BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239B20
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,711,401 - 70,842,600
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMbd2, EG668032
Upstream geneTcf4, Ccdc68, Rab27b, 2310002L13Rik, 4930503L19Rik, Stard6, Poli
Downstream geneDcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239B20.bB6Ng01-239B20.g
ACCGA049630GA049631
length1,1371,169
definitionB6Ng01-239B20.b B6Ng01-239B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,711,401 - 70,712,541)(70,841,424 - 70,842,600)
sequence
gaattccttttaattattaaaacattaaagagcacgtcttaaaaacgcct
cgtctcttctctcaccatagcttgaagcagaaataagatctagtacatcg
aacgtgactccaatttcttgttcattttatcaaacgacgcagactttgat
agtcgattatccttattcctcggcttagaaatagctattgaagaattaaa
atgagtggctatccatcataggggccaaactatgtcctggagatggctga
gctaagtgtcaattgttttaaattacctcttacatttttaaaatgaatat
attctagacatatttccaccagatatacctttgcttgttcatatgtttag
agagaggtattccccttaaagtgactccttagaagaataaaccataaaag
caaaataagacacaagaaatattccattgtcccattgcaagaaggctttc
agtagctgctgggccaggcctactgcttaacagtatccacttcagataaa
gaagtcggataaagaaacagctagctctaaacggggcatcaaattgcagc
tgactctttttaacagctaataaatgtcctgggagaaaagacacaaatgc
agaggtgaaggtcatctgtcatttggatctgaagtcaccccctaaaaggc
tcgtgcgctgaaggcttaggtcctatgcttctagcaccccgaggtgccat
cagggtgccatagaaatttgaggagatagggccttgcaggaggaagttgg
tccatcagaagcccgacctttaaagggcgcttaggccatctgttagccta
tagttaactaaatccgtgactgatggttgaaactctcagaaaatagagag
tcaggtctgggagatacatgatccaagcatgcagaagacgagtgttgtga
gtcttctggggaactgtgaacaaatagctgttcacccagataggttacta
actgtaggccaaagagcattcccttggagtgcctcttgatcaaccagtca
gtttattgaggtcacttaagagcatgggaggggtcactttaagaaaaaca
tgtaaactaaacatggctgacttcctgcctagtctgcagccagctcctgc
tagactcgcgctccagaaatgctcccaactctcataa

gaattccaacattgcatgtagaggggttggcatggggcgtatgcagtcaa
ctgaactacctacacgttttgccatctctgagtgctcaaaatccacaaac
attgagactttaagttctattccaagtacttccaatggattatttaattt
aaacatcatagcagttctaggaggacaatcttactaatgtccccatttca
cagatatggaaactgaaggcctaacagtcttttgagacttcctcttagtg
atggaagcactaaatagtaaagtaaagtgaaagcaaatgggacagaggac
tagtatgacttacggaggtcaacgaggtctatgtgtgacttatctacaag
gtctggggcattttatgctttaagaacaaaaccgtttccccttatcagca
acacctctttcacactgttcgctctcagcgcttctcctggcactgagtcc
tggcagctggttgaacacattaaatcagctcacaggaataagccaaactc
tattagtcactctgtaaaaatgctaagcctatttacttattatgagttat
tcataaacatcaggactagactataatttagagccacctgcaatgattcc
tgaaagtaacaatatttcatcatgacgatctgattaattaacctgttcaa
acagagctccaaatcaggggaaaaggatctatccatctctattgcaaagc
catccttctggacccatcaaggaagaacaaaccagctcatctgagggagt
caattcaaatcaccagatggagactttccatactaaagaactgctgataa
ctgataacctgttacctttcctctcaaaaaactaaataaagttttgcaaa
ctttatcatttcagtcacatgtgttcagaaagcagtggagaacagttcat
tgtggcacaagtcaggaccatggatgggttccctggaggcagcgactagg
ttactcagtacctggaaagagaggcatgggcagggggcctaagacacagt
agatgttcagggtgtggggtaaaaactatgctctttggaaatcatactat
gcatgctttctccataaatatatgccatatgtcaaataaaatgtcaaaat
tagagatatgggacggattactctaactcaacttataggtcatcaggaga
cttaacttcatgagatgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70711401_70712541
seq2: B6Ng01-239B20.b_41_1177

seq1  GAATTCCTTTTAATTATTAAAACATTAAAGAGCACGTCTTAAAAACGCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTAATTATTAAAACATTAAAGAGCACGTCTTAAAAACGCCT  50

seq1  CGTCTCTTCTCTCACCATAGCTTGAAGCAGAAATAAGATCTAGTACATCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCTTCTCTCACCATAGCTTGAAGCAGAAATAAGATCTAGTACATCG  100

seq1  AACGTGACTCCAATTTCTTGTTCATTTTATCAAACGACGCAGACTTTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTGACTCCAATTTCTTGTTCATTTTATCAAACGACGCAGACTTTGAT  150

seq1  AGTCGATTATCCTTATTCCTCGGCTTAGAAATAGCTATTGAAGAATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGATTATCCTTATTCCTCGGCTTAGAAATAGCTATTGAAGAATTAAA  200

seq1  ATGAGTGGCTATCCATCATAGGGGCCAAACTATGTCCTGGAGATGGCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGGCTATCCATCATAGGGGCCAAACTATGTCCTGGAGATGGCTGA  250

seq1  GCTAAGTGTCAATTGTTTTAAATTACCTCTTACATTTTTAAAATGAATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGTGTCAATTGTTTTAAATTACCTCTTACATTTTTAAAATGAATAT  300

seq1  ATTCTAGACATATTTCCACCAGATATACCTTTGCTTGTTCATATGTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTAGACATATTTCCACCAGATATACCTTTGCTTGTTCATATGTTTAG  350

seq1  AGAGAGGTATTCCCCTTAAAGTGACTCCTTAGAAGAATAAACCATAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTATTCCCCTTAAAGTGACTCCTTAGAAGAATAAACCATAAAAG  400

seq1  CAAAATAAGACACAAGAAATATTCCATTGTCCCATTGCAAGAAGGCTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAGACACAAGAAATATTCCATTGTCCCATTGCAAGAAGGCTTTC  450

seq1  AGTAGCTGCTGGGCCAGGCCTACTGCTTAACAGTATCCACTTCAGATAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCTGCTGGGCCAGGCCTACTGCTTAACAGTATCCACTTCAGATAAA  500

seq1  GAAGTCGGATAAAGAAACAGCTAGCTCTAAACGGGGCATCAAATTGCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCGGATAAAGAAACAGCTAGCTCTAAACGGGGCATCAAATTGCAGC  550

seq1  TGACTCTTTTTAACAGCTAATAAATGTCCTGGGAGAAAAGACACAAATGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTTTTTAACAGCTAATAAATGTCCTGGGAGAAAAGACACAAATGC  600

seq1  AGAGGTGAAGGTCATCTGTCATTTGGATCTGAAGTCACCCCCTAAAAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGAAGGTCATCTGTCATTTGGATCTGAAGTCACCCCCTAAAAGGC  650

seq1  TCGTGCGCTGAAGGCTTAGGTCCTATGCTTCTAGCACCCCGAGGTGCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGCGCTGAAGGCTTAGGTCCTATGCTTCTAGCACCCCGAGGTGCCAT  700

seq1  CAGGGTGCCATAGAAATTTGAGGAGATAGGGCCTTGCAGGAGGAAGTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTGCCATAGAAATTTGAGGAGATAGGGCCTTGCAGGAGGAAGTTGG  750

seq1  TCCATCAGAAGCCCGACCTTTAAAGGGCGCTTAGGCCATCTGTTAGCCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCAGAAGCCCGACCTTTAAAGGGCGCTTAGGCCATCTGTTAGCCTA  800

seq1  TAGTTAACTAAATCCGTGACTGATGGTTGAAACTCTCAGAAAATAGAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAACTAAATCCGTGACTGATGGTTGAAACTCTCAGAAAATAGAGAG  850

seq1  TCAGGTCTGGGAGATACATGATCCAAGCATGCAGAAGACGAGTGTTGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCTGGGAGATACATGATCCAAGCATGCAGAAGACGAGTGTTGTGA  900

seq1  GTCTTCTGGGGAACTGTGAACAAATAGCTGTTCACCCAGATAGGTTACTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTGGGGAACTGTGAACAAATAGCTGTTCACCCAGATAGGTTACTA  950

seq1  ACTGTAGGCCAAAGAGCATTCCCTTGGAGTGCCTCTTGATCAACCAGTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGGCCAAAGAGCATTCCCTTGGAGTGCCTCTTGATCAACCAGTCA  1000

seq1  GTTTATTGAGGTCACTTAAGGAGCATGGGAGGGGTCAC-TTAAG-AAAAC  1048
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GTTTATTGAGGTCACTTAA-GAGCATGGGAGGGGTCACTTTAAGAAAAAC  1049

seq1  ATGGAAAACTTAAACATGGCTGACTTCCTGCCTAGTCTGCAGGCAGCTCC  1098
      ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGTAAA--CTAAACATGGCTGACTTCCTGCCTAGTCTGCAGCCAGCTCC  1097

seq1  TGCTAGACTTCGCGGCCCCAGAAATTGCTTCCCACTCTCATAA  1141
      |||||||| |||| || ||||||| |||| || ||||||||||
seq2  TGCTAGAC-TCGC-GCTCCAGAAA-TGCTCCCAACTCTCATAA  1137


seq1: chr18_70841424_70842600
seq2: B6Ng01-239B20.g_67_1235 (reverse)

seq1  ATCATC---TTTAGTTAAGTCTCTGGTTGACTTTATAGTTGAGTAGGAGT  47
      ||||||   |  |||||||||||  | |||| |   ||||||||  ||||
seq2  ATCATCTCATGAAGTTAAGTCTCCTGATGACCTATAAGTTGAGTTAGAGT  50

seq1  TATTCCTTTCCTATATCTCTTAATTTTTGACAATTTTTATTGACATATGG  97
       ||  |  ||| ||||||||  | ||||||| |||||  |||||||||||
seq2  AAT--CCGTCCCATATCTCT--AATTTTGAC-ATTTTATTTGACATATGG  95

seq1  CATTATAATATATGGGAGAAAGCATGCATAGTATGGATTTTCAAAGAGCA  147
      || ||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  CA-TAT-ATTTAT-GGAGAAAGCATGCATAGTAT-GATTTCCAAAGAGCA  141

seq1  TAGTTTTTACCCCAACACCCTGAACATTCTACTGTGTCTTA-GCCCCCTG  196
      ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TAGTTTTTACCCC-ACACCCTGAACA-TCTACTGTGTCTTAGGCCCCCTG  189

seq1  CCCATGCTTCTTCTTTCCAGGTACTGAGTAACCTAGTCGCTGCCTCCAGG  246
      ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCCTC-TCTTTCCAGGTACTGAGTAACCTAGTCGCTGCCTCCAGG  238

seq1  GAACCCATCCATGGTCCTGACTTGTGCCACAATGAACTGTTCTCCACTGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCATCCATGGTCCTGACTTGTGCCACAATGAACTGTTCTCCACTGC  288

seq1  TTTCTGAACACATGTGACTGAAATGATAAAGTTTGCAAAACTTTATTTAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAACACATGTGACTGAAATGATAAAGTTTGCAAAACTTTATTTAG  338

seq1  TTTTTTGAGAGGAAAGGTAACAGGTTATCAGTTATCAGCAGTTCTTTAGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGAGAGGAAAGGTAACAGGTTATCAGTTATCAGCAGTTCTTTAGT  388

seq1  ATGGAAAGTCTCCATCTGGTGATTTGAATTGACTCCCTCAGATGAGCTGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGTCTCCATCTGGTGATTTGAATTGACTCCCTCAGATGAGCTGG  438

seq1  TTTGTTCTTCCTTGATGGGTCCAGAAGGATGGCTTTGCAATAGAGATGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCTTCCTTGATGGGTCCAGAAGGATGGCTTTGCAATAGAGATGGA  488

seq1  TAGATCCTTTTCCCCTGATTTGGAGCTCTGTTTGAACAGGTTAATTAATC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCTTTTCCCCTGATTTGGAGCTCTGTTTGAACAGGTTAATTAATC  538

seq1  AGATCGTCATGATGAAATATTGTTACTTTCAGGAATCATTGCAGGTGGCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGTCATGATGAAATATTGTTACTTTCAGGAATCATTGCAGGTGGCT  588

seq1  CTAAATTATAGTCTAGTCCTGATGTTTATGAATAACTCATAATAAGTAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTATAGTCTAGTCCTGATGTTTATGAATAACTCATAATAAGTAAA  638

seq1  TAGGCTTAGCATTTTTACAGAGTGACTAATAGAGTTTGGCTTATTCCTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCTTAGCATTTTTACAGAGTGACTAATAGAGTTTGGCTTATTCCTGT  688

seq1  GAGCTGATTTAATGTGTTCAACCAGCTGCCAGGACTCAGTGCCAGGAGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGATTTAATGTGTTCAACCAGCTGCCAGGACTCAGTGCCAGGAGAA  738

seq1  GCGCTGAGAGCGAACAGTGTGAAAGAGGTGTTGCTGATAAGGGGAAACGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGAGAGCGAACAGTGTGAAAGAGGTGTTGCTGATAAGGGGAAACGG  788

seq1  TTTTGTTCTTAAAGCATAAAATGCCCCAGACCTTGTAGATAAGTCACACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTCTTAAAGCATAAAATGCCCCAGACCTTGTAGATAAGTCACACA  838

seq1  TAGACCTCGTTGACCTCCGTAAGTCATACTAGTCCTCTGTCCCATTTGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTCGTTGACCTCCGTAAGTCATACTAGTCCTCTGTCCCATTTGCT  888

seq1  TTCACTTTACTTTACTATTTAGTGCTTCCATCACTAAGAGGAAGTCTCAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTTACTTTACTATTTAGTGCTTCCATCACTAAGAGGAAGTCTCAA  938

seq1  AAGACTGTTAGGCCTTCAGTTTCCATATCTGTGAAATGGGGACATTAGTA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGTTAGGCCTTCAGTTTCCATATCTGTGAAATGGGGACATTAGTA  988

seq1  AGATTGTCCTCCTAGAACTGCTATGATGTTTAAATTAAATAATCCATTGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGTCCTCCTAGAACTGCTATGATGTTTAAATTAAATAATCCATTGG  1038

seq1  AAGTACTTGGAATAGAACTTAAAGTCTCAATGTTTGTGGATTTTGAGCAC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTTGGAATAGAACTTAAAGTCTCAATGTTTGTGGATTTTGAGCAC  1088

seq1  TCAGAGATGGCAAAACGTGTAGGTAGTTCAGTTGACTGCATACGCCCCAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATGGCAAAACGTGTAGGTAGTTCAGTTGACTGCATACGCCCCAT  1138

seq1  GCCAACCCCTCTACATGCAATGTTGGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACCCCTCTACATGCAATGTTGGAATTC  1169


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |