BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214E04
Chromosome18 (Build37)
Map Location 62,875,812 - 62,977,831
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2700046A07Rik
Upstream geneGrpel2, Afap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198
Downstream geneApcdd1, Napg, 9430028L06Rik, 9030411M15Rik, LOC627792, Txnl1, Wdr7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214E04.bB6Ng01-214E04.g
ACCGA031556GA031557
length1,1191,130
definitionB6Ng01-214E04.b B6Ng01-214E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,976,712 - 62,977,831)(62,875,812 - 62,876,956)
sequence
gaattctttgtacaatttccaggtgggagcaaagtaactactctcacaaa
ttcaccacctaaaagaatatgtctcgcctccaagcagtgtctcctcatct
gacgtcacttcttctatggatcctctagtcctggaactagcctttgctgc
ctaccccatctgggtgttccacatagagcagggaggaaagcagagaggga
accccattatcacagcaccattacaattacaactgcagcgagtgcgcata
catgtatatatccatctgtatgtgcatgtatagaaatgttaaatgtaaat
gttaaagtggcttatcttcaatcatttatactcctctcctcccccccttt
tttttcctgcactgttggtgtgttagctctctatgaaaagctggttttga
attttaaaaggggttagtactgctaggtcacattgctggtggtgtaagag
gactctgaaggatactttcatcctcagtttaaaagtgttgagctgggggc
tgtgttgacaaatttttctagctcatgacagacatcttttttgaagttta
ccagtcttatctttcagtcgatatattctcccagtcccctatacatttta
tttcagcttgaataggatggagtttataagatactttctggaatctatcc
caatataaacacattggcagatagtgtaagatattcatcagtttaatgca
agagtccttaacaggagactagggggtagggggactcacttggataccca
cagaacattaaccaagcccaaaggctgcttttgactcccttagtggagag
aggtggttggatcttattctctgcattccttgttccctggggtccagtat
gtgtaacaaaatgactctaattagatgactaagcaactactagcatcaaa
tatagtttttactaaagatgtatttattttctatgccttatgttttgctg
gtgtgtatatatatgtaccatgtgtgtgctttgtggggccagaaggatgt
gtcagatccctgaagctgaagttacagatgggttgtgagccggtgctaga
ctggaggctggatttttttaaaatgatagcagcgtgtgctctcttactct
ctaacatttcttcagccgc
gaattcccatctcttcccactcttcctccaaccaactgaaccctccccca
tgactccccaggcttccagtaccacagcaccagagtcaaagacaatggta
agcagttctcattagaccagcatagagaggtgagacttttgtcttttcct
tctgaaatctttgtaagtcttggtaagtctacagtgtgaatatctgagcc
tttacaaattggttgttctcctttcctatcatgtgaatgtgaatttggaa
ctcagctgccatgctgtgagaaagcccaagagatcttgtggggatgcaca
tgcaaagaggagaggaagcatcaagcccaaagccctaactgagatgctca
ccccatagcaaggaccctgctgcccctacagaaaaaggtctttcctgacg
gtgccctagagacaaagaggaatagctgtctttatgtgggggatgtgtca
gggagaagtgagaggacctggaccagagcttgcagaggctcatggttcag
caccactctctcccccctttgactgttaagcagtcatgtgactcaggacg
gatgtcggaactttacaaattttaaattcttccatcaggagtttaggtaa
ccctggtctaaacagtcaggagaattaagagtcagtggttttaggaagct
tcttgtctcctgacattcatctagcacatgccttccttctagagttcgcc
agtgtattaacattgtgtctttgcttatctggagcaagaacaagcgtcat
gactttactaatcttacacctagtacccagattatcagatcatatgtccc
tgataaatatttgttgaatgtacagatgactgtattatcgactgtattat
attcttaaaatccatgataagaaaaccaatgggaagcaaagggtaggaaa
ttctgatccaggggtcagcatgcgacagcttagaagtcaactgttggctt
ttgtcactatctgaagagcgtttagtcataaagttggttttgatatacat
atgctttaaagaaattctgtaaagctttataacttaatttcagaggtctg
caatgaaaacatctcaatgagctctacacagtgagaatagacacttggat
gggagctggtatatgacctggacttacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_62976712_62977831
seq2: B6Ng01-214E04.b_43_1161 (reverse)

seq1  GCGGCTGAAGAAATGGTTTAGA-AGTTA-AGAGCACACGCTGCTATC-TT  47
      |||||||||||||||  ||||| ||| | |||||||||||||||||| ||
seq2  GCGGCTGAAGAAATG--TTAGAGAGTAAGAGAGCACACGCTGCTATCATT  48

seq1  TTTAAAAAATCCAGCCTCAGTTCTTAGCACCGGCTCACAA-CCATCTGTA  96
      || |||||||||||||||   || |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTAAAAAAATCCAGCCTCCAGTC-TAGCACCGGCTCACAACCCATCTGTA  97

seq1  ACTTCAGCTTCAGGGGATCTGACACCTTCTTCTGGCCCCCACAAAGCACA  146
      |||||||||||| |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTTCAGCTTCA-GGGATCTGACACATCCTTCTGG-CCCCACAAAGCACA  145

seq1  CACATGGTACATATATATACACACCAGCAAAACAT-AGGCATAGAAAATA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACATGGTACATATATATACACACCAGCAAAACATAAGGCATAGAAAATA  195

seq1  AATACATCTTTAGTAAAAACTATATTTGATGCTAGTAGTTTGCTTAGTCA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATACATCTTTAGTAAAAACTATATTTGATGCTAGTAG-TTGCTTAGTCA  244

seq1  TCTAATTAGAGTCATTTTGTTACACATACTGGACCCCAGGGAACAAGGAA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTAGAGTCATTTTGTTACACATACTGGACCCCAGGGAACAAGGAA  294

seq1  TGCAGAGAATAAGATCCAACCACCTCTCTCCACTAAGGGAGTCAAAAGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGAATAAGATCCAACCACCTCTCTCCACTAAGGGAGTCAAAAGCA  344

seq1  GCCTTTGGGCTTGGTTAATGTTCTGTGGGTATCCAAGTGAGTCCCCCTAC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGGGCTTGGTTAATGTTCTGTGGGTATCCAAGTGAGTCCCCCTAC  394

seq1  CCCCTAGTCTCCTGTTAAGGACTCTTGCATTAAACTGATGAATATCTTAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTAGTCTCCTGTTAAGGACTCTTGCATTAAACTGATGAATATCTTAC  444

seq1  ACTATCTGCCAATGTGTTTATATTGGGATAGATTCCAGAAAGTATCTTAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTGCCAATGTGTTTATATTGGGATAGATTCCAGAAAGTATCTTAT  494

seq1  AAACTCCATCCTATTCAAGCTGAAATAAAATGTATAGGGGACTGGGAGAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCATCCTATTCAAGCTGAAATAAAATGTATAGGGGACTGGGAGAA  544

seq1  TATATCGACTGAAAGATAAGACTGGTAAACTTCAAAAAAGATGTCTGTCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCGACTGAAAGATAAGACTGGTAAACTTCAAAAAAGATGTCTGTCA  594

seq1  TGAGCTAGAAAAATTTGTCAACACAGCCCCCAGCTCAACACTTTTAAACT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTAGAAAAATTTGTCAACACAGCCCCCAGCTCAACACTTTTAAACT  644

seq1  GAGGATGAAAGTATCCTTCAGAGTCCTCTTACACCACCAGCAATGTGACC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATGAAAGTATCCTTCAGAGTCCTCTTACACCACCAGCAATGTGACC  694

seq1  TAGCAGTACTAACCCCTTTTAAAATTCAAAACCAGCTTTTCATAGAGAGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTACTAACCCCTTTTAAAATTCAAAACCAGCTTTTCATAGAGAGC  744

seq1  TAACACACCAACAGTGCAGGAAAAAAAAGGGGGGGAGGAGAGGAGTATAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACCAACAGTGCAGGAAAAAAAAGGGGGGGAGGAGAGGAGTATAA  794

seq1  ATGATTGAAGATAAGCCACTTTAACATTTACATTTAACATTTCTATACAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGAAGATAAGCCACTTTAACATTTACATTTAACATTTCTATACAT  844

seq1  GCACATACAGATGGATATATACATGTATGCGCACTCGCTGCAGTTGTAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATACAGATGGATATATACATGTATGCGCACTCGCTGCAGTTGTAAT  894

seq1  TGTAATGGTGCTGTGATAATGGGGTTCCCTCTCTGCTTTCCTCCCTGCTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGGTGCTGTGATAATGGGGTTCCCTCTCTGCTTTCCTCCCTGCTC  944

seq1  TATGTGGAACACCCAGATGGGGTAGGCAGCAAAGGCTAGTTCCAGGACTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGAACACCCAGATGGGGTAGGCAGCAAAGGCTAGTTCCAGGACTA  994

seq1  GAGGATCCATAGAAGAAGTGACGTCAGATGAGGAGACACTGCTTGGAGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCCATAGAAGAAGTGACGTCAGATGAGGAGACACTGCTTGGAGGC  1044

seq1  GAGACATATTCTTTTAGGTGGTGAATTTGTGAGAGTAGTTACTTTGCTCC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATATTCTTTTAGGTGGTGAATTTGTGAGAGTAGTTACTTTGCTCC  1094

seq1  CACCTGGAAATTGTACAAAGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGAAATTGTACAAAGAATTC  1119

seq1: chr18_62875812_62876956
seq2: B6Ng01-214E04.g_64_1193

seq1  GAATTCCCATCTCTTCCCACTCTTCCTCCAACCAACTGAACCCTCCCCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATCTCTTCCCACTCTTCCTCCAACCAACTGAACCCTCCCCCA  50

seq1  TGACTCCCCAGGCTTCCAGTACCACAGCACCAGAGTCAAAGACAATGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCCCAGGCTTCCAGTACCACAGCACCAGAGTCAAAGACAATGGTA  100

seq1  AGCAGTTCTCATTAGACCAGCATAGAGAGGTGAGACTTTTGTCTTTTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCTCATTAGACCAGCATAGAGAGGTGAGACTTTTGTCTTTTCCT  150

seq1  TCTGAAATCTTTGTAAGTCTTGGTAAGTCTACAGTGTGAATATCTGAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATCTTTGTAAGTCTTGGTAAGTCTACAGTGTGAATATCTGAGCC  200

seq1  TTTACAAATTGGTTGTTCTCCTTTCCTATCATGTGAATGTGAATTTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAATTGGTTGTTCTCCTTTCCTATCATGTGAATGTGAATTTGGAA  250

seq1  CTCAGCTGCCATGCTGTGAGAAAGCCCAAGAGATCTTGTGGGGATGCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTGCCATGCTGTGAGAAAGCCCAAGAGATCTTGTGGGGATGCACA  300

seq1  TGCAAAGAGGAGAGGAAGCATCAAGCCCAAAGCCCTAACTGAGATGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGAGGAGAGGAAGCATCAAGCCCAAAGCCCTAACTGAGATGCTCA  350

seq1  CCCCATAGCAAGGACCCTGCTGCCCCTACAGAAAAAGGTCTTTCCTGACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATAGCAAGGACCCTGCTGCCCCTACAGAAAAAGGTCTTTCCTGACG  400

seq1  GTGCCCTAGAGACAAAGAGGAATAGCTGTCTTTATGTGGGGGATGTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTAGAGACAAAGAGGAATAGCTGTCTTTATGTGGGGGATGTGTCA  450

seq1  GGGAGAAGTGAGAGGACCTGGACCAGAGCTTGCAGAGGCTCATGGTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAGTGAGAGGACCTGGACCAGAGCTTGCAGAGGCTCATGGTTCAG  500

seq1  CACCACTCTCTCCCCCCTTTGACTGTTAAGCAGTCATGTGACTCAGGACG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTCTCTCCCCCCTTTGACTGTTAAGCAGTCATGTGACTCAGGACG  550

seq1  GATGTCGGAACTTTACAAATTTTAAATTCTTCCATCAGGAGTTTAGGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCGGAACTTTACAAATTTTAAATTCTTCCATCAGGAGTTTAGGTAA  600

seq1  CCCTGGTCTAAACAGTCAGGAGAATTAAGAGTCAGTGGTTTTAGGAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTCTAAACAGTCAGGAGAATTAAGAGTCAGTGGTTTTAGGAAGCT  650

seq1  TCTTGTCTCCTGACATTCATCTAGCACATGCCTTCCTTCTAGAGTTCGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTCCTGACATTCATCTAGCACATGCCTTCCTTCTAGAGTTCGCC  700

seq1  AGTGTATTAACATTGTGTCTTTGCTTATCTGGAGCAAGAACAAGCGTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATTAACATTGTGTCTTTGCTTATCTGGAGCAAGAACAAGCGTCAT  750

seq1  GACTTTACTAATCTTACACCTAGTACCCAGATTATCAGATCATATGTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTACTAATCTTACACCTAGTACCCAGATTATCAGATCATATGTCCC  800

seq1  TGATAAATATTTGTTGAATGTACAGATGACTGTATTATCGACTGTATTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAATATTTGTTGAATGTACAGATGACTGTATTATCGACTGTATTAT  850

seq1  ATTCTTAAAATCCATGATAAGAAAACCAATGGGAAGCAAAGGGTAGGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTAAAATCCATGATAAGAAAACCAATGGGAAGCAAAGGGTAGGAAA  900

seq1  TTCTGATCCAGGGGTCAGCATGCGACAGCTTAGAAGTCAACTGTTGGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCCAGGGGTCAGCATGCGACAGCTTAGAAGTCAACTGTTGGCTT  950

seq1  TTGTCACTATCTGAAGAGCGTTTTAGTCATAAAGTTGGTTTTTGATATAC  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTGTCACTATCTGAAGAGCG-TTTAGTCATAAAGTTGG-TTTTGATATAC  998

seq1  AATATGCTTTAAAGAAAATTCTGTAAAGCTTTATAAACTTTATTTTCAAG  1050
       ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||
seq2  -ATATGCTTTAAAG-AAATTCTGTAAAGCTTTAT-AACTTAATTT--CAG  1043

seq1  AGGTCTGCAAATGAAAACAATCTCAATGAGCTTCTACACAGTGAGAATAG  1100
      |||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGC-AATGAAAAC-ATCTCAATGAGC-TCTACACAGTGAGAATAG  1090

seq1  ACACTTGGGATGGGAGCTGTGTAATATGACACTGGACTTTACATT  1145
      |||||| |||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||
seq2  ACACTT-GGATGGGAGCTG-GT-ATATGAC-CTGGAC-TTACATT  1130