BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219A17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 42,004,708 - 42,005,836
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC677182, LOC100041988, LOC100041997
Downstream genePrelid2, Gm851, Sh3rf2, EG435561, Plac8l1, LOC433177, Lars, EG625929, LOC100042757, Rbm27, Pou4f3, LOC100042767, LOC100042027, Tcerg1, Gpr151, LOC100042037, Ppp2r2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219A17.bB6Ng01-219A17.g
ACCGA035003GA035004
length2911,124
definitionB6Ng01-219A17.b B6Ng01-219A17.g
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
tggcccctgcctaaggtaccacctcccacagcccccacaagagaagcacg
gtcagtagtcacataagcaatggcccaagcttctgcccttcaggataaac
tcctccccagttacctagcaacagtgaagaccataaaaaggggtgcttag
cccataccttgctctcttattcctttgtcctctcacttctctcttctctc
acttctctctcctcttccctttctctttgtcttctttcctctcttctctc
tctctctctctctctctctctctctctctctctcttcctcc
gaattcacttaccattgctgcaaagatattgaaccagttctggagaggac
atgtggtgggaaactgtggcctctgaccatgggccagccaactatgctac
tggcccatattgaaagcatcaatgcagccccacatgtatgaagccccaat
caccatcccggctgctattacttccaaagtcagaactgtgaactcctcgg
tgctttacttacaggaactttggaagatgataaatgtagattgactggag
ttatgacttagcagggaagtgtttgcctggcatatgtaaggccctgggtt
caacccccctgtcacagaaaaaggaaaagaggaagaatggttattgctat
tctaagccagtaggttctggcataatttgttaaagagatatgataccaga
caatgaaatcttgtgtcatggaaacagtaaaatgagaccaagccacattt
tatgaacaagacaagcaaattttaacagtagctgggagggctttagctgg
agggctgaagggagtgctgtcactgaacaagcattcaggagactacgctg
gatttttgtttgatttggggagacatgctaaatattagtaattgtttgct
agttgtacatatggtcaaaggagcttttctttcttgtgtgtaaacacgct
ggccttgtccttggctaaaaggcagtgactggatttagaaaaatgctaag
gctctcagtcttgtttgatctgggtcttatgataatgctaaaggacaaac
gtgcttgagttgatgaacaagccaaagacttagtggaagaaacgtttatt
cactccagaggatgtgtctgtcttaacaacgtctttctcagtcagcaaat
ctcctagaagagctgtgtagagtctgatgtaaagcttgaggtagagacag
agcagaagacaggagaatggagatgccaaatgcctgtcattagagtgctg
gacaccagttgtctctagatactaggaaagagtcacccattgagaaagag
actctagtacagatgcacctgcagtgaagctagaggctaactatgtatat
ctatgtgccctctaaatgatgactttagttggatagggatggtgcagctt
gaggagtatctagggtctccttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_42004708_42005836
seq2: B6Ng01-219A17.g_66_1189

seq1  GAATTCACTTACCATTGCTGCAAAGATATTGAACCAGTTCTGGAGAGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTACCATTGCTGCAAAGATATTGAACCAGTTCTGGAGAGGAC  50

seq1  ATGTGGTGGGAAACTGTGGCCTCTGACCATGGGCCAGCCAACTATGCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTGGGAAACTGTGGCCTCTGACCATGGGCCAGCCAACTATGCTAC  100

seq1  TGGCCCATATTGAAAGCATCAATGCAGCCCCACATGTATGAAGCCCCAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCCATATTGAAAGCATCAATGCAGCCCCACATGTATGAAGCCCCAAT  150

seq1  CACCATCCCGGCTGCTATTACTTCCAAAGTCAGAACTGTGAACTCCTCGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCCCGGCTGCTATTACTTCCAAAGTCAGAACTGTGAACTCCTCGG  200

seq1  TGCTTTACTTACAGGAACTTTGGAAGATGATAAATGTAGATTGACTGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTACTTACAGGAACTTTGGAAGATGATAAATGTAGATTGACTGGAG  250

seq1  TTATGACTTAGCAGGGAAGTGTTTGCCTGGCATATGTAAGGCCCTGGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGACTTAGCAGGGAAGTGTTTGCCTGGCATATGTAAGGCCCTGGGTT  300

seq1  CAACCCCCCTGTCACAGAAAAAGGAAAAGAGGAAGAATGGTTATTGCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCCCCTGTCACAGAAAAAGGAAAAGAGGAAGAATGGTTATTGCTAT  350

seq1  TCTAAGCCAGTAGGTTCTGGCATAATTTGTTAAAGAGATATGATACCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCCAGTAGGTTCTGGCATAATTTGTTAAAGAGATATGATACCAGA  400

seq1  CAATGAAATCTTGTGTCATGGAAACAGTAAAATGAGACCAAGCCACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAATCTTGTGTCATGGAAACAGTAAAATGAGACCAAGCCACATTT  450

seq1  TATGAACAAGACAAGCAAATTTTAACAGTAGCTGGGAGGGCTTTAGCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAACAAGACAAGCAAATTTTAACAGTAGCTGGGAGGGCTTTAGCTGG  500

seq1  AGGGCTGAAGGGAGTGCTGTCACTGAACAAGCATTCAGGAGACTACGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGAAGGGAGTGCTGTCACTGAACAAGCATTCAGGAGACTACGCTG  550

seq1  GATTTTTGTTTGATTTGGGGAGACATGCTAAATATTAGTAATTGTTTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTGTTTGATTTGGGGAGACATGCTAAATATTAGTAATTGTTTGCT  600

seq1  AGTTGTACATATGGTCAAAGGAGCTTTTCTTTCTTGTGTGTAAACACGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTACATATGGTCAAAGGAGCTTTTCTTTCTTGTGTGTAAACACGCT  650

seq1  GGCCTTGTCCTTGGCTAAAAGGCAGTGACTGGATTTAGAAAAATGCTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGTCCTTGGCTAAAAGGCAGTGACTGGATTTAGAAAAATGCTAAG  700

seq1  GCTCTCAGTCTTGTTTGATCTGGGTCTTATGATAATGCTAAAGGACAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCAGTCTTGTTTGATCTGGGTCTTATGATAATGCTAAAGGACAAAC  750

seq1  GTGCTTGAGTTGATGAACAAGCCAAAGACTTAGTGGAAGAAACGTTTATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGAGTTGATGAACAAGCCAAAGACTTAGTGGAAGAAACGTTTATT  800

seq1  CACTCCAGAGGATGTGTCTGTCTTAAACAACGTCTTTCTCAGTCAGCAAA  850
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAGAGGATGTGTCTGTCTT-AACAACGTCTTTCTCAGTCAGCAAA  849

seq1  TCTCCTAGAAGAGCTGTGTAGAGTCTGATGTAAAGCTTGAGGTAGAGACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTAGAAGAGCTGTGTAGAGTCTGATGTAAAGCTTGAGGTAGAGACA  899

seq1  GAGCAGAAGACAGGAGAATGGAGATGCCAAATGCCTGTCATTAGAGTGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAAGACAGGAGAATGGAGATGCCAAATGCCTGTCATTAGAGTGCT  949

seq1  GGACA-CAG-TGTCTCTAGATACTAGGAAAGAGTCACCCATTGAGAAAGA  998
      ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCAGTTGTCTCTAGATACTAGGAAAGAGTCACCCATTGAGAAAGA  999

seq1  GACTCTAGTACAGATGCACCTGCAGTGAAGCTAGAGGCTAACTATGTATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  GACTCTAGTACAGATGCACCTGCAGTGAAGCTAGAGGCTAACTATG---T  1046

seq1  ATTTCTATGTGCCCTCTAAAATGGATGACTTTTAGGTTGGATAGGGATGG  1098
      || |||||||||||||||||   |||||||||   |||||||||||||||
seq2  ATATCTATGTGCCCTCTAAA--TGATGACTTT--AGTTGGATAGGGATGG  1092

seq1  TGCAGCTAGA-GAGTAT-TAGGGTTCTCCTTGG  1129
      ||||||| || |||||| ||||| |||||||||
seq2  TGCAGCTTGAGGAGTATCTAGGG-TCTCCTTGG  1124