BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264C17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 63,022,912 - 63,168,991
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApcdd1, Napg
Upstream geneAblim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198, 2700046A07Rik
Downstream gene9430028L06Rik, 9030411M15Rik, LOC627792, Txnl1, Wdr7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264C17.bB6Ng01-264C17.g
ACCGA068143GA068144
length1,1521,135
definitionB6Ng01-264C17.b B6Ng01-264C17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,167,841 - 63,168,991)(63,022,912 - 63,024,056)
sequence
gaattcatcttcatccaaatgcaaagagaatctttgatgaaggttgagag
atgcaataaattgtgggtgtaaaggtaagtacttggggggcagtttaata
gctgtccatttatcagaggaatagttttgagttccccctctagggcctat
aattgtcatgggtgtttggcccagttaacaaacagtaccaggcacaagct
ccaccttgtcctcaaatccaatcagaaagtggttggtgactcccaaaaga
tgaatgccattactgcagcaatggacctatcataccaggctcttcccaaa
gagcatttctgttatgttggatagatagatgaaattatagtccaccaagc
agataaagagatgcatggtagtacttaatcacaacacctaataccttgcg
taagagtcctcatttatcaaacgctctcctgggagttagtctgttgtaca
ctccaaaacagatgtgtagacctgcctgggtgctgatgtggattaaaatt
gttctctactctcttcgccactatagctgatcagaacagaatgacatagc
agtattcatacagtactcatgcagtattgttttgataaagacatgtacaa
accaaagatttttcacatattagtgtttcctggagaaacagattaataga
atgagtatatattaaagggatatttattagattgccttacaccgtactgt
ctgaagagtccaacaatggctatttaacactggacagtctgagaacttgg
aagcttcccagtctatgagtacgctggcagaaccaccctggtgctgaaag
cctggagcctctctggagagccacttaagcctgaagaagaggaattctaa
gatcagcaaaggcatacagcagtagtggcagcagtaaagggagttgacct
tacatgtaagacatgaaagcaatagattaaaccccaagctttaacgcaga
cttccttgtacctggattgctgcaggaggatgccacctgcattcaaagac
caaatcacaaacaagtaccacacgtgttccatgggcttatctgtagttga
tccatcactagtaaagatgttgttaaaggaagctcagttcagagcaggag
acttatagatcctgactattctccagcagatgcaggactaccagttatgt
cc
gaattcaaagcggttaggggtgtgctgagccgagataggccagctctgat
tcaactgacttctttctcattcagactctcaagatttatggcttggaaga
aatccaggccgacagagactggcatttgtttggcagggacagaataccta
atattaatgaggagtattttttgttttaagtcaactactgggcaagccac
tgcctttcttcgtttctgaaaacagtgcaggtggaaggcgtatgtaaatg
aggcttgtctgcaaacccctgcttgcacataagccaacttttcctgcttg
agtggttttttagaatcacattaaaacctattcattattttaatattgaa
ggccaacttctcacagacacatcttcttgggacgtcccgaccaccagctg
tggaagccaggaagactcaaaggctctgagaatttcgagggatcaacata
atggtgtctggcaaggcatgagagcgcagtccatctgtctgctgagggtg
agaggatcagaaagtaggctcagtgtagatgaactctgggatgcagggac
actcagcagtcacctctctactatgtgcatccttagacacatacatactt
gggtatgtgtatcccacgcatacacacatatgtacacacctgttcccatg
taccagatgttccaacgaaagacagaattacacgtctctcctctcttctt
ttttttctctttaaatgtagataaatgcaatcaagttgtataacttcttg
acgaagtgaaacctgctcagtgtcacttgtggctttaagtgtcacagtgt
tggtggtttataggatgaaatcaaacttgtaagatatttacacgtgttcg
aaagaaggcgaggactctctgtggtcttcagaagcaaggcgatgaataca
taccttccccagtttgttcacagtgatactacaatgtccattgtgactga
ggctaccatgctgtgggaagaacaagcttccaatatgaactaatccaaag
cacacgattctcagtaatttatcccttagggatgcgataaaagaacaccc
gtatcgatcatttgtctttgtctatacagatgtgcagaaacactaatgta
cactaatttaatggtttaggaagtctcaatttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_63167841_63168991
seq2: B6Ng01-264C17.b_69_1194 (reverse)

seq1  GGACATTTAACTGGTAGTCCCTGCATTCTTTCCCTG--GGGGAATAGTCA  48
      |||||  ||||||||||| |||||||       |||  || |||||||||
seq2  GGACA--TAACTGGTAGT-CCTGCAT-------CTGCTGGAGAATAGTCA  40

seq1  GGAATCCTTATAATGTCTTCTTGCTCTGAAACTGGAAGCTTTCTTTTAAC  98
      || |||  ||||| ||| || ||||||| |||||  ||| ||| ||||||
seq2  GG-ATC--TATAA-GTC-TCCTGCTCTG-AACTG--AGC-TTCCTTTAAC  81

seq1  AACCATTCCTTTTAACTAGTTGATGGGATCAACTACAGGATAAGCCATGG  148
      || |||  ||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||   |
seq2  AA-CAT--CTTT--ACTAG-TGAT-GGATCAACTACA-GATAAGCCCATG  123

seq1  GAACACGTGTGGTACTTGTTTGTGATTTGGGTCTTTGAATGCAGGTGGCA  198
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAACACGTGTGGTACTTGTTTGTGATTT-GGTCTTTGAATGCAGGTGGCA  172

seq1  TCCTCCTGCAGCAATCCAGGTACAAGGAAGTCTGCGTTAAAGCTTGGGGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGCAGCAATCCAGGTACAAGGAAGTCTGCGTTAAAGCTTGGGGT  222

seq1  TTAATCTATTGCTTTCATGTCTTACATGTAAGGTCAACTCCC-TTACTGC  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAATCTATTGCTTTCATGTCTTACATGTAAGGTCAACTCCCTTTACTGC  272

seq1  TGCCACTACTGCTGTATGCCTTTGCTGATCTTAGAATTCCTCTTCTTCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTACTGCTGTATGCCTTTGCTGATCTTAGAATTCCTCTTCTTCAG  322

seq1  GCTTAAGTGGCTCTCCAGAGAGGCTCCAGGCTTTCAGCACCAGGGTGGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAGTGGCTCTCCAGAGAGGCTCCAGGCTTTCAGCACCAGGGTGGTT  372

seq1  CTGCCAGCGTACTCATAGACTGGGAAGCTTCCAAGTTCTCAGACTGTCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCGTACTCATAGACTGGGAAGCTTCCAAGTTCTCAGACTGTCCA  422

seq1  GTGTTAAATAGCCATTGTTGGACTCTTCAGACAGTACGGTGTAAGGCAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAAATAGCCATTGTTGGACTCTTCAGACAGTACGGTGTAAGGCAAT  472

seq1  CTAATAAATATCCCTTTAATATATACTCATTCTATTAATCTGTTTCTCCA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAATATCCCTTTAATATATACTCATTCTATTAATCTGTTTCTCCA  522

seq1  GGAAACACTAATATGTGAAAAATCTTTGGTTTGTACATGTCTTTATCAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACACTAATATGTGAAAAATCTTTGGTTTGTACATGTCTTTATCAAA  572

seq1  ACAATACTGCATGAGTACTGTATGAATACTGCTATGTCATTCTGTTCTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACTGCATGAGTACTGTATGAATACTGCTATGTCATTCTGTTCTGA  622

seq1  TCAGCTATAGTGGCGAAGAGAGTAGAGAACAATTTTAATCCACATCAGCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATAGTGGCGAAGAGAGTAGAGAACAATTTTAATCCACATCAGCA  672

seq1  CCCAGGCAGGTCTACACATCTGTTTTGGAGTGTACAACAGACTAACTCCC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCAGGTCTACACATCTGTTTTGGAGTGTACAACAGACTAACTCCC  722

seq1  AGGAGAGCGTTTGATAAATGAGGACTCTTACGCAAGGTATTAGGTGTTGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGCGTTTGATAAATGAGGACTCTTACGCAAGGTATTAGGTGTTGT  772

seq1  GATTAAGTACTACCATGCATCTCTTTATCTGCTTGGTGGACTATAATTTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGTACTACCATGCATCTCTTTATCTGCTTGGTGGACTATAATTTC  822

seq1  ATCTATCTATCCAACATAACAGAAATGCTCTTTGGGAAGAGCCTGGTATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCCAACATAACAGAAATGCTCTTTGGGAAGAGCCTGGTATG  872

seq1  ATAGGTCCATTGCTGCAGTAATGGCATTCATCTTTTGGGAGTCACCAACC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTCCATTGCTGCAGTAATGGCATTCATCTTTTGGGAGTCACCAACC  922

seq1  ACTTTCTGATTGGATTTGAGGACAAGGTGGAGCTTGTGCCTGGTACTGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTGATTGGATTTGAGGACAAGGTGGAGCTTGTGCCTGGTACTGTT  972

seq1  TGTTAACTGGGCCAAACACCCATGACAATTATAGGCCCTAGAGGGGGAAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACTGGGCCAAACACCCATGACAATTATAGGCCCTAGAGGGGGAAC  1022

seq1  TCAAAACTATTCCTCTGATAAATGGACAGCTATTAAACTGCCCCCCAAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTATTCCTCTGATAAATGGACAGCTATTAAACTGCCCCCCAAGT  1072

seq1  ACTTACCTTTACACCCACAATTTATTGCATCTCTCAACCTTCATCAAAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACCTTTACACCCACAATTTATTGCATCTCTCAACCTTCATCAAAGA  1122

seq1  TTCT  1151
      ||||
seq2  TTCT  1126

seq1: chr18_63022912_63024056
seq2: B6Ng01-264C17.g_65_1199

seq1  GAATTCAAAGCGGTTAGGGGTGTGCTGAGCCGAGATAGGCCAGCTCTGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCGGTTAGGGGTGTGCTGAGCCGAGATAGGCCAGCTCTGAT  50

seq1  TCAACTGACTTCTTTCTCATTCAGACTCTCAAGATTTATGGCTTGGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGACTTCTTTCTCATTCAGACTCTCAAGATTTATGGCTTGGAAGA  100

seq1  AATCCAGGCCGACAGAGACTGGCATTTGTTTGGCAGGGACAGAATACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGGCCGACAGAGACTGGCATTTGTTTGGCAGGGACAGAATACCTA  150

seq1  ATATTAATGAGGAGTATTTTTTGTTTTAAGTCAACTACTGGGCAAGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATGAGGAGTATTTTTTGTTTTAAGTCAACTACTGGGCAAGCCAC  200

seq1  TGCCTTTCTTCGTTTCTGAAAACAGTGCAGGTGGAAGGCGTATGTAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCTTCGTTTCTGAAAACAGTGCAGGTGGAAGGCGTATGTAAATG  250

seq1  AGGCTTGTCTGCAAACCCCTGCTTGCACATAAGCCAACTTTTCCTGCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGTCTGCAAACCCCTGCTTGCACATAAGCCAACTTTTCCTGCTTG  300

seq1  AGTGGTTTTTTAGAATCACATTAAAACCTATTCATTATTTTAATATTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTTTTAGAATCACATTAAAACCTATTCATTATTTTAATATTGAA  350

seq1  GGCCAACTTCTCACAGACACATCTTCTTGGGACGTCCCGACCACCAGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAACTTCTCACAGACACATCTTCTTGGGACGTCCCGACCACCAGCTG  400

seq1  TGGAAGCCAGGAAGACTCAAAGGCTCTGAGAATTTCGAGGGATCAACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCCAGGAAGACTCAAAGGCTCTGAGAATTTCGAGGGATCAACATA  450

seq1  ATGGTGTCTGGCAAGGCATGAGAGCGCAGTCCATCTGTCTGCTGAGGGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTCTGGCAAGGCATGAGAGCGCAGTCCATCTGTCTGCTGAGGGTG  500

seq1  AGAGGATCAGAAAGTAGGCTCAGTGTAGATGAACTCTGGGATGCAGGGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATCAGAAAGTAGGCTCAGTGTAGATGAACTCTGGGATGCAGGGAC  550

seq1  ACTCAGCAGTCACCTCTCTACTATGTGCATCCTTAGACACATACATACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGCAGTCACCTCTCTACTATGTGCATCCTTAGACACATACATACTT  600

seq1  GGGTATGTGTATCCCACGCATACACACATATGTACACACCTGTTCCCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGTGTATCCCACGCATACACACATATGTACACACCTGTTCCCATG  650

seq1  TACCAGATGTTCCAACGAAAGACAGAATTACACGTCTCTCCTCTCTTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGATGTTCCAACGAAAGACAGAATTACACGTCTCTCCTCTCTTCTT  700

seq1  TTTTTTCTCTTTAAATGTAGATAAATGCAATCAAGTTGTATAACTTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCTTTAAATGTAGATAAATGCAATCAAGTTGTATAACTTCTTG  750

seq1  ACGAAGTGAAACCTGCTCAGTGTCACTTGTGGCTTTAAGTGTCACAGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGTGAAACCTGCTCAGTGTCACTTGTGGCTTTAAGTGTCACAGTGT  800

seq1  TGGTGGTTTATAGGATGAAATCAAACTTGTAAGATATTTACACGTGTTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTTTATAGGATGAAATCAAACTTGTAAGATATTTACACGTGTTCG  850

seq1  AAAGAAGGCGAGGACTCTCTGTGGTCTTCAGAAGCAAGGCGATGAATACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGGCGAGGACTCTCTGTGGTCTTCAGAAGCAAGGCGATGAATACA  900

seq1  TACCTTCCCCAGTTTGTTCACAGTGATACTACAATGTCCATTGTGACTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCCCAGTTTGTTCACAGTGATACTACAATGTCCATTGTGACTGA  950

seq1  GGCTACCCATGCTGTGGGAAGAACAAGCTTCCAATATGAACTAATCCAAA  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTA-CCATGCTGTGGGAAGAACAAGCTTCCAATATGAACTAATCCAAA  999

seq1  GCAACAACCGATTCTCAGTAATTTAT-CCTTAGGGATGCGATAAAAG-AC  1048
      || |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  GC-ACA--CGATTCTCAGTAATTTATCCCTTAGGGATGCGATAAAAGAAC  1046

seq1  ACCCGTATCGATTCATTTTGGTCTTTGTCTATACAAGAATGTGCAGGAAA  1098
      ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||   ||||||| ||||
seq2  ACCCGTATCGA-TCATTT--GTCTTTGTCTATACA--GATGTGCA-GAAA  1090

seq1  CAACTATTGTAACCACT-ATTTTATGGTCTAGGAAGTCTCATTTTTTT  1145
      | |||| ||||  |||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||
seq2  C-ACTAATGTA--CACTAATTTAATGGTTTAGGAAGTCTCAATTTTTT  1135