BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-219I21
Chromosome18 (Build37)5 (Build37)
Map Location 26,281,899 - 26,283,0804,668,007 - 4,669,149
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneFhod3, 5730494M16Rik, AW554918, Brunol4, LOC100041241, LOC665916, LOC100041263, LOC100041274
Downstream geneEG665977
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-219I21.bB6Ng01-219I21.g
ACCGA035355GA035356
length1,1741,138
definitionB6Ng01-219I21.b B6Ng01-219I21.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,281,899 - 26,283,080)(4,668,007 - 4,669,149)
sequence
gaattccaaggacaaaggagggaatggagagatacacagagaagataaca
gattccatgacagtgggtcctctgactactacaaggttaaatattctaga
ttttactgctctgtacagttgagaggtagaatttctttgagtatttaact
atagatagcagtcattattggggaaactggaaaattcacctcttaactaa
accacccatctcttgctgtccctcccaggcccatatctatgatatcccta
catcactatccacagtctttagctacagagaattatcagggacttaatag
tcagttggggtttaatgactcttctgtgcgtcttggaccatcaactcctc
ccggactctcattaatcccaggggcaatggcttagactgtgatcattatt
gctttaacaaacacttctagtagatgagagtaactctccatttatcttcc
atggaaattcatcctgctggactgacactgtcagccagacacacacgctt
ttgtcttgaagttcaaaggaatggtattattgctctctgcatttattata
ttgaaagcaaaagctaattaaatgttaaagttcctggctgcctagtgaca
aggaaaggctggtcaagtttcttttacaaagttttgttaatattgtgagg
agacctttactgttgggaagattagaggcacgtcacaggtaagcagtagg
gaactgacgcctttaaagtggtagtagttcacagaatgaagatcttaaca
gtctaagcaaatgaaaaatactaattaagtagcttgcatataaattcctt
taaaattcctttattgtcattgatctttagtttcatacttatagacttaa
tttaaaaacaagttgattgttgtaaaaacaaaaaagtaaagctgagttca
tgatttacacacaacatagcagcaactgcctgtcatgttcatttcagtga
ttcatcaatgacccagatacagtgagaaacttcaatagtgtttattaaaa
aataacccaccgaattgcatcatacacattacataaataaagattatatt
caattatcgactctggagggtaattttgaacaagggggacctccagttaa
gaatcacatacttatatacagtttctagatttattcttagatttcaggct
cttaagctagttttagtaatcatt

gaattccagacaaaagcaactgaaggaaagaagggttcgttttgcccagt
gatcacactttggtggagaaagcacagtgacaagaatgtaagcctggttt
catggattataagggatgataaaatccgaagactcacccttacatgacac
attacctctaatgaatctctaccctcaaacattccaaaacaagaccacca
actaggaaccaaatatttaaatatgtatgactacggagggcattttgcag
ggaagccacaacagctgggactctgaagtcaagatgttggcagagtcatt
tccttctgggattttcaacggacattgtatttcatgttctaaaggttgct
aacaaagaccagaaattccgtgtttgttggttatggcattatcccttcag
tctctacatatgtcatcccatagatatgtgtctctgtatctaaattttta
tataccttgacactcacaagcaccatggcttaattttaattaaaaataaa
aaatatggtaacccatgatgcctgtggatatgagcttatataaaaacgga
gctttgcaaatgtaatcaagtttaaataatttcctgctgccttaatccaa
tgaatgatatccttctggcatgtgagatatttagacacagaaacacacag
gaacatggaatataccattctcctacccaacacaggaaactttatgtcct
tatctaaacatacatccaacccagatgaaaaatatatctcctctatctca
aatccttagaatttatggcctattgaattaatctcatctaagtcatagct
gagtatggtattccatgtccataaatcccagcatgggacgactgaaacag
attatcaatatgaattttatagtgagttttagggcattttgggctatgta
acaaaattctgtgtcaaaataataatataatatattatatttttaaaagt
ccaaatttaacctctggaatatcttgatcaggtgtttgcaacatctctgg
gcatacaaatggaaacaatctcactcctctcctttgtacccaggtatgaa
aaaaaatatattatattattataccccccatatataggtaaatatgtgaa
ctttgtgaattataatattaggtaatatgtaaattata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_26281899_26283080
seq2: B6Ng01-219I21.b_46_1219

seq1  GAATTCCAAGGACAAAGGAGGGAATGGAGAGATACACAGAGAAGATAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGGACAAAGGAGGGAATGGAGAGATACACAGAGAAGATAACA  50

seq1  GATTCCATGACAGTGGGTCCTCTGACTACTACAAGGTTAAATATTCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCATGACAGTGGGTCCTCTGACTACTACAAGGTTAAATATTCTAGA  100

seq1  TTTTACTGCTCTGTACAGTTGAGAGGTAGAATTTCTTTGAGTATTTAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACTGCTCTGTACAGTTGAGAGGTAGAATTTCTTTGAGTATTTAACT  150

seq1  ATAGATAGCAGTCATTATTGGGGAAACTGGAAAATTCACCTCTTAACTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGCAGTCATTATTGGGGAAACTGGAAAATTCACCTCTTAACTAA  200

seq1  ACCACCCATCTCTTGCTGTCCCTCCCAGGCCCATATCTATGATATCCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCATCTCTTGCTGTCCCTCCCAGGCCCATATCTATGATATCCCTA  250

seq1  CATCACTATCCACAGTCTTTAGCTACAGAGAATTATCAGGGACTTAATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTATCCACAGTCTTTAGCTACAGAGAATTATCAGGGACTTAATAG  300

seq1  TCAGTTGGGGTTTAATGACTCTTCTGTGCGTCTTGGACCATCAACTCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGGGGTTTAATGACTCTTCTGTGCGTCTTGGACCATCAACTCCTC  350

seq1  CCGGACTCTCATTAATCCCAGGGGCAATGGCTTAGACTGTGATCATTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACTCTCATTAATCCCAGGGGCAATGGCTTAGACTGTGATCATTATT  400

seq1  GCTTTAACAAACACTTCTAGTAGATGAGAGTAACTCTCCATTTATCTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAACAAACACTTCTAGTAGATGAGAGTAACTCTCCATTTATCTTCC  450

seq1  ATGGAAATTCATCCTGCTGGACTGACACTGTCAGCCAGACACACACGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAATTCATCCTGCTGGACTGACACTGTCAGCCAGACACACACGCTT  500

seq1  TTGTCTTGAAGTTCAAAGGAATGGTATTATTGCTCTCTGCATTTATTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTGAAGTTCAAAGGAATGGTATTATTGCTCTCTGCATTTATTATA  550

seq1  TTGAAAGCAAAAGCTAATTAAATGTTAAAGTTCCTGGCTGCCTAGTGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCAAAAGCTAATTAAATGTTAAAGTTCCTGGCTGCCTAGTGACA  600

seq1  AGGAAAGGCTGGTCAAGTTTCTTTTACAAAGTTTTGTTAATATTGTGAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGGCTGGTCAAGTTTCTTTTACAAAGTTTTGTTAATATTGTGAGG  650

seq1  AGACCTTTACTGTTGGGAAGATTAGAGGCACGTCACAGGTAAGCAGTAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTTACTGTTGGGAAGATTAGAGGCACGTCACAGGTAAGCAGTAGG  700

seq1  GAACTGACGCCTTTAAAGTGGTAGTAGTTCACAGAATGAAGATCTTAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGACGCCTTTAAAGTGGTAGTAGTTCACAGAATGAAGATCTTAACA  750

seq1  GTCTAAGCAAATGAAAAATACTAATTAAGTAGCTTGCATATAAATTCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAGCAAATGAAAAATACTAATTAAGTAGCTTGCATATAAATTCCTT  800

seq1  TAAAATTCCTTTATTGTCATTGATCTTTAGTTTCATACTTATAGACTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTCCTTTATTGTCATTGATCTTTAGTTTCATACTTATAGACTTAA  850

seq1  TTTAAAAACAAGTTGATTGTTGTAAAAACAAAAAAGTAAAGCTGAGTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACAAGTTGATTGTTGTAAAAACAAAAAAGTAAAGCTGAGTTCA  900

seq1  TGATTTACACACAACATAGCAGCAACTGCCTGTCATGTTCATTTCAGGTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGATTTACACACAACATAGCAGCAACTGCCTGTCATGTTCATTTCA-GTG  949

seq1  ATTCATCAATGACCCAGATTACAGTGAGAAACTTC-ATAGTGTTTATTAT  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  ATTCATCAATGACCCAGA-TACAGTGAGAAACTTCAATAGTGTTTATTAA  998

seq1  AAAATAACACACCGAATTGAATCATACACATTACATAAATAAAGATTATA  1049
      |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACCCACCGAATTGCATCATACACATTACATAAATAAAGATTATA  1048

seq1  TTCAAATATAGACTCT-GAGGGTAATTTTTGAACAAGGGGGAACTCCAGT  1098
      ||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCAATTATCGACTCTGGAGGGTAA-TTTTGAACAAGGGGGACCTCCAGT  1097

seq1  ATAGAATCACATACTTATATACCAGTTTCTAGTATTTATTCTTAAATATT  1148
        ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||  | |||
seq2  TAAGAATCACATACTTATATA-CAGTTTCTAG-ATTTATTCTT--AGATT  1143

seq1  TCA-GCTCTTTAGTTTATTTTTTTAATTAATCATT  1182
      ||| |||||| || |  ||||    | ||||||||
seq2  TCAGGCTCTTAAGCTAGTTTT----AGTAATCATT  1174


seq1: chr5_4668007_4669149
seq2: B6Ng01-219I21.g_63_1200

seq1  GAATTCCAGACAAAAGCAACTGAAGGAAAGAAGGGTTCGTTTTGCCCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACAAAAGCAACTGAAGGAAAGAAGGGTTCGTTTTGCCCAGT  50

seq1  GATCACACTTTGGTGGAGAAAGCACAGTGACAAGAATGTAAGCCTGGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACACTTTGGTGGAGAAAGCACAGTGACAAGAATGTAAGCCTGGTTT  100

seq1  CATGGATTATAAGGGATGATAAAATCCGAAGACTCACCCTTACATGACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATTATAAGGGATGATAAAATCCGAAGACTCACCCTTACATGACAC  150

seq1  ATTACCTCTAATGAATCTCTACCCTCAAACATTCCAAAACAAGACCACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTCTAATGAATCTCTACCCTCAAACATTCCAAAACAAGACCACCA  200

seq1  ACTAGGAACCAAATATTTAAATATGTATGACTACGGAGGGCATTTTGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGAACCAAATATTTAAATATGTATGACTACGGAGGGCATTTTGCAG  250

seq1  GGAAGCCACAACAGCTGGGACTCTGAAGTCAAGATGTTGGCAGAGTCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCACAACAGCTGGGACTCTGAAGTCAAGATGTTGGCAGAGTCATT  300

seq1  TCCTTCTGGGATTTTCAACGGACATTGTATTTCATGTTCTAAAGGTTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGGGATTTTCAACGGACATTGTATTTCATGTTCTAAAGGTTGCT  350

seq1  AACAAAGACCAGAAATTCCGTGTTTGTTGGTTATGGCATTATCCCTTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGACCAGAAATTCCGTGTTTGTTGGTTATGGCATTATCCCTTCAG  400

seq1  TCTCTACATATGTCATCCCATAGATATGTGTCTCTGTATCTAAATTTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACATATGTCATCCCATAGATATGTGTCTCTGTATCTAAATTTTTA  450

seq1  TATACCTTGACACTCACAAGCACCATGGCTTAATTTTAATTAAAAATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCTTGACACTCACAAGCACCATGGCTTAATTTTAATTAAAAATAAA  500

seq1  AAATATGGTAACCCATGATGCCTGTGGATATGAGCTTATATAAAAACGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGGTAACCCATGATGCCTGTGGATATGAGCTTATATAAAAACGGA  550

seq1  GCTTTGCAAATGTAATCAAGTTTAAATAATTTCCTGCTGCCTTAATCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCAAATGTAATCAAGTTTAAATAATTTCCTGCTGCCTTAATCCAA  600

seq1  TGAATGATATCCTTCTGGCATGTGAGATATTTAGACACAGAAACACACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGATATCCTTCTGGCATGTGAGATATTTAGACACAGAAACACACAG  650

seq1  GAACATGGAATATACCATTCTCCTACCCAACACAGGAAACTTTATGTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGGAATATACCATTCTCCTACCCAACACAGGAAACTTTATGTCCT  700

seq1  TATCTAAACATACATCCAACCCAGATGAAAAATATATCTCCTCTATCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTAAACATACATCCAACCCAGATGAAAAATATATCTCCTCTATCTCA  750

seq1  AATCCTTAGAATTTATGGCCTATTGAATTAATCTCATCTAAGTCATAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTAGAATTTATGGCCTATTGAATTAATCTCATCTAAGTCATAGCT  800

seq1  GAGTATGGTATTCCATGTCCATAAATCCCAGCATGGGACGACTGAAACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGGTATTCCATGTCCATAAATCCCAGCATGGGACGACTGAAACAG  850

seq1  ATTATCAATATGAATTTTATAGTGAGTTTTAGGGCATTTTGGGCTATGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCAATATGAATTTTATAGTGAGTTTTAGGGCATTTTGGGCTATGTA  900

seq1  ACAAAATTCTGTGTCAAAATAAATAATATAATATATTATA-TTTTAAAAG  949
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACAAAATTCTGTGTCAAAAT-AATAATATAATATATTATATTTTTAAAAG  949

seq1  TCCAAAATTTAACCTCTGGAATTATCTTGATCAGGTGTTTGCAACATCTC  999
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCC-AAATTTAACCTCTGGAA-TATCTTGATCAGGTGTTTGCAACATCTC  997

seq1  TGGGCATACAAATGGAAACAAATCTCAACTCCTCTCCTTTGTACCCAGGT  1049
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATACAAATGGAAAC-AATCTC-ACTCCTCTCCTTTGTACCCAGGT  1045

seq1  AATGAAAAAAAATATA-TATAT--ATATA-CACACATATATA-GTAAATA  1094
       ||||||||||||||| |||||   |||| | | |||||||| |||||||
seq2  -ATGAAAAAAAATATATTATATTATTATACCCCCCATATATAGGTAAATA  1094

seq1  TGTGAAAATTTGTGAATATATAAATATATAGTAAATATGTAAATATATA  1143
      |||| || ||||||||| ||| ||||| |||  ||||||||||| ||||
seq2  TGTG-AACTTTGTGAAT-TAT-AATAT-TAGGTAATATGTAAAT-TATA  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |