BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261K01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 8,036,506 - 8,126,729
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC225134
Upstream geneLOC664778, Armc4, Mpp7, EG622384, LOC100039562, LOC100039606, Wac, LOC665121
Downstream geneLOC665132, EG433158, EG545242, LOC665161
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261K01.bB6Ng01-261K01.g
ACCGA066249GA066250
length1,0531,108
definitionB6Ng01-261K01.b B6Ng01-261K01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,036,506 - 8,037,569)(8,125,613 - 8,126,729)
sequence
gaattcacaaagatcctcttgcacatattaaatacaactcctatgggggg
ctgggggaaggaaaaagaaaaagaaagaaaggaaaaaaagaaaaacgaaa
agaaaatttacaccaaatatccatctgaggaaaggaaggagtatatatga
gtagaaatactttaatttcttattccaacaagtgaaaagggaataaaact
ataaaaatatcagttaaggaaaaaataagatataatttctaaaaaacaag
aaaccaaacaattgaaactgataactgggtgcctggatatgccacagata
atatcctattcaccaagtgagcactgtaccagagcacatctacaaacgat
cctgagacctcagaagacattaacaaggataccagaaaggaaccacacag
agcacaggaggaggtggctgtaggtatgtattttttgtttgtttgtttgt
ttgcttgctagcttgttttcagaatgtattatggatagagtgagacaggt
aaaatggtaaaaaagaaaatggtcaagaacaattgcaaacaggagaaaat
cttgtgagaatctgcaaagaaaaggaaaacccttcacagaacggggaatc
cagtgatatcatctgtctcaacaagaacaccagagggagagttggaacca
taagattgggagtgcttcccattaacagacccatactgacagaaacaggc
ctgagggttagagggaaagtaactcagaagtctgaggtgtgggacaatta
aaaccaagcagagggcagtcacatgtgcttgtatagtcaaagcaatgtga
gtcacatggccattaaaagcacatctaaccgttaggttatttattcaact
gattaggttcttatatccattactgcaattaaggtaatttgtttttctac
cttttaaatgatttatttatatgcatatttgtgtttatggaggccagtgc
tcatggaggggggaaaaaaaaagatgagatccttgggaagtgtagtcctg
cgagattgaagtttcagtatttgtgcgactcatatggtactggaactgaa
ctc

gaattccacttttgtgtagccagtaggctgggttggctgtttctcattaa
taaacagtgagtcttcaataaataaagaaggtgcctagggctgactcatg
acatgctccagcagtgggtggaagggaacagtgtggtataccagagtttg
actcatagctaccaacctcattccccttcccctgtgaagcctctgtctca
acttctcactcaataagccaaagatccagtgtcacccactatcaacctgc
actgtaaggatgcagcctagatcaccctttagagtgatggacatgaatgt
ggcatttaggatgttccttgtcttcctgccaaaggaacattctctcttaa
agaaggaaagagacattcttatgagatgccaagctgtggatacactcatg
taagtggtcagattccagacattgttgtcataaaagactgggtcagtttg
ataaatgcctgcttttcttaaaataagcaaaactaacaacaaaaaaaaat
aggtggaataagagacaccaagttagctcttataattctagcaccaagtg
cagtctacaaaacaaatagaacattttctgtggaagtactcaagatatgc
ttgtgaagaccaacacagggcagccataggatctgaaagacatgaaagag
tacacaaaatcggtacttgttacatagctaactcaaagcatcctgtgttc
tatctattctgccatcctcctttagggataggggcctgattaggcattct
atagataggacacttaaacagtgatagtgtgaaagtcaggaacttgtagt
gacaagaagccaagttcaacattacatccctcagtgtctatggctgttca
tcagctgaaatgaaagcatcgctcagttgagcaaagcatgcagcctttct
ctcaacctaaagtgtgggtgataatcacatacccttcggcttctgtagtg
tgtgcctgagtaatgaggattagctgctaacatcagagtgtaagtatgta
tagaggaaacctttcaatgatcagacatctggtgagggtaattgcagagt
taacagatgataactttgctgtctggcctctaggggcacagcagcacagc
gatgtcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_8036506_8037569
seq2: B6Ng01-261K01.b_46_1098

seq1  GAATTCACAAAGATCCTCTTGCACATATTAAATACAACTCCTATGGGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAAGATCCTCTTGCACATATTAAATACAACTCCTATGGGGGG  50

seq1  CTGGGGGAAGGAAAAAGAAAAAGAAAGAAAGGAAAAAAAGAAAAACGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGGAAGGAAAAAGAAAAAGAAAGAAAGGAAAAAAAGAAAAACGAAA  100

seq1  AGAAAATTTACACCAAATATCCATCTGAGGAAAGGAAGGAGTATATATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTTACACCAAATATCCATCTGAGGAAAGGAAGGAGTATATATGA  150

seq1  GTAGAAATACTTTAATTTCTTATTCCAACAAGTGAAAAGGGAATAAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAATACTTTAATTTCTTATTCCAACAAGTGAAAAGGGAATAAAACT  200

seq1  ATAAAAATATCAGTTAAGGAAAAAATAAGATATAATTTCTAAAAAACAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATATCAGTTAAGGAAAAAATAAGATATAATTTCTAAAAAACAAG  250

seq1  AAACCAAACAATTGAAACTGATAACTGGGTGCCTGGATATGCCACAGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAACAATTGAAACTGATAACTGGGTGCCTGGATATGCCACAGATA  300

seq1  ATATCCTATTCACCAAGTGAGCACTGTACCAGAGCACATCTACAAACGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTATTCACCAAGTGAGCACTGTACCAGAGCACATCTACAAACGAT  350

seq1  CCTGAGACCTCAGAAGACATTAACAAGGATACCAGAAAGGAACCACACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACCTCAGAAGACATTAACAAGGATACCAGAAAGGAACCACACAG  400

seq1  AGCACAGGAGGAGGTGGCTGTAGGTATGTATTTTTTGTTTGTTTGTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGGAGGAGGTGGCTGTAGGTATGTATTTTTTGTTTGTTTGTTTGT  450

seq1  TTGCTTGCTAGCTTGTTTTCAGAATGTATTATGGATAGAGTGAGACAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTGCTAGCTTGTTTTCAGAATGTATTATGGATAGAGTGAGACAGGT  500

seq1  AAAATGGTAAAAAAGAAAATGGTCAAGAACAATTGCAAACAGGAGAAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTAAAAAAGAAAATGGTCAAGAACAATTGCAAACAGGAGAAAAT  550

seq1  CTTGTGAGAATCTGCAAAGAAAAGGAAAACCCTTCACAGAACGGGGAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAGAATCTGCAAAGAAAAGGAAAACCCTTCACAGAACGGGGAATC  600

seq1  CAGTGATATCATCTGTCTCAACAAGAACACCAGAGGGAGAGTTGGAACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATATCATCTGTCTCAACAAGAACACCAGAGGGAGAGTTGGAACCA  650

seq1  TAAGATTGGGAGTGCTTCCCATTAACAGACCCATACTGACAGAAACAGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTGGGAGTGCTTCCCATTAACAGACCCATACTGACAGAAACAGGC  700

seq1  CTGAGGGTTAGAGGGAAAGTAACTCAGAAGTCTGAGGTGTGGGACAATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGGTTAGAGGGAAAGTAACTCAGAAGTCTGAGGTGTGGGACAATTA  750

seq1  AAACCAAGCAGAGGGCAGTCACATGTGCTTGTATAGTCAAAGCAATGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAGCAGAGGGCAGTCACATGTGCTTGTATAGTCAAAGCAATGTGA  800

seq1  GTCACATGGCCATTAAAAGCACATCTAACCGTTAGGTTATTTATTCAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACATGGCCATTAAAAGCACATCTAACCGTTAGGTTATTTATTCAACT  850

seq1  GATTAGGTTCTTATATCCATTACTGCAATTAAGGTAATTTGTTTTTCTAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATTAGGTTCTTATATCCATTACTGCAATTAAGGTAATTTGTTTTTCT-A  899

seq1  CCTTTTAAATGATTTATTTTATTATGCATATTTGTGTTTATGGAGGCCAG  950
      |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAATGATTTATTT--ATATGCATATTTGTGTTTATGGAGGCCAG  947

seq1  TGCTCATGGAGGGGGGAAAAAAAAAAGATGAGATCCTT-GGAAGTGTTAG  999
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||   
seq2  TGCTCATGGAGGGGGG-AAAAAAAAAGATGAGATCCTTGGGAAGTGT--A  994

seq1  GTCCTTGGGAGATAGAGTTTTTAAGTATTTGTGCGACACCAATATGGGTA  1049
      |||| || ||||| ||   ||| |||||||||||||| |  |||| ||||
seq2  GTCC-TGCGAGATTGA-AGTTTCAGTATTTGTGCGACTC--ATAT-GGTA  1039

seq1  CTGGGAACTGAACTC  1064
      || ||||||||||||
seq2  CT-GGAACTGAACTC  1053


seq1: chr18_8125613_8126729
seq2: B6Ng01-261K01.g_69_1176 (reverse)

seq1  ATGACATCGCTGTGCCTGCTGTTGCCCCAAGAGGCCAAGAACAGCAAAGT  50
      |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||   ||||||||| 
seq2  ATGACATCGCTGTG-CTGCTG-TGCCCCTAGAGGCCA--GACAGCAAAG-  45

seq1  TTATCATTCTGTTAACTCTGCAATTAACCCTCACCAGATGTCCTGTTCAT  100
      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||
seq2  TTATCA-TCTGTTAACTCTGCAATT-ACCCTCACCAGATGT-CTGATCAT  92

seq1  TGAAAGGGTTCCTCCTATACATACTTACACTCTGATGTTAGCAGCTAATC  150
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTTTCCT-CTATACATACTTACACTCTGATGTTAGCAGCTAATC  141

seq1  CTCATTACTCAGGCACACACTACAGAAGCCGAAGGGTATGTGATTATCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTACTCAGGCACACACTACAGAAGCCGAAGGGTATGTGATTATCAC  191

seq1  CCACACTTTAGGTTGAGAGAAAGGCTGCATGCTTTGCTCAACTGAGCGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTTTAGGTTGAGAGAAAGGCTGCATGCTTTGCTCAACTGAGCGAT  241

seq1  GCTTTCATTTCAGCTGATGAACAGCCATAGACACTGAGGGATGTAATGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCATTTCAGCTGATGAACAGCCATAGACACTGAGGGATGTAATGTT  291

seq1  GAACTTGGCTTCTTGTCACTACAAGTTCCTGACTTTCACACTATCACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGGCTTCTTGTCACTACAAGTTCCTGACTTTCACACTATCACTGT  341

seq1  TTAAGTGTCCTATCTATAGAATGCCTAATCAGGCCCCTATCCCTAAAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGTCCTATCTATAGAATGCCTAATCAGGCCCCTATCCCTAAAGGA  391

seq1  GGATGGCAGAATAGATAGAACACAGGATGCTTTGAGTTAGCTATGTAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGCAGAATAGATAGAACACAGGATGCTTTGAGTTAGCTATGTAACA  441

seq1  AGTACCGATTTTGTGTACTCTTTCATGTCTTTCAGATCCTATGGCTGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCGATTTTGTGTACTCTTTCATGTCTTTCAGATCCTATGGCTGCCC  491

seq1  TGTGTTGGTCTTCACAAGCATATCTTGAGTACTTCCACAGAAAATGTTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTGGTCTTCACAAGCATATCTTGAGTACTTCCACAGAAAATGTTCT  541

seq1  ATTTGTTTTGTAGACTGCACTTGGTGCTAGAATTATAAGAGCTAACTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTGTAGACTGCACTTGGTGCTAGAATTATAAGAGCTAACTTGG  591

seq1  TGTCTCTTATTCCACCTATTTTTTTTTGTTGTTAGTTTTGCTTATTTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTATTCCACCTATTTTTTTTTGTTGTTAGTTTTGCTTATTTTAA  641

seq1  GAAAAGCAGGCATTTATCAAACTGACCCAGTCTTTTATGACAACAATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCAGGCATTTATCAAACTGACCCAGTCTTTTATGACAACAATGTC  691

seq1  TGGAATCTGACCACTTACATGAGTGTATCCACAGCTTGGCATCTCATAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATCTGACCACTTACATGAGTGTATCCACAGCTTGGCATCTCATAAG  741

seq1  AATGTCTCTTTCCTTCTTTAAGAGAGAATGTTCCTTTGGCAGGAAGACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCTTTCCTTCTTTAAGAGAGAATGTTCCTTTGGCAGGAAGACAA  791

seq1  GGAACATCCTAAATGCCACATTCATGTCCATCACTCTAAAGGGTGATCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATCCTAAATGCCACATTCATGTCCATCACTCTAAAGGGTGATCTA  841

seq1  GGCTGCATCCTTACAGTGCAGGTTGATAGTGGGTGACACTGGATCTTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCATCCTTACAGTGCAGGTTGATAGTGGGTGACACTGGATCTTTGG  891

seq1  CTTATTGAGTGAGAAGTTGAGACAGAGGCTTCACAGGGGAAGGGGAATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGAGTGAGAAGTTGAGACAGAGGCTTCACAGGGGAAGGGGAATGA  941

seq1  GGTTGGTAGCTATGAGTCAAACTCTGGTATACCACACTGTTCCCTTCCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTAGCTATGAGTCAAACTCTGGTATACCACACTGTTCCCTTCCAC  991

seq1  CCACTGCTGGAGCATGTCATGAGTCAGCCCTAGGCACCTTCTTTATTTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGCTGGAGCATGTCATGAGTCAGCCCTAGGCACCTTCTTTATTTAT  1041

seq1  TGAAGACTCACTGTTTATTAATGAGAAACAGCCAACCCAGCCTACTGGCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTCACTGTTTATTAATGAGAAACAGCCAACCCAGCCTACTGGCT  1091

seq1  ACACAAAAGTGGAATTC  1117
      |||||||||||||||||
seq2  ACACAAAAGTGGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |