BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237J17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 22,690,303 - 22,828,857
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKlhl14, 4921528I01Rik, LOC546708, LOC100040547, Asxl3
Downstream geneNol4, LOC100040579, LOC665797, Dtna
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237J17.bB6Ng01-237J17.g
ACCGA048516GA048517
length1,1911,054
definitionB6Ng01-237J17.b B6Ng01-237J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,690,303 - 22,691,489)(22,827,801 - 22,828,857)
sequence
gaattcattaatcctaggacgtctcgaaaaataaatttaaaaatcgatgt
ctctgagataacaaacctgtgcgattggctgggaatctgtgtagacaaag
ctgtccctgtgtctacactcctcagtaaggacaccttatgttgtgtgcat
tgtatgttttaatggaaaagtcaatgtctatactattattttaagtaaca
attaccatttactatctcacaacacagatgtctttcacacacaaaggcac
acatatgagagagaagtacatatgtgtatgatatgtatgtctgtgtactg
ttttttttttgcatgtgtggagtcatgtgaatgtaagtatacacatgtgt
gcatgtgctagtggatgcccaagcaattatacgagtcctgaggaactaga
cttggggcctcatgctctcagactaagctttatctgctgagccaactcct
cagccctcacttctgaaggaaatcatgtctgcatggttcaaagtaaactt
cctaaaccataatggaatgttttgaaacttctccttgggctttttgtaaa
tagaacagtgggcactcctcataagaacaagaatactggctactttcaga
aaacatcatggacacttaaaagtgacatggttcacctattttctgaattt
accacaagcttcttagttgaaaatagattccatctgtgacccaaatatcc
atctctgattccaagacacactcttacttgaggaacacagtgttgagaat
tcctactcctcattaataaaggaatgcagggaaatccatgcaggaccaag
actctactaagattttgcttaattttttggtgtctggtatccaattcttc
ctgacctaagaaagtggggttacctgagtaatgaggaaacaggaacttct
tctgaatggacccaacccatgaaacctgcaatgattgtgtgcttccaatt
agacagagtgtcaaatattgcgaacatctgcctatcatttcaaatcttaa
ataatgaaaggcctgggatagttcccccaagcagctactacgggagccct
atggtatttcataccctttcttccttaaagactgcttctgtgtagacctc
caacataaaataatttgttgtttgctttcagtgcctatacatttttatat
aaaagttatatctcaaggatttctctgttggagaaacgggc

gaattccttgaactttggagcgtggtctattcaacactttggtagacatc
ttgtaatttacacatgtatgtatagacaaattactgtatgacgtgtgaac
acagaggtaataataatatgtaaaacaagaatgaaagagcttttctttgc
caatgtcaactgtcaaggaaaacaaacacttttgcatgggcacaaaagtt
gttactcagtgagttctcatactgtggaaggatgcaaatcaaacctattc
tttatttttatttttgacattgtaatttcacaattaaagagagctaattg
ggctggtgagatggctcagtgggtaagagcacccgactgttcttccgaag
gtctggagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgta
acaagatctgacgccctcttctggagtgtctgaagacagctacagtgtac
ttacatataataaataaataaatcttaaaaaaaaaataaagagagctaat
tggtcagaacaagtccacctggtttcccaaagactcaattctttgtagag
aaaatggggacaaatcttgaaggtgacctcaagacatatactcttacaca
aaaaggaacaaaggttgttttgaactcctggaagatctgtctgtggctcc
acgcatgtttaaattgctggggagagagtgtttgggatgcagtataggta
ttatttctataggtctctaattagcctctagtacttgcttcaaatttcaa
aatcaaagtgaaagctagagatgtagctcagtggcaaagagcatatttag
catacataaaacctgtatcaacccttagtatcagtagaatagaggttgtg
acccaaaagatccttagaactgaacagaaccaggatgttctttgggaaac
attaatcaatgatgctaataagatagttgacagagaagaaatagacagat
ttacatgttataaatatgcccatcatgcaggtagtcacaactgatggaaa
ggatgtttttttcttgttttagaccaccatcaaattaagccagagtgact
gtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_22690303_22691489
seq2: B6Ng01-237J17.b_43_1233

seq1  GAATTCATTAATCCTAGGACGTCTCGAAAAATAAATTTAAAAATCGATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATCCTAGGACGTCTCGAAAAATAAATTTAAAAATCGATGT  50

seq1  CTCTGAGATAACAAACCTGTGCGATTGGCTGGGAATCTGTGTAGACAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGATAACAAACCTGTGCGATTGGCTGGGAATCTGTGTAGACAAAG  100

seq1  CTGTCCCTGTGTCTACACTCCTCAGTAAGGACACCTTATGTTGTGTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTGTGTCTACACTCCTCAGTAAGGACACCTTATGTTGTGTGCAT  150

seq1  TGTATGTTTTAATGGAAAAGTCAATGTCTATACTATTATTTTAAGTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTTTAATGGAAAAGTCAATGTCTATACTATTATTTTAAGTAACA  200

seq1  ATTACCATTTACTATCTCACAACACAGATGTCTTTCACACACAAAGGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCATTTACTATCTCACAACACAGATGTCTTTCACACACAAAGGCAC  250

seq1  ACATATGAGAGAGAAGTACATATGTGTATGATATGTATGTCTGTGTACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGAGAGAGAAGTACATATGTGTATGATATGTATGTCTGTGTACTG  300

seq1  TTTTTTTTTTGCATGTGTGGAGTCATGTGAATGTAAGTATACACATGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTGCATGTGTGGAGTCATGTGAATGTAAGTATACACATGTGT  350

seq1  GCATGTGCTAGTGGATGCCCAAGCAATTATACGAGTCCTGAGGAACTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGCTAGTGGATGCCCAAGCAATTATACGAGTCCTGAGGAACTAGA  400

seq1  CTTGGGGCCTCATGCTCTCAGACTAAGCTTTATCTGCTGAGCCAACTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGCCTCATGCTCTCAGACTAAGCTTTATCTGCTGAGCCAACTCCT  450

seq1  CAGCCCTCACTTCTGAAGGAAATCATGTCTGCATGGTTCAAAGTAAACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTCACTTCTGAAGGAAATCATGTCTGCATGGTTCAAAGTAAACTT  500

seq1  CCTAAACCATAATGGAATGTTTTGAAACTTCTCCTTGGGCTTTTTGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAACCATAATGGAATGTTTTGAAACTTCTCCTTGGGCTTTTTGTAAA  550

seq1  TAGAACAGTGGGCACTCCTCATAAGAACAAGAATACTGGCTACTTTCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACAGTGGGCACTCCTCATAAGAACAAGAATACTGGCTACTTTCAGA  600

seq1  AAACATCATGGACACTTAAAAGTGACATGGTTCACCTATTTTCTGAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCATGGACACTTAAAAGTGACATGGTTCACCTATTTTCTGAATTT  650

seq1  ACCACAAGCTTCTTAGTTGAAAATAGATTCCATCTGTGACCCAAATATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAGCTTCTTAGTTGAAAATAGATTCCATCTGTGACCCAAATATCC  700

seq1  ATCTCTGATTCCAAGACACACTCTTACTTGAGGAACACAGTGTTGAGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGATTCCAAGACACACTCTTACTTGAGGAACACAGTGTTGAGAAT  750

seq1  TCCTACTCCTCATTAATAAAGGAATGCAGGGAAATCCATGCAGGACCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTCCTCATTAATAAAGGAATGCAGGGAAATCCATGCAGGACCAAG  800

seq1  ACTCTACTAAGATTTTGCTTAATTTTTTGGTGTCTGGTATCCAATTCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTACTAAGATTTTGCTTAATTTTTTGGTGTCTGGTATCCAATTCTTC  850

seq1  CTGACCTAAGAAAGTGGGGTTACCTGAGTAATGAGGAAACAGGAACTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCTAAGAAAGTGGGGTTACCTGAGTAATGAGGAAACAGGAACTTCT  900

seq1  TCTGAATGGACCCAACCCATGAAACCTGCAATGATTGTGTGCTTCCAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGGACCCAACCCATGAAACCTGCAATGATTGTGTGCTTCCAATT  950

seq1  AGACAGAGTGTCAAATATTGCGAACATCTGCCTATCATTTCAAATCTTAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGTGTCAAATATTGCGAACATCTGCCTATCATTTCAAATCTTAA  1000

seq1  AATAAATGAAAGGCCTGGGATAGTT-CCCCAAGCAGCTACTAAGGGGAGC  1049
      |   ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| 
seq2  A--TAATGAAAGGCCTGGGATAGTTCCCCCAAGCAGCTACT-ACGGGAG-  1046

seq1  CCCTATGGTATTTCATACCCTTTCTTCCTTTAAAAGACTGCTTCCTGTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||
seq2  CCCTATGGTATTTCATACCCTTTCTTCCTT--AAAGACTGCTT-CTGTGT  1093

seq1  AGAC--TCAACATAAA--TATTTG-TGTTTGCTTTCAGTG-CTATACATT  1143
      ||||   |||||||||   ||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGACCTCCAACATAAAATAATTTGTTGTTTGCTTTCAGTGCCTATACATT  1143

seq1  TTTATATAAAA--TATATCTCAAAGATTTCTCTG-TGGAGAAA-GGGC  1187
      |||||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||| ||||
seq2  TTTATATAAAAGTTATATCTCAAGGATTTCTCTGTTGGAGAAACGGGC  1191


seq1: chr18_22827801_22828857
seq2: B6Ng01-237J17.g_67_1120 (reverse)

seq1  ACACAGTCACTCTGGGCTATATTTGATGGTGTCTTAAAACAAG-AAAAAA  49
      ||||||||||||| ||||  |||||||||||   ||||||||| ||||||
seq2  ACACAGTCACTCT-GGCTTAATTTGATGGTGGTCTAAAACAAGAAAAAAA  49

seq1  CATCCTTTCCATCAG-TGTGACTACCCTGCATGATGGGCATATTTAATAA  98
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATCCTTTCCATCAGTTGTGACTA-CCTGCATGATGGGCATATTT-ATAA  97

seq1  CATGTAAATCTTGTCTATTTCTTTCTCTGTCAACTATCTTATTAGCATCA  148
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAAATC-TGTCTATTTC-TTCTCTGTCAACTATCTTATTAGCATCA  145

seq1  TTGATTAATGTTTCCCAAAGAACATCCTGGTTCTGTTCAGTTCTAAGGAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTAATGTTTCCCAAAGAACATCCTGGTTCTGTTCAGTTCTAAGGAT  195

seq1  CTTTTGGGTCACAACCTCTATTCTACTGATACTAAGGGTTGATACAGGTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGTCACAACCTCTATTCTACTGATACTAAGGGTTGATACAGGTT  245

seq1  TTATGTATGCTAAATATGCTCTTTGCCACTGAGCTACATCTCTAGCTTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATGCTAAATATGCTCTTTGCCACTGAGCTACATCTCTAGCTTTC  295

seq1  ACTTTGATTTTGAAATTTGAAGCAAGTACTAGAGGCTAATTAGAGACCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATTTTGAAATTTGAAGCAAGTACTAGAGGCTAATTAGAGACCTA  345

seq1  TAGAAATAATACCTATACTGCATCCCAAACACTCTCTCCCCAGCAATTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAATACCTATACTGCATCCCAAACACTCTCTCCCCAGCAATTTA  395

seq1  AACATGCGTGGAGCCACAGACAGATCTTCCAGGAGTTCAAAACAACCTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGCGTGGAGCCACAGACAGATCTTCCAGGAGTTCAAAACAACCTTT  445

seq1  GTTCCTTTTTGTGTAAGAGTATATGTCTTGAGGTCACCTTCAAGATTTGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTTTTGTGTAAGAGTATATGTCTTGAGGTCACCTTCAAGATTTGT  495

seq1  CCCCATTTTCTCTACAAAGAATTGAGTCTTTGGGAAACCAGGTGGACTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATTTTCTCTACAAAGAATTGAGTCTTTGGGAAACCAGGTGGACTTG  545

seq1  TTCTGACCAATTAGCTCTCTTTATTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGACCAATTAGCTCTCTTTATTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTAT  595

seq1  TATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCGTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCGTC  645

seq1  AGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTGTTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGA  695

seq1  ACTCCAGACCTTCGGAAGAACAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGACCTTCGGAAGAACAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATC  745

seq1  TCACCAGCCCAATTAGCTCTCTTTAATTGTGAAATTACAATGTCAAAAAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGCCCAATTAGCTCTCTTTAATTGTGAAATTACAATGTCAAAAAT  795

seq1  AAAAATAAAGAATAGGTTTGATTTGCATCCTTCCACAGTATGAGAACTCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAGAATAGGTTTGATTTGCATCCTTCCACAGTATGAGAACTCA  845

seq1  CTGAGTAACAACTTTTGTGCCCATGCAAAAGTGTTTGTTTTCCTTGACAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTAACAACTTTTGTGCCCATGCAAAAGTGTTTGTTTTCCTTGACAG  895

seq1  TTGACATTGGCAAAGAAAAGCTCTTTCATTCTTGTTTTACATATTATTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACATTGGCAAAGAAAAGCTCTTTCATTCTTGTTTTACATATTATTAT  945

seq1  TACCTCTGTGTTCACACGTCATACAGTAATTTGTCTATACATACATGTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTGTGTTCACACGTCATACAGTAATTTGTCTATACATACATGTGT  995

seq1  AAATTACAAGATGTCTACCAAAGTGTTGAATAGACCACGCTCCAAAGTTC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACAAGATGTCTACCAAAGTGTTGAATAGACCACGCTCCAAAGTTC  1045

seq1  AAGGAATTC  1057
      |||||||||
seq2  AAGGAATTC  1054


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |