BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254F24
Chromosome18 (Build37)
Map Location 61,600,466 - 61,776,760
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933429F08Rik, Csnk1a1
Upstream geneLOC667597, 2010002N04Rik, Dctn4, Rbm22, Myoz3, Synpo, LOC100042675, Ndst1, Rps14, LOC667619, Cd74, Tcof1, LOC100042699, Arsi, Camk2a, Slc6a7, Cdx1, Pdgfrb, Csf1r, A630042L21Rik, Slc26a2, Pde6a, EG667279, Ppargc1b, LOC667675
Downstream geneIl17b, Pcyox1l, LOC100042730, Grpel2, Afap1l1, LOC100042738, Ablim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254F24.bB6Ng01-254F24.g
ACCGA060854GA060855
length1,021850
definitionB6Ng01-254F24.b B6Ng01-254F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,776,111 - 61,776,760)(61,600,466 - 61,601,314)
sequence
gaattcttaagacccacatggtcagaaagagctgaacactgcaagttgtc
ctctgacttctatacatgtaccatagcacatgcacacctacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacgcctttttaaaatcaaatgaacc
tgtggtgctttgaatgagaatggtccctaaaggcacatatatttgaatac
ttggtttccagttgatagacctgtttgggaaggattagggggtgtgtctc
tgagggatggctcagaggtttaaaaagtccactctctgccttgtgcctga
ggatcaggatgtaagttctcagttactgctctagctccatagctgtttgc
ctgctaccacactccctatctcagcagtcagactctagccctcttaaact
gtaagcccctgataaactctttcttctgtaacttgccttggtcatggtat
cttatctcagcaatagaaaagaaaccaagacagatctctagtgaaggtgg
ggatccccccaggaccacagagtgcaacagcagagcttagccaagaaaga
gtaaccacatagatacacacacacacacacacacacacactcacagacac
acaaaataaataagtaaacgcagcaaaagcaggaatagagtgtagctcaa
ttggaaaagtgcttgcttagcatacacaagaccctgaatttgactttgta
agcatcctgaaactaggcacagtggtgtatgtgacccaggagatggaggc
agagaggatcaggagtccaaggtcatctttggatacacagtaagtctgaa
gcaaacatgagctgtgagagtccctgtctcaaaacagataggaaacaaca
aagaaccactatggatttgacaggtttggggagccagggctgtaatctta
gcgctttgggtggtgaaacagaaggactgagagccgaagccattgtgggc
tatctacaagaccctgtgttaactgaagccatgcacgaaaaccctactga
tttcacatatcccatgtgtgg
gaattccaggtcagcctgagctacacagtaagactctatctcaagagaca
aaaacagagcccagagctttagttcaattctagagtacttgcctagcgaa
gtcctgggttcaatacacagcatcacatgaaacaaggcacgatgggatgg
cacaagcctataatgccagcacccaggaggtgcagacaggaggataagga
ggtttagaccatcttcggctacatggtgaatttgaggccaatcttggata
catgagacactggctcaaaaaacaaacaggtctggcaaggaggctcatcg
ggaaagggcatttgctactaaagtctgatgacctggtccaatccatgaga
gggagagacagaatcccatgggttgtctcccggcttccacttgtgtgcct
tggtacctgtgcacaagcgtccacacacgtgcatgcacacatataataaa
atataataaaacctagcaagcaaaatggaaacgagcaataaatatgtatg
taagtagagagacagaacttaaaataataagctactgtacaccttctaat
attcccaaaagagaaaaaaaatggtaacatttatagttggtaacaacata
aaataaccttacatatctattgttaggctgtgaaacattacagcctttac
aaaatttttccaaaatatcatcacacacacaaaaataatgtatgaggact
ggggatgcataccaactttcagaaatgaaagtaattatatggagaaatag
gtaaattataatagacagaagcttgatcgatccatagatagatgatagat
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatcg

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_61776111_61776760
seq2: B6Ng01-254F24.b_46_695 (reverse)

seq1  TTGAGCTACACTCTATTCCTGCTTTTGCTGCGTTTACTTATTTATTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTACACTCTATTCCTGCTTTTGCTGCGTTTACTTATTTATTTTGT  50

seq1  GTGTCTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTATGTGGTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCTATGTGGTTAC  100

seq1  TCTTTCTTGGCTAAGCTCTGCTGTTGCACTCTGTGGTCCTGGGGGGATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTGGCTAAGCTCTGCTGTTGCACTCTGTGGTCCTGGGGGGATCC  150

seq1  CCACCTTCACTAGAGATCTGTCTTGGTTTCTTTTCTATTGCTGAGATAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTCACTAGAGATCTGTCTTGGTTTCTTTTCTATTGCTGAGATAAG  200

seq1  ATACCATGACCAAGGCAAGTTACAGAAGAAAGAGTTTATCAGGGGCTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCATGACCAAGGCAAGTTACAGAAGAAAGAGTTTATCAGGGGCTTAC  250

seq1  AGTTTAAGAGGGCTAGAGTCTGACTGCTGAGATAGGGAGTGTGGTAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAAGAGGGCTAGAGTCTGACTGCTGAGATAGGGAGTGTGGTAGCAG  300

seq1  GCAAACAGCTATGGAGCTAGAGCAGTAACTGAGAACTTACATCCTGATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAGCTATGGAGCTAGAGCAGTAACTGAGAACTTACATCCTGATCC  350

seq1  TCAGGCACAAGGCAGAGAGTGGACTTTTTAAACCTCTGAGCCATCCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCACAAGGCAGAGAGTGGACTTTTTAAACCTCTGAGCCATCCCTCA  400

seq1  GAGACACACCCCCTAATCCTTCCCAAACAGGTCTATCAACTGGAAACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACACCCCCTAATCCTTCCCAAACAGGTCTATCAACTGGAAACCAA  450

seq1  GTATTCAAATATATGTGCCTTTAGGGACCATTCTCATTCAAAGCACCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCAAATATATGTGCCTTTAGGGACCATTCTCATTCAAAGCACCACA  500

seq1  GGTTCATTTGATTTTAAAAAGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATTTGATTTTAAAAAGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  550

seq1  TGTGTGTGTGTAGGTGTGCATGTGCTATGGTACATGTATAGAAGTCAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTAGGTGTGCATGTGCTATGGTACATGTATAGAAGTCAGAG  600

seq1  GACAACTTGCAGTGTTCAGCTCTTTCTGACCATGTGGGTCTTAAGAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTTGCAGTGTTCAGCTCTTTCTGACCATGTGGGTCTTAAGAATTC  650

seq1: chr18_61600466_61601314
seq2: B6Ng01-254F24.g_70_918

seq1  AATTCCAGGTCAGCCTGAGCTACACAGTAAGACTCTATCTCAAGAGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAGGTCAGCCTGAGCTACACAGTAAGACTCTATCTCAAGAGACAA  50

seq1  AAACAGAGCCCAGAGCTTTAGTTCAATTCTAGAGTACTTGCCTAGCGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAGCCCAGAGCTTTAGTTCAATTCTAGAGTACTTGCCTAGCGAAG  100

seq1  TCCTGGGTTCAATACACAGCATCACATGAAACAAGGCACGATGGGATGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGTTCAATACACAGCATCACATGAAACAAGGCACGATGGGATGGC  150

seq1  ACAAGCCTATAATGCCAGCACCCAGGAGGTGCAGACAGGAGGATAAGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCTATAATGCCAGCACCCAGGAGGTGCAGACAGGAGGATAAGGAG  200

seq1  GTTTAGACCATCTTCGGCTACATGGTGAATTTGAGGCCAATCTTGGATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGACCATCTTCGGCTACATGGTGAATTTGAGGCCAATCTTGGATAC  250

seq1  ATGAGACACTGGCTCAAAAAACAAACAGGTCTGGCAAGGAGGCTCATCGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACACTGGCTCAAAAAACAAACAGGTCTGGCAAGGAGGCTCATCGG  300

seq1  GAAAGGGCATTTGCTACTAAAGTCTGATGACCTGGTCCAATCCATGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGCATTTGCTACTAAAGTCTGATGACCTGGTCCAATCCATGAGAG  350

seq1  GGAGAGACAGAATCCCATGGGTTGTCTCCCGGCTTCCACTTGTGTGCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGACAGAATCCCATGGGTTGTCTCCCGGCTTCCACTTGTGTGCCTT  400

seq1  GGTACCTGTGCACAAGCGTCCACACACGTGCATGCACACATATAATAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCTGTGCACAAGCGTCCACACACGTGCATGCACACATATAATAAAA  450

seq1  TATAATAAAACCTAGCAAGCAAAATGGAAACGAGCAATAAATATGTATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAAAACCTAGCAAGCAAAATGGAAACGAGCAATAAATATGTATGT  500

seq1  AAGTAGAGAGACAGAACTTAAAATAATAAGCTACTGTACACCTTCTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAGAGACAGAACTTAAAATAATAAGCTACTGTACACCTTCTAATA  550

seq1  TTCCCAAAAGAGAAAAAAAATGGTAACATTTATAGTTGGTAACAACATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAAAGAGAAAAAAAATGGTAACATTTATAGTTGGTAACAACATAA  600

seq1  AATAACCTTACATATCTATTGTTAGGCTGTGAAACATTACAGCCTTTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCTTACATATCTATTGTTAGGCTGTGAAACATTACAGCCTTTACA  650

seq1  AAATTTTTCCAAAATATCATCACACACACAAAAATAATGTATGAGGACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTCCAAAATATCATCACACACACAAAAATAATGTATGAGGACTG  700

seq1  GGGATGCATACCAACTTTCAGAAATGAAAGTAATTATATGGAGAAATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCATACCAACTTTCAGAAATGAAAGTAATTATATGGAGAAATAGG  750

seq1  TAAATTATAATAGACAGAAGCTTGATCGATCCATAGATAGATGATAGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATAATAGACAGAAGCTTGATCGATCCATAGATAGATGATAGATA  800

seq1  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATCG  849