BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270F01
Chromosome18 (Build37)
Map Location 49,542,157 - 49,543,256
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC545470
Downstream geneDtwd2, Dmxl1, Tnfaip8, Hsd17b4, LOC626721, LOC667233, Gm93
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270F01.bB6Ng01-270F01.g
ACCGA072686GA072687
length1,087950
definitionB6Ng01-270F01.b B6Ng01-270F01.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattctctgaaggccaccctttatcatgaggctataagtttaaagcagc
agaaaattggaaagaaatgtattaaagggctgaaaattatccttgaatta
aaacatttacagtctaaagctgcaattagggcaaaggtaaaggcaggaga
ttcataaaaccatcctggttgctcttgacttcttgaatactgtctttgct
aattaattagcttgcttccattgttaattatgagggttccccaaggcttg
gtgaggtctcttttgcatctttcccttgcctactattttactcattaacc
catatgatctcaacaattgagacagacagtaaggccctttgaattctatg
ccctgtgctaagcatttctggagatagctcaaacatcatctgcctatatc
ccatctacaatggtttgaatgagagtgcccccatagactcttacatatga
aagtgtggtcccaagtgagtagaactgtttagaaggattagaaggattag
gaggcacatactttatgaaggagatgttactgcctgtgcctgcttctccc
tctgtttcacactgagccagactggagggagggaagcttagccagacaca
ggggagtacagtgtaggatctcagtcagtcagtgatgactccataggcaa
caaacagacctgggaacagctttggagagctggttcatttatggtagaag
ctaaagtagaattcatgcccctggtgaggaggccaaggtctctagggcaa
ggtttgtgtggctgtgcatcattgcccatgacagggatgttgaagatgct
ttatctgcttggggcagaggggagtggtcttataaggtcaaaccaggagt
gaagcctgataaatgtcaggataataaattcttgctagagtaagagtgat
ggtgagggtgctggattattgtgctggtttggaacaggacaggaagccaa
ccttgccatactcatgtttggggtatccagggttgaagctgctcgaccct
ttgtcataaccctagacaattatgtctcacaacgtgtcatggtggtggtc
gttgagttcaatcaacaccaggttcagggtcctcttc

gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaagtcaaaacaaccctgagat
tccacctcacaccagtcagaatggctaagatcaaatattcaggtgacagc
agatgctggctaggttgtggagaaagaggaaccctcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcagttcctca
gaaaattggacatagtactactggaggatcctgcaatacctctcctgggc
atctatccagaagatgtcccaactggtaagaagaacacatgctccactat
gtttatagcagccttatttataatagccagaagctggaaagaacccagat
gcccctcaacagaggaatggatacagaaaatgtggtacatttacacaatg
gagtactactcagctattaaaaagaatgaatttatgaaattccttggcaa
atggatggacctggagggcatcatcctgagtgaggtaacacaatcacaaa
ggaaaccctttcttccttaggttgtgttttgtcagggttttatcaaagga
tcaggtagcaagctagactataatgttactgattttttaaatagttgcca
agagactattactcactgcatagttatccagataaagactgcaacaaaaa
tactatgcaatattctgggtgtcctttttgagaattctagcgaagaataa
ggttcagtatatgaatggactaacttgtacatctgtgatttgggtctcaa
tatgacatgaaaccaggcgaacagatgtccctcaagcctctgtgtggctg
ggactctgttatgtatgatttttaatgtagacctggagctgtttctccaa
ttttgtgagtaccatacgtgtagaacaattagtgagtatcttggtcagcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_49542157_49543256
seq2: B6Ng01-270F01.b_46_1132

seq1  GAATTCTCTGAAGGCCACCCTTTATCATGAGGCTATAAGTTTAAAGCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAAGGCCACCCTTTATCATGAGGCTATAAGTTTAAAGCAGC  50

seq1  AGAAAATTGGAAAGAAATGTATTAAAGGGCTGAAAATTATCCTTGAATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATTGGAAAGAAATGTATTAAAGGGCTGAAAATTATCCTTGAATTA  100

seq1  AAACATTTACAGTCTAAAGCTGCAATTAGGGCAAAGGTAAAGGCAGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTTACAGTCTAAAGCTGCAATTAGGGCAAAGGTAAAGGCAGGAGA  150

seq1  TTCATAAAACCATCCTGGTTGCTCTTGACTTCTTGAATACTGTCTTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAAAACCATCCTGGTTGCTCTTGACTTCTTGAATACTGTCTTTGCT  200

seq1  AATTAATTAGCTTGCTTCCATTGTTAATTATGAGGGTTCCCCAAGGCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTAGCTTGCTTCCATTGTTAATTATGAGGGTTCCCCAAGGCTTG  250

seq1  GTGAGGTCTCTTTTGCATCTTTCCCTTGCCTACTATTTTACTCATTAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTCTCTTTTGCATCTTTCCCTTGCCTACTATTTTACTCATTAACC  300

seq1  CATATGATCTCAACAATTGAGACAGACAGTAAGGCCCTTTGAATTCTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGATCTCAACAATTGAGACAGACAGTAAGGCCCTTTGAATTCTATG  350

seq1  CCCTGTGCTAAGCATTTCTGGAGATAGCTCAAACATCATCTGCCTATATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGCTAAGCATTTCTGGAGATAGCTCAAACATCATCTGCCTATATC  400

seq1  CCATCTACAATGGTTTGAATGAGAGTGCCCCCATAGACTCTTACATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTACAATGGTTTGAATGAGAGTGCCCCCATAGACTCTTACATATGA  450

seq1  AAGTGTGGTCCCAAGTGAGTAGAACTGTTTAGAAGGATTAGAAGGATTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGGTCCCAAGTGAGTAGAACTGTTTAGAAGGATTAGAAGGATTAG  500

seq1  GAGGCACATACTTTATGAAGGAGATGTTACTGCCTGTGCCTGCTTCTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACATACTTTATGAAGGAGATGTTACTGCCTGTGCCTGCTTCTCCC  550

seq1  TCTGTTTCACACTGAGCCAGACTGGAGGGAGGGAAGCTTAGCCAGACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCACACTGAGCCAGACTGGAGGGAGGGAAGCTTAGCCAGACACA  600

seq1  GGGGAGTACAGTGTAGGATCTCAGTCAGTCAGTGATGACTCCATAGGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTACAGTGTAGGATCTCAGTCAGTCAGTGATGACTCCATAGGCAA  650

seq1  CAAACAGACCTGGGAACAGCTTTGGAGAGCTGGTTCATTTATGGTAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGACCTGGGAACAGCTTTGGAGAGCTGGTTCATTTATGGTAGAAG  700

seq1  CTAAAGTAGAATTCATGCCCCTGGTGAGGAGGCCAAGGTCTCTAGGGCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGTAGAATTCATGCCCCTGGTGAGGAGGCCAAGGTCTCTAGGGCAA  750

seq1  GGTTTGTGTGGCTGTGCATCATTGCCCATGACAGGGATGTTGAAGATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGTGTGGCTGTGCATCATTGCCCATGACAGGGATGTTGAAGATGCT  800

seq1  TTATCTGCTTGGGGCAGAGGGGAGTGGTCTTATAAGGTCAAACCAGGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGCTTGGGGCAGAGGGGAGTGGTCTTATAAGGTCAAACCAGGAGT  850

seq1  GAAGCCTGATAAATGTCAGGATAATAAATTCTTGCTAGAGTAAGAGTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTGATAAATGTCAGGATAATAAATTCTTGCTAGAGTAAGAGTGAT  900

seq1  GGTGAGGGTGCTGGATTATTGTGCTGGTTTGGAACAGGACAGGAAGCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGTGCTGGATTATTGTGCTGGTTTGGAACAGGACAGGAAGCCAA  950

seq1  CCCTTGCCATACTCATGTTTGGGGTATCCAGGGTTGAAGCTGCCTCGACC  1000
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -CCTTGCCATACTCATGTTTGGGGTATCCAGGGTTGAAGCTG-CTCGACC  998

seq1  CTTTGTCCATAACCCTAGACCATTATGGTCTCACAAAACGTGTCATTGGT  1050
      |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||||| ||||
seq2  CTTTGT-CATAACCCTAGACAATTAT-GTCTCAC--AACGTGTCA-TGGT  1043

seq1  GGTGGTCGTTGAGGTTTCAAAATCCCACACCAGGTTCAGTGTCCCTCTTC  1100
      |||||||||||||  |||||    | ||||||||||||| || |||||||
seq2  GGTGGTCGTTGAG--TTCAA---TCAACACCAGGTTCAGGGT-CCTCTTC  1087


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |