BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206D08
Chromosome18 (Build37)
Map Location 56,173,315 - 56,319,187
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043104
Upstream geneLOC100043089, LOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057
Downstream geneLOC676543, LOC667432, Gramd3, LOC667458, Aldh7a1, Rnuxa, 1700065I17Rik, LOC675171, Lmnb1, March3, C330018D20Rik, Megf10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206D08.bB6Ng01-206D08.g
ACCGA025683GA025684
length1,2151,137
definitionB6Ng01-206D08.b B6Ng01-206D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,173,315 - 56,174,552)(56,318,044 - 56,319,187)
sequence
gaattcatccttgtgaccctctcaacttactgagaactccagggtgaaga
ttatctttacaagactaggactaaggatgcagggtgccagtgaccagatg
caagtagaaatggtgcctctggtacatcaaatgcctgagttgagatcctc
ctaagagagttgggctgtgcactgcctgtgaacccttgctttcctgtacc
aaatgcacctgttacatccccttgtcttagctctcactactctccatcct
ttctgtggttcccatacatgaactctttgaaggtctctatgtttgttaaa
ggccacactagctggacatctggtggctctacagtgacaaccaattcaca
cttcttgatggaggagaaatagactcgctttaagggaggaaaggatagac
ttgcttagatcgagtatccattctcaaaagaggtttgtgtcaaatattaa
caacacgtaacttctcaacagcaggttggattgaaaaggtggcaaagata
gtgtttctcaacctgtgagtcatgaccccctttgggggttgaatatcaga
tatcttgcatttcagatatttacactacaattcacaacagtagcaaaatt
acatttatgaggtagcaaaggtagtagtaagtttatggttgtgggtctcc
tcccaacgtgaggaaatgtatcaaagtggcacagcattacaaaggctgag
aaccactgccccggcagatggcctttaatgctgggtttcctacgctcagg
tgactccagtctccgaaaatggaaatcttgaagctgtgagaacaaccaca
tagaaataaactctgcacaaaaataaaaacagggcatgaacagcaaatac
agaatagggggaaaaaaaaaaaaagccatgacaggaagcagctcaacaaa
gccattaccatgcttacagccatttgaaggcacagtgattgaagttattg
tgttaatgtaagattactaaataatgcaccccataaacggaaggcattgc
attggccaataaaccagtgtaactgcgaaagaatcatacttatttatgac
accttagaaattgggaggtataaaatgagtaggaatttttaaagcaaagg
cagctaccagtatataaatgaacattttcttggtttcaggccataaaact
atgtaagtttaataagctgaaggccttttttttcgatctacagtccttgc
ctttttaaaaaagcc

gaattctttgaatggcaacaacttgagtaaacttggattggaatccaaat
tgctcacagatttggtggcacagcagacagataacctaaagattaataaa
agatcctaattgaacaatgcattttcagtacagataacatcccaaatttc
aaactgttgatgatatattctagaaattaaagcttgagtatttaaacaga
caattttatgctgaagtggtgtatataagtatcaatgttaaatagaactt
cttccctgaaggggataagatacatcctgttctgaaccaaatatgagtga
ccctgaccaagccactgtagagggtattgcgtagtcacagaacaagagca
aattagaaaaatctacaaggattctcacaaagcacagcagaaaaacccaa
tgcataattaaattcaaggatggggcatcaggaaggtgggttatagcaag
gctgggaagtgtggtgtaggcttcagatactggctcaatcattcttagct
attggattgatgagagaagttagtgatgtgctaaattaatatactccaaa
ggatttacttcataatccagaggatgttcgacacagagaccagtgttaaa
tagctcttaaggagattaaaggtagcccaggataattttggatctggatc
tacagctctatccataatcacctggttctaaattagtctgaagaatcctt
cataaacgtgtgactttttcaggaatctttagttgacataagtaaattta
aatgaaggccgatatgatagcagggttggagagttctacacacaattttc
atttataaagttagggcaaagtaagaaagattaagtaaccttcttactcc
aattacagtgagttcatccagaaagcaattgctcaatttaaatgccattt
tacttttttttttttaagccttcaacttaaaaaattcctaaagatttagg
gccttttcagtaacacaacattgtgtgaaagtaatacttagtttaaacaa
attaaatattaattaaaatttcagttcggttaacctcaccatcagcatga
aatcatgcacatgaagaacaaacatcatgggatcagtccaagaagagcca
gccttctctgggtgctagggtgacaactgagatactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_56173315_56174552
seq2: B6Ng01-206D08.b_51_1265

seq1  GAATTCATCCTTGTGACCCTCTCAACTTACTGAGAACTCCAGGGTGAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCTTGTGACCCTCTCAACTTACTGAGAACTCCAGGGTGAAGA  50

seq1  TTATCTTTACAAGACTAGGACTAAGGATGCAGGGTGCCAGTGACCAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTACAAGACTAGGACTAAGGATGCAGGGTGCCAGTGACCAGATG  100

seq1  CAAGTAGAAATGGTGCCTCTGGTACATCAAATGCCTGAGTTGAGATCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAGAAATGGTGCCTCTGGTACATCAAATGCCTGAGTTGAGATCCTC  150

seq1  CTAAGAGAGTTGGGCTGTGCACTGCCTGTGAACCCTTGCTTTCCTGTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGAGTTGGGCTGTGCACTGCCTGTGAACCCTTGCTTTCCTGTACC  200

seq1  AAATGCACCTGTTACATCCCCTTGTCTTAGCTCTCACTACTCTCCATCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACCTGTTACATCCCCTTGTCTTAGCTCTCACTACTCTCCATCCT  250

seq1  TTCTGTGGTTCCCATACATGAACTCTTTGAAGGTCTCTATGTTTGTTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGGTTCCCATACATGAACTCTTTGAAGGTCTCTATGTTTGTTAAA  300

seq1  GGCCACACTAGCTGGACATCTGGTGGCTCTACAGTGACAACCAATTCACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACACTAGCTGGACATCTGGTGGCTCTACAGTGACAACCAATTCACA  350

seq1  CTTCTTGATGGAGGAGAAATAGACTCGCTTTAAGGGAGGAAAGGATAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGATGGAGGAGAAATAGACTCGCTTTAAGGGAGGAAAGGATAGAC  400

seq1  TTGCTTAGATCGAGTATCCATTCTCAAAAGAGGTTTGTGTCAAATATTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTAGATCGAGTATCCATTCTCAAAAGAGGTTTGTGTCAAATATTAA  450

seq1  CAACACGTAACTTCTCAACAGCAGGTTGGATTGAAAAGGTGGCAAAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACGTAACTTCTCAACAGCAGGTTGGATTGAAAAGGTGGCAAAGATA  500

seq1  GTGTTTCTCAACCTGTGAGTCATGACCCCCTTTGGGGGTTGAATATCAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTCAACCTGTGAGTCATGACCCCCTTTGGGGGTTGAATATCAGA  550

seq1  TATCTTGCATTTCAGATATTTACACTACAATTCACAACAGTAGCAAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGCATTTCAGATATTTACACTACAATTCACAACAGTAGCAAAATT  600

seq1  ACATTTATGAGGTAGCAAAGGTAGTAGTAAGTTTATGGTTGTGGGTCTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATGAGGTAGCAAAGGTAGTAGTAAGTTTATGGTTGTGGGTCTCC  650

seq1  TCCCAACGTGAGGAAATGTATCAAAGTGGCACAGCATTACAAAGGCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACGTGAGGAAATGTATCAAAGTGGCACAGCATTACAAAGGCTGAG  700

seq1  AACCACTGCCCCGGCAGATGGCCTTTAATGCTGGGTTTCCTACGCTCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTGCCCCGGCAGATGGCCTTTAATGCTGGGTTTCCTACGCTCAGG  750

seq1  TGACTCCAGTCTCCGAAAATGGAAATCTTGAAGCTGTGAGAACAACCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCAGTCTCCGAAAATGGAAATCTTGAAGCTGTGAGAACAACCACA  800

seq1  TAGAAATAAACTCTGCACAAAAATAAAAACAGGGCATGAACAGCAAATAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAAACTCTGCACAAAAATAAAAACAGGGCATGAACAGCAAATAC  850

seq1  AGAATAGGGGGAAAAAAAAAAAAAGCCATGACAGGAAGCAGCTCAACAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAGGGGGAAAAAAAAAAAAAGCCATGACAGGAAGCAGCTCAACAAA  900

seq1  GCCATTACCATGCTTACAGCCATTTGAAGGCACAGTGATTGAAGTTATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTACCATGCTTACAGCCATTTGAAGGCACAGTGATTGAAGTTATTG  950

seq1  TGTTAATGTAAGATTACTAAATAATGCACCCCATAAACGGAAGGCATTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATGTAAGATTACTAAATAATGCACCCCATAAACGGAAGGCATTGC  1000

seq1  ATTGGCCATAAAACCAGTGTAACTGCGAAAGAATTCATACTTATTTAATG  1050
      ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  ATTGGCCAATAAACCAGTGTAACTGCGAAAGAA-TCATACTTATTT-ATG  1048

seq1  ACACTTTAGAAATTGGGAGGTAATTAAAATGAAGTAGGAATTTTTAAAAA  1100
      |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  
seq2  ACACCTTAGAAATTGGGAGGTA--TAAAATG-AGTAGGAATTTTTAAA--  1093

seq1  GCCAAAGCCAAGCCTACCAGTATATAAATTGAAACATTTTCTTTGTTTTC  1150
        ||||| ||   ||||||||||||||||   ||||||||||| ||||  
seq2  -GCAAAGGCA--GCTACCAGTATATAAAT--GAACATTTTCTTGGTTT--  1136

seq1  CAAGCACATAAAACATAGTAAGTTTTACATAGAGGTTTGAGGGGTTTTTT  1200
      || || ||||||||   |||||||| | |   ||   ||| ||  |||||
seq2  CAGGC-CATAAAACTATGTAAGTTTAATA---AG--CTGAAGGCCTTTTT  1180

seq1  TCTCCCACTCTCCCCTGCCTGCCTTTTTTAAAAAAGCC  1238
      | |  |  ||| |  | | |||| ||||||||||||||
seq2  TTT--CGATCTACAGTCCTTGCC-TTTTTAAAAAAGCC  1215


seq1: chr18_56318044_56319187
seq2: B6Ng01-206D08.g_72_1208 (reverse)

seq1  AAGTATCTCAGTTTGTCACCCTAGGCACCCAGAGA--GCTGCTTCTTCTT  48
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||  |||||||
seq2  AAGTATCTCAG-TTGTCACCCTA-GCACCCAGAGAAGGCTGGCTCTTCTT  48

seq1  GGACTGATCCCATGATGTTTGTTCTTTCAATGTGCATTGATTTCATGCTG  98
      ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||
seq2  GGACTGATCCCATGATGTTTGTTCTT--CATGTGCA-TGATTTCATGCTG  95

seq1  ATTGTTGAGGTTAACCGAACTGAAATTTTAAATTAATATTTAATTTGTTT  148
      | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  A-TGGTGAGGTTAACCGAACTGAAATTTT-AATTAATATTTAATTTG-TT  142

seq1  TAAACTAAGTATTACTTTCACACAATGTTGTGTTACTGAAAAGGCCCTAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTAAGTATTACTTTCACACAATGTTGTGTTACTGAAAAGGCCCTAA  192

seq1  ATCTTTAGGAATTTTTTAAGTTGAAGGCTTAAAAAAAAAAAAAGTAAAAT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAGGAATTTTTTAAGTTGAAGGCTT-AAAAAAAAAAAAGTAAAAT  241

seq1  GGCATTTAAATTGAGCAATTGCTTTCTGGATGAACTCACTGTAATTGGAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTAAATTGAGCAATTGCTTTCTGGATGAACTCACTGTAATTGGAG  291

seq1  TAAGAAGGTTACTTAATCTTTCTTACTTTGCCCTAACTTTATAAATGAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGGTTACTTAATCTTTCTTACTTTGCCCTAACTTTATAAATGAAA  341

seq1  ATTGTGTGTAGAACTCTCCAACCCTGCTATCATATCGGCCTTCATTTAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTGTAGAACTCTCCAACCCTGCTATCATATCGGCCTTCATTTAAA  391

seq1  TTTACTTATGTCAACTAAAGATTCCTGAAAAAGTCACACGTTTATGAAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTATGTCAACTAAAGATTCCTGAAAAAGTCACACGTTTATGAAGG  441

seq1  ATTCTTCAGACTAATTTAGAACCAGGTGATTATGGATAGAGCTGTAGATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCAGACTAATTTAGAACCAGGTGATTATGGATAGAGCTGTAGATC  491

seq1  CAGATCCAAAATTATCCTGGGCTACCTTTAATCTCCTTAAGAGCTATTTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCAAAATTATCCTGGGCTACCTTTAATCTCCTTAAGAGCTATTTA  541

seq1  ACACTGGTCTCTGTGTCGAACATCCTCTGGATTATGAAGTAAATCCTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTCTCTGTGTCGAACATCCTCTGGATTATGAAGTAAATCCTTTG  591

seq1  GAGTATATTAATTTAGCACATCACTAACTTCTCTCATCAATCCAATAGCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATATTAATTTAGCACATCACTAACTTCTCTCATCAATCCAATAGCT  641

seq1  AAGAATGATTGAGCCAGTATCTGAAGCCTACACCACACTTCCCAGCCTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGATTGAGCCAGTATCTGAAGCCTACACCACACTTCCCAGCCTTG  691

seq1  CTATAACCCACCTTCCTGATGCCCCATCCTTGAATTTAATTATGCATTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACCCACCTTCCTGATGCCCCATCCTTGAATTTAATTATGCATTGG  741

seq1  GTTTTTCTGCTGTGCTTTGTGAGAATCCTTGTAGATTTTTCTAATTTGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTCTGCTGTGCTTTGTGAGAATCCTTGTAGATTTTTCTAATTTGCT  791

seq1  CTTGTTCTGTGACTACGCAATACCCTCTACAGTGGCTTGGTCAGGGTCAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCTGTGACTACGCAATACCCTCTACAGTGGCTTGGTCAGGGTCAC  841

seq1  TCATATTTGGTTCAGAACAGGATGTATCTTATCCCCTTCAGGGAAGAAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATTTGGTTCAGAACAGGATGTATCTTATCCCCTTCAGGGAAGAAGT  891

seq1  TCTATTTAACATTGATACTTATATACACCACTTCAGCATAAAATTGTCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTAACATTGATACTTATATACACCACTTCAGCATAAAATTGTCTG  941

seq1  TTTAAATACTCAAGCTTTAATTTCTAGAATATATCATCAACAGTTTGAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATACTCAAGCTTTAATTTCTAGAATATATCATCAACAGTTTGAAA  991

seq1  TTTGGGATGTTATCTGTACTGAAAATGCATTGTTCAATTAGGATCTTTTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGATGTTATCTGTACTGAAAATGCATTGTTCAATTAGGATCTTTTA  1041

seq1  TTAATCTTTAGGTTATCTGTCTGCTGTGCCACCAAATCTGTGAGCAATTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTTAGGTTATCTGTCTGCTGTGCCACCAAATCTGTGAGCAATTT  1091

seq1  GGATTCCAATCCAAGTTTACTCAAGTTGTTGCCATTCAAAGAATTC  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCAATCCAAGTTTACTCAAGTTGTTGCCATTCAAAGAATTC  1137


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |