BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206N10
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,133,858 - 70,262,610
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab27b
Upstream geneLOC100043380, EG225681, Tcf4, Ccdc68
Downstream gene2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2, EG668032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206N10.bB6Ng01-206N10.g
ACCGA026150GA026151
length4001,120
definitionB6Ng01-206N10.b B6Ng01-206N10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,262,205 - 70,262,610)(70,133,858 - 70,134,990)
sequence
tctttcttcctgtgtcctgtgacggatagtaattgactttgggtttagcc
ttccttaatatttcattgaattatagaccccaggaaagatcaggcacata
gtcattatgtggttattgagtatgaagtctgcaggaagctttaaactttc
accatgctctgagctgcatgtgtctgtgtctatttgtacatgcgtgtttg
ttttgtatggtcatgtatgcttgcttgtatgtgtatatgtgtacctgatg
tgtaagagtgaatttgagtgtatgcccatttatatttttgtgtgtgtatg
tgtgtacatctgtgtacatgtgtatttgtatgcagatgtaatatgtatat
atgtgtccatgtatgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt


gaattcacccactgcgtgataaaaattcttaaaagaaaaacagagtcgac
agaactttgttatcgtgaggaagagcactcaagacagcctttcagctcat
atgtttaataaggaaagagtaagctctagcaatagggtaaacaggcaaag
atgcctgctggcactacttatatggatagaagggggaaaggtgacaggaa
aataaaggcgaggtactgtcttactcagggtttctattcctgcacaaaca
tcatgaccaagaaacaagttggagaggaaagggtttattcggttacactt
ccatgctgctgttcatcaccaaaggaagtcaggactggaactcaaacagg
tcagggagcaggagctgatgcagaggccatggagggatgttctttactgg
cttgcttcccttggcttgctcagcctgctctcttatagaacccaggacta
ccagcccagagatagtcccacccacaaggggccattcccccttgatcact
aattgagaaaatgccttacagttgtatctcatggaggcatttcctcaact
caaactcctttctctgtgataactccagctgtgtcaggttgacacaaaac
tagccagtacaggtacacaggcgacaaaggaaaaggtcagacttttcttc
catatcttatatagttaatacagagaactcaaatgacccaaaaactatga
gtttccagatatctgagacagcaaatctaatgagagaagtttctaaatca
taaatgtatacatgaagtggtatatatttttatatttttttatttacttg
acaatgataattgtagtggcttatgtgtatcaaaatattgtggtctatgc
cttgaatctatagttttaatttgtcaattatacttgaagctggacaaagt
aaaatattactaatataaataaagttaaagatcaccattataaattcaca
agcaaaactcatattacagttagttaaaggaaagaaatgtattcattaat
ggaaaagagaacttaaatcactttttttattttgacgaagttataaatac
tatccacaggacaagatgtatgttactgaagaacctagaaatttctgatt
ggggaaaatatgataatacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70262205_70262610
seq2: B6Ng01-206N10.b_51_456 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGCATACATGGACACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGCATACATGGACACAT  50

seq1  ATATACATATTACATCTGCATACAAATACACATGTACACAGATGTACACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATATTACATCTGCATACAAATACACATGTACACAGATGTACACA  100

seq1  CATACACACACAAAAATATAAATGGGCATACACTCAAATTCACTCTTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACACACAAAAATATAAATGGGCATACACTCAAATTCACTCTTACA  150

seq1  CATCAGGTACACATATACACATACAAGCAAGCATACATGACCATACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGGTACACATATACACATACAAGCAAGCATACATGACCATACAAAA  200

seq1  CAAACACGCATGTACAAATAGACACAGACACATGCAGCTCAGAGCATGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACGCATGTACAAATAGACACAGACACATGCAGCTCAGAGCATGGT  250

seq1  GAAAGTTTAAAGCTTCCTGCAGACTTCATACTCAATAACCACATAATGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTTAAAGCTTCCTGCAGACTTCATACTCAATAACCACATAATGAC  300

seq1  TATGTGCCTGATCTTTCCTGGGGTCTATAATTCAATGAAATATTAAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCCTGATCTTTCCTGGGGTCTATAATTCAATGAAATATTAAGGAA  350

seq1  GGCTAAACCCAAAGTCAATTACTATCCGTCACAGGACACAGGAAGAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAACCCAAAGTCAATTACTATCCGTCACAGGACACAGGAAGAAAGA  400

seq1  GAATTC  406
      ||||||
seq2  GAATTC  406


seq1: chr18_70133858_70134990
seq2: B6Ng01-206N10.g_69_1188

seq1  GAATTCACCCACTG-GTGATAAAAATTCTTAAAAGAAAAACAGAGTCGAC  49
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCACTGCGTGATAAAAATTCTTAAAAGAAAAACAGAGTCGAC  50

seq1  AGAACTTTGTTATCGTGAGGAAGAGCACTCAAGACAGCCTTTCAGCTCAT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTGTTATCGTGAGGAAGAGCACTCAAGACAGCCTTTCAGCTCAT  100

seq1  ATGTTTAATAAGGAAAGAGTAAGCTCTAGCAATAGGGTAAACAGGCAAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAATAAGGAAAGAGTAAGCTCTAGCAATAGGGTAAACAGGCAAAG  150

seq1  ATGCCTGCTGGCACTACTTATATGGATAGAAGGGGGAAAGGTGACAGGAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGCTGGCACTACTTATATGGATAGAAGGGGGAAAGGTGACAGGAA  200

seq1  AATAAAGGCGAGGTACTGTCTTACTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGGCGAGGTACTGTCTTACTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACA  250

seq1  TCATGACCAAGAAACAAGTTGGAGAGGAAAGGGTTTATTCGGTTACACTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACCAAGAAACAAGTTGGAGAGGAAAGGGTTTATTCGGTTACACTT  300

seq1  CCATGCTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAACAGG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAACAGG  350

seq1  TCAGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGG  400

seq1  CTTGCTTCCCTTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTCCCTTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACTA  450

seq1  CCAGCCCAGAGATAGTCCCACCCACAAGGGGCCATTCCCCCTTGATCACT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCAGAGATAGTCCCACCCACAAGGGGCCATTCCCCCTTGATCACT  500

seq1  AATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGTATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGTATCTCATGGAGGCATTTCCTCAACT  550

seq1  CAAACTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAGGTTGACACAAAAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCTGTGTCAGGTTGACACAAAAC  600

seq1  TAGCCAGTACAGGTACACAGGCGACAAAGGAAAAGGTCAGACTTTTCTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAGTACAGGTACACAGGCGACAAAGGAAAAGGTCAGACTTTTCTTC  650

seq1  CATATCTTATATAGTTAATACAGAGAACTCAAATGACCCAAAAACTATGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTATATAGTTAATACAGAGAACTCAAATGACCCAAAAACTATGA  700

seq1  GTTTCCAGATATCTGAGACAGCAAATCTAATGAGAGAAGTTTCTAAATCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCAGATATCTGAGACAGCAAATCTAATGAGAGAAGTTTCTAAATCA  750

seq1  TAAATGTATACATGAAGTGGTATATATTTTTATATTTTTTTATTTACTTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTATACATGAAGTGGTATATATTTTTATATTTTTTTATTTACTTG  800

seq1  ACAATGATAATTGTAGTGGCTTATGTGTATCAAAATATTGTGGTCTATGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGATAATTGTAGTGGCTTATGTGTATCAAAATATTGTGGTCTATGC  850

seq1  CTTGAATCTATAGTTTTAATTTGTCAATTATACTTGAAGCTGGACAAAGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATCTATAGTTTTAATTTGTCAATTATACTTGAAGCTGGACAAAGT  900

seq1  AAAATATTACTAATATAAATAAAGTTAAAGATCACCAATTATAAAATTCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  AAAATATTACTAATATAAATAAAGTTAAAGATCACC-ATTAT-AAATTCA  948

seq1  CAAGCAAAACTCATATTAACAGTTAGTTAAAGGAAAGAAATGTATCAATA  999
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || 
seq2  CAAGCAAAACTCATATT-ACAGTTAGTTAAAGGAAAGAAATGTATTCATT  997

seq1  AATGGAAAAGAGAAACCTAAATCAACTTTTTTTATTTTGACGAAAGTATA  1049
      |||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||| 
seq2  AATGGAAAAGAG-AACTTAAATC-ACTTTTTTTATTTTGACGAAGTTAT-  1044

seq1  AAATACTATCCCACAGGACAAAGAATGTTAATGTTACTGAAGACACTAGA  1099
      ||||||||| |||||||||||   ||||  |||||||||||||  |||||
seq2  AAATACTAT-CCACAGGACAA--GATGT--ATGTTACTGAAGAACCTAGA  1089

seq1  AATTTCTGATTGGGGGAAAATATTGATAAATACC  1133
      ||||||||||| |||||||||| |||| ||||||
seq2  AATTTCTGATT-GGGGAAAATA-TGAT-AATACC  1120


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |