BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-222D01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 16,593,263 - 16,696,521
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneChst9, LOC670012, LOC100040551, EG225228, LOC100040202, Ppia-ps18_172.1, EG665509
Downstream geneCdh2, LOC665519, 1700001G01Rik, 4921533I20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-222D01.bB6Ng01-222D01.g
ACCGA037278GA037279
length1,0861,093
definitionB6Ng01-222D01.b B6Ng01-222D01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,593,263 - 16,594,331)(16,695,414 - 16,696,521)
sequence
gaattcaaggaaatgttcctaaaaccacagaaagtacttaccaggaatct
gctgctgaattgttctgttcattaagtacttaaggggagaatgtggcagg
aaagacccctcaggaggacagtgtttggtgtgctcaaggttcagagttcg
agccccagccctaatcaaccacccaataaaggaagtagcataactaatta
attaagagaaggaaagagtgttatcttggacctggacttctctgtgcagc
cactcccttccttagtccttgtctcagttggggtttaggattgctgtgat
gaggcaccatgaccatcagtaacttggttaggaaagagtttatttcactc
acaatttcagatcactgttcatcattaaaatcaggaagggcaggaactca
tgaattgcaggaacctgatgcagaggccatagaggggtgctgcttactgg
cttgctcaccatgtcttggtcaaccttctttcttacaggacataggacta
ctagcctaagggtgtcactactcacaatggcctggatgcgtccacagtaa
tcattgattaagaaaatgccctacaggcttgcctactgcctgatcctatg
gaggccttttctcaattgaggctctctcctctctgatgactctagcttgt
gtcaagttgacataacactagtcagcacagtcctttccgctcactccctc
atcccaagtgaagaacaaagctatcaaatacattgctctctgtatgtccc
agagcatagctctgccatttatttttaaataaagaaaatgccctgttggt
atttcaaataaaatgatgaccccaataatagccaaatacttccaacaata
tatttttcacacttggacattctcttgccagctttgggtgggaaacaggc
tttttaggggacagtgatgctttaagggaaggttagagttccacttccaa
ttgtatcaaaggaagccttaccctgtctagtgaacaagggaattctgagt
gtgctcacccctactgataagaacagtgttaaatgatgctgcattataat
tatgtatatatatactatatgtatacagatatatac
gaattctcatgttatctttagaaatggaaagctgtgaacagctcactctt
acttgctaacttgatgggactttttagagtgtctaaacccatggcttctt
aaccttgcctttgcacactggagaatgtaacaatctattctttttttttt
tttcctggtttttcgaaacagggattctctgtttagccttggctgtcctg
gaactcactctgtagaccaggttggccttgaactcagaaatccacctgcc
tctgcctcccaagtgctgggattaaaggcatgtgccaccatgcccagtct
attctttcttagcaatcagtgataaaactggtagattctttctcagagac
tacagggaagaccttacacaccaagaaacagaggaatgcagctttaaaag
accattctgcattaacctaaagcaggtaatgccaccctgctctaccctct
tgctgtttccatctcagagcatctgtgtttacatcctaacatcagctaat
gagactgctcctgcaacatgaacagtgaacaaggcaaatgcaaaaggcga
taaagagagtgaagctcaacatactcggatcccaaatctaaagggtgttc
tgtttcctgttgctatccagagatgccctggcactggctttccagggccc
aattttccttgacttttgacccaccatgtcctgattatggttatgagaaa
accaccttgtctcaactgaacacagtaacactgctctccttcactacaaa
aacaaggtttcacttagaattttgcagaattaaaaaggttacacttgtcc
tactgctgggagttctacggaaaactatatttaaagagttctattgttca
ggtatatttatgtgtatgtgcttcagcatggttattctattcttttattc
cattagaaaaataacttttgctatagaaacagaagtgccaccttagtcat
tttcaagaaaacatgctgtagagctttttgacatgtaaattgtatcatgt
cagatttgcctactcttctcatgactctgggcctgcatgctcactccagt
ggaattgactgcatctatgatgctctggcaattccaatcctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_16593263_16594331
seq2: B6Ng01-222D01.b_45_1129

seq1  GAATTCAAGGAAATGTTCCTAAAACCACAGAAAGTACTTACCAGGAATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGAAATGTTCCTAAAACCACAGAAAGTACTTACCAGGAATCT  50

seq1  GCTGCTGAATTGTTCTGTTCATTAAGTACTTAAGGGGAGAATGTGGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGAATTGTTCTGTTCATTAAGTACTTAAGGGGAGAATGTGGCAGG  100

seq1  AAAGACCCCTCAGGAGGACAGTGTTTGGTGTGCTCAAGGTTCAGAGTTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCCCTCAGGAGGACAGTGTTTGGTGTGCTCAAGGTTCAGAGTTCG  150

seq1  AGCCCCAGCCCTAATCAACCACCCAATAAAGGAAGTAGCATAACTAATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCAGCCCTAATCAACCACCCAATAAAGGAAGTAGCATAACTAATTA  200

seq1  ATTAAGAGAAGGAAAGAGTGTTATCTTGGACCTGGACTTCTCTGTGCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGAGAAGGAAAGAGTGTTATCTTGGACCTGGACTTCTCTGTGCAGC  250

seq1  CACTCCCTTCCTTAGTCCTTGTCTCAGTTGGGGTTTAGGATTGCTGTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCTTCCTTAGTCCTTGTCTCAGTTGGGGTTTAGGATTGCTGTGAT  300

seq1  GAGGCACCATGACCATCAGTAACTTGGTTAGGAAAGAGTTTATTTCACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACCATGACCATCAGTAACTTGGTTAGGAAAGAGTTTATTTCACTC  350

seq1  ACAATTTCAGATCACTGTTCATCATTAAAATCAGGAAGGGCAGGAACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTCAGATCACTGTTCATCATTAAAATCAGGAAGGGCAGGAACTCA  400

seq1  TGAATTGCAGGAACCTGATGCAGAGGCCATAGAGGGGTGCTGCTTACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGCAGGAACCTGATGCAGAGGCCATAGAGGGGTGCTGCTTACTGG  450

seq1  CTTGCTCACCATGTCTTGGTCAACCTTCTTTCTTACAGGACATAGGACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCACCATGTCTTGGTCAACCTTCTTTCTTACAGGACATAGGACTA  500

seq1  CTAGCCTAAGGGTGTCACTACTCACAATGGCCTGGATGCGTCCACAGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCTAAGGGTGTCACTACTCACAATGGCCTGGATGCGTCCACAGTAA  550

seq1  TCATTGATTAAGAAAATGCCCTACAGGCTTGCCTACTGCCTGATCCTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGATTAAGAAAATGCCCTACAGGCTTGCCTACTGCCTGATCCTATG  600

seq1  GAGGCCTTTTCTCAATTGAGGCTCTCTCCTCTCTGATGACTCTAGCTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTTTTCTCAATTGAGGCTCTCTCCTCTCTGATGACTCTAGCTTGT  650

seq1  GTCAAGTTGACATAACACTAGTCAGCACAGTCCTTTCCGCTCACTCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTTGACATAACACTAGTCAGCACAGTCCTTTCCGCTCACTCCCTC  700

seq1  ATCCCAAGTGAAGAACAAAGCTATCAAATACATTGCTCTCTGTATGTCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAGTGAAGAACAAAGCTATCAAATACATTGCTCTCTGTATGTCCC  750

seq1  AGAGCATAGCTCTGCCATTTATTTTTAAATAAAGAAAATGCCCTGTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATAGCTCTGCCATTTATTTTTAAATAAAGAAAATGCCCTGTTGGT  800

seq1  ATTTCAAATAAAATGATGACCCCAATAATAGCCAAATACTTCCAACAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAATAAAATGATGACCCCAATAATAGCCAAATACTTCCAACAATA  850

seq1  TA-TTTTCACACTTGGACATTCTCTTGCCAGCTTTGGGTGGGAAACAGGC  899
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCACACTTGGACATTCTCTTGCCAGCTTTGGGTGGGAAACAGGC  900

seq1  TTTTTAGGGGACAGTGATGCTTTAA-GGAAGGTTAGAGTTCCACTTCCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGGGGACAGTGATGCTTTAAGGGAAGGTTAGAGTTCCACTTCCAA  950

seq1  TTGTATCAAAGGAAGCCTTACCCTGTCTAGTGAACAAGGGAATTCTGAGG  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTGTATCAAAGGAAGCCTTACCCTGTCTAGTGAACAAGGGAATTCTGA-G  999

seq1  TGTGCTCACCCCTACTGATAAGAACAGTGTTTAAATGATGCTG---TATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||
seq2  TGTGCTCACCCCTACTGATAAGAACAGTG-TTAAATGATGCTGCATTATA  1048

seq1  --TATATATATATATA-TATATATATA----------  1069
        ||| |||||||||| ||||| ||||          
seq2  ATTATGTATATATATACTATATGTATACAGATATATA  1085

seq1: chr18_16695414_16696521
seq2: B6Ng01-222D01.g_65_1157 (reverse)

seq1  TCAGGATATGAAATTCCCAGAGCAAACCATTAGGATGCAGTCAATCCCAC  50
      ||||||| || |||| |||||||  | |||   |||||||||||| ||||
seq2  TCAGGAT-TGGAATTGCCAGAGC--ATCAT--AGATGCAGTCAATTCCAC  45

seq1  TGGGAGTGAGCATTGCCAGCCCAGAGTTCATGAGAAAGAGTAAGCAAATT  100
      | |||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||| |
seq2  T-GGAGTGAGCA-TGCAGGCCCAGAG-TCATGAG-AAGAGTAGGCAAA-T  90

seq1  CTGACAATGGATAACAATTTACATGTTCAAAAAGCTCTACAGCATGTTTT  150
      ||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACA--TGAT-ACAATTTACATG-TCAAAAAGCTCTACAGCATGTTTT  136

seq1  CTTGAAAATGACTAAAGGTGGCACTTCTGTTTCTATAGCAAAAGTTATTT  200
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAAATGACT-AAGGTGGCACTTCTGTTTCTATAGCAAAAGTTATTT  185

seq1  TTCTAATGGAATAAAAGAATAGAATAACCATGCTGAAGCACATACACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATGGAATAAAAGAATAGAATAACCATGCTGAAGCACATACACATA  235

seq1  AATATACCTGAACAATAGAACTCTTTAAATATAGTTTTCCGTAGAACTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACCTGAACAATAGAACTCTTTAAATATAGTTTTCCGTAGAACTCC  285

seq1  CAGCAGTAGGACAAGTGTAACCTTTTTAATTCTGCAAAATTCTAAGTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTAGGACAAGTGTAACCTTTTTAATTCTGCAAAATTCTAAGTGAA  335

seq1  ACCTTGTTTTTGTAGTGAAGGAGAGCAGTGTTACTGTGTTCAGTTGAGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGTTTTTGTAGTGAAGGAGAGCAGTGTTACTGTGTTCAGTTGAGAC  385

seq1  AAGGTGGTTTTCTCATAACCATAATCAGGACATGGTGGGTCAAAAGTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGTTTTCTCATAACCATAATCAGGACATGGTGGGTCAAAAGTCAA  435

seq1  GGAAAATTGGGCCCTGGAAAGCCAGTGCCAGGGCATCTCTGGATAGCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATTGGGCCCTGGAAAGCCAGTGCCAGGGCATCTCTGGATAGCAAC  485

seq1  AGGAAACAGAACACCCTTTAGATTTGGGATCCGAGTATGTTGAGCTTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACAGAACACCCTTTAGATTTGGGATCCGAGTATGTTGAGCTTCAC  535

seq1  TCTCTTTATCGCCTTTTGCATTTGCCTTGTTCACTGTTCATGTTGCAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTATCGCCTTTTGCATTTGCCTTGTTCACTGTTCATGTTGCAGGA  585

seq1  GCAGTCTCATTAGCTGATGTTAGGATGTAAACACAGATGCTCTGAGATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTCATTAGCTGATGTTAGGATGTAAACACAGATGCTCTGAGATGG  635

seq1  AAACAGCAAGAGGGTAGAGCAGGGTGGCATTACCTGCTTTAGGTTAATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGCAAGAGGGTAGAGCAGGGTGGCATTACCTGCTTTAGGTTAATGC  685

seq1  AGAATGGTCTTTTAAAGCTGCATTCCTCTGTTTCTTGGTGTGTAAGGTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGGTCTTTTAAAGCTGCATTCCTCTGTTTCTTGGTGTGTAAGGTCT  735

seq1  TCCCTGTAGTCTCTGAGAAAGAATCTACCAGTTTTATCACTGATTGCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTAGTCTCTGAGAAAGAATCTACCAGTTTTATCACTGATTGCTAA  785

seq1  GAAAGAATAGACTGGGCATGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATAGACTGGGCATGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGG  835

seq1  GAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAACCTGGTCTACAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAACCTGGTCTACAGA  885

seq1  GTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTAAACAGAGAATCCCTGTTTCGAAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTAAACAGAGAATCCCTGTTTCGAAAAA  935

seq1  CCAGGAAAAAAAAAAAAAGAATAGATTGTTACATTCTCCAGTGTGCAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAAAAAAAAAAAAGAATAGATTGTTACATTCTCCAGTGTGCAAAG  985

seq1  GCAAGGTTAAGAAGCCATGGGTTTAGACACTCTAAAAAGTCCCATCAAGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGGTTAAGAAGCCATGGGTTTAGACACTCTAAAAAGTCCCATCAAGT  1035

seq1  TAGCAAGTAAGAGTGAGCTGTTCACAGCTTTCCATTTCTAAAGATAACAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGTAAGAGTGAGCTGTTCACAGCTTTCCATTTCTAAAGATAACAT  1085

seq1  GAGAATTC  1108
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  1093