaaatccctatttcaaaagactgttttagcaaag
cagcacgaaaaagtgtttgaagcatctgttcttaagtgagaatctgtgaa
atgggtaggtctgagctgaactgtataattccccaaggtgagcacacatg
tcccccctgacatacaccatgtataattgggtctaaagtgaaacacgtgg
ctttgattatgagatacttcaagggaaaggaattgggtcaagggtgtaac
cgttatctaagtaacacatgatccccaaatgtagtgacttcaaccaatac
acaatctttatctcacatagttcctatgtgtctagacgaagaggcttcac
cgggtgatgctggctgttgctaagatgtcagctgtggctgatgtcatctg
aggactacggagtctgcaaggtccagttctaggtgactcattcatattgc
tggttgtgggtagctgcctttgattcataccatatggccccctgtatgag
tctctgagtctactgggatgagagcttggggcaaggaatgacctcaacat
ttatgagttggcctgagaacacacggacagttatatccagaacacccaat
cagtgacacgacacagaggagaatgacaggggagctatcccagaagccag
ctggcacacctcagcaactactgtgtgactgtgtttggacaccaaagagt
aggagacatcaattgtcttctcgttcatgtcatggagccggcaagagcta
agggctagtgctctgagacagattttcaagcttggtatgttgggaacgtt
cctgaacaccaatccccctcacaaccaaaaataattaaagatgcataatt
agaggatgctcccagggtctcaatcaccttggggacaggtgcagggagca
gcctcacaaccacttcatactctcagagcacttgccaagaacttattatt
gcaaatagtcttgcacgctgccagaataccttctactgctcttgacgttt
ttttaggtcattcctcaaattgcgtatttcctctcctcccttggacgatt
ctttaataagctctggctgatgattataacttgcttctgctgacaatgat
gactgtaacacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_54669808_54670948
seq2: B6Ng01-203I14.b_43_1181

seq1  GAATTCTTGTTTTGCTAGGGCCCATCATGCCCAAAATCACACTAAATTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTTTGCTAGGGCCCATCATGCCCAAAATCACACTAAATTAA  50

seq1  GATTAGGATGAGACTAGCACTTGTGATTTGGTTTCCATCAGTCAATCAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGGATGAGACTAGCACTTGTGATTTGGTTTCCATCAGTCAATCAAC  100

seq1  TGGTAAGAAATACAATTTAAGACTTTAAAAGCCCGTTGGTGTGGAGAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGAAATACAATTTAAGACTTTAAAAGCCCGTTGGTGTGGAGAAGA  150

seq1  TGGCGGCGTCTCCTAATGTCCTAGAGGGGCTATGCTCTTTCTTTATTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGGCGTCTCCTAATGTCCTAGAGGGGCTATGCTCTTTCTTTATTGGT  200

seq1  TGCATCAAGTGCTATTCAGGCTTCGCACAGATCACACATAACACATGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCAAGTGCTATTCAGGCTTCGCACAGATCACACATAACACATGTGT  250

seq1  ATTTAGTGTGGCCTCATTTCACATCCAAAAACATTTTACCAACCAAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTGTGGCCTCATTTCACATCCAAAAACATTTTACCAACCAAAATA  300

seq1  CACTCATCTAATGATAGCAGGGTCACTGGACCGCCCATGTTGTTGTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATCTAATGATAGCAGGGTCACTGGACCGCCCATGTTGTTGTCTCT  350

seq1  GCTTACTATGACCCTGGGTCAGCTTCTCTATCAGGCAGACCCAGGAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTATGACCCTGGGTCAGCTTCTCTATCAGGCAGACCCAGGAAGAA  400

seq1  TAAGGTTGCATGGTAGTGTTGAGGCTCATGAACATGTTCACACTTCTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGCATGGTAGTGTTGAGGCTCATGAACATGTTCACACTTCTTTT  450

seq1  AACATAAGAATACAAAGAACTTTTCGGTCAGAGAAAAATGTTAATATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAGAATACAAAGAACTTTTCGGTCAGAGAAAAATGTTAATATATT  500

seq1  CACCTCTCTTTGGTACAGTTGTAAAATGAAGTTCTAATACATTTTTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTCTTTGGTACAGTTGTAAAATGAAGTTCTAATACATTTTTATAG  550

seq1  AGAAAGATCTTTCCAAAAGCTAAAGGGCTTAGGATACACAAAATTTGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATCTTTCCAAAAGCTAAAGGGCTTAGGATACACAAAATTTGCCA  600

seq1  GTGAGACTTAGTTATCCTAATTAGCCATGCTCAGCTGTATATATGACTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTTAGTTATCCTAATTAGCCATGCTCAGCTGTATATATGACTTT  650

seq1  CATTGCAGGGTTCCTTGTTTGAACTACTATGCACTTCAATGCAGTGGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAGGGTTCCTTGTTTGAACTACTATGCACTTCAATGCAGTGGTGG  700

seq1  ATATGAGACCATACCTGGGGTCCCGTGAGGACATTGTCCTGTGTGATTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGACCATACCTGGGGTCCCGTGAGGACATTGTCCTGTGTGATTAG  750

seq1  TTCTAATCACTGGCTGATGATATCAAGATGTTTTCAGACACTAGCATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATCACTGGCTGATGATATCAAGATGTTTTCAGACACTAGCATTTC  800

seq1  GTTGCCACTTAGGATGGCCAACGCCTGTTCTCACAGAACTGAGGAGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCACTTAGGATGGCCAACGCCTGTTCTCACAGAACTGAGGAGGCTG  850

seq1  ACATGGGAGGACCAGGAGAGCTGTGAGTCAGGAAGCTGCACAGGAAGATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGGAGGACCAGGAGAGCTGTGAGTCAGGAAGCTGCACAGGAAGATA  900

seq1  AA-CCAAAATCAAAACCAAACAAAAAGCAA-CCAATATTTAATGACCCAG  948
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AACCCAAAATCAAAACCAAACAAAAAGCAACCCAATATTTAATGACCCAG  950

seq1  GATCTTCATCACTACTTACCATGTCTCTTTGTATTGCCAAT-CCCTTCCG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GATCTTCATCACTACTTACCATGTCTCTTTGTATTGCCAATCCCCTTCCG  1000

seq1  GAACCCTAACCCGAAATAGGATCAGCATATCAGAGAAGGATGTGTCTATC  1047
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAACCCTAACCCGAAATA-GATCAGCATATCAGAG-AGGATGTGTCTATC  1048

seq1  TCAGGCACTGAGATAAAGGACTAAACTTTCATGACTATC-ATTACAAAGA  1096
      ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  |
seq2  TCAGGCACTGAGATAAA-GACT-AACTTTCATGACTATCAATTACAAGAA  1096

seq1  TAGTCTTCAACATCCTG-CCCTATCAATGGAAAGAGAATGTTGTTG  1141
      |||   ||||||||||| ||||||| ||| ||  | ||||| ||||
seq2  TAG--CTCAACATCCTGCCCCTATC-ATGAAAGAAAAATGTGGTTG  1139


seq1: chr18_54835340_54836522
seq2: B6Ng01-203I14.g_64_1227 (reverse)

seq1  AATGTG-TACAGTCATCCATTG-CAGCAGGGAGGGGCAAGTAAATAATCC  48
      |||||| ||||||||| ||||| ||||    ||  ||||||  |||||| 
seq2  AATGTGTTACAGTCAT-CATTGTCAGC----AGAAGCAAGT-TATAATC-  43

seq1  AATCCACCCAGAGCCTTATTAAAAGAATTCGTTCCCAAAGGGAGAGA-GA  97
       || || |||||| |||||| |||||| ||||  |||| ||  |||| ||
seq2  -AT-CAGCCAGAG-CTTATT-AAAGAA-TCGT--CCAAGGGAGGAGAGGA  86

seq1  AATACCTTCCATTTTGAGGAAATTGACCCTAAAAAAACGTC-AGAGCAGT  146
      |||||    || |||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  AATAC---GCAATTTGAGGAA--TGA-CCTAAAAAAACGTCAAGAGCAGT  130

seq1  AG-AGGTATTCTGGCAGCGTGCAGACCTATTTTGCAATAATAAGTTCTTG  195
      || ||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTATTCTGGCAGCGTGCAAGACTA-TTTGCAATAATAAGTTCTTG  179

seq1  GCCAAGTGCTCCTGAGAGTTATGAAGTGGTTGTGAGGCTGCTCCCTGCAC  245
      | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-CAAGTGCT-CTGAGAG-TATGAAGTGGTTGTGAGGCTGCTCCCTGCAC  226

seq1  CTGTCCCCAAGGTGATTGAGACCCTGGGAGCATCCTCTAATTATGCATCT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCCAAGGTGATTGAGACCCTGGGAGCATCCTCTAATTATGCATCT  276

seq1  TTAATTATTTTTGGTTGTGAGGGGGATTGGTGTTCAGGAACGTTCCCAAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATTTTTGGTTGTGAGGGGGATTGGTGTTCAGGAACGTTCCCAAC  326

seq1  ATACCAAGCTTGAAAATCTGTCTCAGAGCACTAGCCCTTAGCTCTTGCCG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAAGCTTGAAAATCTGTCTCAGAGCACTAGCCCTTAGCTCTTGCCG  376

seq1  GCTCCATGACATGAACGAGAAGACAATTGATGTCTCCTACTCTTTGGTGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATGACATGAACGAGAAGACAATTGATGTCTCCTACTCTTTGGTGT  426

seq1  CCAAACACAGTCACACAGTAGTTGCTGAGGTGTGCCAGCTGGCTTCTGGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACACAGTCACACAGTAGTTGCTGAGGTGTGCCAGCTGGCTTCTGGG  476

seq1  ATAGCTCCCCTGTCATTCTCCTCTGTGTCGTGTCACTGATTGGGTGTTCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTCCCCTGTCATTCTCCTCTGTGTCGTGTCACTGATTGGGTGTTCT  526

seq1  GGATATAACTGTCCGTGTGTTCTCAGGCCAACTCATAAATGTTGAGGTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATAACTGTCCGTGTGTTCTCAGGCCAACTCATAAATGTTGAGGTCA  576

seq1  TTCCTTGCCCCAAGCTCTCATCCCAGTAGACTCAGAGACTCATACAGGGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTGCCCCAAGCTCTCATCCCAGTAGACTCAGAGACTCATACAGGGG  626

seq1  GCCATATGGTATGAATCAAAGGCAGCTACCCACAACCAGCAATATGAATG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATGGTATGAATCAAAGGCAGCTACCCACAACCAGCAATATGAATG  676

seq1  AGTCACCTAGAACTGGACCTTGCAGACTCCGTAGTCCTCAGATGACATCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCTAGAACTGGACCTTGCAGACTCCGTAGTCCTCAGATGACATCA  726

seq1  GCCACAGCTGACATCTTAGCAACAGCCAGCATCACCCGGTGAAGCCTCTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGCTGACATCTTAGCAACAGCCAGCATCACCCGGTGAAGCCTCTT  776

seq1  CGTCTAGACACATAGGAACTATGTGAGATAAAGATTGTGTATTGGTTGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTAGACACATAGGAACTATGTGAGATAAAGATTGTGTATTGGTTGAA  826

seq1  GTCACTACATTTGGGGATCATGTGTTACTTAGATAACGGTTACACCCTTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTACATTTGGGGATCATGTGTTACTTAGATAACGGTTACACCCTTG  876

seq1  ACCCAATTCCTTTCCCTTGAAGTATCTCATAATCAAAGCCACGTGTTTCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATTCCTTTCCCTTGAAGTATCTCATAATCAAAGCCACGTGTTTCA  926

seq1  CTTTAGACCCAATTATACATGGTGTATGTCAGGGGGGACATGTGTGCTCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGACCCAATTATACATGGTGTATGTCAGGGGGGACATGTGTGCTCA  976

seq1  CCTTGGGGAATTATACAGTTCAGCTCAGACCTACCCATTTCACAGATTCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGGAATTATACAGTTCAGCTCAGACCTACCCATTTCACAGATTCT  1026

seq1  CACTTAAGAACAGATGCTTCAAACACTTTTTCGTGCTGCTTTGCTAAAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAAGAACAGATGCTTCAAACACTTTTTCGTGCTGCTTTGCTAAAAC  1076

seq1  AGTCTTTTGAAATAGGGATTTTTCTATGGAGCTCTGGCTATCCTGGAACT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTTGAAATAGGGATTTTTCTATGGAGCTCTGGCTATCCTGGAACT  1126

seq1  CACTATGTGACTATGTAGACCAAGCTGGCCTTGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATGTGACTATGTAGACCAAGCTGGCCTTGAATTC  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |