BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263K09
Chromosome18 (Build37)
Map Location 86,974,712 - 87,091,230
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC435580, LOC546719
Upstream geneLOC545269, LOC545270, LOC665402, Neto1, Cbln2, LOC100039872, LOC100039881, LOC665437
Downstream geneLOC383318, Ppia-ps18_1039.1, LOC329008
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263K09.bB6Ng01-263K09.g
ACCGA067761GA067762
length1,1821,178
definitionB6Ng01-263K09.b B6Ng01-263K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,090,050 - 87,091,230)(86,974,712 - 86,975,864)
sequence
gaattctcagctctccctgacaccatgctttatttctgtctcggtactgt
ctctccaataagtcagattaaacattgtcctttataaactgcctttgcaa
caatgctttgttgctgcaagagaaaagtaactaatacaacaacccagaag
cacctgctttcaaggatgcccccacccacattagatcgaaccttcttata
ccagtcactaaataatataatcccctaagactaacctataggtaagtctt
atggatgcatttccaaattgaaattctccctttttaatggatactcaagc
ttttatcaagttgacagaaaacaaaccaggacaataactagactagttaa
tttgcttatgttcttctttatgaaacacattatctttttagaaattagaa
tatacttttctagcttacttcattgtctttgttaaaatattacgtactga
aatgttcatctcctatgttttcattgaaattaaatttatctttgtcttaa
ggcctacaaactatattattctgcttagaaggttcacaacactcaacact
atgtgtccataatgcacattgtttgataatttgtgtcttccataaaaata
ttgaccactctgtgttgtacaacatattgtcatcattgtaacttcaaaat
gccatgaaaatgtctttttgataagtataatctaagtgaataaagcagta
aatggttcatatttatttttagatagccaggaggagcagaactccactaa
catgacaatgagtgctcattattaagctggaattttgtgaattctccaga
ggttctcatagataaggtccactgagttaaagactaggttatgttcactg
ggaaatcatcataattcaattctgtcatgaatgagtttactggataatta
aattaggcatacagtaatacatgaaaatggctattatctttcctatttag
atcctagggcaggcaacagtataaaatgatgcacaggctcagtgcatggt
gggctattgtctaagataaacacagaatgttttataagtttaaattatgc
tgagattaatattagagaaatgccaacagtgttagcatgtttatggattc
tattggagaaggtgctagaatggggaccatcttaaagccaggctggagaa
gaaatactttgaataagtttcttaattagaca
gaattcagttcataaaattgatttactgtggatctttgaataagaatcac
ctcataggctgatatgtttgaatatatggtctctagttggtggaactgtt
taggaaggattaggcggtctcccacatgttgcaggagttgtatcactggg
ggaaagtagtggaggtttgaaaagattggggcctttgttgttctctctct
ctctctctctctctctctctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtctaa
gtctgtctctcttgctctctctccctccccctccctctctctttctctct
ttgtatgcatgtgtatgtgtgcacgtgtgcatgtgtgtatgttttctttt
tctacattacaagctaagctcttagttgctgctttagcaccatgtctatg
ctccctgccttgatggtcatggaccttaatcctctaaaacagtaaacccc
caaagaaactcttctgtaacttgtttgcccatggtgttttatcacagaac
aattaaatctgccaattagcatatttcaaaagtcatggatcatttgtaca
aatagacaagtgttcccacaatgcactttagtagtaatttaggaagaaaa
atgttggaaaaatataaatgatcctagcccgagagtggtgacacgtgcct
ataatcccctgcactcaagaggcagaggcaggcagatttctgagttcaag
gccagcctggtctacaaaatgagttcccaggacagcccagggctatacag
agaaacccttatctcagaaaaaaaaacaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaa
acttacttactatgaataggtcttaaaaccagatcctcaaatggatgcag
ataccatctgggacttgaatgatctttctattgattcagaactcaaaaat
taaattaataagatgtttattcttatggataagacccgaagacagtcaga
atttgattgtggttattaattgtatattttatggtgatttccaattcaaa
taaaaactggactaacatctgccttaaaaaaggccaattctttttcagtc
tctttccctaaatgaaaaaaatttataactttgtatcccatttaatatta
atttatttaagagatgggcgggctcctccccctgggacccctttgccaaa
gaaccccttcgtacactcaacccttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_87090050_87091230
seq2: B6Ng01-263K09.b_46_1227 (reverse)

seq1  TGTCTAATT-AGAAACTTTTATTC-AAGTA--TCTTCTCCAGCCCTGGGC  46
      ||||||||| ||||||  |||||| |||||  ||||||||||||   |||
seq2  TGTCTAATTAAGAAAC--TTATTCAAAGTATTTCTTCTCCAGCC--TGGC  46

seq1  TCTAAGATGTCCCCAATTCTAGCACCTTCTC--ATAG-ATCCATAAACAT  93
      | |||||||  ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||
seq2  TTTAAGATGGTCCCCATTCTAGCACCTTCTCCAATAGAATCCATAAACAT  96

seq1  GCT-ACACTGTTGGCATTTCTCTTAATATTAATCTCAGCATAATTTAAAC  142
      ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACACTGTTGGCATTTCTC-TAATATTAATCTCAGCATAATTTAAAC  145

seq1  TTATAAAAACATTCTGTGTTTATCCTTAGACAATAGCCCACCATGCACTG  192
      |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAT-AAAACATTCTGTGTTTAT-CTTAGACAATAGCCCACCATGCACTG  193

seq1  AGCCTGTGCATCATTTTATACTGTTGCCTGCCCTAGGATCTAAATAGGAA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGTGCATCATTTTATACTGTTGCCTGCCCTAGGATCTAAATAGGAA  243

seq1  AGATAATAGCCATTTTCATGTATTACTGTATGCCTAATTTAATTATCCAG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATAGCCATTTTCATGTATTACTGTATGCCTAATTTAATTATCCAG  293

seq1  TAAACTCATTCATGACAGAATTGAATTATGATGATTTCCCAGTGAACATA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTCATTCATGACAGAATTGAATTATGATGATTTCCCAGTGAACATA  343

seq1  ACCTAGTCTTTAACTCAGTGGACCTTATCTATGAGAACCTCTGGAGAATT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTCTTTAACTCAGTGGACCTTATCTATGAGAACCTCTGGAGAATT  393

seq1  CACAAAATTCCAGCTTAATAATGAGCACTCATTGTCATGTTAGTGGAGTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATTCCAGCTTAATAATGAGCACTCATTGTCATGTTAGTGGAGTT  443

seq1  CTGCTCCTCCTGGCTATCTAAAAATAAATATGAACCATTTACTGCTTTAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTCCTGGCTATCTAAAAATAAATATGAACCATTTACTGCTTTAT  493

seq1  TCACTTAGATTATACTTATCAAAAAGACATTTTCATGGCATTTTGAAGTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAGATTATACTTATCAAAAAGACATTTTCATGGCATTTTGAAGTT  543

seq1  ACAATGATGACAATATGTTGTACAACACAGAGTGGTCAATATTTTTATGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGATGACAATATGTTGTACAACACAGAGTGGTCAATATTTTTATGG  593

seq1  AAGACACAAATTATCAAACAATGTGCATTATGGACACATAGTGTTGAGTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACAAATTATCAAACAATGTGCATTATGGACACATAGTGTTGAGTG  643

seq1  TTGTGAACCTTCTAAGCAGAATAATATAGTTTGTAGGCCTTAAGACAAAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACCTTCTAAGCAGAATAATATAGTTTGTAGGCCTTAAGACAAAG  693

seq1  ATAAATTTAATTTCAATGAAAACATAGGAGATGAACATTTCAGTACGTAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTAATTTCAATGAAAACATAGGAGATGAACATTTCAGTACGTAA  743

seq1  TATTTTAACAAAGACAATGAAGTAAGCTAGAAAAGTATATTCTAATTTCT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAACAAAGACAATGAAGTAAGCTAGAAAAGTATATTCTAATTTCT  793

seq1  AAAAAGATAATGTGTTTCATAAAGAAGAACATAAGCAAATTAACTAGTCT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGATAATGTGTTTCATAAAGAAGAACATAAGCAAATTAACTAGTCT  843

seq1  AGTTATTGTCCTGGTTTGTTTTCTGTCAACTTGATAAAAGCTTGAGTATC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTGTCCTGGTTTGTTTTCTGTCAACTTGATAAAAGCTTGAGTATC  893

seq1  CATTAAAAAGGGAGAATTTCAATTTGGAAATGCATCCATAAGACTTACCT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAAGGGAGAATTTCAATTTGGAAATGCATCCATAAGACTTACCT  943

seq1  ATAGGTTAGTCTTAGGGGATTATATTATTTAGTGACTGGTATAAGAAGGT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTTAGTCTTAGGGGATTATATTATTTAGTGACTGGTATAAGAAGGT  993

seq1  TCGATCTAATGTGGGTGGGGGCATCCTTGAAAGCAGGTGCTTCTGGGTTG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATCTAATGTGGGTGGGGGCATCCTTGAAAGCAGGTGCTTCTGGGTTG  1043

seq1  TTGTATTAGTTACTTTTCTCTTGCAGCAACAAAGCATTGTTGCAAAGGCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTAGTTACTTTTCTCTTGCAGCAACAAAGCATTGTTGCAAAGGCA  1093

seq1  GTTTATAAAGGACAATGTTTAATCTGACTTATTGGAGAGACAGTACCGAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATAAAGGACAATGTTTAATCTGACTTATTGGAGAGACAGTACCGAG  1143

seq1  ACAGAAATAAAGCATGGTGTCAGGGAGAGCTGAGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAATAAAGCATGGTGTCAGGGAGAGCTGAGAATTC  1182

seq1: chr18_86974712_86975864
seq2: B6Ng01-263K09.g_67_1244

seq1  GAATTCAGTTCATAAAATTGATTTACTGTGGATCTTTGAATAAGAATCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCATAAAATTGATTTACTGTGGATCTTTGAATAAGAATCAC  50

seq1  CTCATAGGCTGATATGTTTGAATATATGGTCTCTAGTTGGTGGAACTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAGGCTGATATGTTTGAATATATGGTCTCTAGTTGGTGGAACTGTT  100

seq1  TAGGAAGGATTAGGCGGTCTCCCACATGTTGCAGGAGTTGTATCACTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGATTAGGCGGTCTCCCACATGTTGCAGGAGTTGTATCACTGGG  150

seq1  GGAAAGTAGTGGAGGTTTGAAAAGATTGGGGCCTTTGTTGTTCTCTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTAGTGGAGGTTTGAAAAGATTGGGGCCTTTGTTGTTCTCTCTCT  200

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTCTAA  250

seq1  GTCTGTCTCTCTTGCTCTCTCTCCCTCCCCCTCCCTCTCTCTTTCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTCTCTTGCTCTCTCTCCCTCCCCCTCCCTCTCTCTTTCTCTCT  300

seq1  TTGTATGCATGTGTATGTGTGCACGTGTGCATGTGTGTATGTTTTCTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATGCATGTGTATGTGTGCACGTGTGCATGTGTGTATGTTTTCTTTT  350

seq1  TCTACATTACAAGCTAAGCTCTTAGTTGCTGCTTTAGCACCATGTCTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACATTACAAGCTAAGCTCTTAGTTGCTGCTTTAGCACCATGTCTATG  400

seq1  CTCCCTGCCTTGATGGTCATGGACCTTAATCCTCTAAAACAGTAAACCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTGCCTTGATGGTCATGGACCTTAATCCTCTAAAACAGTAAACCCC  450

seq1  CAAAGAAACTCTTCTGTAACTTGTTTGCCCATGGTGTTTTATCACAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAACTCTTCTGTAACTTGTTTGCCCATGGTGTTTTATCACAGAAC  500

seq1  AATTAAATCTGCCAATTAGCATATTTCAAAAGTCATGGATCATTTGTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATCTGCCAATTAGCATATTTCAAAAGTCATGGATCATTTGTACA  550

seq1  AATAGACAAGTGTTCCCACAATGCACTTTAGTAGTAATTTAGGAAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGACAAGTGTTCCCACAATGCACTTTAGTAGTAATTTAGGAAGAAAA  600

seq1  ATGTTGGAAAAATATAAATGATCCTAG-CCGAGAGTGGTGACACGTGCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGAAAAATATAAATGATCCTAGCCCGAGAGTGGTGACACGTGCCT  650

seq1  ATAAT-CCCTGCACTCAAGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAG  698
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCCCCTGCACTCAAGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAG  700

seq1  GCCAGCCTGGTCTACAAAATGAGTT-CCAGGACAG-CCAGGGCTATACAG  746
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GCCAGCCTGGTCTACAAAATGAGTTCCCAGGACAGCCCAGGGCTATACAG  750

seq1  AGAAACCC-TATCTCAGAAAAAAAAAC-AAAAAAAAAACAAAAAAAAAAA  794
      |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCTTATCTCAGAAAAAAAAACAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAA  800

seq1  ACTTAACATACTATGAATAGGTCTTAAAACCAGATCCTCAAATGGATGCA  844
      |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTT-ACTTACTATGAATAGGTCTTAAAACCAGATCCTCAAATGGATGCA  849

seq1  GATACCATCT-GGACTTGAATGATC-TTCTATTGATTCAGAACTCAGAAA  892
      |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  GATACCATCTGGGACTTGAATGATCTTTCTATTGATTCAGAACTCA-AAA  898

seq1  ATTAAATTAATAAGATGTTTA-TCTTATGATTAGTACCCG-AGACAGTCA  940
      ||||||||||||||||||||| |||||||  ||  ||||| |||||||||
seq2  ATTAAATTAATAAGATGTTTATTCTTATGGATAAGACCCGAAGACAGTCA  948

seq1  GAA-TTGA-TGT-GTTATTAATGTAAAATTTTAT-GTGATTCCCAA-TCA  985
      ||| |||| ||| |||||||||   | ||||||| |||||| |||| |||
seq2  GAATTTGATTGTGGTTATTAATTGTATATTTTATGGTGATTTCCAATTCA  998

seq1  AAATAAAACT-GACTAACATCTG-CTTATAAATGTCCAATTCTTTTTCAG  1033
      ||  |||||| |||||||||||| |||| ||| | |||||||||||||||
seq2  AATAAAAACTGGACTAACATCTGCCTTAAAAAAGGCCAATTCTTTTTCAG  1048

seq1  TCTCTTTCCTTAATTG-AAAATATTTTTATATTTGTATTCTATTTTA-AT  1081
      ||||||||| ||| || |||| |||| ||  ||||||| | |||| | ||
seq2  TCTCTTTCCCTAAATGAAAAAAATTTATAACTTTGTATCCCATTTAATAT  1098

seq1  TTATTTATTTAATAATTG---CTGCTCCTTCTCCT-GGTCCCCTTTCGCA  1127
      | |||||||||| |  ||     |||||| | ||| || |||||||  ||
seq2  TAATTTATTTAAGAGATGGGCGGGCTCCTCCCCCTGGGACCCCTTTGCCA  1148

seq1  AAGA--CCCTCCAT-CA-TCAACCCTTTTT  1153
      ||||  |||| | | || ||||||||||||
seq2  AAGAACCCCTTCGTACACTCAACCCTTTTT  1178