BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249P07
Chromosome18 (Build37)
Map Location 84,972,134 - 85,111,350
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyb5, Fbxo15
Upstream geneTshz1, Zadh2, LOC669856, Zfp407, Cndp1, EG640234, Cndp2, LOC100039711, LOC100039725, B230399E16Rik
Downstream gene1700034H14Rik, LOC100039765, LOC665382, LOC545269
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249P07.bB6Ng01-249P07.g
ACCGA057639GA057640
length1,2151,135
definitionB6Ng01-249P07.b B6Ng01-249P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,972,134 - 84,973,331)(85,110,206 - 85,111,350)
sequence
gaattcacagaactcttaagtgctccccacattgcagcttcgtgaagcca
tgagctgagtagtaagcatatgctttgctgtacatatcatgtgtctgggc
cattggaagatgaagcttggttgacctctactttctagcactgacataca
atatataaactgaacgttttacagatataaatggtggcccactattaagg
aatctgagaagtctaccatttacctgggcaaggtgcttagatttttactg
agggagaaagtccttctgttgcatccagacatgtgatgtagggaaataag
gacagactcttcttccttcctgttaactgttaaaatatccatatctatca
gcatgcctctctagatagattgtggcaaaaagagatatgctaaggcttag
caactcaccacacacacacacacacacacacacacacacacaccacatac
acacaacaccccactacacacacatatacatactccatgtgattgctata
cctggagataaactaatccaaggtgtcacaatcttcttatgctagcagta
acaggcagtgctgcaaaacgtctggggaagactgaaaagcaaccagaatg
actaaccaaaatttcacaatttatttgagtcaggtgtattcgtggcacca
cacttgtctatcttgcttaaggcagagcccctggcttataagacatatgg
aaactgaaagactatattagctttaaatgacataacacgcaaggaagcaa
atgctcaaatccaaaatgtagactatgctcctgggtaagtgccctgtttc
tagcagacggccataaataatgctgtataataaaaacagattacatatat
aatgaccaaatgatttgaaatggtcctgtttacatttttaacttaacaaa
actcttaaaaaataaatcttttgttgataatgagagccagagcattgacc
tgtgcttggtgatacttaaagaaattattcatttcattctggtgggtata
gcaaatgacattgggacatgttaaaaaccgcttttaaaaatgatacatgt
gactgaaggtacattcttacagcttcttacatagattgagactatgagta
tgcaataagtagtccattacaaaggcatggatgttagtactaatttagca
ccaatttcctttgatgatgccaagcaatcgaccttaaacaaattttatag
gtccagctggcatat

gaattctccagtaaggcggatgatggggagctactgagcaaaagagtgct
ttcacggacagttcaatgttattgctcccacattctttcttgcagtttgt
ttctgccatgaaaatgggctgtgctctagggaccagagccagtagatact
ctgagagccatgtctgacctctgcagctgaacactgcaccaaaaagcttt
ctgcaaagctgtaagtgcattcagttccctgatcgggtctacagttctac
cgccacctgtgcacacacatctgtcgtcacttaataaaaactgacacatt
taacctgctgaagtgacaagttgtttgattgtccttggtgagagcaaaga
aagatgtccttaatacagctttaccaggctccttggatgcctaaagggag
agaaagatgaggccaaggactccaggctcaccttcctccaggtgagcagc
tctttgctccaggccaaaacactaacagtgttcttagtgttgacgtgtag
agagaatgaatattagctgcttttctggaagctgtgagggaatacctgtc
aaagcaacttaagggggaaagactttattctggttgatggtttaagggga
catatcgcatcataccagggaactcatggagttagatggctccaaggcag
caagagcctgcggctgggatgcctcatctcttcacagtatggaaggacaa
gaagggaagagaagaaggggaaagagagtgagtgtgtacatgcctagaaa
agaggaagagcggaggaaacagaggagaaggagaagcagggaaagacaag
ggagaagacaggaaaactgagcctggctttggtccagctaaaagcagatc
tgcccaaagcagccctcttcctccagtaaggtccccacccctaaacattt
tcacaatccctccagcaacagctgggaaatgtattcaagcaacacacaag
cctctggggcacatcccacatctagagatgtgtctgatggcctatgaccc
ctgtaaaaaaaaacagcatagccgggcgttggtggcacacgcctttattc
cagcactcgggagcagaggcaaggcagattctgagtcagcttgtctacaa
gtgagtttcaggaaagcaggccatacagagaaacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_84972134_84973331
seq2: B6Ng01-249P07.b_49_1263

seq1  GAATTCACAGAACTCTTAAGTGCTCCCCACATTGCAGCTTCGTGAAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAACTCTTAAGTGCTCCCCACATTGCAGCTTCGTGAAGCCA  50

seq1  TGAGCTGAGTAGTAAGCATATGCTTTGCTGTACATATCATGTGTCTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGAGTAGTAAGCATATGCTTTGCTGTACATATCATGTGTCTGGGC  100

seq1  CATTGGAAGATGAAGCTTGGTTGACCTCTACTTTCTAGCACTGACATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGAAGATGAAGCTTGGTTGACCTCTACTTTCTAGCACTGACATACA  150

seq1  ATATATAAACTGAACGTTTTACAGATATAAATGGTGGCCCACTATTAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAACTGAACGTTTTACAGATATAAATGGTGGCCCACTATTAAGG  200

seq1  AATCTGAGAAGTCTACCATTTACCTGGGCAAGGTGCTTAGATTTTTACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGAGAAGTCTACCATTTACCTGGGCAAGGTGCTTAGATTTTTACTG  250

seq1  AGGGAGAAAGTCCTTCTGTTGCATCCAGACATGTGATGTAGGGAAATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGAAAGTCCTTCTGTTGCATCCAGACATGTGATGTAGGGAAATAAG  300

seq1  GACAGACTCTTCTTCCTTCCTGTTAACTGTTAAAATATCCATATCTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACTCTTCTTCCTTCCTGTTAACTGTTAAAATATCCATATCTATCA  350

seq1  GCATGCCTCTCTAGATAGATTGTGGCAAAAAGAGATATGCTAAGGCTTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCTCTCTAGATAGATTGTGGCAAAAAGAGATATGCTAAGGCTTAG  400

seq1  CAACTCACCACACACACACACACACACACACACACACACACACCACATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCACCACACACACACACACACACACACACACACACACACCACATAC  450

seq1  ACACAACACCCCACTACACACACATATACATACTCCATGTGATTGCTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACACCCCACTACACACACATATACATACTCCATGTGATTGCTATA  500

seq1  CCTGGAGATAAACTAATCCAAGGTGTCACAATCTTCTTATGCTAGCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGATAAACTAATCCAAGGTGTCACAATCTTCTTATGCTAGCAGTA  550

seq1  ACAGGCAGTGCTGCAAAACGTCTGGGGAAGACTGAAAAGCAACCAGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAGTGCTGCAAAACGTCTGGGGAAGACTGAAAAGCAACCAGAATG  600

seq1  ACTAACCAAAATTTCACAATTTATTTGAGTCAGGTGTATTCGTGGCACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCAAAATTTCACAATTTATTTGAGTCAGGTGTATTCGTGGCACCA  650

seq1  CACTTGTCTATCTTGCTTAAGGCAGAGCCCCTGGCTTATAAGACATATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTCTATCTTGCTTAAGGCAGAGCCCCTGGCTTATAAGACATATGG  700

seq1  AAACTGAAAGACTATATTAGCTTTAAATGACATAACACGCAAGGAAGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAAAGACTATATTAGCTTTAAATGACATAACACGCAAGGAAGCAA  750

seq1  ATGCTCAAATCCAAAATGTAGACTATGCTCCTGGGTAAGTGCCCTGTTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAAATCCAAAATGTAGACTATGCTCCTGGGTAAGTGCCCTGTTTC  800

seq1  TAGCAGACGGCCATAAATAATGCTGTATAAT-AAAACAGATTACATATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGACGGCCATAAATAATGCTGTATAATAAAAACAGATTACATATAT  850

seq1  AATGACCAAATGATTTGAAATGGTCCTGTTTACA-TTTTAACTTAACAAA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATGACCAAATGATTTGAAATGGTCCTGTTTACATTTTTAACTTAACAAA  900

seq1  ACTCTTAAAAAATAAATCTTT--GTGATAAATGAGAGCCAGAGCA-TGAC  945
      |||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||| ||||
seq2  ACTCTTAAAAAATAAATCTTTTGTTGAT-AATGAGAGCCAGAGCATTGAC  949

seq1  CTGTGCTTGGTGATAC-TAAAG-AATTA-TCA-TTCATTCTGGTGGGTAT  991
      |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTGGTGATACTTAAAGAAATTATTCATTTCATTCTGGTGGGTAT  999

seq1  AGC-AATGACATTGGGACATGT--AAAAACGC-TTTAAAAATGATACATG  1037
      ||| ||||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||
seq2  AGCAAATGACATTGGGACATGTTAAAAACCGCTTTTAAAAATGATACATG  1049

seq1  TGACTGAA-GTACATTCTACAAGCT--CTACATAAGATGAGACTATGAAG  1084
      |||||||| |||||||||   ||||   ||||||   |||||||||| ||
seq2  TGACTGAAGGTACATTCTTACAGCTTCTTACATAGATTGAGACTATG-AG  1098

seq1  TATGCAATAAGTAGTCCA-TACAAAGGCAT-GATGTAAGTATCTATTTAG  1132
      |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||   ||||||
seq2  TATGCAATAAGTAGTCCATTACAAAGGCATGGATGTTAGTACTAATTTAG  1148

seq1  CAACAA-TTCCTTAGATTGGATTTGGCAAGCAATCGAACTTTAAACAATA  1181
      || ||| |||||| |||  ||  || ||||||||||| ||| ||  ||| 
seq2  CACCAATTTCCTTTGAT--GA--TGCCAAGCAATCGACCTTAAACAAATT  1194

seq1  TTAT---GCCAGCTGG-ATAT  1198
      ||||    |||||||| ||||
seq2  TTATAGGTCCAGCTGGCATAT  1215


seq1: chr18_85110206_85111350
seq2: B6Ng01-249P07.g_67_1201 (reverse)

seq1  GGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGG  50
      ||||||||||||| |||   ||| ||||| ||||||| ||||||| || |
seq2  GGTTTCTCTGTATGGCC--TGCTTTCCTGAAACTCAC-TTGTAGA-CAAG  46

seq1  CTGGCCTCAGAAATCTGCC-TGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAA  99
      || | ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||
seq2  CT-GACTCAG-AATCTGCCTTGCCTCTG-CTCCCGAGTGCT-GGAATAAA  92

seq1  GGCGTGTGCCACC-ACGCCCGGCTTTGCTTGTTTTTTTTTACAGGGGTCA  148
      ||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGTGCCACCAACGCCCGGCTATGC-TGTTTTTTTTTACAGGGGTCA  141

seq1  TAAGCCATCAGAACACATTCTCTTAGATGTGGGATGTGCCCCAGAGGCTT  198
      || |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCATCAG-ACACA-TCTC-TAGATGTGGGATGTGCCCCAGAGGCTT  188

seq1  GTGTGTTTGCTTGAATACATTT-CCAGCTGTTGCTGGAGGGATTGTG-AA  246
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GTGTG-TTGCTTGAATACATTTCCCAGCTGTTGCTGGAGGGATTGTGAAA  237

seq1  ATGTTTAGGGGTGGGGACCTTACTGGAGGAAGAGGGCTGCTTTGGGCAGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTAGGGGTGGGGACCTTACTGGAGGAAGAGGGCTGCTTTGGGCAGA  287

seq1  TCTGCTTTTAGCTGGACCAAAGCCAGGCTCAGTTTTCCTGTCTTCTCCCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTTTAGCTGGACCAAAGCCAGGCTCAGTTTTCCTGTCTTCTCCCT  337

seq1  TGTCTTTCCCTGCTTCTCCTTCTCCTCTGTTTCCTCCGCTCTTCCTCTTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTTCCCTGCTTCTCCTTCTCCTCTGTTTCCTCCGCTCTTCCTCTTT  387

seq1  TCTAGGCATGTACACACTCACTCTCTTTCCCCTTTCTTCTCTTCCCTTCT  446
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCATGTACACACTCACTCTCTTTCCCC-TTCTTCTCTTCCCTTCT  436

seq1  TGTCCTTCCATACTGTGAAGAGATGAGGCATCCCAGCCGCAGGCTCTTGC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTCCATACTGTGAAGAGATGAGGCATCCCAGCCGCAGGCTCTTGC  486

seq1  TGCCTTGGAGCCATCTAACTCCATGAGTTCCCTGGTATGATGCGATATGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGGAGCCATCTAACTCCATGAGTTCCCTGGTATGATGCGATATGT  536

seq1  CCCCTTAAACCATCAACCAGAATAAAGTCTTTCCCCCTTAAGTTGCTTTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTAAACCATCAACCAGAATAAAGTCTTTCCCCCTTAAGTTGCTTTG  586

seq1  ACAGGTATTCCCTCACAGCTTCCAGAAAAGCAGCTAATATTCATTCTCTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTATTCCCTCACAGCTTCCAGAAAAGCAGCTAATATTCATTCTCTC  636

seq1  TACACGTCAACACTAAGAACACTGTTAGTGTTTTGGCCTGGAGCAAAGAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTCAACACTAAGAACACTGTTAGTGTTTTGGCCTGGAGCAAAGAG  686

seq1  CTGCTCACCTGGAGGAAGGTGAGCCTGGAGTCCTTGGCCTCATCTTTCTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACCTGGAGGAAGGTGAGCCTGGAGTCCTTGGCCTCATCTTTCTC  736

seq1  TCCCTTTAGGCATCCAAGGAGCCTGGTAAAGCTGTATTAAGGACATCTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTAGGCATCCAAGGAGCCTGGTAAAGCTGTATTAAGGACATCTTT  786

seq1  CTTTGCTCTCACCAAGGACAATCAAACAACTTGTCACTTCAGCAGGTTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTCTCACCAAGGACAATCAAACAACTTGTCACTTCAGCAGGTTAA  836

seq1  ATGTGTCAGTTTTTATTAAGTGACGACAGATGTGTGTGCACAGGTGGCGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTCAGTTTTTATTAAGTGACGACAGATGTGTGTGCACAGGTGGCGG  886

seq1  TAGAACTGTAGACCCGATCAGGGAACTGAATGCACTTACAGCTTTGCAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTGTAGACCCGATCAGGGAACTGAATGCACTTACAGCTTTGCAGA  936

seq1  AAGCTTTTTGGTGCAGTGTTCAGCTGCAGAGGTCAGACATGGCTCTCAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTTTGGTGCAGTGTTCAGCTGCAGAGGTCAGACATGGCTCTCAGA  986

seq1  GTATCTACTGGCTCTGGTCCCTAGAGCACAGCCCATTTTCATGGCAGAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTACTGGCTCTGGTCCCTAGAGCACAGCCCATTTTCATGGCAGAAA  1036

seq1  CAAACTGCAAGAAAGAATGTGGGAGCAATAACATTGAACTGTCCGTGAAA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGCAAGAAAGAATGTGGGAGCAATAACATTGAACTGTCCGTGAAA  1086

seq1  GCACTCTTTTGCTCAGTAGCTCCCCATCATCCGCCTTACTGGAGAATTC  1145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTTTTGCTCAGTAGCTCCCCATCATCCGCCTTACTGGAGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |