BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236H20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 55,459,486 - 55,603,964
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG545257, LOC100042489, Zfp608, LOC100043089
Downstream geneLOC667401, LOC667409, LOC629043, LOC100043099, LOC629057, LOC100043104, LOC676543, LOC667432, Gramd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236H20.bB6Ng01-236H20.g
ACCGA047695GA047696
length1,1431,156
definitionB6Ng01-236H20.b B6Ng01-236H20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,459,486 - 55,460,322)(55,602,803 - 55,603,964)
sequence
gaattctttctccttgaatcactcattttttccccctaaacttgctcctt
ttcatcaaaatggtcttcaaaagactgagcatgtgtaaccagatgagagg
gattattctaggctgttttggaatttccttagccaactcacttaatcaaa
aaagcttttcactttagcctctggcactcttttaagacaagggcaaaaat
tagccacgttctttgccgaaatatcacaagaatagtcttgaggccacata
ttaaaattcttctcctctgaaacatgagccctacaattcaaatcaccctc
aagcaccaatgtcttccatgatcctagtagtatggctcattaagctatgc
ttaaagcactccactgctttcctaacccagtctccaagtctacattcctt
caaacaatagtgtggtcagatctatcacagcagtacactagtccctggta
ccaacttctgccttagtttgtgttttattgctgtgagcatttaattgtga
taggcttatagtttcagaggtttagtccactaacaccatggtgggaacat
ggcagcatgcaggcagacatggtgctggaaaaggagctgagagttctaca
tcttcatctgaagacacaagaagttggagactgtgtggcacaccaggtgt
agcttgagcacaggaggcctcaaagcctgcctccacagtaacacactttc
ttcaacaaggccactcatactccaacaaggttcacctcctaatagtgtca
ttccctatagaccaagaattcaaacacgtgcttctattgcggggggagtt
attcctattcaaagtgccatacctctatgggtgaaagaagagagttccta
tagttctattaagtcattctggggaggaaagctggagtatgatggctggg
aaagagaatcacttcatgaggtgcccagatgccagctatattagcataga
tacgaaccaatcagagcagctgatttggtacagagaatttgagcatatta
ggagctgacagtgtcaacatgcctcagagtcagtacaaaactagaaaatt
gcaagactgggatgacataagctgtggggcaggaaaacagtcatgtatgt
ttttgagagttcaatagacatcactagactctgatgacaagtg

gaattcaaacaagaatgcagcacagagctgagaatcatgagtggtgttca
gccccaatgacaacactggcctctgattctcatattctgaagccacccag
tttccggacttgctagagaggtaaaccattttgttctcattattatttaa
tcaatgctgtgtagatgtcctagtctgtactcttatgatcaatcccatca
acttcatcggaagcacagaggagacaaaagtcaagcatacctcagggtgt
gtctgggaggcagtttccagggaagatgaagtgaggagatgcagacccat
cctgagtgtggaaggaaccacccactgtcttggagacagcacaatagaag
ttggaaaatgaaaatgttctaaagatcagacacgttccaccctatcccca
ctcctttctccaacaggtcttcaagataacctgctctctaccacccttcc
tgcacagtagctgaaacctcagctcaaactcttctccccttgaatggttt
cctaggatattttgtcacactgccacaaagtaaccaatgcactagtaatt
aaagtcatcttaaatgatatactgcccagtgctaaggagctctccttaat
tataggacaaacagcttcatctgagataagagtctcagttcaaaccatgc
tctcatttgattcctgagtctcttctcaggaccttgtcaccagggcaaaa
cccaacgatttttcactgtccagctctgaggcctcaaatcccaagccaga
gccttcttttccagaactgcagatgtctttataatctggtgcttataaag
gctcaggtatggcagagtaatagctatgtatcatccctggggctttccca
tcaaagacccagtggaagcctcattctgttagaaatgacaatttaaaatg
aatcccagagcttttattcccaagaacatacgacatgtttgcttttagaa
acatttcattgcactgcccttcagaaccaagctctctaaagaatgttatt
ataccttagcttcttgacacgtttcctatattgaagcttctgacatttat
aacaataaagaatgcactcttgcaaacgaggtggtggggggaattcatgg
aatctttttgcaatcgtctgatctgctaagatagaattcacttgccccgg
acattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_55459486_55460322
seq2: B6Ng01-236H20.b_365_1185

seq1  CCTAGTAGTATGGCTCATTAAGCTATGCTTAAAGCACTCCACTGCTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTAGTATGGCTCATTAAGCTATGCTTAAAGCACTCCACTGCTTTCC  50

seq1  TAACCCAGTCTCCAAGTCTACATTCCTTCAAACAATAGTGTGGTCAGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCCAGTCTCCAAGTCTACATTCCTTCAAACAATAGTGTGGTCAGATC  100

seq1  TATCACAGCAGTACACTAGTCCCTGGTACCAACTTCTGCCTTAGTTTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAGCAGTACACTAGTCCCTGGTACCAACTTCTGCCTTAGTTTGTG  150

seq1  TTTTATTGCTGTGAGCATTTAATTGTGATAGGCTTATAGTTTCAGAGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGCTGTGAGCATTTAATTGTGATAGGCTTATAGTTTCAGAGGTT  200

seq1  TAGTCCACTAACACCATGGTGGGAACATGGCAGCATGCAGGCAGACATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCACTAACACCATGGTGGGAACATGGCAGCATGCAGGCAGACATGG  250

seq1  TGCTGGAAAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGACACAAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAAAAGGAGCTGAGAGTTCTACATCTTCATCTGAAGACACAAGAA  300

seq1  GTTGGAGACTGTGTGGCACACCAGGTGTAGCTTGAGCACAGGAGGCCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAGACTGTGTGGCACACCAGGTGTAGCTTGAGCACAGGAGGCCTCA  350

seq1  AAGCCTGCCTCCACAGTAACACACTTTCTTCAACAAGGCCACTCATACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGCCTCCACAGTAACACACTTTCTTCAACAAGGCCACTCATACTC  400

seq1  CAACAAGGTTCACCTCCTAATAGTGTCATTCCCTATAGACCAAGAATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGGTTCACCTCCTAATAGTGTCATTCCCTATAGACCAAGAATTCA  450

seq1  AACACGTGCTTCTATTGCGGGGGGAGTTATTCCTATTCAAAGTGCCATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGTGCTTCTATTGCGGGGGGAGTTATTCCTATTCAAAGTGCCATAC  500

seq1  CTCTATGGGTGAAAGAAGAGAGTTCCTATAGTTCTATTAAGTCATTCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGGGTGAAAGAAGAGAGTTCCTATAGTTCTATTAAGTCATTCTGG  550

seq1  GGAGGAAAGCTGGAGTATGATGGCTGGGAAAGAGAATCACTTCATGAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAAGCTGGAGTATGATGGCTGGGAAAGAGAATCACTTCATGAGGT  600

seq1  GCCCAGATGCCAGCTATATTAGCATAGATACGAACCAATCAGAGCAGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGATGCCAGCTATATTAGCATAGATACGAACCAATCAGAGCAGCTG  650

seq1  ATTTGGTACAGAGAATTTGAAGCATATTAGGGAGCTGACAGTGTCAACAT  700
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTACAGAGAATTTG-AGCATATTA-GGAGCTGACAGTGTCAACAT  698

seq1  GCCTCAGAGGTCAGTACAAAAACTAGAAAATTGCAAAGACTGGGAAGGAC  750
      |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||
seq2  GCCTCAGA-GTCAGTAC-AAAACTAGAAAATTGC-AAGACTGGG-ATGAC  744

seq1  ATAAGCTGTGGGGCAGGGAAAACAAGTCAATGTTAATGTTTTTGAGAAGT  800
      ||||||||||||||| ||||||| |||| ||||  ||||||||||| |||
seq2  ATAAGCTGTGGGGCA-GGAAAAC-AGTC-ATGT--ATGTTTTTGAG-AGT  788

seq1  TTCAAATAGACATCACTAGGACTCTGATGAGCAAGTG  837
      |   |||||||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  T--CAATAGACATCACTA-GACTCTGATGA-CAAGTG  821


seq1: chr18_55602803_55603964
seq2: B6Ng01-236H20.g_67_1222 (reverse)

seq1  CAATGTC--GGGGAAGTGAATCTAATCTCTGCAGATTCAGGACGATTGCC  48
      |||||||  ||| ||||||||   ||||  ||||| ||| |||||||| |
seq2  CAATGTCCGGGGCAAGTGAATTCTATCTTAGCAGA-TCA-GACGATTG-C  47

seq1  AAAAAGATTCATTGATTTTCCCCCCCACACCTCCTTTTGCAGGAGTGCAA  98
      ||||||||||  |||  ||||||||  ||||| | |||||| ||||||| 
seq2  AAAAAGATTCCATGA-ATTCCCCCCACCACCT-CGTTTGCAAGAGTGCAT  95

seq1  TCTTTTATTG-TATAAATGTCAGAAGCTTCAAATTATTAGGAAACGTGTC  147
      || ||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||
seq2  TC-TTTATTGTTATAAATGTCAGAAGCTTCAA--TA-TAGGAAACGTGTC  141

seq1  AAGAAGCTTAAGGTATAATAACATTCTTTAGAGAGCTTGGTTCTGAA-GG  196
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGAAGC-TAAGGTATAATAACATTCTTTAGAGAGCTTGGTTCTGAAGGG  190

seq1  CAGTGCAATGAAATG-TTCTAAAAGCAAACATGTCGTATGTTCTTTGGGA  245
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGTGCAATGAAATGTTTCTAAAAGCAAACATGTCGTATGTTC-TTGGGA  239

seq1  AT-AAAGCTCTGGGATTCATTTTAATTTGTCATTTCTAACAGAATGAGGC  294
      || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGCTCTGGGATTCATTTTAAATTGTCATTTCTAACAGAATGAGGC  289

seq1  TTCCACTGGGTCTTTTGATGGGAAAGCCCCAGGGATGATACATAGCTATT  344
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGGGTC-TTTGATGGGAAAGCCCCAGGGATGATACATAGCTATT  338

seq1  ACTCTGCCATACCTGAGCCTTTATAAGCACCAGATTATAAAGACATCTGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCCATACCTGAGCCTTTATAAGCACCAGATTATAAAGACATCTGC  388

seq1  AGTTCTGGAAAAGAAGGCTCTGGCTTGGGATTTGAGGCCTCAGAGCTGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGAAAAGAAGGCTCTGGCTTGGGATTTGAGGCCTCAGAGCTGGA  438

seq1  CAGTGAAAAATCGTTGGGTTTTGCCCTGGTGACAAGGTCCTGAGAAGAGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAAAAATCGTTGGGTTTTGCCCTGGTGACAAGGTCCTGAGAAGAGA  488

seq1  CTCAGGAATCAAATGAGAGCATGGTTTGAACTGAGACTCTTATCTCAGAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGAATCAAATGAGAGCATGGTTTGAACTGAGACTCTTATCTCAGAT  538

seq1  GAAGCTGTTTGTCCTATAATTAAGGAGAGCTCCTTAGCACTGGGCAGTAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGTTTGTCCTATAATTAAGGAGAGCTCCTTAGCACTGGGCAGTAT  588

seq1  ATCATTTAAGATGACTTTAATTACTAGTGCATTGGTTACTTTGTGGCAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTAAGATGACTTTAATTACTAGTGCATTGGTTACTTTGTGGCAGT  638

seq1  GTGACAAAATATCCTAGGAAACCATTCAAGGGGAGAAGAGTTTGAGCTGA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAATATCCTAGGAAACCATTCAAGGGGAGAAGAGTTTGAGCTGA  688

seq1  GGTTTCAGCTACTGTGCAGGAAGGGTGGTAGAGAGCAGGTTATCTTGAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCAGCTACTGTGCAGGAAGGGTGGTAGAGAGCAGGTTATCTTGAAG  738

seq1  ACCTGTTGGAGAAAGGAGTGGGGATAGGGTGGAACGTGTCTGATCTTTAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTGGAGAAAGGAGTGGGGATAGGGTGGAACGTGTCTGATCTTTAG  788

seq1  AACATTTTCATTTTCCAACTTCTATTGTGCTGTCTCCAAGACAGTGGGTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTCATTTTCCAACTTCTATTGTGCTGTCTCCAAGACAGTGGGTG  838

seq1  GTTCCTTCCACACTCAGGATGGGTCTGCATCTCCTCACTTCATCTTCCCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTCCACACTCAGGATGGGTCTGCATCTCCTCACTTCATCTTCCCT  888

seq1  GGAAACTGCCTCCCAGACACACCCTGAGGTATGCTTGACTTTTGTCTCCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACTGCCTCCCAGACACACCCTGAGGTATGCTTGACTTTTGTCTCCT  938

seq1  CTGTGCTTCCGATGAAGTTGATGGGATTGATCATAAGAGTACAGACTAGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTCCGATGAAGTTGATGGGATTGATCATAAGAGTACAGACTAGG  988

seq1  ACATCTACACAGCATTGATTAAATAATAATGAGAACAAAATGGTTTACCT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTACACAGCATTGATTAAATAATAATGAGAACAAAATGGTTTACCT  1038

seq1  CTCTAGCAAGTCCGGAAACTGGGTGGCTTCAGAATATGAGAATCAGAGGC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGCAAGTCCGGAAACTGGGTGGCTTCAGAATATGAGAATCAGAGGC  1088

seq1  CAGTGTTGTCATTGGGGCTGAACACCACTCATGATTCTCAGCTCTGTGCT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTGTCATTGGGGCTGAACACCACTCATGATTCTCAGCTCTGTGCT  1138

seq1  GCATTCTTGTTTGAATTC  1162
      ||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTTGTTTGAATTC  1156


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |