BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218K22
Chromosome18 (Build37)
Map Location 82,933,310 - 83,047,865
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040871, B020010K11Rik, Galr1, Mbp, EG637748, Zfp236, LOC100039563
Downstream geneZfp516, LOC100041001, 4921531P14Rik, LOC665284
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218K22.bB6Ng01-218K22.g
ACCGA034745GA034746
length1,2061,171
definitionB6Ng01-218K22.b B6Ng01-218K22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,046,671 - 83,047,865)(82,933,310 - 82,934,489)
sequence
gaattctctatgcagaccaggctgaactcagaatcacagagatccccctg
cctctgcctctctaaaggcacacatcacctcattcagctttcccttctgt
tttgagattgggtctctcactgaagctggagctctggtagactggctgcc
tgccgggagcctctgggccatctcctgactttacaccctcaatgctgtgg
ttacagctgccctttaccgtgctgatcttgttatgtggatgttggggatc
cgaactcagatcttcaggtcctgtagtctattttgaaggccaatgctcta
atgcctattttgataagagggcagctgggttcaccatctgtcactctgct
gatcaccacaagcatgcgcagtccactagaacacccttcctctttcccgc
cgatccttctagatccttctgtcggtctgatgcgtcctagcagccgcctt
tccctattcaaacctctaaacaggctctcaggaccacatctgtgtaaccg
ccaggactttaaagcagtccgtttcagatgctccctccgatgcttggttt
tgagggactcagcagtgtgtggccccccctccgcctccccagtccacatc
ctctcagcccagattggatcctgccaatgggcctcaggctgcttacctct
gaaacacagcccggagtcacccaggactcttgtgcacagtcacccctgcc
cttggggtctggagtgggcaggtgctcagaatcaacatctggacagagag
aggtgtcaaagctcttcactggtcatcactttgctatagcttggcttaga
gctcactgtgggatgttcttattgtttatttctgccaaccccccctccct
tttgtactagaaaatacatttttgaaaatcctcatgatgacttcgagatt
cacctatcatactatgaaccacacaagattttagagtgccgcgggagctc
ccaaatcttcttgccgactatttttacccctataatttaatttaaaacct
ttttctcttttctgttggagtttggattggaactcgggacttcctttcat
gttaggcagcattcccccctggaactaacacacccattcccatcccttcc
cttgagtttgggaatttcctttcaggtgaacggtcactctccagctgctc
actattctaagcggtattggacagcggagggaggtaggctaagcagcctc
cctgtg

gaattcttatcatgagaagaaagctcccccaattactcttcagaactcct
ggagggatggcacggtgagtaaagatattgcaaccaagccagacaacctg
cgtttgatccccaggaattcacacggtaggaggagatatcggcccctaag
cttccggattccttttctgtgagaaatacaagctcccaagtccagggatc
agtagcctcaaagcctctactcgctgcacaagctgtgtggaaacaacctg
attaacagaggcaaacactcacaaaacgtgctttgtgctttgtaatgtca
cccgagtacgcaaagcacgctttccagggactcagactcgtactgtgaat
gagagaaaccgtgccgacatggttcttgagtaacctgctccccgcaatgg
ttcatgggtatcctatgcccctgagctctgactatccagaaagcaggccc
taggctcagacacctgaagtgcaagatgaggtggaaagcaagtgtacagc
tcattttttgagggtagactgctgaaggaactggttgatcaggcactaaa
gcgtgacaggagcagccctctggactcagcggaagccggtgacgcaccac
ttctcgggatcctgtgatttgttcaatgtcccggtgctcgtttgtggcgt
gcgtcgagtgaaaggaccatggaccaaatcccaggtctcggtgattggca
gccggacaaagaggcagcccacaatcttgctagggtttctgataggctgt
gactggagaccagaggaagcaatgagaggctgtggggagtagacaccccc
tcgcggagcaggggcatgctggctgcagcaccaacatccgccctgatctg
cctttgccttatctacttcttcccattagaaggcggctttgtcaccaaac
ctcaagttagagcaactaggggtagctcagtgcagcccaaggatggcctt
aaggtggaaaggggaggcagcttctacatttatgtccttcatgtgtcacc
cgggccctgcacagtgacagctgctctagagcccaggtgacattagagga
gcaacctcctctctgtcaagacactcatgggaggaacaccctctacaggt
ctactaggtgggcagtgctgccctctcatatgactggcacttgcctaaag
gcttcagaaaaggtatgttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_83046671_83047865
seq2: B6Ng01-218K22.b_42_1247 (reverse)

seq1  CACAAGGAGGCTGCCTACCCTACCTCCCTCCGCTGT-CAATACAGGCATA  49
      |||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||||| |   | 
seq2  CACAGGGAGGCTGCTTAGCCTACCTCCCTCCGCTGTCCAATACCG--CTT  48

seq1  AGAACAGTTGAGCAAGCTGGAGGAAGTGAC--GTCA-CTGAA--GGAATT  94
      |||| || ||||| ||||||||  ||||||   ||| |||||  | ||||
seq2  AGAATAG-TGAGC-AGCTGGAG--AGTGACCGTTCACCTGAAAGGAAATT  94

seq1  CCAAAAATCAAGGGAAGGGATGGG-ATGGGTGTG-TAGTTCCAGGGGGG-  141
      || ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| 
seq2  CCCAAACTCAAGGGAAGGGATGGGAATGGGTGTGTTAGTTCCAGGGGGGA  144

seq1  ATGCTTGCCTAACATG-AAGGAAGTCCCGAGTTCCAATCCAAACTCCAAC  190
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGC-TGCCTAACATGAAAGGAAGTCCCGAGTTCCAATCCAAACTCCAAC  193

seq1  AG-AAAGAG-AAAAGGTTTTAAATTAAA-TATAGGGGT-AAAATAGTCGG  236
      || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  AGAAAAGAGAAAAAGGTTTTAAATTAAATTATAGGGGTAAAAATAGTCGG  243

seq1  C-AGAAGA-TTGGGAGCT-CCGCGGCACTCTAAAATCTTGTGTGGTTCAT  283
      | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGATTTGGGAGCTCCCGCGGCACTCTAAAATCTTGTGTGGTTCAT  293

seq1  AGTATGATAGGTGAATCTCGAAGTCATCATGAGGATTTTC-AAAATGTAT  332
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGTATGATAGGTGAATCTCGAAGTCATCATGAGGATTTTCAAAAATGTAT  343

seq1  TTTCTAGTACAAAAGGGAGGGGGGGTTGGCAGAAATAAACAATAAGAACA  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGTACAAAAGGGAGGGGGGGTTGGCAGAAATAAACAATAAGAACA  393

seq1  TCCCACAGTGAGCTCTAAGCCAAGCTATAGCAAAGTGATGACCAGTGAAG  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACAGTGAGCTCTAAGCCAAGCTATAGCAAAGTGATGACCAGTGAAG  443

seq1  AGCTTTGACACCTCTCTCTGTCCAGATGTTGATTCTGAGCACCTGCCCAC  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTGACACCTCTCTCTGTCCAGATGTTGATTCTGAGCACCTGCCCAC  493

seq1  TCCAGACCCCAAGGGCAGGGGTGACTGTGCACAAGAGTCCTGGGTGACTC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACCCCAAGGGCAGGGGTGACTGTGCACAAGAGTCCTGGGTGACTC  543

seq1  CGGGCTGTGTTTCAGAGGTAAGCAGCCTGAGGCCCATTGGCAGGATCCAA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCTGTGTTTCAGAGGTAAGCAGCCTGAGGCCCATTGGCAGGATCCAA  593

seq1  TCTGGGCTGAGAGGATGTGGACTGGGGAGGCGGAGGGGGGGCCACACACT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTGAGAGGATGTGGACTGGGGAGGCGGAGGGGGGGCCACACACT  643

seq1  GCTGAGTCCCTCAAAACCAAGCATCGGAGGGAGCATCTGAAACGGACTGC  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTCCCTCAAAACCAAGCATCGGAGGGAGCATCTGAAACGGACTGC  693

seq1  TTTAAAGTCCTGGCGGTTACACAGATGTGGTCCTGAGAGCCTGTTTAGAG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTCCTGGCGGTTACACAGATGTGGTCCTGAGAGCCTGTTTAGAG  743

seq1  GTTTGAATAGGGAAAGGCGGCTGCTAGGACGCATCAGACCGACAGAAGGA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAATAGGGAAAGGCGGCTGCTAGGACGCATCAGACCGACAGAAGGA  793

seq1  TCTAGAAGGATCGGCGGGAAAGAGGAAGGGTGTTCTAGTGGACTGCGCAT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAAGGATCGGCGGGAAAGAGGAAGGGTGTTCTAGTGGACTGCGCAT  843

seq1  GCTTGTGGTGATCAGCAGAGTGACAGATGGTGAACCCAGCTGCCCTCTTA  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTGGTGATCAGCAGAGTGACAGATGGTGAACCCAGCTGCCCTCTTA  893

seq1  TCAAAATAGGCATTAGAGCATTGGCCTTCAAAATAGACTACAGGACCTGA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATAGGCATTAGAGCATTGGCCTTCAAAATAGACTACAGGACCTGA  943

seq1  AGATCTGAGTTCGGATCCCCAACATCCACATAACAAGATCAGCACGGTAA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAGTTCGGATCCCCAACATCCACATAACAAGATCAGCACGGTAA  993

seq1  AGGGCAGCTGTAACCACAGCATTGAGGGTGTAAAGTCAGGAGATGGCCCA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGCTGTAACCACAGCATTGAGGGTGTAAAGTCAGGAGATGGCCCA  1043

seq1  GAGGCTCCCGGCAGGCAGCCAGTCTACCAGAGCTCCAGCTTCAGTGAGAG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCCGGCAGGCAGCCAGTCTACCAGAGCTCCAGCTTCAGTGAGAG  1093

seq1  ACCCAATCTCAAAACAGAAGGGAAAGCTGAATGAGGTGATGTGTGCCTTT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATCTCAAAACAGAAGGGAAAGCTGAATGAGGTGATGTGTGCCTTT  1143

seq1  AGAGAGGCAGAGGCAGGGGGATCTCTGTGATTCTGAGTTCAGCCTGGTCT  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGAGGCAGGGGGATCTCTGTGATTCTGAGTTCAGCCTGGTCT  1193

seq1  GCATAGAGAATTC  1195
      |||||||||||||
seq2  GCATAGAGAATTC  1206


seq1: chr18_82933310_82934489
seq2: B6Ng01-218K22.g_62_1232

seq1  GAATTCTTATCATGAGAAGAAAGCTCCCCCAATTACTCTTCAGAACTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCATGAGAAGAAAGCTCCCCCAATTACTCTTCAGAACTCCT  50

seq1  GGAGGGATGGCACGGTGAGTAAAGATATTGCAACCAAGCCAGACAACCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGATGGCACGGTGAGTAAAGATATTGCAACCAAGCCAGACAACCTG  100

seq1  CGTTTGATCCCCAGGAATTCACACGGTAGGAGGAGATATCGGCCCCTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGATCCCCAGGAATTCACACGGTAGGAGGAGATATCGGCCCCTAAG  150

seq1  CTTCCGGATTCCTTTTCTGTGAGAAATACAAGCTCCCAAGTCCAGGGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGGATTCCTTTTCTGTGAGAAATACAAGCTCCCAAGTCCAGGGATC  200

seq1  AGTAGCCTCAAAGCCTCTACTCGCTGCACAAGCTGTGTGGAAACAACCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCTCAAAGCCTCTACTCGCTGCACAAGCTGTGTGGAAACAACCTG  250

seq1  ATTAACAGAGGCAAACACTCACAAAACGTGCTTTGTGCTTTGTAATGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACAGAGGCAAACACTCACAAAACGTGCTTTGTGCTTTGTAATGTCA  300

seq1  CCCGAGTACGCAAAGCACGCTTTCCAGGGACTCAGACTCGTACTGTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTACGCAAAGCACGCTTTCCAGGGACTCAGACTCGTACTGTGAAT  350

seq1  GAGAGAAACCGTGCCGACATGGTTCTTGAGTAACCTGCTCCCCGCAATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAAACCGTGCCGACATGGTTCTTGAGTAACCTGCTCCCCGCAATGG  400

seq1  TTCATGGGTATCCTATGCCCCTGAGCTCTGACTATCCAGAAAGCAGGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGGTATCCTATGCCCCTGAGCTCTGACTATCCAGAAAGCAGGCCC  450

seq1  TAGGCTCAGACACCTGAAGTGCAAGATGAGGTGGAAAGCAAGTGTACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTCAGACACCTGAAGTGCAAGATGAGGTGGAAAGCAAGTGTACAGC  500

seq1  TCATTTTTTGAGGGTAGACTGCTGAAGGAACTGGTTGATCAGGCACTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTTGAGGGTAGACTGCTGAAGGAACTGGTTGATCAGGCACTAAA  550

seq1  GCGTGACAGGAGCAGCCCTCTGGACTCAGCGGAAGCCGGTGACGCACCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGACAGGAGCAGCCCTCTGGACTCAGCGGAAGCCGGTGACGCACCAC  600

seq1  TTCTCGGGATCCTGTGATTTGTTCAATGTCCCGGTGCTCGTTTGTGGCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCGGGATCCTGTGATTTGTTCAATGTCCCGGTGCTCGTTTGTGGCGT  650

seq1  GCGTCGAGTGAAAGGACCATGGACCAAATCCCAGGTCTCGGTGATTGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCGAGTGAAAGGACCATGGACCAAATCCCAGGTCTCGGTGATTGGCA  700

seq1  GCCGGACAAAGAGGCAGCCCACAATCTTGCTAGGGTTTCTGATAGGCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGACAAAGAGGCAGCCCACAATCTTGCTAGGGTTTCTGATAGGCTGT  750

seq1  GACTGGAGACCAGAGGAAGCAATGAGAGGCTGTGGGGAGTAGACACCCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAGACCAGAGGAAGCAATGAGAGGCTGTGGGGAGTAGACACCCCC  800

seq1  TCGCGGAGCAGGGGCATGCTGGCTGCAGCACCAACATCCGCCCTGATCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCGGAGCAGGGGCATGCTGGCTGCAGCACCAACATCCGCCCTGATCTG  850

seq1  CCTTTGCCTTATCTACTTCTTCCCATTAG-AGGCGGCTTTGTCACCAAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTTATCTACTTCTTCCCATTAGAAGGCGGCTTTGTCACCAAAC  900

seq1  CTCAGGTTAGAGCAACTAGGGGTAGCTCAGTGCAGCCCAAGGATGG-CTT  948
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTCAAGTTAGAGCAACTAGGGGTAGCTCAGTGCAGCCCAAGGATGGCCTT  950

seq1  AAGGTGGAAAGGGGAGGCAGCTCTTACATTTATGTCCTTCATGTGTCACC  998
      ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGAAAGGGGAGGCAGCTTCTACATTTATGTCCTTCATGTGTCACC  1000

seq1  C-GGCCCTGCACAGTGACAGCTGCTCCTAGAGCCCAGGTGACATTTAGAG  1047
      | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CGGGCCCTGCACAGTGACAGCTGCT-CTAGAGCCCAGGTGACA-TTAGAG  1048

seq1  GAGGCAACCTCCTTCTCTGTTCAGGAACACCTTCATGGGAGGAACACCCT  1097
      || ||||||||| |||||||  ||  ||||  ||||||||||||||||||
seq2  GA-GCAACCTCC-TCTCTGTCAAG--ACAC--TCATGGGAGGAACACCCT  1092

seq1  CTACAGGTCTACTAGGGTGGGCAGTGCTG-CCTCTCATATGGGCTGCGCT  1146
      |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    || ||
seq2  CTACAGGTCTACTA-GGTGGGCAGTGCTGCCCTCTCATATGACTGGCACT  1141

seq1  CTGCTAGAGGCCTTTCCAAGAAAATGTATGTTTA  1180
         ||| ||||  |||  |||||| |||||||||
seq2  TGCCTAAAGGC--TTC--AGAAAAGGTATGTTTA  1171


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |