BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268D17
Chromosome18 (Build37)
Map Location 71,640,209 - 71,781,582
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDcc
Upstream geneStard6, Poli, Mbd2, EG668032
Downstream geneLOC629684
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268D17.bB6Ng01-268D17.g
ACCGA071143GA071144
length1,1141,076
definitionB6Ng01-268D17.b B6Ng01-268D17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,780,467 - 71,781,582)(71,640,209 - 71,641,286)
sequence
gaattctcctagagtctataatcattgcagtccatagcagaggctgctgg
cgataagatgagcataagcaagaatgtgttgctaaacatacttaacaatt
tccattttcaggaaaccttttaactgaatgacttaaaatgagttaaatct
ctagcataccataattcatttttccaactcaatccatcaattaatggcta
gcctaacacattaaaaatcataatttgtagaaagttaatatcttctgaaa
ttaatttccaatttaagaatgaagaatttatataatatagtcgtcagata
caaactggttgaaaactgtatcatgtttgtgacaatcaatgaaaatcttt
agggtcaatatggttgttaaatctacaatgtgttcaccctgtgacaagga
gaaatagtggaaaccatgtcttgtctctttgacctctccagccttgtgat
agtactggaagtcacattttatgtgagtagtcttatgataccacaggaag
tcacattctttgtgaatagtgtcatgatttcacaggaagttactttctgt
gtaaattccttatgacagtcagatactgttcatacccaaggaaccagttc
aattgtgagactgctcaaattgctcagtgctcacatactatgtgcatgct
tccttcaggtccctgaatatgatataacccctagagtaatcatcatttgc
attgttaaaattttttccccaaacacagaaaaccctgaaggttttaccta
cttttcattctccataattatatattttaacctattctttaaaccaagac
gtgttttagaagaagcaatccaagatgaccctggggaagaaatcttttga
aaaagatatcagaagcataataatttgctggtctgccaaatcttcatggt
tttacaatttaatttattattctcttttcaaactagcacctttttaaacc
gaataggcatatcctccagtgacatagaggtagacatgcccattcctgat
aactttagtgcataccttgcacaaagaagctgttttctatgtttggaaag
ttttccatagaccctctctcagcatcgtattatttttatcattatttctc
agtaatacttcttt

gaattcagttgttgtacttaaaaagacatggcctgatgttgaaatcattt
aaaaataaaaataaatgtacaggaattttaatatttaagaggggttgtaa
agatcatttaatattataggatgatttttattgattaaggatctccaatt
tagtgaagttacaggtttcattgtagattttatgctcagtagttttgtaa
gtcatttctttggaaatgagaagaaaatgtcaaagtttataatttaacta
caaatacataagtactcttagtataaattttctatatcaatggacaaata
aatatcatccctcccatcttttgaattgttattaattattgaaatagtta
aaatattttacatattatttttatttatgaaagtcatatccattcattta
aactagttttactaattcattaaaatgatacttggttttaaaaataaact
tataatttcttcatttgtgttgttaatacaatgtttggatagaaaagcta
tcatgactcaaaatgattctttaaaagttattatttttaattaaaattat
ccatattatttggccatctatactctaagagaagaccttctgttaacacc
tattaagagggctgtagccaacccaaatctaccagagtgtagaaaccaac
acaacattaaacaaaacagaaacactactcagaactatctattatgtgtg
tgtgagtcttgccttggatattgtaacaatgttcataatatatgattatt
acttgactccaaaagcttttgataaaaagctttttgatccaaatttccca
tgctacactgaaaaacaattcagtaaagcacgctagtaaattaatgttga
ataaaacgttgaccacttaaaaaccaattaaaggcaactctcttcatatg
gagtgttcaaccagacagcagaattcagccttgtgacacatggagagtgc
tgactttcccacaggtcagtataatgtggaatagcagtcactgagaggaa
aggaaaactttccttaacttctttgaaaggtaatgtgatcttcacaggac
tgatagtgatggtagcttactaaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_71780467_71781582
seq2: B6Ng01-268D17.b_49_1162 (reverse)

seq1  AAAG-AGTATTACTGAGAAATAATGATAAAAAT-ATACGATGCTTGGAGA  48
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||
seq2  AAAGAAGTATTACTGAGAAATAATGATAAAAATAATACGATGCT--GAGA  48

seq1  GAGGGTCTTATGGAAAACTTTCCAAACATAGAAAACAGCTTCTTTGTGCA  98
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTC-TATGGAAAACTTTCCAAACATAGAAAACAGCTTCTTTGTGCA  97

seq1  AGGGTATGCACTAAAGTTATCAGGAATGGGCATGTCTACCTCTATTGTCA  148
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  A-GGTATGCACTAAAGTTATCAGGAATGGGCATGTCTACCTCTA-TGTCA  145

seq1  CTGGAGGATATGCCTATTCGGTTT-AAAAGGTGCTAGTTTGAAAAGAGAA  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGATATGCCTATTCGGTTTAAAAAGGTGCTAGTTTGAAAAGAGAA  195

seq1  TAATAAATTAAATTGTAAAACCATGAAGATTTGGCAGACCAGCAAATTAT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAATTAAATTGTAAAACCATGAAGATTTGGCAGACCAGCAAATTAT  245

seq1  TATGCTTCTGATATCTTTTTCAAAAGATTTCTTCCCCAGGGTCATCTTGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTCTGATATCTTTTTCAAAAGATTTCTTCCCCAGGGTCATCTTGG  295

seq1  ATTGCTTCTTCTAAAACACGTCTTGGTTTAAAGAATAGGTTAAAATATAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTCTTCTAAAACACGTCTTGGTTTAAAGAATAGGTTAAAATATAT  345

seq1  AATTATGGAGAATGAAAAGTAGGTAAAACCTTCAGGGTTTTCTGTGTTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGGAGAATGAAAAGTAGGTAAAACCTTCAGGGTTTTCTGTGTTTG  395

seq1  GGGAAAAAATTTTAACAATGCAAATGATGATTACTCTAGGGGTTATATCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAATTTTAACAATGCAAATGATGATTACTCTAGGGGTTATATCA  445

seq1  TATTCAGGGACCTGAAGGAAGCATGCACATAGTATGTGAGCACTGAGCAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGGACCTGAAGGAAGCATGCACATAGTATGTGAGCACTGAGCAA  495

seq1  TTTGAGCAGTCTCACAATTGAACTGGTTCCTTGGGTATGAACAGTATCTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCAGTCTCACAATTGAACTGGTTCCTTGGGTATGAACAGTATCTG  545

seq1  ACTGTCATAAGGAATTTACACAGAAAGTAACTTCCTGTGAAATCATGACA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCATAAGGAATTTACACAGAAAGTAACTTCCTGTGAAATCATGACA  595

seq1  CTATTCACAAAGAATGTGACTTCCTGTGGTATCATAAGACTACTCACATA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCACAAAGAATGTGACTTCCTGTGGTATCATAAGACTACTCACATA  645

seq1  AAATGTGACTTCCAGTACTATCACAAGGCTGGAGAGGTCAAAGAGACAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGACTTCCAGTACTATCACAAGGCTGGAGAGGTCAAAGAGACAAG  695

seq1  ACATGGTTTCCACTATTTCTCCTTGTCACAGGGTGAACACATTGTAGATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTTTCCACTATTTCTCCTTGTCACAGGGTGAACACATTGTAGATT  745

seq1  TAACAACCATATTGACCCTAAAGATTTTCATTGATTGTCACAAACATGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACCATATTGACCCTAAAGATTTTCATTGATTGTCACAAACATGAT  795

seq1  ACAGTTTTCAACCAGTTTGTATCTGACGACTATATTATATAAATTCTTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTTCAACCAGTTTGTATCTGACGACTATATTATATAAATTCTTCA  845

seq1  TTCTTAAATTGGAAATTAATTTCAGAAGATATTAACTTTCTACAAATTAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAATTGGAAATTAATTTCAGAAGATATTAACTTTCTACAAATTAT  895

seq1  GATTTTTAATGTGTTAGGCTAGCCATTAATTGATGGATTGAGTTGGAAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTAATGTGTTAGGCTAGCCATTAATTGATGGATTGAGTTGGAAAA  945

seq1  ATGAATTATGGTATGCTAGAGATTTAACTCATTTTAAGTCATTCAGTTAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTATGGTATGCTAGAGATTTAACTCATTTTAAGTCATTCAGTTAA  995

seq1  AAGGTTTCCTGAAAATGGAAATTGTTAAGTATGTTTAGCAACACATTCTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTCCTGAAAATGGAAATTGTTAAGTATGTTTAGCAACACATTCTT  1045

seq1  GCTTATGCTCATCTTATCGCCAGCAGCCTCTGCTATGGACTGCAATGATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATGCTCATCTTATCGCCAGCAGCCTCTGCTATGGACTGCAATGATT  1095

seq1  ATAGACTCTAGGAGAATTC  1116
      |||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTCTAGGAGAATTC  1114


seq1: chr18_71640209_71641286
seq2: B6Ng01-268D17.g_64_1139

seq1  GAATTCAGTTGTTGTACTTAAAAAGACATGGCCTGATGTTGAAATCATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTGTTGTACTTAAAAAGACATGGCCTGATGTTGAAATCATTT  50

seq1  AAAAATAAAAATAAATGTACAGGAATTTTAATATTTAAGAGGGGTTGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAAAATAAATGTACAGGAATTTTAATATTTAAGAGGGGTTGTAA  100

seq1  AGATCATTTAATATTATAGGATGATTTTTATTGATTAAGGATCTCCAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCATTTAATATTATAGGATGATTTTTATTGATTAAGGATCTCCAATT  150

seq1  TAGTGAAGTTACAGGTTTCATTGTAGATTTTATGCTCAGTAGTTTTGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAAGTTACAGGTTTCATTGTAGATTTTATGCTCAGTAGTTTTGTAA  200

seq1  GTCATTTCTTTGGAAATGAGAAGAAAATGTCAAAGTTTATAATTTAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTTCTTTGGAAATGAGAAGAAAATGTCAAAGTTTATAATTTAACTA  250

seq1  CAAATACATAAGTACTCTTAGTATAAATTTTCTATATCAATGGACAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATACATAAGTACTCTTAGTATAAATTTTCTATATCAATGGACAAATA  300

seq1  AATATCATCCCTCCCATCTTTTGAATTGTTATTAATTATTGAAATAGTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCATCCCTCCCATCTTTTGAATTGTTATTAATTATTGAAATAGTTA  350

seq1  AAATATTTTACATATTATTTTTATTTATGAAAGTCATATCCATTCATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTACATATTATTTTTATTTATGAAAGTCATATCCATTCATTTA  400

seq1  AACTAGTTTTACTAATTCATTAAAATGATACTTGGTTTTAAAAATAAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTTTTACTAATTCATTAAAATGATACTTGGTTTTAAAAATAAACT  450

seq1  TATAATTTCTTCATTTGTGTTGTTAATACAATGTTTGGATAGAAAAGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTCTTCATTTGTGTTGTTAATACAATGTTTGGATAGAAAAGCTA  500

seq1  TCATGACTCAAAATGATTCTTTAAAAGTTATTATTTTTAATTAAAATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGACTCAAAATGATTCTTTAAAAGTTATTATTTTTAATTAAAATTAT  550

seq1  CCATATTATTTGGCCATCTATACTCTAAGAGAAGACCTTCTGTTAACACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATTATTTGGCCATCTATACTCTAAGAGAAGACCTTCTGTTAACACC  600

seq1  TATTAAGAGGGCTGTAGCCAACCCAAATCTACCAGAGTGTAGAAACCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAGGGCTGTAGCCAACCCAAATCTACCAGAGTGTAGAAACCAAC  650

seq1  ACAACATTAAACAAAACAGAAACACTACTCAGAACTATCTATTATGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATTAAACAAAACAGAAACACTACTCAGAACTATCTATTATGTGTG  700

seq1  TGTGAGTCTTGCCTTGGATATTGTAACAATGTTCATAATATATGATTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTCTTGCCTTGGATATTGTAACAATGTTCATAATATATGATTATT  750

seq1  ACTTGACTCCAAAAGCTTTTGATAAAAAGCTTTTTGATCCAAATTTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACTCCAAAAGCTTTTGATAAAAAGCTTTTTGATCCAAATTTCCCA  800

seq1  TGCTACACTGAAAAACAATTCAGTAAAGCACGCTAGTAAATTAATGTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACACTGAAAAACAATTCAGTAAAGCACGCTAGTAAATTAATGTTGA  850

seq1  ATAAAACGTTGACCACTTAAAAACCAATTAAAGGCAACTCTCTTCATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACGTTGACCACTTAAAAACCAATTAAAGGCAACTCTCTTCATATG  900

seq1  GAGTGTTCAACCAGACAGCAGAATTCAGCCTTGTGACACATGGAGAGTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTTCAACCAGACAGCAGAATTCAGCCTTGTGACACATGGAGAGTGC  950

seq1  TGACTTTCCCACAGGTCAGTATAATGTGGGAATAGCAGTCACTGAGAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  TGACTTTCCCACAGGTCAGTATAATGT-GGAATAGCAGTCACTGAGAGGA  999

seq1  AAGGAAAACTTTCCTTAACTTCTTTGAAAGGTAAATGTGATCTTCACAGG  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAACTTTCCTTAACTTCTTTGAAAGGT-AATGTGATCTTCACAGG  1048

seq1  ACTGATAGTGATGGTAGCTTACTAAACA  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATAGTGATGGTAGCTTACTAAACA  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |