BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248C17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 33,846,590 - 34,015,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041258, Epb4.1l4a
Upstream geneLOC100041170, Tslp, Wdr36, Camk4, Stard4, EG433170, D0H4S114, ENSMUSG00000073610, LOC666281
Downstream geneEG666296, Ppia-ps18_318.1, Ppia-ps18_319.1, LOC666313, Apc, Srp19, Reep5, Pkd2l2, 2610024E20Rik, Wnt8a, Nme5, 4933408B17Rik, Brd8, Kif20a, Cdc23, Gfra3, Cdc25c, LOC100041859, 2810012G03Rik, LOC100041879, LOC100041887, Jmjd1b, Reep2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248C17.bB6Ng01-248C17.g
ACCGA056314GA056315
length611657
definitionB6Ng01-248C17.b B6Ng01-248C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,014,593 - 34,015,202)(33,846,590 - 33,847,246)
sequence
gaattcttaaagcttttcaggaaaagctcatagcctgtgcacataacctc
taagttagagggtgaaaggtttattttggtttgtagtttcagagagttcg
gttgaaggagagctgggtcattgctttggatccttggtagaagcatcgtg
aaagtgggagtatagggcggggcacactgatgacctcatgctaaagagga
tgggggcgggacgggaagaagagagaggaggaagatagatccagtccgat
agatacacattcactcgaaagttacccctcagttacctgcttccttcagc
caacacccaccttctagcagtcagttgggggctataaactaaccagtgga
tttatccactgcagaggttattaacctcacgacctaatcatctcttattt
ggggccacaaacagtcaacatataagactgtgtgtgtgtttgtgtgtctg
tgtgtgtgtgtgagagagagagagacagagagagagagagagagagagag
agagacagagagagagagagagagagagaaagagaaagagaaaaagagat
agagagacagagacagagagacaggggaggcagggagacagagaaggggt
gggggtgggga
gaattcaaaacaagatgggaccattcaggagcaggcttttcaacagccac
ttcatccatgggtgcaagagcagtatgctctagagctaaagttaggcaga
cgatgaagccaggaaggttaaggtggggctatagtgctcaacctgaaatc
aagaaagctggtgacagagaccatcaaaggcataagagaagtcaatgaga
gtcagatcgccataggggccctgaacccatgcttgctgttgacccatttt
ggtctaccattcgattctctctgaaccatgagtctgttatttatcacata
tgcttatatgtcctatgaaaataattatagtcataataatatttcatcca
ttcaaaacatcacaaccacccctttttaaactaatgtctactgagtactg
gaggacatggactaggaaaagatagacttgtctttgatcacaagaactct
ctgcaacctggcaaaagaaacccgtaaattaatgaatgtgtgatgtaaat
gctccacatgggtaagagtgatgtatcccacaggctcatgagtttgaaca
tttgatttcctattgggaatgctctttgagacggttatggaagcctcacc
tttaggaggtaagacctttctgctctctacctcctcctccttctcctcct
ccaactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_34014593_34015202
seq2: B6Ng01-248C17.b_43_653 (reverse)

seq1  TCCCCACCCCCACCCCTTCTCTGTCTCCCTGCCT-CCCTGTCTCTCTGTC  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCCCACCCCCACCCCTTCTCTGTCTCCCTGCCTCCCCTGTCTCTCTGTC  50

seq1  TCTGTCTCTCTATCTCTTTTTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTCTATCTCTTTTTCTCTTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTC  100

seq1  TCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTCTCTC  150

seq1  ACACACACACACAGACACACAAACACACACACAGTCTTATATGTTGACTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACAGACACACAAACACACACACAGTCTTATATGTTGACTG  200

seq1  TTTGTGGCCCCAAATAAGAGATGATTAGGTCGTGAGGTTAATAACCTCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGCCCCAAATAAGAGATGATTAGGTCGTGAGGTTAATAACCTCTG  250

seq1  CAGTGGATAAATCCACTGGTTAGTTTATAGCCCCCAACTGACTGCTAGAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATAAATCCACTGGTTAGTTTATAGCCCCCAACTGACTGCTAGAA  300

seq1  GGTGGGTGTTGGCTGAAGGAAGCAGGTAACTGAGGGGTAACTTTCGAGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTGTTGGCTGAAGGAAGCAGGTAACTGAGGGGTAACTTTCGAGTG  350

seq1  AATGTGTATCTATCGGACTGGATCTATCTTCCTCCTCTCTCTTCTTCCCG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTATCTATCGGACTGGATCTATCTTCCTCCTCTCTCTTCTTCCCG  400

seq1  TCCCGCCCCCATCCTCTTTAGCATGAGGTCATCAGTGTGCCCCGCCCTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGCCCCCATCCTCTTTAGCATGAGGTCATCAGTGTGCCCCGCCCTAT  450

seq1  ACTCCCACTTTCACGATGCTTCTACCAAGGATCCAAAGCAATGACCCAGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCCACTTTCACGATGCTTCTACCAAGGATCCAAAGCAATGACCCAGC  500

seq1  TCTCCTTCAACCGAACTCTCTGAAACTACAAACCAAAATAAACCTTTCAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTCAACCGAACTCTCTGAAACTACAAACCAAAATAAACCTTTCAC  550

seq1  CCTCTAACTTAGAGGTTATGTGCACAGGCTATGAGCTTTTCCTGAAAAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAACTTAGAGGTTATGTGCACAGGCTATGAGCTTTTCCTGAAAAGC  600

seq1  TTTAAGAATTC  610
      |||||||||||
seq2  TTTAAGAATTC  611

seq1: chr18_33846590_33847246
seq2: B6Ng01-248C17.g_67_723

seq1  GAATTCAAAACAAGATGGGACCATTCAGGAGCAGGCTTTTCAACAGCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAAGATGGGACCATTCAGGAGCAGGCTTTTCAACAGCCAC  50

seq1  TTCATCCATGGGTGCAAGAGCAGTATGCTCTAGAGCTAAAGTTAGGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCATGGGTGCAAGAGCAGTATGCTCTAGAGCTAAAGTTAGGCAGA  100

seq1  CGATGAAGCCAGGAAGGTTAAGGTGGGGCTATAGTGCTCAACCTGAAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGAAGCCAGGAAGGTTAAGGTGGGGCTATAGTGCTCAACCTGAAATC  150

seq1  AAGAAAGCTGGTGACAGAGACCATCAAAGGCATAAGAGAAGTCAATGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGCTGGTGACAGAGACCATCAAAGGCATAAGAGAAGTCAATGAGA  200

seq1  GTCAGATCGCCATAGGGGCCCTGAACCCATGCTTGCTGTTGACCCATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGATCGCCATAGGGGCCCTGAACCCATGCTTGCTGTTGACCCATTTT  250

seq1  GGTCTACCATTCGATTCTCTCTGAACCATGAGTCTGTTATTTATCACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTACCATTCGATTCTCTCTGAACCATGAGTCTGTTATTTATCACATA  300

seq1  TGCTTATATGTCCTATGAAAATAATTATAGTCATAATAATATTTCATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATATGTCCTATGAAAATAATTATAGTCATAATAATATTTCATCCA  350

seq1  TTCAAAACATCACAACCACCCCTTTTTAAACTAATGTCTACTGAGTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACATCACAACCACCCCTTTTTAAACTAATGTCTACTGAGTACTG  400

seq1  GAGGACATGGACTAGGAAAAGATAGACTTGTCTTTGATCACAAGAACTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACATGGACTAGGAAAAGATAGACTTGTCTTTGATCACAAGAACTCT  450

seq1  CTGCAACCTGGCAAAAGAAACCCGTAAATTAATGAATGTGTGATGTAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACCTGGCAAAAGAAACCCGTAAATTAATGAATGTGTGATGTAAAT  500

seq1  GCTCCACATGGGTAAGAGTGATGTATCCCACAGGCTCATGAGTTTGAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACATGGGTAAGAGTGATGTATCCCACAGGCTCATGAGTTTGAACA  550

seq1  TTTGATTTCCTATTGGGAATGCTCTTTGAGACGGTTATGGAAGCCTCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTCCTATTGGGAATGCTCTTTGAGACGGTTATGGAAGCCTCACC  600

seq1  TTTAGGAGGTAAGACCTTTCTGCTCTCTACCTCCTCCTCCTTCTCCTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAGGTAAGACCTTTCTGCTCTCTACCTCCTCCTCCTTCTCCTCCT  650

seq1  CCCACTC  657
      || ||||
seq2  CCAACTC  657