BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212I14
Chromosome18 (Build37)
Map Location 3,983,991 - 4,089,292
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG664867, LOC621666
Upstream geneLOC664794, Crem, EG621440, Cul2, EG621501, Bambi, LOC100039273, LOC435549
Downstream geneLyzl1, LOC383374, LOC664909, Map3k8, Papd1, EG664931, LOC100039354, LOC433157, 9430020K01Rik, LOC268988, Svil
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212I14.bB6Ng01-212I14.g
ACCGA030306GA030307
length617974
definitionB6Ng01-212I14.b B6Ng01-212I14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,983,991 - 3,984,607)(4,088,333 - 4,089,292)
sequence
gaattctttgaggtggggatgggctgagggctggaggaactggagttttt
tttctggtgaatgctgtacttttaagtgtaaaacaaatgtcaaggtttgg
gagtgtgatctgaaagcataaattcttcgttcattttgaattcctaaatt
ccagcacaggcactttcagagtctcttcaaaaggctcatgtgttcaagcc
ttggcctccagctggtagcactaagagaagattggatcatgaaggcactg
actccatcaatggctttatcacagataaattcatagcttcatgtggtgta
ggaggtggagcttcactagaggaagtcactgtggtcacactcttgaaggg
tgcaccttgtctcctgacaagaaggaagcaccttcctccaacacatgctc
cctatcatgttgtgactcaacacacatgggcctcaaagcaatggagccaa
tgacagtggacagaaacctccaaaggaacagccaaaataaatgtttaaag
tttgacccagatattttcccactgagatggaaagctaagtaacacatagt
aaatgggtagattgtgagggcgggaccctcttgaatgggagacctgagag
agagagagagagagaga

gaattcagagcaccaaagatctaggtttagatgtgaacctgtaaatgttt
cctatcagtcaggtagggagaatgtggtaggttatctgggtttgtacaag
aatttgtgcaacacatccaggtatttgcatgatttccagtgttccaggag
cccaaggcttcgatttgtgtctggtccaccaagcagagctgaccttctgg
gctgggggccagttaaaatcaacctcttttgccagaagagtgaggtaagg
agagaagaatgggtataccatgctgccatcaaacaggcccttccttccag
aactgggtatatatgcccgttattcaatgcactgtaaatccaggtccacg
actcttggagaatgtctgagaagggtctagccttcaggtatggtggtgtg
gggtatgaaagtaaccttgttggtggagtcaagttttttttgaagtcaca
ccttttctgctgataccctttggtaatttaccacctaacctttcaagatt
gtggtttattgacaagtgcaatgaggttaagcaaattatctttgagtttc
ctttcagcttttaatcctttgttggtctaaagtaatcagtgaggcaagca
gttaaccagccaggacagcaggctgatgagggtctgtctaggcatgacct
tggttttcctcagctgcacaaggtaagtatgttctgcaggcataaatgca
tgtgcacgctagcacgactgattttcagactcattcctatttttctctgg
ttccagtggattgcacacacctttggctctggcacacattggctgagaag
gtgactacttcccatgcttttgaaaacaaggaattgagactttttttttt
gtgtgttatctcaaaggccataggccattttacctgatgtaaacacattc
aaggagtagagacctagctcataagaggtacttgttcaaaggggcttgct
ccccctggtacagtgaggggcctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_3983991_3984607
seq2: B6Ng01-212I14.b_46_662

seq1  GAATTCTTTGAGGTGGGGATGGGCTGAGGGCTGGAGGAACTGGAGTTTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGAGGTGGGGATGGGCTGAGGGCTGGAGGAACTGGAGTTTTT  50

seq1  TTTCTGGTGAATGCTGTACTTTTAAGTGTAAAACAAATGTCAAGGTTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGTGAATGCTGTACTTTTAAGTGTAAAACAAATGTCAAGGTTTGG  100

seq1  GAGTGTGATCTGAAAGCATAAATTCTTCGTTCATTTTGAATTCCTAAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGATCTGAAAGCATAAATTCTTCGTTCATTTTGAATTCCTAAATT  150

seq1  CCAGCACAGGCACTTTCAGAGTCTCTTCAAAAGGCTCATGTGTTCAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACAGGCACTTTCAGAGTCTCTTCAAAAGGCTCATGTGTTCAAGCC  200

seq1  TTGGCCTCCAGCTGGTAGCACTAAGAGAAGATTGGATCATGAAGGCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTCCAGCTGGTAGCACTAAGAGAAGATTGGATCATGAAGGCACTG  250

seq1  ACTCCATCAATGGCTTTATCACAGATAAATTCATAGCTTCATGTGGTGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATCAATGGCTTTATCACAGATAAATTCATAGCTTCATGTGGTGTA  300

seq1  GGAGGTGGAGCTTCACTAGAGGAAGTCACTGTGGTCACACTCTTGAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGGAGCTTCACTAGAGGAAGTCACTGTGGTCACACTCTTGAAGGG  350

seq1  TGCACCTTGTCTCCTGACAAGAAGGAAGCACCTTCCTCCAACACATGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTTGTCTCCTGACAAGAAGGAAGCACCTTCCTCCAACACATGCTC  400

seq1  CCTATCATGTTGTGACTCAACACACATGGGCCTCAAAGCAATGGAGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCATGTTGTGACTCAACACACATGGGCCTCAAAGCAATGGAGCCAA  450

seq1  TGACAGTGGACAGAAACCTCCAAAGGAACAGCCAAAATAAATGTTTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTGGACAGAAACCTCCAAAGGAACAGCCAAAATAAATGTTTAAAG  500

seq1  TTTGACCCAGATATTTTCCCACTGAGATGGAAAGCTAAGTAACACATAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCCAGATATTTTCCCACTGAGATGGAAAGCTAAGTAACACATAGT  550

seq1  AAATGGGTAGATTGTGAGGGCGGGACCCTCTTGAATGGGAGACCTGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGTAGATTGTGAGGGCGGGACCCTCTTGAATGGGAGACCTGAGAG  600

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGA  617
      |||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGA  617


seq1: chr18_4088333_4089292
seq2: B6Ng01-212I14.g_66_1039 (reverse)

seq1  CAGGCCCCTCACTGT-CCA-GGGGAGC-AGCCCC-TTGGACAAGTACCTC  46
      ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||
seq2  CAGGCCCCTCACTGTACCAGGGGGAGCAAGCCCCTTTGAACAAGTACCTC  50

seq1  TCTATG-GCTAGGTCTCT-CTCCTTGACTGTGTTTAACATCAGGTAAAAT  94
      | |||| ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  T-TATGAGCTAGGTCTCTACTCCTTGAATGTGTTT-ACATCAGGTAAAAT  98

seq1  GGCCTATGGCCTTTG-GATAACACACAAAAAAATAAGTCTC-ATTCCTTG  142
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  GGCCTATGGCCTTTGAGATAACACACAAAAAAAAAAGTCTCAATTCCTTG  148

seq1  TTTTC-AAAGCATGG--AGTAGTCACCTTCTCAGCCAATGTGTGCCAGAG  189
      ||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAAGCATGGGAAGTAGTCACCTTCTCAGCCAATGTGTGCCAGAG  198

seq1  CC-AAGGTGTGTGCAATCCACTGG-ACCAGAGAAAAATAGGAATGAGTCT  237
      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGGTGTGTGCAATCCACTGGAACCAGAGAAAAATAGGAATGAGTCT  248

seq1  GAAAATCAGTCCTGCTAGCGTGCACATGCATTTATGCCTGCAGAACATAC  287
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCAGTCGTGCTAGCGTGCACATGCATTTATGCCTGCAGAACATAC  298

seq1  TTACCTTGTGCAGCTGAGG-AAACCAAGGTCATGCCTAGACAGACCCTCA  336
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTGTGCAGCTGAGGAAAACCAAGGTCATGCCTAGACAGACCCTCA  348

seq1  TCAGCCTGCTGTCCTGGCTGGTTAACTGCTTGCCTCACTGATTAC-TTAG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCAGCCTGCTGTCCTGGCTGGTTAACTGCTTGCCTCACTGATTACTTTAG  398

seq1  ACCAACAAAGGATT-AAAGCTGAAAGGAAACTCAAAGATAATTTGCTTAA  434
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAAAGGATTAAAAGCTGAAAGGAAACTCAAAGATAATTTGCTTAA  448

seq1  CCTCATTGCACTTGTCAATAAACCACAATCTTGAAAGGTTAGGTGGTAAA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTGCACTTGTCAATAAACCACAATCTTGAAAGGTTAGGTGGTAAA  498

seq1  TTACCAAAGGGTATCAGCAGAAAAGGTGTGACTTCAAAAAAAACTTGACT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAAAGGGTATCAGCAGAAAAGGTGTGACTTCAAAAAAAACTTGACT  548

seq1  CCACCAACAAGGTTACTTTCATACCCCACACCACCATACCTGAAGGCTAG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAACAAGGTTACTTTCATACCCCACACCACCATACCTGAAGGCTAG  598

seq1  ACCCTTCTCAGACATTCTCCAAGAGTCGTGGACCTGGATTTACAGTGCAT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTCAGACATTCTCCAAGAGTCGTGGACCTGGATTTACAGTGCAT  648

seq1  TGAATAACGGGCATATATACCCAGTTCTGGAAGGAAGGGCCTGTTTGATG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAACGGGCATATATACCCAGTTCTGGAAGGAAGGGCCTGTTTGATG  698

seq1  GCAGCATGGTATACCCATTCTTCTCTCCTTACCTCACTCTTCTGGCAAAA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATGGTATACCCATTCTTCTCTCCTTACCTCACTCTTCTGGCAAAA  748

seq1  GAGGTTGATTTTAACTGGCCCCCAGCCCAGAAGGTCAGCTCTGCTTGGTG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGATTTTAACTGGCCCCCAGCCCAGAAGGTCAGCTCTGCTTGGTG  798

seq1  GACCAGACACAAATCGAAGCCTTGGGCTCCTGGAACACTGGAAATCATGC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGACACAAATCGAAGCCTTGGGCTCCTGGAACACTGGAAATCATGC  848

seq1  AAATACCTGGATGTGTTGCACAAATTCTTGTACAAACCCAGATAACCTAC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCTGGATGTGTTGCACAAATTCTTGTACAAACCCAGATAACCTAC  898

seq1  CACATTCTCCCTACCTGACTGATAGGAAACATTTACAGGTTCACATCTAA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTCTCCCTACCTGACTGATAGGAAACATTTACAGGTTCACATCTAA  948

seq1  ACCTAGATCTTTGGTGCTCTGAATTC  960
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGATCTTTGGTGCTCTGAATTC  974


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |