BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210K11
Chromosome18 (Build37)
Map Location 4,029,894 - 4,147,080
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC621666
Upstream geneLOC664794, Crem, EG621440, Cul2, EG621501, Bambi, LOC100039273, LOC435549, EG664867
Downstream geneLyzl1, LOC383374, LOC664909, Map3k8, Papd1, EG664931, LOC100039354, LOC433157, 9430020K01Rik, LOC268988, Svil
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210K11.bB6Ng01-210K11.g
ACCGA028939GA028940
length1,2141,001
definitionB6Ng01-210K11.b B6Ng01-210K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,145,866 - 4,147,080)(4,029,894 - 4,030,890)
sequence
gaattccatcaagtgtgtttttatttcagcgtgtgctagctcttgtattt
gtgggggacaaagttccagtaactttcttttatgcctgccagagtatctt
aaagactacccgtctttaagagttagaagggctgggagcggagactttaa
ataccagctgggagcttcataggggccccactgcctcctttcactcataa
aacggctatctctgtcaatctgtgtttatttttctcctgcgttttaattt
gcttaatggactttggctgaagatttcccccaaggtctcaggaaagtcaa
gactagtaacccctaaggactgagctgtcacagcagagcactttgggcga
ttattttgtctgactttcatcatgtttgcttcagaaacaatggctgcaga
gtaggttggactgtgccctgccaattgggaacctgggaaagcagtagaca
gcattaggttgcttctcctccctgtactcttccctgtcttcccagctccc
acacccatgtcttcctctctcagtgtcctggtctttctcctttagtctcc
tcacactcagagatgtcaatctaagcaacattagaaaagagcttttgttg
ttgttacagaatttattcagaactaagtgatttgatgggactgagatctg
ggataaaaaattgatgaaggtttgttgttatgtttaaggaaacaaggtga
ctacagtgtgcagaagtaaactgaggaaggttgtataaattattttcaga
taatgctcctcaggcctgaggagtcatagcaaggttgaatgggaggctga
taagcaggtgtgcaggtggagtcaagctcgtggaggggctgtgctctttt
gtttgtgactctaggtttgccactctttcctaatagcttatgttttcagg
taaaactcacccgaaaggtcgtccctctatggcctcctggactctgtgtt
gccacatctgacacaagctgtctatcttgccccagaactttcctttggca
tcctgagtgctgtaagagttagcagatgcagttggatttacaggcttggc
ccttcatctgtgtggactgttcactcagatctgatgcaaacattgtttct
gaacaccacacaaatttcccagtgctcaaggctttcattctgcatccaac
ctcacttgaagaggtccatatggatagccagacacttctggcttgggaat
cctggtttccattc

gaattctttcttcttgtttcctctgccttagataccagtacagtgatgta
agaccctggtggtgttggggctgggcatgaagggggcatagatagaagca
cactgaggcatatactgtgtgctatggttttagttaaattaatttgactt
ggtcaattagattgtaaagtctcctgagggtaaagataatttcttaaatt
atattttttgtctcttacaatatttctatgtctaaaatatagtactgact
tcataaaaacatatctccttaaaaatgcatctgaatacagtatgccattg
gagtgtgtgttcctttcagcacacaaatgtggttcttttttgagactttg
ttatccaaattacaatgcaatttttgaaatttgaaaaaaaatgtatagaa
aaaatatgctaggcttggtaaaatatttatttttcttatatttagcaatt
aaaatctctgtatatgttggatgattagattcactatttattgaaacata
tcacaatttagatctgaatgtccttataaggctccagagttgaaggtttg
gtccccatctcccccatctcaccagtgaacgacgtttgaatcatgaaggt
tctaactgctagattttgggtagattttgggtagattttgggtaggtttt
ggcttaaacaaaccctgaggtggattacctgagactaaggagttcttaga
agggttattaatgccgtggttggacagaggacctatagtatggtggggat
tcccaggaaaggctaaggccccagaacctgggacacatagcagacacagt
gtgagtttggtggaatctctaaagagaaatcagagcccacatgcagaggg
agctgtatatcccctttttgagaatgagggaggttcacagcaaggagccc
acaggcaggttcctctaattcccagataggaagccagggaagcgggatgt
gccatagccttttgatgtgactcagttcccaagtgagaataatgactggt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_4145866_4147080
seq2: B6Ng01-210K11.b_44_1257 (reverse)

seq1  GAATG--AAACAGGATTCCCCAAGCCAGAAGTTGTCCCGGCTATCCATAT  48
      |||||  || ||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||||||
seq2  GAATGGAAACCAGGATT-CCCAAGCCAGAAG-TGT-CTGGCTATCCATAT  47

seq1  -GACCTCTTCATGTGGGTATGGATGCTTTGGAGTGAAGCCCTGTAGCACT  97
       |||||||||| ||| |  |||||||    || ||||  |||  ||||||
seq2  GGACCTCTTCAAGTGAGGTTGGATGC---AGAATGAAAGCCTTGAGCACT  94

seq1  GGGGAATTTGTGT-GTG-TCAG--ACATGGTTTGCATCAGATTCTGAGGT  143
      ||| ||||||||| ||| ||||  |||  |||||||||||| ||||||  
seq2  GGGAAATTTGTGTGGTGTTCAGAAACAATGTTTGCATCAGA-TCTGAGTG  143

seq1  GACAGTCCACACAGATGAAGGGCCAAGCCTGTAAATCCAACTGCATCCTG  193
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AACAGTCCACACAGATGAAGGGCCAAGCCTGTAAATCCAACTGCAT-CTG  192

seq1  CTAACTCTTACAGCACTCAGGATGCCAAAGGAAAGTTCTGGGGCAAGATA  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCTTACAGCACTCAGGATGCCAAAGGAAAGTTCTGGGGCAAGATA  242

seq1  GAACAGCTTGTGTCAGATGTGGCAACACAGAGTCCAGGAGGCCATAGAGG  293
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-ACAGCTTGTGTCAGATGTGGCAACACAGAGTCCAGGAGGCCATAGAGG  291

seq1  GACGACC-TTCGGGTGAGTTTTACCTGAAAACATAAGCTATTAGGAAAGA  342
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGACCTTTCGGGTGAGTTTTACCTGAAAACATAAGCTATTAGGAAAGA  341

seq1  GTGGCAAACCTAGAGTCACAAACAAAAGAGCACAGCCCCTCCACGAGCTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAAACCTAGAGTCACAAACAAAAGAGCACAGCCCCTCCACGAGCTT  391

seq1  GACTCCACCTGCACACCTGCTTATCAGCCTCCCATTCAACCTTGCTATGA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCACCTGCACACCTGCTTATCAGCCTCCCATTCAACCTTGCTATGA  441

seq1  CTCCTCAGGCCTGAGGAGCATTATCTGAAAATAATTTATACAACCTTCCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGGCCTGAGGAGCATTATCTGAAAATAATTTATACAACCTTCCT  491

seq1  CAGTTTACTTCTGCACACTGTAGTCACCTTGTTTCCTTAAACATAACAAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTACTTCTGCACACTGTAGTCACCTTGTTTCCTTAAACATAACAAC  541

seq1  AAACCTTCATCAATTTTTTATCCCAGATCTCAGTCCCATCAAATCACTTA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTCATCAATTTTTTATCCCAGATCTCAGTCCCATCAAATCACTTA  591

seq1  GTTCTGAATAAATTCTGTAACAACAACAAAAGCTCTTTTCTAATGTTGCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAATAAATTCTGTAACAACAACAAAAGCTCTTTTCTAATGTTGCT  641

seq1  TAGATTGACATCTCTGAGTGTGAGGAGACTAAAGGAGAAAGACCAGGACA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGACATCTCTGAGTGTGAGGAGACTAAAGGAGAAAGACCAGGACA  691

seq1  CTGAGAGAGGAAGACATGGGTGTGGGAGCTGGGAAGACAGGGAAGAGTAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAGAGGAAGACATGGGTGTGGGAGCTGGGAAGACAGGGAAGAGTAC  741

seq1  AGGGAGGAGAAGCAACCTAATGCTGTCTACTGCTTTCCCAGGTTCCCAAT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGGAGAAGCAACCTAATGCTGTCTACTGCTTTCCCAGGTTCCCAAT  791

seq1  TGGCAGGGCACAGTCCAACCTACTCTGCAGCCATTGTTTCTGAAGCAAAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGGCACAGTCCAACCTACTCTGCAGCCATTGTTTCTGAAGCAAAC  841

seq1  ATGATGAAAGTCAGACAAAATAATCGCCCAAAGTGCTCTGCTGTGACAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAAAGTCAGACAAAATAATCGCCCAAAGTGCTCTGCTGTGACAGC  891

seq1  TCAGTCCTTAGGGGTTACTAGTCTTGACTTTCCTGAGACCTTGGGGGAAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCCTTAGGGGTTACTAGTCTTGACTTTCCTGAGACCTTGGGGGAAA  941

seq1  TCTTCAGCCAAAGTCCATTAAGCAAATTAAAACGCAGGAGAAAAATAAAC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGCCAAAGTCCATTAAGCAAATTAAAACGCAGGAGAAAAATAAAC  991

seq1  ACAGATTGACAGAGATAGCCGTTTTATGAGTGAAAGGAGGCAGTGGGGCC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTGACAGAGATAGCCGTTTTATGAGTGAAAGGAGGCAGTGGGGCC  1041

seq1  CCTATGAAGCTCCCAGCTGGTATTTAAAGTCTCCGCTCCCAGCCCTTCTA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGAAGCTCCCAGCTGGTATTTAAAGTCTCCGCTCCCAGCCCTTCTA  1091

seq1  ACTCTTAAAGACGGGTAGTCTTTAAGATACTCTGGCAGGCATAAAAGAAA  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTAAAGACGGGTAGTCTTTAAGATACTCTGGCAGGCATAAAAGAAA  1141

seq1  GTTACTGGAACTTTGTCCCCCACAAATACAAGAGCTAGCACACGCTGAAA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGGAACTTTGTCCCCCACAAATACAAGAGCTAGCACACGCTGAAA  1191

seq1  TAAAAACACACTTGATGGAATTC  1215
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACACACTTGATGGAATTC  1214


seq1: chr18_4029894_4030890
seq2: B6Ng01-210K11.g_63_1063

seq1  GAATTCTTTCTTCTTGTTTCCTCTGCCTTAGATACCAGTACAGTGATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTCTTGTTTCCTCTGCCTTAGATACCAGTACAGTGATGTA  50

seq1  AGACCCTGGTGGTGTTGGGGCTGGGCATGAAGGGGGCATAGATAGAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCTGGTGGTGTTGGGGCTGGGCATGAAGGGGGCATAGATAGAAGCA  100

seq1  CACTGAGGCATATACTGTGTGCTATGGTTTTAGTTAAATTAATTTGACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAGGCATATACTGTGTGCTATGGTTTTAGTTAAATTAATTTGACTT  150

seq1  GGTCAATTAGATTGTAAAGTCTCCTGAGGGTAAAGATAATTTCTTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAATTAGATTGTAAAGTCTCCTGAGGGTAAAGATAATTTCTTAAATT  200

seq1  ATATTTTTTGTCTCTTACAATATTTCTATGTCTAAAATATAGTACTGACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTTGTCTCTTACAATATTTCTATGTCTAAAATATAGTACTGACT  250

seq1  TCATAAAAACATATCTCCTTAAAAATGCATCTGAATACAGTATGCCATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAAACATATCTCCTTAAAAATGCATCTGAATACAGTATGCCATTG  300

seq1  GAGTGTGTGTTCCTTTCAGCACACAAATGTGGTTCTTTTTTGAGACTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTGTTCCTTTCAGCACACAAATGTGGTTCTTTTTTGAGACTTTG  350

seq1  TTATCCAAATTACAATGCAATTTTTGAAATTTGAAAAAAAATGTATAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAAATTACAATGCAATTTTTGAAATTTGAAAAAAAATGTATAGAA  400

seq1  AAAATATGCTAGGCTTGGTAAAATATTTATTTTTCTTATATTTAGCAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGCTAGGCTTGGTAAAATATTTATTTTTCTTATATTTAGCAATT  450

seq1  AAAATCTCTGTATATGTTGGATGATTAGATTCACTATTTATTGAAACATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTCTGTATATGTTGGATGATTAGATTCACTATTTATTGAAACATA  500

seq1  TCACAATTTAGATCTGAATGTCCTTATAAGGCTCCAGAGTTGAAGGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATTTAGATCTGAATGTCCTTATAAGGCTCCAGAGTTGAAGGTTTG  550

seq1  GTCCCCATCTCCCCCATCTCACCAGTGAACGACGTTTGAATCATGAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCATCTCCCCCATCTCACCAGTGAACGACGTTTGAATCATGAAGGT  600

seq1  TCTAACTGCTAGATTTTGGGTAGATTTTGGGTAGATTTTGGGTAGGTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTGCTAGATTTTGGGTAGATTTTGGGTAGATTTTGGGTAGGTTTT  650

seq1  GGCTTAAACAAACCCTGAGGTGGATTACCTGAGACTAAGGAGTTCTTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTAAACAAACCCTGAGGTGGATTACCTGAGACTAAGGAGTTCTTAGA  700

seq1  AGGGTTATTAATGCCGTGGTTGGACAGAGGACCTATAGTATGGTGGGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTATTAATGCCGTGGTTGGACAGAGGACCTATAGTATGGTGGGGAT  750

seq1  TCCCAGG-AAGGCTAAGGCCCCAGAACCTGGGACACATAGCAGACACAGT  799
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGAAAGGCTAAGGCCCCAGAACCTGGGACACATAGCAGACACAGT  800

seq1  GTGAGTTTGGTGGAATCTCTAAAGAG-AATCAGAGCCCACATGCAGAGGG  848
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTTGGTGGAATCTCTAAAGAGAAATCAGAGCCCACATGCAGAGGG  850

seq1  AGCTGTATATCCC--TTTTGAGAATGAGGGAGGTTCACAGCAA-GAGCCC  895
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCTGTATATCCCCTTTTTGAGAATGAGGGAGGTTCACAGCAAGGAGCCC  900

seq1  ACAAGCAGGTT-CTCTAATTCCCAGATAGGAAG-CAGGGAAGCGGGATGT  943
      ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGGTTCCTCTAATTCCCAGATAGGAAGCCAGGGAAGCGGGATGT  950

seq1  GCCATAGGCCTTTTGATGTTGACTCAGTTCCCAAGTGAGAAATAATGACT  993
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCCATA-GCCTTTTGATG-TGACTCAGTTCCCAAGTGAG-AATAATGACT  997

seq1  GTTG  997
      | ||
seq2  GGTG  1001


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |