BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266E17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 65,168,235 - 65,330,215
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNedd4l
Upstream geneLOC629436, LOC667773, St8sia3, LOC433193, Onecut2, LOC667783, LOC100043304, Fech, Nars, Atp8b1, LOC629480
Downstream geneAlpk2, LOC667816, Malt1, LOC638570, LOC100042820, Zfp532, 5330437I02Rik, Sec11c, Grp, Rax, Cplx4, Lman1, Ccbe1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266E17.bB6Ng01-266E17.g
ACCGA069725GA069726
length5311,178
definitionB6Ng01-266E17.b B6Ng01-266E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,168,235 - 65,168,771)(65,329,015 - 65,330,215)
sequence
tcaaatgtgtgtgtatggtgtttgcatgtgtatgggttcacatgtatgcg
tgtgtatgcatgcacatgtgaaagcttgaagttgctgctgggttccttcc
tctttttaaaaaactattatttatatttttatattattatttatacaagc
acactgtcttcagacacaccagaagagggcatcagatcccattacagata
attgtaagctaccatttggttgttaggaattgaactcaggacctctggaa
gagcagtcagtgctcttaactgctgagctatcttgccagcccaaaggatt
ccgtcctctttattagtcttttctttttgtcatgtccttataaaactttt
ttatatttatatcttgaggaacaaaatggttgaaaacaaccatttttaaa
actataagccttaagccaaagaataggttcttaaatggaaaataaaacct
ttcctgggggctataggtagttatctaagtcagaaaccactgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gaattccaagagcaacgaaccacatagcatcctgaatccaggagcaagac
aaacaccaacaaagagatgtaagctgttatgaccatgaaagacagaccaa
gtggtccacagcctaaatggaagacacccacaacaaagccctacctccct
tccagggttttaatctggactggctggaagcctagtctgatgttctgtca
tctaagcaaatagacaatacgttttgacttactgtggcttaaatgagcac
aattgctttgactacatggaatattaaatagcactttttactgttctcct
tttttttttttttgatgagtcatgttttagggacaggccatctgataggt
tctcagaagacacaggtctagaaacattgagactttaacaaacaatggca
acgtctgttcttggaatggatactttctgacatccctaaatgcttagatg
tgttacagtctcagaactgaactgtcagctgcaacaacctccggagctct
accaataacatgactagttacacaaaggaggctagcagaaagaattctga
atgtgtctaaaatgaattaaataggcaactggtcatttagtcacatctat
gcaagaagctgttattaaaatacgacctgacagcatcctttcaagacaag
catgtagaacaacttgtgccagtgattccggctattactaaaacacggcc
acccagggcacatgaccagcaacgacaagactcagcttctccaggcggct
cttggaagaggcccaggcttgggtccaatgattagacttttattacctat
gtgaatgatgcatcagctcatctcgagaacaggttaggtaagccaaacat
acgctgaacataacatttgagttttcatccgaaactatatacactgctgg
ggcgttttcattccaaatagccctcactccagcccttatggaggctggga
tccgctcactacatgaagaacagatatatcgagactgagggagtctgact
atcttgatactgagcatcatagatgctccatgactcacccagacccagca
cagtgtatctcagatattttagatctcttcagtgagatcaagggttgctc
ccctcgctcttcctatctgaagggaaacctggtgcagctgtatagtgact
agttgcagctctgtcataaatcagaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_65168235_65168771
seq2: B6Ng01-266E17.b_43_579

seq1  GAATTCTCAAATGTGTGTGTATGGTGTTTGCATGTGTATGGGTTCACATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAATGTGTGTGTATGGTGTTTGCATGTGTATGGGTTCACATG  50

seq1  TATGCGTGTGTATGCATGCACATGTGAAAGCTTGAAGTTGCTGCTGGGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCGTGTGTATGCATGCACATGTGAAAGCTTGAAGTTGCTGCTGGGTT  100

seq1  CCTTCCTCTTTTTAAAAAACTATTATTTATATTTTTATATTATTATTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTCTTTTTAAAAAACTATTATTTATATTTTTATATTATTATTTAT  150

seq1  ACAAGCACACTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCACACTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCCATTA  200

seq1  CAGATAATTGTAAGCTACCATTTGGTTGTTAGGAATTGAACTCAGGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAATTGTAAGCTACCATTTGGTTGTTAGGAATTGAACTCAGGACCT  250

seq1  CTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCTATCTTGCCAGCCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACTGCTGAGCTATCTTGCCAGCCCAA  300

seq1  AGGATTCCGTCCTCTTTATTAGTCTTTTCTTTTTGTCATGTCCTTATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCCGTCCTCTTTATTAGTCTTTTCTTTTTGTCATGTCCTTATAAA  350

seq1  ACTTTTTTATATTTATATCTTGAGGAACAAAATGGTTGAAAACAACCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTATATTTATATCTTGAGGAACAAAATGGTTGAAAACAACCATT  400

seq1  TTTAAAACTATAAGCCTTAAGCCAAAGAATAGGTTCTTAAATGGAAAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTATAAGCCTTAAGCCAAAGAATAGGTTCTTAAATGGAAAATA  450

seq1  AAACCTTTCCTGGGGGCTATAGGTAGTTATCTAAGTCAGAAACCACTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTTTCCTGGGGGCTATAGGTAGTTATCTAAGTCAGAAACCACTGTG  500

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  537
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  537

seq1: chr18_65329015_65330215
seq2: B6Ng01-266E17.g_68_1245 (reverse)

seq1  CCTTTTGATTTATGGCAGAAGCCTGCACACTATGTCACTTTATTACAGGC  50
      |||| ||||||||| ||||   ||||| |||| ||||||    |||| ||
seq2  CCTTCTGATTTATGACAGA--GCTGCA-ACTA-GTCACT---ATACA-GC  42

seq1  TGCACCAGGGTTCTCCCTTTCAGATAGAAAGAGCGA-GGGAGCAAAACCC  99
      ||||||||| ||   || ||||||||| |||||||| ||||||||   ||
seq2  TGCACCAGGTTT---CCCTTCAGATAGGAAGAGCGAGGGGAGCAA---CC  86

seq1  TTTGATCTTCACTGAAGAGATTCTAAAAATATCCTGAGATACCACTGTGG  149
       |||||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||| |||||| |
seq2  CTTGATC-TCACTGAAGAGA-TCT-AAAATAT-CTGAGATA-CACTGT-G  130

seq1  CTGGGTCTGGGTGAGTCATGGAGCATCTATGATGCTCAGTATCAAAGGAT  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||
seq2  CTGGGTCTGGGTGAGTCATGGAGCATCTATGATGCTCAGTATCAA--GAT  178

seq1  AGTCAGACTCCCTCAGTCTCGATATAATCTGTTCTTCATTGTAGTGAGCG  249
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  AGTCAGACTCCCTCAGTCTCGATAT-ATCTGTTCTTCA-TGTAGTGAGCG  226

seq1  GATCCCAGCCTCCATAA-GGCTGGAGTGAGGGCCTATTTGGAATGAAAAC  298
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATCCCAGCCTCCATAAGGGCTGGAGTGAGGG-CTATTTGGAATGAAAAC  275

seq1  G-CCCAGCAGTGTATATAGTTTCGGATGAAAACTCAAATGTTATGTTCAG  347
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGCAGTGTATATAGTTTCGGATGAAAACTCAAATGTTATGTTCAG  325

seq1  CGTATGTTTGGCTTACCTAACCTGTTTCTCGAGATGAGCTGATGCATCAT  397
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTATGTTTGGCTTACCTAACCTG-TTCTCGAGATGAGCTGATGCATCAT  374

seq1  TCACATAGGTAATAAAAGTCTAATCATTGGACCCAAGCCTGGGCCTCTTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATAGGTAATAAAAGTCTAATCATTGGACCCAAGCCTGGGCCTCTTC  424

seq1  CAAGAGCCGCCTGGAGAAGCTGAGTCTTGTCGTTGCTGGTCATGTGCCCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCCGCCTGGAGAAGCTGAGTCTTGTCGTTGCTGGTCATGTGCCCT  474

seq1  GGGTGGCCGTGTTTTAGTAATAGCCGGAATCACTGGCACAAGTTGTTCTA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGCCGTGTTTTAGTAATAGCCGGAATCACTGGCACAAGTTGTTCTA  524

seq1  CATGCTTGTCTTGAAAGGATGCTGTCAGGTCGTATTTTAATAACAGCTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTGTCTTGAAAGGATGCTGTCAGGTCGTATTTTAATAACAGCTTC  574

seq1  TTGCATAGATGTGACTAAATGACCAGTTGCCTATTTAATTCATTTTAGAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAGATGTGACTAAATGACCAGTTGCCTATTTAATTCATTTTAGAC  624

seq1  ACATTCAGAATTCTTTCTGCTAGCCTCCTTTGTGTAACTAGTCATGTTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAGAATTCTTTCTGCTAGCCTCCTTTGTGTAACTAGTCATGTTAT  674

seq1  TGGTAGAGCTCCGGAGGTTGTTGCAGCTGACAGTTCAGTTCTGAGACTGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGAGCTCCGGAGGTTGTTGCAGCTGACAGTTCAGTTCTGAGACTGT  724

seq1  AACACATCTAAGCATTTAGGGATGTCAGAAAGTATCCATTCCAAGAACAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATCTAAGCATTTAGGGATGTCAGAAAGTATCCATTCCAAGAACAG  774

seq1  ACGTTGCCATTGTTTGTTAAAGTCTCAATGTTTCTAGACCTGTGTCTTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGCCATTGTTTGTTAAAGTCTCAATGTTTCTAGACCTGTGTCTTCT  824

seq1  GAGAACCTATCAGATGGCCTGTCCCTAAAACATGACTCATCAAAAAAAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAACCTATCAGATGGCCTGTCCCTAAAACATGACTCATCAAAAAAAAA  874

seq1  AAAAAGGAGAACAGTAAAAAGTGCTATTTAATATTCCATGTAGTCAAAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGAGAACAGTAAAAAGTGCTATTTAATATTCCATGTAGTCAAAGC  924

seq1  AATTGTGCTCATTTAAGCCACAGTAAGTCAAAACGTATTGTCTATTTGCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTGCTCATTTAAGCCACAGTAAGTCAAAACGTATTGTCTATTTGCT  974

seq1  TAGATGACAGAACATCAGACTAGGCTTCCAGCCAGTCCAGATTAAAACCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACAGAACATCAGACTAGGCTTCCAGCCAGTCCAGATTAAAACCC  1024

seq1  TGGAAGGGAGGTAGGGCTTTGTTGTGGGTGTCTTCCATTTAGGCTGTGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGGAGGTAGGGCTTTGTTGTGGGTGTCTTCCATTTAGGCTGTGGA  1074

seq1  CCACTTGGTCTGTCTTTCATGGTCATAACAGCTTACATCTCTTTGTTGGT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGGTCTGTCTTTCATGGTCATAACAGCTTACATCTCTTTGTTGGT  1124

seq1  GTTTGTCTTGCTCCTGGATTCAGGATGCTATGTGGTTCGTTGCTCTTGGA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCTTGCTCCTGGATTCAGGATGCTATGTGGTTCGTTGCTCTTGGA  1174

seq1  ATTC  1201
      ||||
seq2  ATTC  1178