BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271I16
Chromosome18 (Build37)
Map Location 63,002,513 - 63,161,661
singlet/doubletdoublet
Overlap geneApcdd1, Napg
Upstream geneAblim3, Sh3tc2, Adrb2, Htr4, Fbxo38, Spink10, EG408198, 2700046A07Rik
Downstream gene9430028L06Rik, 9030411M15Rik, LOC627792, Txnl1, Wdr7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271I16.bB6Ng01-271I16.g
ACCGA073594GA073595
length7171,167
definitionB6Ng01-271I16.b B6Ng01-271I16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,160,945 - 63,161,661)(63,002,513 - 63,003,680)
sequence
gaattctatcagcttcctttctgaaccccagttgttttacttgttttata
ttaatagagttcaagacaaaaagtgggggcttagtattctctgttgttgt
ggcatgagagtacaattgatcaaaggtcctgggtcccccatgaggatgta
cagttagcctgcaacagctccccatggggtgtcacatcctcatctctaac
tctgtgacctgactgacagcatgttacctcctaagatggcatgcctactc
tctgtggctggttaaatgtaatgtacaaagatacacattccatgtggatg
aagcacgtgaagtttagtgctaaaattgcattctggttttagggatggac
tttataactgtgacaatctatgcttgactatttaaatttgggtttttaaa
atctcactcagtttaccacacgtaagttggatgtgccaacttcgcaggtt
agttaagcgcttactgattttgaaacttagttttaagactacaacttggg
ccctgagtgatgtaacccagacacaaaagaatatacatggtatgtactca
ctgatacatggatattagcccaaaagcacagaatacccatgatacaacct
acagaccatctgaagcttaagaaggaagaccaaagtgtggatgcctcaat
cctacttagaagggggaacaaaataatcatagaaaataatcatggggggg
gggaactgggagggaga
gaattcccaaccagtctgtccaggatgcatgcgtaccctgctctacatga
gagagcctggaaaacaagtggtaagatgttgctttggcaacaggaaacag
tggctgacgacaggacagtcacacacaagttctggtcctggtacacagga
ctgcatgtggtgggatgctagaagatgtcatttttcctgtatgcagaacc
ctgtgggtggcccagtgaaggaagtctagggttctctcctacagaaaaag
ctaggtgccttattcaaggtcagggaaggcacctggatgtcattccagct
ctaggacatgacaacatgtggaacaattggaccgggttagcttctctcat
ggaaatcgaattacgacggaatgacattagaccctaccaatcccagaact
ttataaacacggcacaaaaggccacagcagagcagccttttaatgtttgc
tttccacccatgattggaaacagcccatgctggtccttttatcttgtcat
gactatttattttcccatttggttctgctggacagcctaaggcagagcac
gatgcagagagcgtggtggcaggcaagggttttgctagccagccagggcc
caagggactgtctttccccatgagtatggtcagtaattgttcctactctg
ggtctgaagccagatacacagatctctgaattttgcttctcttcatcaag
caagcaccttatgaactcgaaagctcagtttcctcatctggaatatggag
atgatactcatatgtatttgcatcatcttttgtgataacactgtgatttc
gctgaagctttatcttcaacacacacacgcgcacacacacacacacacgc
acacacacacacacacacacgcacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacctttcaatggagtcagagagaaaagaaacaccatttaaag
agtgattaggaaaggcctgatattttttaattctctgtattctttgatca
tttcatacaagccaccacaagttttgttgctgtatcataagcactcctat
tcttttcctccagttcctccagatcttctatcttccaggtggcatatggc
ttgttatgtagcccactgagttcacttgacaccctcatgccaatggcgct
cactttctacactggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_63160945_63161661
seq2: B6Ng01-271I16.b_47_763 (reverse)

seq1  TCTCCCTCCCAGTTCCCCCCCCCCATGATTATTTTCTATGATTATTTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTCCCAGTTCCCCCCCCCCATGATTATTTTCTATGATTATTTTGT  50

seq1  TCCCCCTTCTAAGTAGGATTGAGGCATCCACACTTTGGTCTTCCTTCTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCTTCTAAGTAGGATTGAGGCATCCACACTTTGGTCTTCCTTCTTA  100

seq1  AGCTTCAGATGGTCTGTAGGTTGTATCATGGGTATTCTGTGCTTTTGGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGATGGTCTGTAGGTTGTATCATGGGTATTCTGTGCTTTTGGGC  150

seq1  TAATATCCATGTATCAGTGAGTACATACCATGTATATTCTTTTGTGTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATCCATGTATCAGTGAGTACATACCATGTATATTCTTTTGTGTCTG  200

seq1  GGTTACATCACTCAGGGCCCAAGTTGTAGTCTTAAAACTAAGTTTCAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACATCACTCAGGGCCCAAGTTGTAGTCTTAAAACTAAGTTTCAAAA  250

seq1  TCAGTAAGCGCTTAACTAACCTGCGAAGTTGGCACATCCAACTTACGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAGCGCTTAACTAACCTGCGAAGTTGGCACATCCAACTTACGTGT  300

seq1  GGTAAACTGAGTGAGATTTTAAAAACCCAAATTTAAATAGTCAAGCATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAACTGAGTGAGATTTTAAAAACCCAAATTTAAATAGTCAAGCATAG  350

seq1  ATTGTCACAGTTATAAAGTCCATCCCTAAAACCAGAATGCAATTTTAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCACAGTTATAAAGTCCATCCCTAAAACCAGAATGCAATTTTAGCA  400

seq1  CTAAACTTCACGTGCTTCATCCACATGGAATGTGTATCTTTGTACATTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTTCACGTGCTTCATCCACATGGAATGTGTATCTTTGTACATTAC  450

seq1  ATTTAACCAGCCACAGAGAGTAGGCATGCCATCTTAGGAGGTAACATGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACCAGCCACAGAGAGTAGGCATGCCATCTTAGGAGGTAACATGCT  500

seq1  GTCAGTCAGGTCACAGAGTTAGAGATGAGGATGTGACACCCCATGGGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTCAGGTCACAGAGTTAGAGATGAGGATGTGACACCCCATGGGGAG  550

seq1  CTGTTGCAGGCTAACTGTACATCCTCATGGGGGACCCAGGACCTTTGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCAGGCTAACTGTACATCCTCATGGGGGACCCAGGACCTTTGATC  600

seq1  AATTGTACTCTCATGCCACAACAACAGAGAATACTAAGCCCCCACTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTACTCTCATGCCACAACAACAGAGAATACTAAGCCCCCACTTTTT  650

seq1  GTCTTGAACTCTATTAATATAAAACAAGTAAAACAACTGGGGTTCAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAACTCTATTAATATAAAACAAGTAAAACAACTGGGGTTCAGAAA  700

seq1  GGAAGCTGATAGAATTC  717
      |||||||||||||||||
seq2  GGAAGCTGATAGAATTC  717

seq1: chr18_63002513_63003680
seq2: B6Ng01-271I16.g_66_1232

seq1  GAATTCCCAACCAGTCTGTCCAGGATGCATGCGTACCCTGCTCTACATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAACCAGTCTGTCCAGGATGCATGCGTACCCTGCTCTACATGA  50

seq1  GAGAGCCTGGAAAACAAGTGGTAAGATGTTGCTTTGGCAACAGGAAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCCTGGAAAACAAGTGGTAAGATGTTGCTTTGGCAACAGGAAACAG  100

seq1  TGGCTGACGACAGGACAGTCACACACAAGTTCTGGTCCTGGTACACAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGACGACAGGACAGTCACACACAAGTTCTGGTCCTGGTACACAGGA  150

seq1  CTGCATGTGGTGGGATGCTAGAAGATGTCATTTTTCCTGTATGCAGAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGTGGTGGGATGCTAGAAGATGTCATTTTTCCTGTATGCAGAACC  200

seq1  CTGTGGGTGGCCCAGTGAAGGAAGTCTAGGGTTCTCTCCTACAGAAAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGTGGCCCAGTGAAGGAAGTCTAGGGTTCTCTCCTACAGAAAAAG  250

seq1  CTAGGTGCCTTATTCAAGGTCAGGGAAGGCACCTGGATGTCATTCCAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGCCTTATTCAAGGTCAGGGAAGGCACCTGGATGTCATTCCAGCT  300

seq1  CTAGGACATGACAACATGTGGAACAATTGGACCGGGTTAGCTTCTCTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGACATGACAACATGTGGAACAATTGGACCGGGTTAGCTTCTCTCAT  350

seq1  GGAAATCGAATTACGACGGAATGACATTAGACCCTACCAATCCCAGAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCGAATTACGACGGAATGACATTAGACCCTACCAATCCCAGAACT  400

seq1  TTATAAACACGGCACAAAAGGCCACAGCAGAGCAGCCTTTTAATGTTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAACACGGCACAAAAGGCCACAGCAGAGCAGCCTTTTAATGTTTGC  450

seq1  TTTCCACCCATGATTGGAAACAGCCCATGCTGGTCCTTTTATCTTGTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCCATGATTGGAAACAGCCCATGCTGGTCCTTTTATCTTGTCAT  500

seq1  GACTATTTATTTTCCCATTTGGTTCTGCTGGACAGCCTAAGGCAGAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTTATTTTCCCATTTGGTTCTGCTGGACAGCCTAAGGCAGAGCAC  550

seq1  GATGCAGAGAGCGTGGTGGCAGGCAAGGGTTTTGCTAGCCAGCCAGGGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGAGAGCGTGGTGGCAGGCAAGGGTTTTGCTAGCCAGCCAGGGCC  600

seq1  CAAGGGACTGTCTTTCCCCATGAGTATGGTCAGTAATTGTTCCTACTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGACTGTCTTTCCCCATGAGTATGGTCAGTAATTGTTCCTACTCTG  650

seq1  GGTCTGAAGCCAGATACACAGATCTCTGAATTTTGCTTCTCTTCATCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGAAGCCAGATACACAGATCTCTGAATTTTGCTTCTCTTCATCAAG  700

seq1  CAAGCACCTTATGAACTCGAAAGCTCAGTTTCCTCATCTGGAATATGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACCTTATGAACTCGAAAGCTCAGTTTCCTCATCTGGAATATGGAG  750

seq1  ATGATACTCATATGTATTTGCATCATCTTTTGTGATAACACTGTGATTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACTCATATGTATTTGCATCATCTTTTGTGATAACACTGTGATTTC  800

seq1  GCTGAAGCTTTATCTTCAACACACACACGCGCACACACACACACACACGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAGCTTTATCTTCAACACACACACGCGCACACACACACACACACGC  850

seq1  ACACACACACACACACACACGCACACACACACACACACACACACACACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACGCACACACACACACACACACACACACACAC  900

seq1  ACACACACACC-TTCAATGGAGTCAGAGAGAAAAGAAAACAACCATTTAA  949
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  ACACACACACCTTTCAATGGAGTCAGAGAGAAAAGAAA--CACCATTTAA  948

seq1  AGAGTGATTAGGAAAGGCCTGATTATTTTTTAATTCTCTGTATTCTTTGA  999
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGATTAGGAAAGGCCTGA-TATTTTTTAATTCTCTGTATTCTTTGA  997

seq1  TCATTTCATACAAGC--ACACAAGGTTTTGTGCTGTAATCATAAGCACTC  1047
      |||||||||||||||   |||||| |||  |||||| |||||||||||||
seq2  TCATTTCATACAAGCCACCACAAGTTTTGTTGCTGT-ATCATAAGCACTC  1046

seq1  CTAATTCTTTTCCTCCAGTTCTCCCAGATCTTCTATCTTCCA-GTTGCAT  1096
      || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||
seq2  CT-ATTCTTTTCCTCCAGTTCCTCCAGATCTTCTATCTTCCAGGTGGCAT  1095

seq1  ATGCTTTGTTATGTAAGCCCACTGAGTCCAC-TGACACCCTCTATGCGCA  1145
      |||  ||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||| ||
seq2  ATGGCTTGTTATGT-AGCCCACTGAGTTCACTTGACACCCTC-ATGC-CA  1142

seq1  TGGGCGTCAACTTTCT--ACTGGAG  1168
        ||||   |||||||  |||||||
seq2  ATGGCGCTCACTTTCTACACTGGAG  1167