BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239K15
Chromosome18 (Build37)
Map Location 49,846,306 - 49,982,597
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDtwd2
Upstream genenone
Downstream geneDmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93, Hdhd1a, LOC100042373
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239K15.bB6Ng01-239K15.g
ACCGA050029GA050030
length1,1281,105
definitionB6Ng01-239K15.b B6Ng01-239K15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,981,487 - 49,982,597)(49,846,306 - 49,847,412)
sequence
gaattctatcagtacttccaatgcaaacctggctgatagtcaccgtgtca
agagttcagccacaggaggggaagtaggtttcacagggaagagggtaaag
aaagcggatcagggagaaccaagaactaaatgtagtgacactcctgtggt
gtgagttagtgaggagatgtgactacctgattctgttgggttaatgtggg
ggcctgtaggagattgtaagaaacattttgcttgtccattgctaaaagaa
gcaggatggtaccccaggtaatacaaagaattaaaattcaagaggagctc
attggatttaggactttaggaagtccttagtgaagtcactctttttgggt
agagggtatggatgttattagaagataaggacattgtgttcgttactttt
cttattaattgaaggaggaagggtttattttggctcaaggttcagggtga
ctggagctaaaagcttgacagatgagctagcttcctgcatagcagcagga
acaaggggtagcattcctcacgtcacgatggaccaggtcaacttatcaca
aacctaaggttgtctgggaagaggaacttcagttgaggaaaatgccttca
tcagattgcttataggcacgtctgtagagcatttctaaattaacaactga
tgggagagagcccagcccactctgggtagtgccatcccccggttactggt
cctggtgctttatggaagcaggctggctaaaccatgggagtaagtcagta
agcagcattcttccatagccctatacttcagttcctgtcccaggttcctg
ccttccttgagttcttgccttagacctctctcaatgatagactatgatag
gggatgcattcgccaaacaaaaccctttcctcttcaggatgcttttcgac
catggtgtttatcacagcaatagaaagcaaactagggacagctctgaggc
gtttgcctgctgtgaggactcagctttcagcccaagcctagaagataacc
tgcacacaagcccacaggaattatatgggagaacaagattccttttcttt
tttctggttcttcttacctttttctttaaacaaacaacagaaccctgttt
gccctggagccttagagtatggtcacat

gaattccaggaagctgggaattcacttgacacagcttgaaggagaaaggc
acttatgaaggcagtagtggagatggggagggctggccagcgggatgtga
aaagctcacattaagacttaactagggtagtaaaagggtatgaagaacag
tcatctggccacagtgcctgggaggcgacatcacctgagtctacctatga
aagcatgatagcccagagagccacctctctgccgtgaggttttagttagc
ttatctattacctggtttcctcaagactttaaaaaataatacaccattag
ttttgattgctatcaccccaccctccacttctcctccatcctctctgcct
tctagaacaccaattggatattgttttcataatcctatctttatgtttga
gttggacattgaaaaccattcatttaccattattgaggaagataagctga
cacatgtaaatcttttctgcttcattcaaatactgtgttcctttcttctc
acttgtgcgtttttagctttctggcttactggactttctttagatagagt
ctcaattctgctagactatctagccaacacgccaccaggatcttcttacc
tcttcctcccctcaccagtgctaggattacagctatgtagcaacatactc
atctgcttgcttttcctcatttatcagttctttcataattttatgcaatg
cctattcaccatattaacttccctcccttaactcctccaacttatttaat
aattgtaaaatttttttaaactccattgagtccgacttatgctgcccata
tactcttgaatgcatggtcacgcactgggagtataactgacttgccagga
gccacacaaagatgattgaaatttacatctcctagaagctaccgattgct
cagagctcttcttcccctctctgtgccgtgacttggtctggcttcagctt
tcgcaagccttatgtatagtgcaagttcctatgttcaaaagccacgctgc
atctgaaacacactgtcatcattatctctggctcttacactttctgccca
tcttctgcatgaacctcttgaatgaagctggaaggagggtatgtggatac
aaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_49981487_49982597
seq2: B6Ng01-239K15.b_46_1173 (reverse)

seq1  ATGTGACACTACTCT-AGGCTCAA--GCAAACAGGTTCTTGTTG-TTGTT  46
      |||||||  |||||| |||||| |  ||||||||| |  ||||| |||||
seq2  ATGTGACCATACTCTAAGGCTCCAGGGCAAACAGGGTTCTGTTGTTTGTT  50

seq1  TAAAG--AAAGGT-AGAAGAA-CAGAAAAA--GAAAGGAATCCTG-TCT-  88
      |||||  |||||| ||||||| ||||||||   ||||||||| || ||| 
seq2  TAAAGAAAAAGGTAAGAAGAACCAGAAAAAAGAAAAGGAATCTTGTTCTC  100

seq1  CCATAT-ATTCCTGTGGGCTTGGTGTGCAGGTTATCTTCTAGGCTT-GGC  136
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCATATAATTCCTGTGGGCTT-GTGTGCAGGTTATCTTCTAGGCTTGGGC  149

seq1  TGAAAGCTGAGTCCCTCACAGCAGGCAAACGCCTCAGAGCTGT-CCTAGT  185
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGAAAGCTGAGT-CCTCACAGCAGGCAAACGCCTCAGAGCTGTCCCTAGT  198

seq1  TTGCTTTCTATTGCTGTGATAAACACCATGGTCG-AAAGCATCCTG-AGA  233
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  TTGCTTTCTATTGCTGTGATAAACACCATGGTCGAAAAGCATCCTGAAGA  248

seq1  GGAAAGGG-TTTGTTTGGCGAATGCAT-CCCTATCATAGTCTATCATTGA  281
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGTTTTGTTTGGCGAATGCATCCCCTATCATAGTCTATCATTGA  298

seq1  GAGAGGTCTAAGGCAAGAACTCAAGGAAGGCAGGAACCTGGGACAGGAAC  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGTCTAAGGCAAGAACTCAAGGAAGGCAGGAACCTGGGACAGGAAC  348

seq1  TGAAGTATAGGGCTATGGAAGAATGCTGCTTACTGACTTACTCCCATGGT  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTATAGGGCTATGGAAGAATGCTGCTTACTGACTTACTCCCATGGT  398

seq1  TTAGCCAGCCTGCTTCCATAAAGCACCAGGACCAGTAACCGGGGGATGGC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCAGCCTGCTTCCATAAAGCACCAGGACCAGTAACCGGGGGATGGC  448

seq1  ACTACCCAGAGTGGGCTGGGCTCTCTCCCATCAGTTGTTAATTTAGAAAT  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACCCAGAGTGGGCTGGGCTCTCTCCCATCAGTTGTTAATTTAGAAAT  498

seq1  GCTCTACAGACGTGCCTATAAGCAATCTGATGAAGGCATTTTCCTCAACT  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACAGACGTGCCTATAAGCAATCTGATGAAGGCATTTTCCTCAACT  548

seq1  GAAGTTCCTCTTCCCAGACAACCTTAGGTTTGTGATAAGTTGACCTGGTC  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCCTCTTCCCAGACAACCTTAGGTTTGTGATAAGTTGACCTGGTC  598

seq1  CATCGTGACGTGAGGAATGCTACCCCTTGTTCCTGCTGCTATGCAGGAAG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTGACGTGAGGAATGCTACCCCTTGTTCCTGCTGCTATGCAGGAAG  648

seq1  CTAGCTCATCTGTCAAGCTTTTAGCTCCAGTCACCCTGAACCTTGAGCCA  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCATCTGTCAAGCTTTTAGCTCCAGTCACCCTGAACCTTGAGCCA  698

seq1  AAATAAACCCTTCCTCCTTCAATTAATAAGAAAAGTAACGAACACAATGT  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAACCCTTCCTCCTTCAATTAATAAGAAAAGTAACGAACACAATGT  748

seq1  CCTTATCTTCTAATAACATCCATACCCTCTACCCAAAAAGAGTGACTTCA  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATCTTCTAATAACATCCATACCCTCTACCCAAAAAGAGTGACTTCA  798

seq1  CTAAGGACTTCCTAAAGTCCTAAATCCAATGAGCTCCTCTTGAATTTTAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGACTTCCTAAAGTCCTAAATCCAATGAGCTCCTCTTGAATTTTAA  848

seq1  TTCTTTGTATTACCTGGGGTACCATCCTGCTTCTTTTAGCAATGGACAAG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTATTACCTGGGGTACCATCCTGCTTCTTTTAGCAATGGACAAG  898

seq1  CAAAATGTTTCTTACAATCTCCTACAGGCCCCCACATTAACCCAACAGAA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTTTCTTACAATCTCCTACAGGCCCCCACATTAACCCAACAGAA  948

seq1  TCAGGTAGTCACATCTCCTCACTAACTCACACCACAGGAGTGTCACTACA  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTAGTCACATCTCCTCACTAACTCACACCACAGGAGTGTCACTACA  998

seq1  TTTAGTTCTTGGTTCTCCCTGATCCGCTTTCTTTACCCTCTTCCCTGTGA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTCTTGGTTCTCCCTGATCCGCTTTCTTTACCCTCTTCCCTGTGA  1048

seq1  AACCTACTTCCCCTCCTGTGGCTGAACTCTTGACACGGTGACTATCAGCC  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACTTCCCCTCCTGTGGCTGAACTCTTGACACGGTGACTATCAGCC  1098

seq1  AGGTTTGCATTGGAAGTACTGATAGAATTC  1111
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGCATTGGAAGTACTGATAGAATTC  1128


seq1: chr18_49846306_49847412
seq2: B6Ng01-239K15.g_65_1169

seq1  GAATTCCAGGAAGCTGGGAATTCACTTGACACAGCTTGAAGGAGAAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAGCTGGGAATTCACTTGACACAGCTTGAAGGAGAAAGGC  50

seq1  ACTTATGAAGGCAGTAGTGGAGATGGGGAGGGCTGGCCAGCGGGATGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATGAAGGCAGTAGTGGAGATGGGGAGGGCTGGCCAGCGGGATGTGA  100

seq1  AAAGCTCACATTAAGACTTAACTAGGGTAGTAAAAGGGTATGAAGAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTCACATTAAGACTTAACTAGGGTAGTAAAAGGGTATGAAGAACAG  150

seq1  TCATCTGGCCACAGTGCCTGGGAGGCGACATCACCTGAGTCTACCTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGGCCACAGTGCCTGGGAGGCGACATCACCTGAGTCTACCTATGA  200

seq1  AAGCATGATAGCCCAGAGAGCCACCTCTCTGCCGTGAGGTTTTAGTTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGATAGCCCAGAGAGCCACCTCTCTGCCGTGAGGTTTTAGTTAGC  250

seq1  TTATCTATTACCTGGTTTCCTCAAGACTTTAAAAAATAATACACCATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTATTACCTGGTTTCCTCAAGACTTTAAAAAATAATACACCATTAG  300

seq1  TTTTGATTGCTATCACCCCACCCTCCACTTCTCCTCCATCCTCTCTGCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATTGCTATCACCCCACCCTCCACTTCTCCTCCATCCTCTCTGCCT  350

seq1  TCTAGAACACCAATTGGATATTGTTTTCATAATCCTATCTTTATGTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAACACCAATTGGATATTGTTTTCATAATCCTATCTTTATGTTTGA  400

seq1  GTTGGACATTGAAAACCATTCATTTACCATTATTGAGGAAGATAAGCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGACATTGAAAACCATTCATTTACCATTATTGAGGAAGATAAGCTGA  450

seq1  CACATGTAAATCTTTTCTGCTTCATTCAAATACTGTGTTCCTTTCTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGTAAATCTTTTCTGCTTCATTCAAATACTGTGTTCCTTTCTTCTC  500

seq1  ACTTGTGCGTTTTTAGCTTTCTGGCTTACTGGACTTTCTTTAGATAGAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGCGTTTTTAGCTTTCTGGCTTACTGGACTTTCTTTAGATAGAGT  550

seq1  CTCAATTCTGCTAGACTATCTAGCCAACACGCCACCAGGATCTTCTTACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATTCTGCTAGACTATCTAGCCAACACGCCACCAGGATCTTCTTACC  600

seq1  TCTTCCTCCCCTCACCAGTGCTAGGATTACAGCTATGTAGCAACATACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTCCCCTCACCAGTGCTAGGATTACAGCTATGTAGCAACATACTC  650

seq1  ATCTGCTTGCTTTTCCTCATTTATCAGTTCTTTCATAATTTTATGCAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTTGCTTTTCCTCATTTATCAGTTCTTTCATAATTTTATGCAATG  700

seq1  CCTATTCACCATATTAACTTCCCTCCCTTAACTCCTCCAACTTATTTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTCACCATATTAACTTCCCTCCCTTAACTCCTCCAACTTATTTAAT  750

seq1  AATTGTAAAA-TTTTTTAAACTCCATTGAGTCCGACTTATGCTGCCCATA  799
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTAAAATTTTTTTAAACTCCATTGAGTCCGACTTATGCTGCCCATA  800

seq1  TACTCTTGAATGCATGGTCACGCACT-GGAGTATAACTGACTTGCCAGGA  848
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTTGAATGCATGGTCACGCACTGGGAGTATAACTGACTTGCCAGGA  850

seq1  GCCACACAAAGATGATTGAAATTTACATCTCCTAGAAGCTACCGATTGCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACAAAGATGATTGAAATTTACATCTCCTAGAAGCTACCGATTGCT  900

seq1  CAGAGCTCTTC-TCCCCTCTCTGTGCCGTGACTTGGTCTGGCTTCAGCTT  947
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCTTCTTCCCCTCTCTGTGCCGTGACTTGGTCTGGCTTCAGCTT  950

seq1  TCGCAAGCCTTATGTATAGTGCAAGTTCCTATGTTCAAAAGCCACGCTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAAGCCTTATGTATAGTGCAAGTTCCTATGTTCAAAAGCCACGCTGC  1000

seq1  ATCTGAAACACACTGTCATCCATTATCTCTGGCTCTTACAACTTTTCTGC  1047
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| 
seq2  ATCTGAAACACACTGTCAT-CATTATCTCTGGCTCTTACA--CTTTCTG-  1046

seq1  CCCATCTTCTGCAATGAA-CTCTTGAATGAAGCCTTGGAAGGAGGGTATG  1096
      |||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CCCATCTTCTGC-ATGAACCTCTTGAATGAAGC--TGGAAGGAGGGTATG  1093

seq1  T-GATACAAATG  1107
      | ||||||||||
seq2  TGGATACAAATG  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |