BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268B06
Chromosome18 (Build37)
Map Location 58,147,629 - 58,230,723
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFbn2
Upstream geneMegf10, LOC672445, Prrc1, 1700011I03Rik, 4930511M06Rik, 2210409D07Rik, Slc12a2, 9330166H04Rik
Downstream geneSlc27a6, Isoc1, Adamts19, A730017C20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268B06.bB6Ng01-268B06.g
ACCGA071035GA071036
length1,215668
definitionB6Ng01-268B06.b B6Ng01-268B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,229,495 - 58,230,723)(58,147,629 - 58,148,296)
sequence
gaattcatagctggacatgctgcagtatagagactcagaaaaccacacct
gaatctacttttgttgttacttagagttcattaaccttatggctgaaaaa
atttacccttcaaaagggcaatatatattataaaataaatgctttgaaat
gtgtgtacttgataaaaataagcataatttatataacataatgtttaggt
aactgtgtgagtctgaaataatttctttttacagccagttactgtctgtg
gtcactgggtctgacgtacattccttcagacgagcatctcacatatacaa
atggatcagtctgacattttctgggtgttccctaggaatttactaattcc
acatatttttgcatgacttttttttaaaggaaggtatttgacttgtaaag
gccaaattgctttaaactaagagttgtggactgaaaatccacatatgcag
tcacataaacacctcagtgaaaacacacatgagggccttattgtcatgcc
tctgttccctggaacaggtatcttccttcgggatagtttaagttgtaagg
gccgcacccaaacagctattagagactatgtgggcacaacagtataaacc
cataaactggttataagcttcatttgtgggcctacactatgtccatgcgc
tctgacatagcaacaactagctgccatggctatgtaattgtaattagaat
caaataacattaaacactgcacagttgtgtcacatccatttcaagggcta
gtaaaacactacagatccatcccagaaactctagatggagaagggaatgc
ttccaacacgagagaaagatctggtgtcagtggatagagggcctaacatt
ttcactgaatagcccaggttagccactaaatagccgaggttagcctgttt
cctattcaggctgcccacctctttggtgaaacctgctcttaaaggctctt
gtgattatgcctggcataaagcatggctctgtttgcctttcgcagatatt
aacgagtgctccttgagcgacaactctgtaagaaatgcaaatgtgtgaac
atgatcgaacttaccagtgctcttgcatcctggataccagccacgccaag
acgcagggctgtaacagtagggctgtgggctactcagtctgcattcccat
cctctctgacacagtctcaccaaatattctaaaccttacaggagtcctct
tgttactataaatga

gaattcagaagaaaacaaccgaggaaagaaagcctcttgtttgctttctc
tctgactcactcactcaccctgggtggctcactctgggatagctttctta
tataccgaggatcactgctaaggaatgatgccacccatagtgaactaggc
cctcctgtattaattaataatgaagacaatccctcccagacattcccaca
ggcactccaggcttcttctttcagatgactctaggccacatcgagttgac
agttaaggctaatcaggtcaggaggacaaggcttaaaagaacagggtgag
taagacgtagactcagactcacatcaagctagttcacaacagtgtccact
gtgtggatgaggtgactgtcagcccaagcagggaaaacactttaaactga
aaaaaaaaaaagataatagaatgaacctggatatgggtctttatttttat
aaatgaagagaacaaaacatcagcaggtagttctttgtttgggtcacatg
gttaatacagtaagaaagccaggagaatcaagtctaaattgtaaacattt
ttctccacccatgtatttcatcacttgggtttctcccccatctgtctgct
tctctgtctctgtcgctctctttccctccctctttttgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtatgtgtatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_58229495_58230723
seq2: B6Ng01-268B06.b_45_1259 (reverse)

seq1  TCATTTATAGT-ACAAG-GGACTCCTGTAAGTGTTAGGATATATTTGGTG  48
      ||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||   ||||||||||
seq2  TCATTTATAGTAACAAGAGGACTCCTGTAAGGTTTAG--AATATTTGGTG  48

seq1  AGGAAACTTGGTGGTCAGAGA-GATGGGAAATGCAGACTGGAGTAGCCCA  97
      ||   |||  || |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  AG---ACT--GT-GTCAGAGAGGATGGG-AATGCAGACT-GAGTAGCCCA  90

seq1  CAGCCCTTACCTGTACAGCCCTGGCGGTCTGGCGTGGCCTGGTATCCAGG  147
      |||||| |||   ||||||||| |||   |||||||| ||||||||||||
seq2  CAGCCC-TACTGTTACAGCCCT-GCGTCTTGGCGTGG-CTGGTATCCAGG  137

seq1  ATTGCAAGAGCACTGGTAAGTTCCGATCATGTTCACACATTTGCCATTTC  197
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
seq2  A-TGCAAGAGCACTGGTAAGTT-CGATCATGTTCACACATTTG-CATTTC  184

seq1  -TACAGAGGTTGTCGCTCAAGGAGCACTCGTTAATATCTGCGAAAGGCAA  246
       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGA-GTTGTCGCTCAAGGAGCACTCGTTAATATCTGCGAAAGGCAA  233

seq1  ACAGAGCCATGCTTTATGCCAGGGCATAATCACAAGAGCCTTTAAGAGCA  296
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCCATGCTTTATGCCA-GGCATAATCACAAGAGCCTTTAAGAGCA  282

seq1  GGTTTCACCAAAGAGGTGGGCAGCCTGAATAGGAAACAGGCTAACCTCGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCACCAAAGAGGTGGGCAGCCTGAATAGGAAACAGGCTAACCTCGG  332

seq1  CTATTTAGTGGCTAACCTGGGCTATTCAGTGAAAATGTTAGGCCCTCTAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTAGTGGCTAACCTGGGCTATTCAGTGAAAATGTTAGGCCCTCTAT  382

seq1  CCACTGACACCAGATCTTTCTCTCGTGTTGGAAGCATTCCCTTCTCCATC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACACCAGATCTTTCTCTCGTGTTGGAAGCATTCCCTTCTCCATC  432

seq1  TAGAGTTTCTGGGATGGATCTGTAGTGTTTTACTAGCCCTTGAAATGGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTCTGGGATGGATCTGTAGTGTTTTACTAGCCCTTGAAATGGAT  482

seq1  GTGACACAACTGTGCAGTGTTTAATGTTATTTGATTCTAATTACAATTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACAACTGTGCAGTGTTTAATGTTATTTGATTCTAATTACAATTAC  532

seq1  ATAGCCATGGCAGCTAGTTGTTGCTATGTCAGAGCGCATGGACATAGTGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCATGGCAGCTAGTTGTTGCTATGTCAGAGCGCATGGACATAGTGT  582

seq1  AGGCCCACAAATGAAGCTTATAACCAGTTTATGGGTTTATACTGTTGTGC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCCACAAATGAAGCTTATAACCAGTTTATGGGTTTATACTGTTGTGC  632

seq1  CCACATAGTCTCTAATAGCTGTTTGGGTGCGGCCCTTACAACTTAAACTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATAGTCTCTAATAGCTGTTTGGGTGCGGCCCTTACAACTTAAACTA  682

seq1  TCCCGAAGGAAGATACCTGTTCCAGGGAACAGAGGCATGACAATAAGGCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGAAGGAAGATACCTGTTCCAGGGAACAGAGGCATGACAATAAGGCC  732

seq1  CTCATGTGTGTTTTCACTGAGGTGTTTATGTGACTGCATATGTGGATTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTGTGTTTTCACTGAGGTGTTTATGTGACTGCATATGTGGATTTT  782

seq1  CAGTCCACAACTCTTAGTTTAAAGCAATTTGGCCTTTACAAGTCAAATAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCACAACTCTTAGTTTAAAGCAATTTGGCCTTTACAAGTCAAATAC  832

seq1  CTTCCTTTAAAAAAAAGTCATGCAAAAATATGTGGAATTAGTAAATTCCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTAAAAAAAAGTCATGCAAAAATATGTGGAATTAGTAAATTCCT  882

seq1  AGGGAACACCCAGAAAATGTCAGACTGATCCATTTGTATATGTGAGATGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACACCCAGAAAATGTCAGACTGATCCATTTGTATATGTGAGATGC  932

seq1  TCGTCTGAAGGAATGTACGTCAGACCCAGTGACCACAGACAGTAACTGGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTGAAGGAATGTACGTCAGACCCAGTGACCACAGACAGTAACTGGC  982

seq1  TGTAAAAAGAAATTATTTCAGACTCACACAGTTACCTAAACATTATGTTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAAGAAATTATTTCAGACTCACACAGTTACCTAAACATTATGTTA  1032

seq1  TATAAATTATGCTTATTTTTATCAAGTACACACATTTCAAAGCATTTATT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATTATGCTTATTTTTATCAAGTACACACATTTCAAAGCATTTATT  1082

seq1  TTATAATATATATTGCCCTTTTGAAGGGTAAATTTTTTCAGCCATAAGGT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATATATATTGCCCTTTTGAAGGGTAAATTTTTTCAGCCATAAGGT  1132

seq1  TAATGAACTCTAAGTAACAACAAAAGTAGATTCAGGTGTGGTTTTCTGAG  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAACTCTAAGTAACAACAAAAGTAGATTCAGGTGTGGTTTTCTGAG  1182

seq1  TCTCTATACTGCAGCATGTCCAGCTATGAATTC  1229
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATACTGCAGCATGTCCAGCTATGAATTC  1215


seq1: chr18_58147629_58148296
seq2: B6Ng01-268B06.g_67_734

seq1  GAATTCAGAAGAAAACAACCGAGGAAAGAAAGCCTCTTGTTTGCTTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAGAAAACAACCGAGGAAAGAAAGCCTCTTGTTTGCTTTCTC  50

seq1  TCTGACTCACTCACTCACCCTGGGTGGCTCACTCTGGGATAGCTTTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTCACTCACTCACCCTGGGTGGCTCACTCTGGGATAGCTTTCTTA  100

seq1  TATACCGAGGATCACTGCTAAGGAATGATGCCACCCATAGTGAACTAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCGAGGATCACTGCTAAGGAATGATGCCACCCATAGTGAACTAGGC  150

seq1  CCTCCTGTATTAATTAATAATGAAGACAATCCCTCCCAGACATTCCCACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGTATTAATTAATAATGAAGACAATCCCTCCCAGACATTCCCACA  200

seq1  GGCACTCCAGGCTTCTTCTTTCAGATGACTCTAGGCCACATCGAGTTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCCAGGCTTCTTCTTTCAGATGACTCTAGGCCACATCGAGTTGAC  250

seq1  AGTTAAGGCTAATCAGGTCAGGAGGACAAGGCTTAAAAGAACAGGGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGGCTAATCAGGTCAGGAGGACAAGGCTTAAAAGAACAGGGTGAG  300

seq1  TAAGACGTAGACTCAGACTCACATCAAGCTAGTTCACAACAGTGTCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACGTAGACTCAGACTCACATCAAGCTAGTTCACAACAGTGTCCACT  350

seq1  GTGTGGATGAGGTGACTGTCAGCCCAAGCAGGGAAAACACTTTAAACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGATGAGGTGACTGTCAGCCCAAGCAGGGAAAACACTTTAAACTGA  400

seq1  AAAAAAAAAAAGATAATAGAATGAACCTGGATATGGGTCTTTATTTTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAGATAATAGAATGAACCTGGATATGGGTCTTTATTTTTAT  450

seq1  AAATGAAGAGAACAAAACATCAGCAGGTAGTTCTTTGTTTGGGTCACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGAGAACAAAACATCAGCAGGTAGTTCTTTGTTTGGGTCACATG  500

seq1  GTTAATACAGTAAGAAAGCCAGGAGAATCAAGTCTAAATTGTAAACATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATACAGTAAGAAAGCCAGGAGAATCAAGTCTAAATTGTAAACATTT  550

seq1  TTCTCCACCCATGTATTTCATCACTTGGGTTTCTCCCCCATCTGTCTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCACCCATGTATTTCATCACTTGGGTTTCTCCCCCATCTGTCTGCT  600

seq1  TCTCTGTCTCTGTCGCTCTCTTTCCCTCCCTCTTTTTGTGTGTGTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTCTCTGTCGCTCTCTTTCCCTCCCTCTTTTTGTGTGTGTGTGTG  650

seq1  TGTGTGTATGTGTATGTG  668
      ||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTGTATGTG  668


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |