BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271D02
Chromosome18 (Build37)
Map Location 16,610,192 - 16,611,030
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneChst9, LOC670012, LOC100040551, EG225228, LOC100040202, Ppia-ps18_172.1, EG665509
Downstream geneCdh2, LOC665519, 1700001G01Rik, 4921533I20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271D02.bB6Ng01-271D02.g
ACCGA073343GA073344
length840454
definitionB6Ng01-271D02.b B6Ng01-271D02.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccatgaaacagcaatggagcatatgatggcaactaaactgtatcc
ttgtgatctcaagtctcatagggagttgtggctgaacatcccactggctt
ggcacaaattcagaggccactttgaaagaattattttactgaatgcttat
tgctatggtactgttttcaagtttaacacaactcaaatggaataattgca
aacacaaaagtcacggactatctgacaaaagccaaggacaggctaactgt
agatgccgttctttggagcttaatatatgcagtggcttcagctttagatg
tcttaattaaatatgttcattcttgacatgtcaataatgcacgagactga
tatgtattgatataaggaatgagacctaaagcttcatttgctgaactgtc
agtgtgatgggcaactcttaatggccgaccttcccacattttaggagata
cttaatttggtgaaagttgtgcttggtctgagttattaagatgactgcag
aataatgactagatccacatctgtgagacagtggactgcactttggattt
gtcctgaagaatagtgtcagcttacaatggtgcatgaaagactataatga
agaacaaagtttaagcttgacaagcaaatagagacacttgtagagaatta
gattattaaccttcgtccatgatgcttatgtgtgtaaacagcaatgttac
aacatcaacaaaggaagagacattggcttggtgggcttgctgagaaaaca
tgggaacctgagtttgaatccctgatgcctaagtaaaagtcaggcatgac
tatgggctcttgtaaccccagggctggggtgggggtgggg

cataacaaattccctaagctaggtatggtggcacatccttaatgacccca
acattaagaagcagacaaaagagaatcaggaacaaagcaccctaagctac
agagcaagtttcagaccagcccaggctacagtggcacatgtctcaacatg
aacaaacagatagagaaatgacccaatgggtaagagtgctttgttgcaca
gtcatttggactgctattgagaccctaaaaaccatataacaagctaggag
ttccaggcatacctgtaaatctctgagggagatggaggcagaagtatcat
tgagtcttgctagcttgcggcctagtggagaaaatgtgtacccaggttca
gaatgagaccatgcctcaaaggaaaaggcatagtgttatagaggatgact
ctgggcagaaagagagagtgggagggaaaggaggagcggggagagagagg
ggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_16610192_16611030
seq2: B6Ng01-271D02.b_43_882

seq1  GAATTCCATGAAACAGCAATGGAGCATATGATGGCAACTAAACTGTATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGAAACAGCAATGGAGCATATGATGGCAACTAAACTGTATCC  50

seq1  TTGTGATCTCAAGTCTCATAGGGAGTTGTGGCTGAACATCCCACTGGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATCTCAAGTCTCATAGGGAGTTGTGGCTGAACATCCCACTGGCTT  100

seq1  GGCACAAATTCAGAGGCCACTTTGAAAGAATTATTTTACTGAATGCTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAAATTCAGAGGCCACTTTGAAAGAATTATTTTACTGAATGCTTAT  150

seq1  TGCTATGGTACTGTTTTCAAGTTTAACACAACTCAAATGGAATAATTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGGTACTGTTTTCAAGTTTAACACAACTCAAATGGAATAATTGCA  200

seq1  AACACAAAAGTCACGGACTATCTGACAAAAGCCAAGGACAGGCTAACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAAAAGTCACGGACTATCTGACAAAAGCCAAGGACAGGCTAACTGT  250

seq1  AGATGCCGTTCTTTGGAGCTTAATATATGCAGTGGCTTCAGCTTTAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCGTTCTTTGGAGCTTAATATATGCAGTGGCTTCAGCTTTAGATG  300

seq1  TCTTAATTAAATATGTTCATTCTTGACATGTCAATAATGCACGAGACTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATTAAATATGTTCATTCTTGACATGTCAATAATGCACGAGACTGA  350

seq1  TATGTATTGATATAAGGAATGAGACCTAAAGCTTCATTTGCTGAACTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATTGATATAAGGAATGAGACCTAAAGCTTCATTTGCTGAACTGTC  400

seq1  AGTGTGATGGGCAACTCTTAATGGCCGACCTTCCCACATTTTAGGAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGATGGGCAACTCTTAATGGCCGACCTTCCCACATTTTAGGAGATA  450

seq1  CTTAATTTGGTGAAAGTTGTGCTTGGTCTGAGTTATTAAGATGACTGCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTTGGTGAAAGTTGTGCTTGGTCTGAGTTATTAAGATGACTGCAG  500

seq1  AATAATGACTAGATCCACATCTGTGAGACAGTGGACTGCACTTTGGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGACTAGATCCACATCTGTGAGACAGTGGACTGCACTTTGGATTT  550

seq1  GTCCTGAAGAATAGTGTCAGCTTACAATGGTGCATGAAAGACTATAATGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAAGAATAGTGTCAGCTTACAATGGTGCATGAAAGACTATAATGA  600

seq1  AGAACAAAGTTTAAGCTTGACAAGCAAATAGAGACACTTGTAGAGAATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAGTTTAAGCTTGACAAGCAAATAGAGACACTTGTAGAGAATTA  650

seq1  GATTATTAACCTTCGTCCATGATGCTTATGTGTGTAAACAGCAATGTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTAACCTTCGTCCATGATGCTTATGTGTGTAAACAGCAATGTTAC  700

seq1  AACATCAACAAAGGAAGAGACATTGGCTTGGTGGGCTTGCTGAGAAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCAACAAAGGAAGAGACATTGGCTTGGTGGGCTTGCTGAGAAAACA  750

seq1  TGGGAACCTGAGTTTGAATCCCTGATGCCTAAGTAAAAGTCAGGCATGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAACCTGAGTTTGAATCCCTGATGCCTAAGTAAAAGTCAGGCATGAC  800

seq1  TATGGGCTCTTGTAACCCCAGGGCTGGGGT-GGGGTGGGG  839
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TATGGGCTCTTGTAACCCCAGGGCTGGGGTGGGGGTGGGG  840


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |