BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248P18
Chromosome18 (Build37)
Map Location 57,948,826 - 58,047,095
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc12a2, 9330166H04Rik
Upstream geneMarch3, C330018D20Rik, Megf10, LOC672445, Prrc1, 1700011I03Rik, 4930511M06Rik, 2210409D07Rik
Downstream geneFbn2, Slc27a6, Isoc1, Adamts19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248P18.bB6Ng01-248P18.g
ACCGA056921GA056922
length1,1001,111
definitionB6Ng01-248P18.b B6Ng01-248P18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,948,826 - 57,949,939)(58,045,988 - 58,047,095)
sequence
gaattcccctggtaagccctgacctattcatccatccctgaagccactgt
ccagggttatgccacatctcaccatgtgttcctactgcttgagccattgc
tcacagagatgtctgctctagtctctccactctgggtaaaaaagaccttg
gctataattgttctctgggcccacctggctctgggtaacaacattgcaga
gattctgttctatttaaaggaaaaaaaaagtagaactgttgatgacttag
cccacacttgggaataaattagagtctctagctaaattaagtaaatatat
gcatacattcatatatccactgtaagtgacgaacagtttggagttatcta
cttcagcatcccttctgattttcttcattaaagaatggtgattcattcag
ctacacctggctaagaataatacaaccactgtggtcctccttgagtcctc
ctagctcatcatcctgtgtgcatggtatctgttggtgctccacctttcta
cttcatcatcctgcatacatgctatctatgatgctccatcctctacctca
tcatcctgtatacatactatctgttgatattctaccctcctaccttatca
tcctgtgtacatactatctgttgatattccaccctcctacctcatcatcc
tgtatacatactatctgttgatgctctaccctcctatcccagcatcctgt
ggacatggttttcattgatgctccatcctcataccccatcactctgtgta
gatgctattcattgatgctcctctctttttctgtagctatacttgctacc
ttagcccatgtcccctctgccgcatcctttagcaaggtttcatgttgttt
ttgcaaaggatactcagcacctttcatggtgactgctcaagatttaattt
ccaaatgtacatacaagcatgattgtggctttggtagtatctactgttgg
catgcatagatatggaaacatagggaaagcttttttttttctccatgttc
ttctcaatgctgttttttgcaccaagatgaccatcatctttgagccctgc
ctttgatgtatagaatgactggctgactcagcttcataaatttgtgacaa

gaattcagcattggaactagctctgaatgttctttaccaaaacctcaaga
cccagttacaaaacaatgtttcacaaataacacaagcattacttcaaatc
ccacacaacttgctaatgtcaactcggagcttacgaaaccttagacagaa
ttcccaggaagcatataccttctgttaagatgaagcagtggcatgtgcac
gttttctctgattgtttggaaggaagacctgaaagtctgtaccagaacta
agtcagcactgggtgtttcaggcaattctcacagcaatggagctatcttc
tgtcttctttcccattttcagttcatcggaatcacagatgccatatcctt
cttctgaagatgtattaagtggaatggtcaagaatttaaatgaccattta
gtgctcaagaattgccaactgatagcccaactatttacgcatggaaaaga
acccagggaaagaggggaaaggcccagaccagagggcaaacagatccaag
cgcctgcaccagtgagcgtgagcttgctgctttgtcagtcttctgcctgt
ggcatacatagttagagagaagccacatcagcctgaaagaacagaacaga
ccccaaaatgagcagaggacatggaaaattcatttgattttctaaaaaaa
aaggagaataagagtaagggtaaaggttgtttgtctgggagccaaacagt
tattggcagaggcagctatagtacagaggtaccagttattcaatgatgtc
tgagcctaggaaggtggcacacagctgtgatcctagcctgagctgcacag
ggcattccaggtcatggtaaaatacatagtgagacaatgtctcaacaaaa
aaggaaaataaattgaagaatattagaaaaatccagggtcaccacaatgc
attcctctacatattcatttctctcctcaattaataagatgagaaaatgt
tttttcaattcaatgttgtggcagggaaccaaacattttcttctttagga
tgcaaatattttaaaacttatagggaatattagaaaattataaggattat
aagaaagtcaccagtaagtcctgagttaccaaacaggtaacctgataaga
tgcaagctgca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_57948826_57949939
seq2: B6Ng01-248P18.b_48_1147

seq1  GAATTCCCCTGGTAAGCCCTGACCTATTCATCCATCCCTGAAGCCACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTGGTAAGCCCTGACCTATTCATCCATCCCTGAAGCCACTGT  50

seq1  CCAGGGTTATGCCACATCTCACCATGTGTTCCTACTGCTTGAGCCATTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTTATGCCACATCTCACCATGTGTTCCTACTGCTTGAGCCATTGC  100

seq1  TCACAGAGATGTCTGCTCTAGTCTCTCCACTCTGGGTAAAAAAGACCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAGATGTCTGCTCTAGTCTCTCCACTCTGGGTAAAAAAGACCTTG  150

seq1  GCTATAATTGTTCTCTGGGCCCACCTGGCTCTGGGTAACAACATTGCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAATTGTTCTCTGGGCCCACCTGGCTCTGGGTAACAACATTGCAGA  200

seq1  GATTCTGTTCTATTTAAAGGAAAAAAAAAGTAGAACTGTTGATGACTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTTCTATTTAAAGGAAAAAAAAAGTAGAACTGTTGATGACTTAG  250

seq1  CCCACACTTGGGAATAAATTAGAGTCTCTAGCTAAATTAAGTAAATATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACTTGGGAATAAATTAGAGTCTCTAGCTAAATTAAGTAAATATAT  300

seq1  GCATACATTCATATATCCACTGTAAGTGACGAACAGTTTGGAGTTATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACATTCATATATCCACTGTAAGTGACGAACAGTTTGGAGTTATCTA  350

seq1  CTTCAGCATCCCTTCTGATTTTCTTCATTAAAGAATGGTGATTCATTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCATCCCTTCTGATTTTCTTCATTAAAGAATGGTGATTCATTCAG  400

seq1  CTACACCTGGCTAAGAATAATACAACCACTGTGGTCCTCCTTGAGTCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACCTGGCTAAGAATAATACAACCACTGTGGTCCTCCTTGAGTCCTC  450

seq1  CTAGCTCATCATCCTGTGTGCATGGTATCTGTTGGTGCTCCACCTTTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCATCATCCTGTGTGCATGGTATCTGTTGGTGCTCCACCTTTCTA  500

seq1  CTTCATCATCCTGCATACATGCTATCTATGATGCTCCATCCTCTACCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCATCCTGCATACATGCTATCTATGATGCTCCATCCTCTACCTCA  550

seq1  TCATCCTGTATACATACTATCTGTTGATATTCTACCCTCCTACCTTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTGTATACATACTATCTGTTGATATTCTACCCTCCTACCTTATCA  600

seq1  TCCTGTGTACATACTATCTGTTGATATTCCACCCTCCTACCTCATCATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGTACATACTATCTGTTGATATTCCACCCTCCTACCTCATCATCC  650

seq1  TGTATACATACTATCTGTTGATGCTCTACCCTCCTATCCCAGCATCCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACATACTATCTGTTGATGCTCTACCCTCCTATCCCAGCATCCTGT  700

seq1  GGACATGGTTTTCATTGATGCTCCATCCTCATACCCCATCACTCTGTGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGGTTTTCATTGATGCTCCATCCTCATACCCCATCACTCTGTGTA  750

seq1  GATGCTATTCATTGATGCTCCTCTCTTTTTCTGTAGCTATACTTGCTACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTATTCATTGATGCTCCTCTCTTTTTCTGTAGCTATACTTGCTACC  800

seq1  TTAGCCCATGTCCCCTCTGCCGCATCCTTTAGCAAGGTTTCATGTTGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCCATGTCCCCTCTGCCGCATCCTTTAGCAAGGTTTCATGTTGTTT  850

seq1  TTGCAAAGGATACTCAGCACCTTTCATGGTGACTGCTCAAGATTTAATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGGATACTCAGCACCTTTCATGGTGACTGCTCAAGATTTAATTT  900

seq1  CCAAATGTACATACAAGCAATGATTGTGGCTTTTGGTAGTATCTACTGTT  950
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGTACATACAAGC-ATGATTGTGGC-TTTGGTAGTATCTACTGTT  948

seq1  GGCCATGGAATAGATATGGAAACATAGGGAAAGGCTTTTTTTTTCTCCAT  1000
      || ||| | ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  GG-CAT-GCATAGATATGGAAACATAGGGAAAGCTTTTTTTTTTCTCCAT  996

seq1  G-TCTTCTCCAAATGCTG-TTTTTGCAAACAAAGATGACACACCCTCTTT  1048
      | |||||||  ||||||| |||||||  || |||||||| || | |||||
seq2  GTTCTTCTC--AATGCTGTTTTTTGC--ACCAAGATGAC-CATCATCTTT  1041

seq1  GGAGCCCTGGCTTTTGATGGTATAAGAATGACTGGCTGACTTCCAGGCTT  1098
       ||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||  || ||||
seq2  -GAGCCCT-GCCTTTGAT-GTAT-AGAATGACTGGCTGACT--CA-GCTT  1084

seq1  CATAATATTGTGACAA  1114
      |||||  |||||||||
seq2  CATAAATTTGTGACAA  1100

seq1: chr18_58045988_58047095
seq2: B6Ng01-248P18.g_68_1178 (reverse)

seq1  TGCAGCTTTCATTTCTTTATCA-GTTTCCTG-TTGGT-ACTCA-GACTTA  46
      |||||||| |||    |||||| ||| |||| ||||| ||||| ||||||
seq2  TGCAGCTTGCAT---CTTATCAGGTTACCTGTTTGGTAACTCAGGACTTA  47

seq1  CTGTTGACTTCCTTAATAATCCTTAATATTTTCCTAATATTCCTTAATAG  96
      ||| |||||| ||| ||||||||| ||| ||| |||||||||| ||  ||
seq2  CTGGTGACTTTCTT-ATAATCCTT-ATAATTTTCTAATATTCCCTATAAG  95

seq1  TTTT-AAATATTTGCATCCTAAAGA--GAAATGTTTGG-TCCCTGCCACA  142
      |||| ||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| 
seq2  TTTTAAAATATTTGCATCCTAAAGAAGAAAATGTTTGGTTCCCTGCCAC-  144

seq1  AACATTTGAATG-AAAAACATTTTCTCATCTTATTAATTTGAGGAGAGAA  191
      ||||||  | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AACATTGAATTGAAAAAACATTTTCTCATCTTATTAA-TTGAGGAGAGAA  193

seq1  ATGAATATGTAGA-GAATGCATTGTGGTGACCCTGGATTTTTCTAATATT  240
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATGTAGAGGAATGCATTGTGGTGACCCTGGATTTTTCTAATATT  243

seq1  CTTCAATTTATTTTCCTTTTTTGTTGAGACATTGTCTCACTATGTATTTT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATTTATTTTCCTTTTTTGTTGAGACATTGTCTCACTATGTATTTT  293

seq1  ACCATGACCTGGAATGCCCTGTGCAGCTCAGGCTAGGATCACAGCTGTGT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGACCTGGAATGCCCTGTGCAGCTCAGGCTAGGATCACAGCTGTGT  343

seq1  GCCACCTTCCTAGGCTCAGACATCATTGAATAACTGGTACCTCTGTACTA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCTTCCTAGGCTCAGACATCATTGAATAACTGGTACCTCTGTACTA  393

seq1  TAGCTGCCTCTGCCAATAACTGTTTGGCTCCCAGACAAACAACCTTTACC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCCTCTGCCAATAACTGTTTGGCTCCCAGACAAACAACCTTTACC  443

seq1  CTTACTCTTATTCTCCTTTTTTTTTAGAAAATCAAATGAATTTTCCATGT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTCTTATTCTCCTTTTTTTTTAGAAAATCAAATGAATTTTCCATGT  493

seq1  CCTCTGCTCATTTTGGGGTCTGTTCTGTTCTTTCAGGCTGATGTGGCTTC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTCATTTTGGGGTCTGTTCTGTTCTTTCAGGCTGATGTGGCTTC  543

seq1  TCTCTAACTATGTATGCCACAGGCAGAAGACTGACAAAGCAGCAAGCTCA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAACTATGTATGCCACAGGCAGAAGACTGACAAAGCAGCAAGCTCA  593

seq1  CGCTCACTGGTGCAGGCGCTTGGATCTGTTTGCCCTCTGGTCTGGGCCTT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCACTGGTGCAGGCGCTTGGATCTGTTTGCCCTCTGGTCTGGGCCTT  643

seq1  TCCCCTCTTTCCCTGGGTTCTTTTCCATGCGTAAATAGTTGGGCTATCAG  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTTTCCCTGGGTTCTTTTCCATGCGTAAATAGTTGGGCTATCAG  693

seq1  TTGGCAATTCTTGAGCACTAAATGGTCATTTAAATTCTTGACCATTCCAC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAATTCTTGAGCACTAAATGGTCATTTAAATTCTTGACCATTCCAC  743

seq1  TTAATACATCTTCAGAAGAAGGATATGGCATCTGTGATTCCGATGAACTG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATACATCTTCAGAAGAAGGATATGGCATCTGTGATTCCGATGAACTG  793

seq1  AAAATGGGAAAGAAGACAGAAGATAGCTCCATTGCTGTGAGAATTGCCTG  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGGAAAGAAGACAGAAGATAGCTCCATTGCTGTGAGAATTGCCTG  843

seq1  AAACACCCAGTGCTGACTTAGTTCTGGTACAGACTTTCAGGTCTTCCTTC  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCCAGTGCTGACTTAGTTCTGGTACAGACTTTCAGGTCTTCCTTC  893

seq1  CAAACAATCAGAGAAAACGTGCACATGCCACTGCTTCATCTTAACAGAAG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAATCAGAGAAAACGTGCACATGCCACTGCTTCATCTTAACAGAAG  943

seq1  GTATATGCTTCCTGGGAATTCTGTCTAAGGTTTCGTAAGCTCCGAGTTGA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGCTTCCTGGGAATTCTGTCTAAGGTTTCGTAAGCTCCGAGTTGA  993

seq1  CATTAGCAAGTTGTGTGGGATTTGAAGTAATGCTTGTGTTATTTGTGAAA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGCAAGTTGTGTGGGATTTGAAGTAATGCTTGTGTTATTTGTGAAA  1043

seq1  CATTGTTTTGTAACTGGGTCTTGAGGTTTTGGTAAAGAACATTCAGAGCT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTTTGTAACTGGGTCTTGAGGTTTTGGTAAAGAACATTCAGAGCT  1093

seq1  AGTTCCAATGCTGAATTC  1108
      ||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAATGCTGAATTC  1111