BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273D12
Chromosome18 (Build37)
Map Location 70,609,850 - 70,760,652
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930503L19Rik, Stard6, Poli, Mbd2
Upstream geneTcf4, Ccdc68, Rab27b, 2310002L13Rik
Downstream geneEG668032, Dcc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273D12.bB6Ng01-273D12.g
ACCGA074847GA074848
length7211,191
definitionB6Ng01-273D12.b B6Ng01-273D12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,609,850 - 70,610,567)(70,759,473 - 70,760,652)
sequence
gaattcaccttgagtacacagacagtacagttcagtcttggctcatttgt
tcctgtctttaattcctgacctcagcattaaatcacatggagtgtgagtg
catgcggatagagagaaggggaccactttaggtgtcatgcctcgggaatg
cttctctcccttgtttttgagaaagtatctctgacattgacctcactcag
gctatacaagctggccagcaagccgtaggaaactcttttctccgccattc
tgaggctggaatcatagcatgcactattatgcttggcttttttgtttgtt
tatttgcttggtttgttttctgttttcattttaacatcagttaagcataa
gtagcaagcacattattcatagactcatctctctatgccctttgctttct
tattttttttttttgctttaagagacatggtttcactatgtagtctaggt
gtgctggaactccctctgtagaccaggctggcctcaaactcaagagagcc
acctgcctctgccacctgagtgtgggcattaaagatgtgcaccacctagc
cataccaagtcctttgattaaaacaattttgtactcaaaattgaagtttc
ttcctttttccaatttaacatctttccaatataccttaaaaagtaatata
agagtcaggcaatggtgaggcacacctttatccccagcaggcagaagata
tctgggatcccagggccagac

gaattccattcaattaatacacatggataactgacatggaaactctggta
ggaatcaaaaaagaaggaaggaaaaacactcaggcgggtcgctaacgcca
gacttgatgaaacccaggcttttagaacagaaaaagggtagcgttctggg
accagtctaaactagctagttaaaggttagaaagaaaatgtgcaaaacat
gagtaaggtatagaagggtgagaggagcaagcagtgcactaacgcagaaa
gctgaaaaccaagtctcagtgttacttgagtgtaagacaaaagaagaagg
ccagagccagagcagtaaaacccaagaaaatcaagaagagctttgtggag
agagcccagcaggcacaggcatttgctatcaaatccagggactggagttc
aacccatggaaactgcatggtggaaggagagagctgactcctgtaagcta
tcttctgacccccacacaaaccctatggaacatgctcccgattcaattca
ttaatagcctgtctatggcaatatattaattttaatttatttcataatta
agaaattacttatttatagtgataaagtattgatttatttaaccaacaaa
atataattgggggaattgctttggggagcttaggagctggtacagactgc
ttcactggcaggcatgaaaacctgggttcaagccgagcagcaagtgacca
cacccacaagtgaccacacccataaccgtgaggtggacatgggcatcaga
agcttaaagtcatctgttaccatcagtcccaggcaactttatcttagaag
atggagagggcatagcattaagtcacgttaaaggtgctttaaagtgacta
aaaggcagcctcggggcttgagcaaaagacccttacatcttcatgacaga
agaacttgccctggttgctgttctgtcaattgaccaagctagcttagctt
catttgggaagaaggactctcagctgagaaggtgcctctaacaagcctgc
agagcatttctcgatgactgactgatgttgggagggtcagctcactgtga
atggaacacaccttagcagtgttcagtgtttattacaagaaagcaagctt
gagagcaggcattgggaaggtgagcaagcagctccttccatgccttcagc
gtcagcttctgcccttccaggccttcttgtacccctctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr18_70609850_70610567
seq2: B6Ng01-273D12.b_49_769

seq1  GAATTCACCTTGAGTACACAGACAGTACAGTTCAGTCTTGGCTCATTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTGAGTACACAGACAGTACAGTTCAGTCTTGGCTCATTTGT  50

seq1  TCCTGTCTTTAATTCCTGACCTCAGCATTAAATCACATGGAGTGTGAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTTTAATTCCTGACCTCAGCATTAAATCACATGGAGTGTGAGTG  100

seq1  CATGCGGATAGAGAGAAGGGGACCACTTTAGGTGTCATGCCTCGGGAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCGGATAGAGAGAAGGGGACCACTTTAGGTGTCATGCCTCGGGAATG  150

seq1  CTTCTCTCCCTTGTTTTTGAGAAAGTATCTCTGACATTGACCTCACTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTCCCTTGTTTTTGAGAAAGTATCTCTGACATTGACCTCACTCAG  200

seq1  GCTATACAAGCTGGCCAGCAAGCCGTAGGAAACTCTTTTCTCCGCCATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATACAAGCTGGCCAGCAAGCCGTAGGAAACTCTTTTCTCCGCCATTC  250

seq1  TGAGGCTGGAATCATAGCATGCACTATTATGCTTGGCTTTTTTGTTTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCTGGAATCATAGCATGCACTATTATGCTTGGCTTTTTTGTTTGTT  300

seq1  TATTTGCTTGGTTTGTTTTCTGTTTTCATTTTAACATCAGTTAAGCATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCTTGGTTTGTTTTCTGTTTTCATTTTAACATCAGTTAAGCATAA  350

seq1  GTAGCAAGCACATTATTCATAGACTCATCTCTCTATGCCCTTTGCTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCAAGCACATTATTCATAGACTCATCTCTCTATGCCCTTTGCTTTCT  400

seq1  TATTTTTTTTTTTTGCTTTAAGAGACATGGTTTCACTATGTAGTCTAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTTTTTTTGCTTTAAGAGACATGGTTTCACTATGTAGTCTAGGT  450

seq1  GTGCTGGAACTCCCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAAGAGAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGAACTCCCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAAGAGAGCC  500

seq1  ACCTGCCTCTGCCACCTGAGTGTGGGCATTAAAGATGTGCACCACCTAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCCTCTGCCACCTGAGTGTGGGCATTAAAGATGTGCACCACCTAGC  550

seq1  CATACCAAGTCCTTTGATTAAAACAATTTTGTACTCAAAATTGAAGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAAGTCCTTTGATTAAAACAATTTTGTACTCAAAATTGAAGTTTC  600

seq1  TTCCTTTTTCCAATTTAACATCTTTCCAATATACCTT-AAAAGTAATATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCCTTTTTCCAATTTAACATCTTTCCAATATACCTTAAAAAGTAATATA  650

seq1  AGAGTCAGGCAATGGTGAGGCACACCTTTAATCCCAGCAGGCAGAAGATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGGCAATGGTGAGGCACACCTTTATCCCCAGCAGGCAGAAGATA  700

seq1  TCT-GGAT-CCAAGGCCAGAC  718
      ||| |||| ||| ||||||||
seq2  TCTGGGATCCCAGGGCCAGAC  721


seq1: chr18_70759473_70760652
seq2: B6Ng01-273D12.g_64_1254 (reverse)

seq1  CACAGAGGG---CAGGA--GCCTGGA--GGCAGGAGCTGACGCTGAGGCC  43
      |||||||||   || ||  |||||||  ||||| |||||||||||| | |
seq2  CACAGAGGGGTACAAGAAGGCCTGGAAGGGCAGAAGCTGACGCTGAAGGC  50

seq1  GTGG-AGGAGCTTGCTTGCTCAC--TCCCATGGCTGGCTTCCTC-AGC-T  88
       ||| |||||| |||||||||||  |||||  ||  |||  ||| ||| |
seq2  ATGGAAGGAGC-TGCTTGCTCACCTTCCCAATGCCTGCT--CTCAAGCTT  97

seq1  GCTTTCTTGTA--TAACACTGGACCACCTGCCTAGGTGTGTTCCCATTCA  136
      |||||||||||   ||||||| ||   ||||  ||||||||| |||||||
seq2  GCTTTCTTGTAATAAACACTGAAC--ACTGCTAAGGTGTGTT-CCATTCA  144

seq1  CAGTGAGCTGGACCCTCCC-ACATCAGTCAGTCATCGAGAAATGCTCTGC  185
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCT-GACCCTCCCAACATCAGTCAGTCATCGAGAAATGCTCTGC  193

seq1  AGGCTTG-TAGAGGCACC-TCTCAGCTGAGAGTCCTTCTTCCCAAATGAA  233
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTGTTAGAGGCACCTTCTCAGCTGAGAGTCCTTCTTCCCAAATGAA  243

seq1  GCTAAGCTAGCTTGGTCAATTGACAGAACAGCAACCAGGGCAAGTTCTTC  283
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAGCTAGCTTGGTCAATTGACAGAACAGCAACCAGGGCAAGTTCTTC  293

seq1  TGTCATGAAGATGTAAGGGTCTTTTGCTCAAGCCCCGAGGCTGCCTTTTA  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATGAAGATGTAAGGGTCTTTTGCTCAAGCCCCGAGGCTGCCTTTTA  343

seq1  GTCACTTTAAAGCACC-TTAACGTGACTTAATGCTATGCCCTCTCCATCT  382
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTTAAAGCACCTTTAACGTGACTTAATGCTATGCCCTCTCCATCT  393

seq1  TCTAAGATAAAGTTGCCTGGGACTGATGGTAACAGATGACTTTAAGCTTC  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGATAAAGTTGCCTGGGACTGATGGTAACAGATGACTTTAAGCTTC  443

seq1  TGATGCCCATGTCCACCTCACGGTTATGGGTGTGGTCACTTGTGGGTGTG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCCCATGTCCACCTCACGGTTATGGGTGTGGTCACTTGTGGGTGTG  493

seq1  GTCACTTGCTGCTCGGCTTGAACCCAGGTTTTCATGCCTGCCAGTGAAGC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTGCTGCTCGGCTTGAACCCAGGTTTTCATGCCTGCCAGTGAAGC  543

seq1  AGTCTGTACCAGCTCCTAAGCTCCCCAAAGCAATTCCCCCAATTATATTT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTACCAGCTCCTAAGCTCCCCAAAGCAATTCCCCCAATTATATTT  593

seq1  TGTTGGTTAAATAAATCAATACTTTATCACTATAAATAAGTAATTTCTTA  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTTAAATAAATCAATACTTTATCACTATAAATAAGTAATTTCTTA  643

seq1  ATTATGAAATAAATTAAAATTAATATATTGCCATAGACAGGCTATTAATG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAAATAAATTAAAATTAATATATTGCCATAGACAGGCTATTAATG  693

seq1  AATTGAATCGGGAGCATGTTCCATAGGGTTTGTGTGGGGGTCAGAAGATA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATCGGGAGCATGTTCCATAGGGTTTGTGTGGGGGTCAGAAGATA  743

seq1  GCTTACAGGAGTCAGCTCTCTCCTTCCACCATGCAGTTTCCATGGGTTGA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACAGGAGTCAGCTCTCTCCTTCCACCATGCAGTTTCCATGGGTTGA  793

seq1  ACTCCAGTCCCTGGATTTGATAGCAAATGCCTGTGCCTGCTGGGCTCTCT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAGTCCCTGGATTTGATAGCAAATGCCTGTGCCTGCTGGGCTCTCT  843

seq1  CCACAAAGCTCTTCTTGATTTTCTTGGGTTTTACTGCTCTGGCTCTGGCC  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAAGCTCTTCTTGATTTTCTTGGGTTTTACTGCTCTGGCTCTGGCC  893

seq1  TTCTTCTTTTGTCTTACACTCAAGTAACACTGAGACTTGGTTTTCAGCTT  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTTGTCTTACACTCAAGTAACACTGAGACTTGGTTTTCAGCTT  943

seq1  TCTGCGTTAGTGCACTGCTTGCTCCTCTCACCCTTCTATACCTTACTCAT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCGTTAGTGCACTGCTTGCTCCTCTCACCCTTCTATACCTTACTCAT  993

seq1  GTTTTGCACATTTTCTTTCTAACCTTTAACTAGCTAGTTTAGACTGGTCC  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGCACATTTTCTTTCTAACCTTTAACTAGCTAGTTTAGACTGGTCC  1043

seq1  CAGAACGCTACCCTTTTTCTGTTCTAAAAGCCTGGGTTTCATCAAGTCTG  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACGCTACCCTTTTTCTGTTCTAAAAGCCTGGGTTTCATCAAGTCTG  1093

seq1  GCGTTAGCGACCCGCCTGAGTGTTTTTCCTTCCTTCTTTTTTGATTCCTA  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTAGCGACCCGCCTGAGTGTTTTTCCTTCCTTCTTTTTTGATTCCTA  1143

seq1  CCAGAGTTTCCATGTCAGTTATCCATGTGTATTAATTGAATGGAATTC  1180
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTTTCCATGTCAGTTATCCATGTGTATTAATTGAATGGAATTC  1191


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |