BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254O17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 17,192,695 - 17,355,097
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700001G01Rik
Upstream geneLOC100040202, Ppia-ps18_172.1, EG665509, Cdh2, LOC665519
Downstream gene4921533I20Rik, LOC100040647
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254O17.bB6Ng01-254O17.g
ACCGA061260GA061261
length1,2101,179
definitionB6Ng01-254O17.b B6Ng01-254O17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,192,695 - 17,193,921)(17,353,921 - 17,355,097)
sequence
gaattctataccctacttacaataatggctaggatagttgtggagaggaa
aggtatagaataaagcatttgattaacacaagagaagagttcacataaaa
tagagagatgaaccaattttaccaacagcactgagtcttctctaagcacg
taggacattttccagaatagacagaatattaagttcctaattgaacctca
ataaactttaagaaggtaggaagactcttcaaaaatcctttctagctaca
gtgtaatgaatgaccttagaaattacataaacataaatgaaagatagaaa
acaaacaaacaaaactggtaattgaacaaatcacttgaattgtcaaaaaa
aagatcaaagagaaaattacaatagaaaatggataggtgagccataatag
aacatatgagacagaatgagagcagggataaaggaaaaatgtaaaggtat
aaatgcttatatttaaaagcaataaacctatccttaggagggttgcaggt
gttagtgctgtgtcacatgtgcatctgtaggtgtcagaaaagagagaggc
tatgtctacactcactgttctgacctttgaacctgtatgattagtaacct
aacagtccctgaaaaacagagagtctcagatgactactagtccagtgaac
aaggaacaagcctcagataaccatcagtccagtaccacataggcccagac
aatcctcagaaccaggagcaagccaaagactagaagaaacttgcttagga
ctgaaggccctgagaaggagagagcctgagatagaagacactcatgtggg
actactctagtgggccatgtgagaagcaagacagagatgcccaccagatc
ggtgtcaggagggagttaatctgagatggctaccagttaggtgtcacaca
gctttggaggggcagggcatgcacaaattacccctgccttgtgccacaat
gcaagttggtcaataacatctctgagtccactcctgagatgaccccagac
actcagagaccctgggtgccactaaaaggagcaagtaaggtgtagggagt
aaaagagagagaaacagaaggttatagcacatgaagagaagtagaaccta
gaaacttgaggtagtgagaacagtctagtatcttgagaatggcacctact
gacatgggtaggtcttgcctgtctgcatggggctatgttctgttaacagc
aggtctgtta

gaattcccaagactaatagcatagtgtgctctgcttcctgcagagaagca
caaggtttcactgatgagtacaagtgtttctgatagcttatcccttaaaa
ggatcaggtagaaccaaccaattgtctgagttcccatcctgtgcctgtca
gttccatcctggcagtacccagcaagagcacagagttctcacccctcact
taccctcatgattcctttcaggacctgcctcttgctcatgtcatttttca
tttttagcatctaaaaaagtcttaaacatgagttcaatattgaaaaacat
acatctcaaggctctttcctattaccaggtcaatcatgtctcagtatgaa
aattctatatctgcatttacaattaaaatagtagcatgcagagagggcct
tcatcgccccaatctacacgaacacaccttctgatatatttttagctaag
taagaaatcaaactactgactattttcagtgtttatggaattgccatttt
tgtgtgctttttataaaccatactttctaaatatagcaatgtgaatttgc
ttcctccaacatcccttggctatcataaaaagtagtgaaattgtttttat
tcttctttttctacagctcttggttgtgaactctaactgaatacgtccag
tcataatctatagctttcctccagtggttattctaatcagaaaccacatt
acatggactgtaattttccaggaagaaaatgcaccataggagtcatacct
cattctcatttaacttcagaaaccacagtaaacaaccaagatctggcaga
aactgattcactattttgtgaataaagagaagttaaatgtatcattttct
atgcatgcatttatttcatttatgtcaggaaagactgaaatagcaaagcc
aagtaaaaacagaaaaaaaatattttaccaaacagaaatgcatattgcat
tgctagccatcctaggtccttgtctcagagtgcaatctttatgatataat
gtgcattttctaagctaaatcatctggtgtgtttatctagtctatctttt
tgtgggataaaacaaggcttcaaatacatgccctattgaagaaacattgt
gaaagtttcaggagaacactaatttttgttgacagtcacttggatatgta
taggacagaattcaacattccagtgtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_17192695_17193921
seq2: B6Ng01-254O17.b_53_1262

seq1  GAATTCTATACCCTACTTACAATAATGGCTAGGATAGTTGTGGAGAGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATACCCTACTTACAATAATGGCTAGGATAGTTGTGGAGAGGAA  50

seq1  AGGTATAGAATAAAGCATTTGATTAACACAAGAGAAGAGTTCACATAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATAGAATAAAGCATTTGATTAACACAAGAGAAGAGTTCACATAAAA  100

seq1  TAGAGAGATGAACCAATTTTACCAACAGCACTGAGTCTTCTCTAAGCACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAGATGAACCAATTTTACCAACAGCACTGAGTCTTCTCTAAGCACG  150

seq1  TAGGACATTTTCCAGAATAGACAGAATATTAAGTTCCTAATTGAACCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACATTTTCCAGAATAGACAGAATATTAAGTTCCTAATTGAACCTCA  200

seq1  ATAAACTTTAAGAAGGTAGGAAGACTCTTCAAAAATCCTTTCTAGCTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTTTAAGAAGGTAGGAAGACTCTTCAAAAATCCTTTCTAGCTACA  250

seq1  GTGTAATGAATGACCTTAGAAATTACATAAACATAAATGAAAGATAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATGAATGACCTTAGAAATTACATAAACATAAATGAAAGATAGAAA  300

seq1  ACAAACAAACAAAACTGGTAATTGAACAAATCACTTGAATTGTCAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACAAACAAAACTGGTAATTGAACAAATCACTTGAATTGTCAAAAAA  350

seq1  AAGATCAAAGAGAAAATTACAATAGAAAATGGATAGGTGAGCCATAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCAAAGAGAAAATTACAATAGAAAATGGATAGGTGAGCCATAATAG  400

seq1  AACATATGAGACAGAATGAGAGCAGGGATAAAGGAAAAATGTAAAGGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATGAGACAGAATGAGAGCAGGGATAAAGGAAAAATGTAAAGGTAT  450

seq1  AAATGCTTATATTTAAAAGCAATAAACCTATCCTTAGGAGGGTTGCAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTTATATTTAAAAGCAATAAACCTATCCTTAGGAGGGTTGCAGGT  500

seq1  GTTAGTGCTGTGTCACATGTGCATCTGTAGGTGTCAGAAAAGAGAGAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGCTGTGTCACATGTGCATCTGTAGGTGTCAGAAAAGAGAGAGGC  550

seq1  TATGTCTACACTCACTGTTCTGACCTTTGAACCTGTATGATTAGTAACCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTACACTCACTGTTCTGACCTTTGAACCTGTATGATTAGTAACCT  600

seq1  AACAGTCCCTGAAAAACAGAGAGTCTCAGATGACTACTAGTCCAGTGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCCCTGAAAAACAGAGAGTCTCAGATGACTACTAGTCCAGTGAAC  650

seq1  AAGGAACAAGCCTCAGATAACCATCAGTCCAGTACCACATAGGCCCAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACAAGCCTCAGATAACCATCAGTCCAGTACCACATAGGCCCAGAC  700

seq1  AATCCTCAGAACCAGGAGCAAGCCAAAGACTAGAAGAAACTTGCTTAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCAGAACCAGGAGCAAGCCAAAGACTAGAAGAAACTTGCTTAGGA  750

seq1  CTGAAGGCCCTGAGAAGGAGAGAGCCTGAGATAGAAGACACTCATGTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGCCCTGAGAAGGAGAGAGCCTGAGATAGAAGACACTCATGTGGG  800

seq1  ACTACTCTAGTGGGCCATGTGAGAAGCAAGACAGAGATGCCCACCAGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCTAGTGGGCCATGTGAGAAGCAAGACAGAGATGCCCACCAGATC  850

seq1  GGTGTCAGGAGGGAGTTAATCTGAGATGGCTACCAGTTAGGTGTCACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAGGAGGGAGTTAATCTGAGATGGCTACCAGTTAGGTGTCACACA  900

seq1  GGCTTTGGAGGGGCAGGGCATGCACAAAATTACCCCTGCCTTGTGCCACA  950
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCTTTGGAGGGGCAGGGCATGCAC-AAATTACCCCTGCCTTGTGCCACA  948

seq1  ATGCAAGTTGGTC-ATAACATCTCTGAGTCCACTCCTGAGATGACCCCAG  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAGTTGGTCAATAACATCTCTGAGTCCACTCCTGAGATGACCCCAG  998

seq1  ACACTCAGAGACCCTGGGTGCCACTAAAAGGAGCAAGTAAGTGGTAGGGA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| 
seq2  ACACTCAGAGACCCTGGGTGCCACTAAAAGGAGCAAGTAAGGTGTAGGG-  1047

seq1  AGTAAAAGAGGAAGAGAAACAGAAGGGTATAAGCACAATGAAGAGAGGTA  1099
      ||||||||||  |||||||||||||| ||| ||||| ||||||||| |||
seq2  AGTAAAAGAG--AGAGAAACAGAAGGTTAT-AGCAC-ATGAAGAGAAGTA  1093

seq1  GAA-CTAGAAACTTGAGGGTAGTGAAGAACAGTCTAAGTATCTTGAG-AT  1147
      ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||
seq2  GAACCTAGAAACTTGA-GGTAGTG-AGAACAGTCT-AGTATCTTGAGAAT  1140

seq1  GCCACCTACCTTGGACCATGGTGAGGTCCTGGCCTGTGCTGCCAGTGGGG  1197
      | |||||||  ||   |||||  |||| || |||||| ||||     |||
seq2  GGCACCTAC--TG--ACATGGGTAGGT-CTTGCCTGT-CTGC---ATGGG  1181

seq1  GCTATG-TCTGTTAACAGCAGGGGTCTGTTA  1227
      |||||| |||||||||||||  |||||||||
seq2  GCTATGTTCTGTTAACAGCA--GGTCTGTTA  1210


seq1: chr18_17353921_17355097
seq2: B6Ng01-254O17.g_69_1247 (reverse)

seq1  AATACA-TTGAATGTTGAATTCTG-CCTATAAAATTTCCCAAAGTGCTTG  48
      |||||| | ||||||||||||||| ||||| | || |||  |||||  ||
seq2  AATACACTGGAATGTTGAATTCTGTCCTAT-ACATATCC--AAGTGACTG  47

seq1  TCAACAAA---TAGTGTTCTCTGAAAACTTTCCACATGTTTCTTC-ATA-  93
      ||||||||   ||||||||||   ||||||||   |||||||||| ||| 
seq2  TCAACAAAAATTAGTGTTCTCCTGAAACTTTCACAATGTTTCTTCAATAG  97

seq1  GGCATGTATTTGAAAGCCTG-TATATCCCACAAAAGGAATAGACTAAGAA  142
      ||||||||||||||  | || | |||||||||||| | ||||||||   |
seq2  GGCATGTATTTGAAGCCTTGTTTTATCCCACAAAAAG-ATAGACTA--GA  144

seq1  TAAACACA-CAGATGATTTAGCTTAGAAAATGCACATATAATCATAAAGA  191
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  TAAACACACCAGATGATTTAGCTTAGAAAATGCACATTATATCATAAAGA  194

seq1  TTGCACTCTTGAGACAAGGACCTAGGATGGCTAGCAATGCAATATGCATT  241
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACTC-TGAGACAAGGACCTAGGATGGCTAGCAATGCAATATGCATT  243

seq1  TTCTTGTTTTGGTAAATA-TTTTTTTCTG-TTTTACTTGGCTTTGCTATT  289
      |   ||||| |  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  T--CTGTTTGGTAAAATATTTTTTTTCTGTTTTTACTTGGCTTTGCTATT  291

seq1  TCAGTCTTTCCTGACATAAATGAAATAAATGCATGCATAGAAAATGATAC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTTCCTGACATAAATGAAATAAATGCATGCATAGAAAATGATAC  341

seq1  ATTTAACTTCTCTTTATTCACAAAATAGTGAATCAGTTTCTGCCAGATCT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACTTCTCTTTATTCACAAAATAGTGAATCAGTTTCTGCCAGATCT  391

seq1  TGGTTGTTTACTGTGGTTTCTGAAGTTAAATGAGAATGAGGTATGACTCC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTTACTGTGGTTTCTGAAGTTAAATGAGAATGAGGTATGACTCC  441

seq1  TATGGTGCATTTTCTTCCTGGAAAATTACAGTCCATGTAATGTGGTTTCT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGCATTTTCTTCCTGGAAAATTACAGTCCATGTAATGTGGTTTCT  491

seq1  GATTAGAATAACCACTGGAGGAAAGCTATAGATTATGACTGGACGTATTC  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAATAACCACTGGAGGAAAGCTATAGATTATGACTGGACGTATTC  541

seq1  AGTTAGAGTTCACAACCAAGAGCTGTAGAAAAAGAAGAATAAAAACAATT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAGTTCACAACCAAGAGCTGTAGAAAAAGAAGAATAAAAACAATT  591

seq1  TCACTACTTTTTATGATAGCCAAGGGATGTTGGAGGAAGCAAATTCACAT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACTTTTTATGATAGCCAAGGGATGTTGGAGGAAGCAAATTCACAT  641

seq1  TGCTATATTTAGAAAGTATGGTTTATAAAAAGCACACAAAAATGGCAATT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATATTTAGAAAGTATGGTTTATAAAAAGCACACAAAAATGGCAATT  691

seq1  CCATAAACACTGAAAATAGTCAGTAGTTTGATTTCTTACTTAGCTAAAAA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAAACACTGAAAATAGTCAGTAGTTTGATTTCTTACTTAGCTAAAAA  741

seq1  TATATCAGAAGGTGTGTTCGTGTAGATTGGGGCGATGAAGGCCCTCTCTG  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGAAGGTGTGTTCGTGTAGATTGGGGCGATGAAGGCCCTCTCTG  791

seq1  CATGCTACTATTTTAATTGTAAATGCAGATATAGAATTTTCATACTGAGA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTACTATTTTAATTGTAAATGCAGATATAGAATTTTCATACTGAGA  841

seq1  CATGATTGACCTGGTAATAGGAAAGAGCCTTGAGATGTATGTTTTTCAAT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTGACCTGGTAATAGGAAAGAGCCTTGAGATGTATGTTTTTCAAT  891

seq1  ATTGAACTCATGTTTAAGACTTTTTTAGATGCTAAAAATGAAAAATGACA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACTCATGTTTAAGACTTTTTTAGATGCTAAAAATGAAAAATGACA  941

seq1  TGAGCAAGAGGCAGGTCCTGAAAGGAATCATGAGGGTAAGTGAGGGGTGA  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGAGGCAGGTCCTGAAAGGAATCATGAGGGTAAGTGAGGGGTGA  991

seq1  GAACTCTGTGCTCTTGCTGGGTACTGCCAGGATGGAACTGACAGGCACAG  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGTGCTCTTGCTGGGTACTGCCAGGATGGAACTGACAGGCACAG  1041

seq1  GATGGGAACTCAGACAATTGGTTGGTTCTACCTGATCCTTTTAAGGGATA  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAACTCAGACAATTGGTTGGTTCTACCTGATCCTTTTAAGGGATA  1091

seq1  AGCTATCAGAAACACTTGTACTCATCAGTGAAACCTTGTGCTTCTCTGCA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCAGAAACACTTGTACTCATCAGTGAAACCTTGTGCTTCTCTGCA  1141

seq1  GGAAGCAGAGCACACTATGCTATTAGTCTTGGGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAGAGCACACTATGCTATTAGTCTTGGGAATTC  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |