BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242P17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 80,469,461 - 80,609,810
singlet/doubletdoublet
Overlap genePqlc1, Kcng2, D330025C20Rik, Ctdp1
Upstream geneLOC100039242, LOC100039250, LOC383311, LOC433204, LOC545267, LOC100040632, LOC620963, LOC100040604, LOC620692, LOC100040593, LOC639825, Pard6g, Zfp508, LOC665009, LOC100039311, 1110032A13Rik, Txnl4, 1810005K13Rik
Downstream geneLOC669389, LOC100039336, A430076E10Rik, LOC100039348, Nfatc1, Atp9b, Sall3, LOC665124
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242P17.bB6Ng01-242P17.g
ACCGA052487GA052488
length1,126810
definitionB6Ng01-242P17.b B6Ng01-242P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,608,673 - 80,609,810)(80,469,461 - 80,470,261)
sequence
gaattcagagatctacccgtcttgtcttccaagtgctggaattaaaggca
cggttgcttcatgtcttccatctttgatgtccttgtctttagtttaggtg
gtaaaatatcttttcatataattatattgtaatgacttccagttaagcgg
tgtccccaaaggagcctgctgcagcttgtgagctggcccaccaggtgtca
gcatgtggaatggcttctgagtcactcttcagtcttaggccatcaccttt
ttactgcagactccttctcagtcgctcctggtttttttaatgtaccatcc
ctgctatctagacattactgggtctgtcaggatccacggaagttgccatg
ttgaggtattgaccggtctgtgttctcctgggtgctctgtgggccactac
gaggatgcttgcctgccttgaggcctcactgcttggctttagaacgatgt
tgtgaggaccatcagttcttgtgccttttgctgtatttctctgaccttat
tcctctgctcttctggatcctaccaggcacctctccttctcacacctaca
cagtgtcttagttagggttttactgctgtgaacggacagcatgaccaagg
caactcttacaaggacaacacatatttggggctgacttataggtcagagg
ttcagtccagtatcatcaagacaggaacatggcagcatccaggcaggcat
gatgcaggaggagctgagagttctacatcctcatctgaaggctgctagca
gaatactggcttccaggcagctaggatgagggtcttatagcccacaccta
cagtgacacacctactccaacaaagccacaccttctaatagtgccactcc
ctggaccaggcatgtacacactgtgacagtcaggacctcattgctctcag
ctgctgacccgtgcttgctgtggcatcactgttagtccagggcagacggt
gcgctgcagagctgtcagtgtactgccgatgacaccagatggagactgtt
taacagtggcacacgtgctctcactactccagaacacagcactgtgtgtc
ctgagcagagctgcatgctcaagttctgagcacagctgcacgcttccagt
ctggagcaaagctgcacggcttccag
gaattcaagattacaagcttggtgcttgtcacaagccgtccctactgatg
gtgtgctagtggagttactacccctcatgccctcttcaagtgctcactgc
tagtatgcagagggagcactggctttgtcagtgtgggctctgctgcagcc
ttactgagctctgttggctccggcaccggttcctgtacttctagacttct
agagattgcccacctgaaaagtcacctcacctgcgagaagggacagcatt
ttgcttcttccttccagtcttccagatcccctgactggacagaggcgaga
caagacgtgcgagttctgctcttggctttactgaggacttctgggttttg
cagttgtctttaatgctcatatggttttgctttgctgtcatgaatgacgc
tgaccctggctcggcactgtgctgtgtctgtggacatgacagccttttat
tctgctttcatggggctttgcgtgtgtgtgtgtgtgggggggggtcaacc
tttgtgtgttgagctaagttccgtttgatgatggtgtctagttacctctt
aactgccgggtgctgtttgctgatattatgctgagggctttttaaatgtc
cctactcatgaaaagttttggtctgcagtcctttttttcttgatggcttt
ggttttattttggttaaatataagccagtgttattctgaattactggggt
aatgaggtaagttcctgagtgtctgtgaaaagccgccgtcaatcctcttg
aaagttttggttgggtttccttgtatgggctggtttcacctggggcttct
ttctctaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_80608673_80609810
seq2: B6Ng01-242P17.b_51_1176 (reverse)

seq1  CTGGAAGCCGTGCAGCTCTGCTCAGGACCTGGAAGCCGTGCAGCTGTGCT  50
      ||||||||||||||||| |||||  || ||||||| ||||||||||||||
seq2  CTGGAAGCCGTGCAGCTTTGCTCCAGA-CTGGAAG-CGTGCAGCTGTGCT  48

seq1  CAGGACCTGGAAGCCATGCAGCTCTGCTCAGGACACACAGGTGGCTGTGT  100
      ||| || ||  || ||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  CAGAACTTG--AG-CATGCAGCTCTGCTCAGGACACACAG--TGCTGTGT  93

seq1  TCTGGAGTAGGTGAGAGCACGTGTGCCACTGTTAAACAGTCTTCCATCTG  150
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTGGAGTA-GTGAGAGCACGTGTGCCACTGTTAAACAGTC-TCCATCTG  141

seq1  GTTGTCATCGGCAGTAACACTGACAGCTCTGCAGCGCACCGTCTGCCCTG  200
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TGTCATCGGCAGT-ACACTGACAGCTCTGCAGCGCACCGTCTGCCCTG  189

seq1  GACTAACAGTGATGCCACAGCAAGCACGGGTCAGCAGCTGAGAGCAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACAGTGATGCCACAGCAAGCACGGGTCAGCAGCTGAGAGCAATGA  239

seq1  GGTCCCTGACTGTCACAGTGTGTACATGCCTGGTCCAGGGAGTGGCACTA  300
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGT-CCTGACTGTCACAGTGTGTACATGCCTGGTCCAGGGAGTGGCACTA  288

seq1  TTAGAAGGTGTGGCTTTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTAGGTGTGGGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGGTGTGGCTTTGTTGGAGTAGGTGTGTCACTGTAGGTGTGGGCT  338

seq1  ATAAGACCCTCATCCTAGCTGCCTGGAAGCCAGTATTCTGCTAGCAGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACCCTCATCCTAGCTGCCTGGAAGCCAGTATTCTGCTAGCAGCCT  388

seq1  TCAGATGAGGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCATCATGCCTGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGAGGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCATCATGCCTGCCTGG  438

seq1  ATGCTGCCATGTTCCTGTCTTGATGATACTGGACTGAACCTCTGACCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCCATGTTCCTGTCTTGATGATACTGGACTGAACCTCTGACCTAT  488

seq1  AAGTCAGCCCCAAATATGTGTTGTCCTTGTAAGAGTTGCCTTGGTCATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGCCCCAAATATGTGTTGTCCTTGTAAGAGTTGCCTTGGTCATGC  538

seq1  TGTCCGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACACTGTGTAGGTGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAAGACACTGTGTAGGTGTGAG  588

seq1  AAGGAGAGGTGCCTGGTAGGATCCAGAAGAGCAGAGGAATAAGGTCAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAGGTGCCTGGTAGGATCCAGAAGAGCAGAGGAATAAGGTCAGAG  638

seq1  AAATACAGCAAAAGGCACAAGAACTGATGGTCCTCACAACATCGTTCTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGCAAAAGGCACAAGAACTGATGGTCCTCACAACATCGTTCTAA  688

seq1  AGCCAAGCAGTGAGGCCTCAAGGCAGGCAAGCATCCTCGTAGTGGCCCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGCAGTGAGGCCTCAAGGCAGGCAAGCATCCTCGTAGTGGCCCAC  738

seq1  AGAGCACCCAGGAGAACACAGACCGGTCAATACCTCAACATGGCAACTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACCCAGGAGAACACAGACCGGTCAATACCTCAACATGGCAACTTC  788

seq1  CGTGGATCCTGACAGACCCAGTAATGTCTAGATAGCAGGGATGGTACATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGATCCTGACAGACCCAGTAATGTCTAGATAGCAGGGATGGTACATT  838

seq1  AAAAAAACCAGGAGCGACTGAGAAGGAGTCTGCAGTAAAAAGGTGATGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAACCAGGAGCGACTGAGAAGGAGTCTGCAGTAAAAAGGTGATGGC  888

seq1  CTAAGACTGAAGAGTGACTCAGAAGCCATTCCACATGCTGACACCTGGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACTGAAGAGTGACTCAGAAGCCATTCCACATGCTGACACCTGGTG  938

seq1  GGCCAGCTCACAAGCTGCAGCAGGCTCCTTTGGGGACACCGCTTAACTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGCTCACAAGCTGCAGCAGGCTCCTTTGGGGACACCGCTTAACTGG  988

seq1  AAGTCATTACAATATAATTATATGAAAAGATATTTTACCACCTAAACTAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTACAATATAATTATATGAAAAGATATTTTACCACCTAAACTAA  1038

seq1  AGACAAGGACATCAAAGATGGAAGACATGAAGCAACCGTGCCTTTAATTC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGGACATCAAAGATGGAAGACATGAAGCAACCGTGCCTTTAATTC  1088

seq1  CAGCACTTGGAAGACAAGACGGGTAGATCTCTGAATTC  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTTGGAAGACAAGACGGGTAGATCTCTGAATTC  1126

seq1: chr18_80469461_80470261
seq2: B6Ng01-242P17.g_66_875

seq1  GAATTCAAGATTACAAGCTTGGTGCTTGTCACAAGCCGTCCCTACTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGATTACAAGCTTGGTGCTTGTCACAAGCCGTCCCTACTGATG  50

seq1  GTGTGCTAGTGGAGTTACTACCCCTCATGCCCTCTTCAAGTGCTCACTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTAGTGGAGTTACTACCCCTCATGCCCTCTTCAAGTGCTCACTGC  100

seq1  TAGTATGCAGAGGGAGCACTGGCTTTGTCAGTGTGGGCTCTGCTGCAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGCAGAGGGAGCACTGGCTTTGTCAGTGTGGGCTCTGCTGCAGCC  150

seq1  TTACTGAGCTCTGTTGGCTCCGGCACCGGTTCCTGTACTTCTAGACTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAGCTCTGTTGGCTCCGGCACCGGTTCCTGTACTTCTAGACTTCT  200

seq1  AGAGATTGCCCACCTGAAAAGTCACCTCACCTGCGAGAAGGGACAGCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTGCCCACCTGAAAAGTCACCTCACCTGCGAGAAGGGACAGCATT  250

seq1  TTGCTTCTTCCTTCCAGTCTTCCAGATCCCCTGACTGGACAGAGGCGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTCCTTCCAGTCTTCCAGATCCCCTGACTGGACAGAGGCGAGA  300

seq1  CAAGACGTGCGAGTTCTGCTCTTGGCTTTACTGAGGACTTCTGGGTTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACGTGCGAGTTCTGCTCTTGGCTTTACTGAGGACTTCTGGGTTTTG  350

seq1  CAGTTGTCTTTAATGCTCATATGGTTTTGCTTTGCTGTCATGAATGACGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTCTTTAATGCTCATATGGTTTTGCTTTGCTGTCATGAATGACGC  400

seq1  TGACCCTGGCTCGGCACTGTGCTGTGTCTGTGGACATGACAGCCTTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGGCTCGGCACTGTGCTGTGTCTGTGGACATGACAGCCTTTTAT  450

seq1  TCTGCTTTCATGGGGCTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGTCAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTCATGGGGCTTTGCGTGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGTCAACC  500

seq1  TTTGTGTGTTGAGCTAAGTTCCGTTTGATGATGGTGTCTAGTTACCTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTTGAGCTAAGTTCCGTTTGATGATGGTGTCTAGTTACCTCTT  550

seq1  AACTGCCGGGTGCTGTTTGCTGATATTATGCTGAGGGCTTTT--AATGTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  AACTGCCGGGTGCTGTTTGCTGATATTATGCTGAGGGCTTTTTAAATGTC  600

seq1  CCTACTCATGAAAAGTTTTGGTCTGCAGTCC-TTTTTTCTTGATGGCTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCATGAAAAGTTTTGGTCTGCAGTCCTTTTTTTCTTGATGGCTTT  650

seq1  GGTTTTATTTTGGTTAAATATAAGCCAGTGTTATTCTGAA-TACT-GGGT  695
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  GGTTTTATTTTGGTTAAATATAAGCCAGTGTTATTCTGAATTACTGGGGT  700

seq1  AATGAGGTAAGTTCCTGAGTGTCTGTGAAAGGCCGCCGTCAATCCTCTTG  745
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTAAGTTCCTGAGTGTCTGTGAAAAGCCGCCGTCAATCCTCTTG  750

seq1  AAAGTTTTGGTT-GGTTTCCTTGTAT-GGCTGGTTTCACCT-GGGCTTC-  791
      |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| 
seq2  AAAGTTTTGGTTGGGTTTCCTTGTATGGGCTGGTTTCACCTGGGGCTTCT  800

seq1  TTCTCTAACA  801
      ||||||||||
seq2  TTCTCTAACA  810